sdk/python/arvados/commands/run.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 import arvados
   4 import argparse
   5 import json
   6 import re
   7 import os
   8 import stat
   9 import put
  10 import time
  11 #import arvados.command.ws as ws
  12 import subprocess
  13 import logging
  14
  15 logger = logging.getLogger('arvados.arv-run')
  16
  17 arvrun_parser = argparse.ArgumentParser()
  18 arvrun_parser.add_argument('--dry-run', action="store_true", help="Print out the pipeline that would be submitted and exit")
  19 arvrun_parser.add_argument('--local', action="store_true", help="Run locally using arv-crunch-job")
  20 arvrun_parser.add_argument('--docker-image', type=str, default="arvados/jobs", help="Docker image to use, default arvados/jobs")
  21 arvrun_parser.add_argument('--git-dir', type=str, default="", help="Git directory to use to find run-command when using --local")
  22 arvrun_parser.add_argument('args', nargs=argparse.REMAINDER)
  23
  24 class ArvFile(object):
  25     def __init__(self, prefix, fn):
  26         self.prefix = prefix
  27         self.fn = fn
  28
  29 class UploadFile(ArvFile):
  30     pass
  31
  32 def is_in_collection(root, branch):
  33     if root == "/":
  34         return (None, None)
  35     fn = os.path.join(root, ".arvados#collection")
  36     if os.path.exists(fn):
  37         with file(fn, 'r') as f:
  38             c = json.load(f)
  39         return (c["portable_data_hash"], branch)
  40     else:
  41         sp = os.path.split(root)
  42         return is_in_collection(sp[0], os.path.join(sp[1], branch))
  43
  44 def statfile(prefix, fn):
  45     absfn = os.path.abspath(fn)
  46     if os.path.exists(absfn):
  47         st = os.stat(absfn)
  48         if stat.S_ISREG(st.st_mode):
  49             sp = os.path.split(absfn)
  50             (pdh, branch) = is_in_collection(sp[0], sp[1])
  51             if pdh:
  52                 return ArvFile(prefix, "$(file %s/%s)" % (pdh, branch))
  53             else:
  54                 # trim leading '/' for path prefix test later
  55                 return UploadFile(prefix, absfn[1:])
  56     return prefix+fn
  57
  58 def main(arguments=None):
  59     args = arvrun_parser.parse_args(arguments)
  60
  61     reading_into = 2
  62
  63     slots = [[], [], []]
  64     for c in args.args:
  65         if c == '>':
  66             reading_into = 0
  67         elif c == '<':
  68             reading_into = 1
  69         elif c == '|':
  70             reading_into = len(slots)
  71             slots.append([])
  72         else:
  73             slots[reading_into].append(c)
  74
  75     if slots[0] and len(slots[0]) > 1:
  76         logger.error("Can only specify a single stdout file (run-command substitutions are permitted)")
  77         return
  78
  79     patterns = [re.compile("(--[^=]+=)(.*)"),
  80                 re.compile("(-[^=]+=)(.*)"),
  81                 re.compile("(-.)(.+)")]
  82
  83     for command in slots[1:]:
  84         for i in xrange(0, len(command)):
  85             a = command[i]
  86             if a[0] == '-':
  87                 # parameter starts with '-' so it might be a command line
  88                 # parameter with a file name, do some pattern matching
  89                 matched = False
  90                 for p in patterns:
  91                     m = p.match(a)
  92                     if m:
  93                         command[i] = statfile(m.group(1), m.group(2))
  94                         break
  95             else:
  96                 # parameter might be a file, so test it
  97                 command[i] = statfile('', a)
  98
  99     n = True
 100     pathprefix = "/"
 101     files = [c for command in slots[1:] for c in command if isinstance(c, UploadFile)]
 102     if len(files) > 0:
 103         # Find the smallest path prefix that includes all the files that need to be uploaded.
 104         # This starts at the root and iteratively removes common parent directory prefixes
 105         # until all file pathes no longer have a common parent.
