crunch_scripts/bwa-index

   1 #!/usr/bin/env python
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   5
   6 import arvados
   7 import arvados_bwa
   8 import os
   9 import re
  10 import sys
  11
  12 this_job = arvados.current_job()
  13 this_task = arvados.current_task()
  14 ref_dir = arvados.util.collection_extract(
  15     collection = this_job['script_parameters']['input'],
  16     path = 'reference',
  17     decompress = False)
  18
  19 ref_fasta_files = (os.path.join(ref_dir, f)
  20                    for f in os.listdir(ref_dir)
  21                    if re.search(r'\.fasta(\.gz)?$', f))
  22
  23 # build reference index
  24 arvados_bwa.run('index',
  25                 ['-a', 'bwtsw'] + list(ref_fasta_files))
  26
  27 # move output files to new empty directory
  28 out_dir = os.path.join(arvados.current_task().tmpdir, 'out')
  29 arvados.util.run_command(['rm', '-rf', out_dir], stderr=sys.stderr)
  30 os.mkdir(out_dir)
  31 for f in os.listdir(ref_dir):
  32     if re.search(r'\.(amb|ann|bwt|pac|rbwt|rpac|rsa|sa)$', f):
  33         sys.stderr.write("bwa output: %s (%d)\n" %
  34                          (f, os.stat(os.path.join(ref_dir, f)).st_size))
  35         os.rename(os.path.join(ref_dir, f),
  36                   os.path.join(out_dir, f))
  37
  38 # store output
  39 out = arvados.CollectionWriter()
  40 out.write_directory_tree(out_dir, max_manifest_depth=0)
  41 this_task.set_output(out.finish())