 106         while n:
 107             pathstep = None
 108             for c in files:
 109                 if pathstep is None:
 110                     sp = c.fn.split('/')
 111                     if len(sp) < 2:
 112                         # no parent directories left
 113                         n = False
 114                         break
 115                     # path step takes next directory
 116                     pathstep = sp[0] + "/"
 117                 else:
 118                     # check if pathstep is common prefix for all files
 119                     if not c.fn.startswith(pathstep):
 120                         n = False
 121                         break
 122             if n:
 123                 # pathstep is common parent directory for all files, so remove the prefix
 124                 # from each path
 125                 pathprefix += pathstep
 126                 for c in files:
 127                     c.fn = c.fn[len(pathstep):]
 128
 129         os.chdir(pathprefix)
 130
 131         if args.dry_run:
 132             print("cd %s" % pathprefix)
 133             print("arv-put \"%s\"" % '" "'.join([c.fn for c in files]))
 134             pdh = "$(input)"
 135         else:
 136             pdh = put.main(["--portable-data-hash"]+[c.fn for c in files])
 137
 138         for c in files:
 139             c.fn = "$(file %s/%s)" % (pdh, c.fn)
 140
 141     for i in xrange(1, len(slots)):
 142         slots[i] = [("%s%s" % (c.prefix, c.fn)) if isinstance(c, ArvFile) else c for c in slots[i]]
 143
 144     component = {
 145         "script": "run-command",
 146         "script_version": "3609-arv-run",
 147         "repository": "arvados",
 148         "script_parameters": {
 149         },
 150         "runtime_constraints": {
 151             "docker_image": args.docker_image
 152         }
 153     }
 154
 155     task_foreach = []
 156     group_parser = argparse.ArgumentParser()
 157     group_parser.add_argument('--group', type=str)
 158     group_parser.add_argument('args', nargs=argparse.REMAINDER)
 159
 160     for s in xrange(2, len(slots)):
 161         for i in xrange(0, len(slots[s])):
 162             if slots[s][i] == '--':
 163                 inp = "input%i" % s
 164                 groupargs = group_parser.parse_args(slots[2][i+1:])
 165                 component["script_parameters"][inp] = groupargs.args
 166                 if groupargs.group:
 167                     inpgroups = inp+"_groups"
 168                     component["script_parameters"][inpgroups] = {"group":inp, "regex":groupargs.group}
 169                     slots[s] = slots[s][0:i] + [{"foreach": inpgroups, "command": "$(%s)" % inpgroups}]
 170                     task_foreach.append(inpgroups)
 171                 else:
 172                     slots[s] = slots[s][0:i] + ["$(%s)" % inp]
 173                     task_foreach.append(inp)
 174                 break
 175             if slots[s][i] == '\--':
 176                 slots[s][i] = '--'
 177
 178     if slots[0]:
 179         component["script_parameters"]["task.stdout"] = slots[0][0]
 180     if slots[1]:
 181         task_foreach.append("stdin")
 182         component["script_parameters"]["stdin"] = slots[1]
 183         component["script_parameters"]["task.stdin"] = "$(stdin)"\
 184
 185     if task_foreach:
 186         component["script_parameters"]["task.foreach"] = task_foreach
 187
 188     component["script_parameters"]["command"] = slots[2:]
 189
 190     pipeline = {
 191         "name": "",
 192         "components": {
 193             "command": component
 194         },
 195         "state":"RunningOnServer"
 196     }
 197
 198     if args.dry_run:
 199         print(json.dumps(pipeline, indent=4))
 200     elif args.local:
 201         subprocess.call(["arv-crunch-job", "--job", json.dumps(component), "--git-dir", args.git_dir])
 202     else:
 203         api = arvados.api('v1')
 204         pi = api.pipeline_instances().create(body=pipeline).execute()
 205         print "Running pipeline %s" % pi["uuid"]
 206         #ws.main(["--pipeline", pi["uuid"]])
 207
 208 if __name__ == '__main__':
 209     main()