services/crunch-dispatch-slurm/crunch-dispatch-slurm.go

   1 // Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 //
   3 // SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 package main
   6
   7 // Dispatcher service for Crunch that submits containers to the slurm queue.
   8
   9 import (
  10         "bytes"
  11         "context"
  12         "flag"
  13         "fmt"
  14         "log"
  15         "math"
  16         "os"
  17         "os/exec"
  18         "regexp"
  19         "strings"
  20         "time"
  21
  22         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/arvados"
  23         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/arvadosclient"
  24         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/config"
  25         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/dispatch"
  26         "github.com/coreos/go-systemd/daemon"
  27 )
  28
  29 var version = "dev"
  30
  31 // Config used by crunch-dispatch-slurm
  32 type Config struct {
  33         Client arvados.Client
  34
  35         SbatchArguments []string
  36         PollPeriod      arvados.Duration
  37
  38         // crunch-run command to invoke. The container UUID will be
  39         // appended. If nil, []string{"crunch-run"} will be used.
  40         //
  41         // Example: []string{"crunch-run", "--cgroup-parent-subsystem=memory"}
  42         CrunchRunCommand []string
  43
  44         // Minimum time between two attempts to run the same container
  45         MinRetryPeriod arvados.Duration
  46 }
  47
  48 func main() {
  49         err := doMain()
  50         if err != nil {
  51                 log.Fatal(err)
  52         }
  53 }
  54
  55 var (
  56         theConfig Config
  57         sqCheck   = &SqueueChecker{}
  58 )
  59
  60 const defaultConfigPath = "/etc/arvados/crunch-dispatch-slurm/crunch-dispatch-slurm.yml"
  61
  62 func doMain() error {
  63         flags := flag.NewFlagSet("crunch-dispatch-slurm", flag.ExitOnError)
  64         flags.Usage = func() { usage(flags) }
  65
  66         configPath := flags.String(
  67                 "config",
  68                 defaultConfigPath,
  69                 "`path` to JSON or YAML configuration file")
  70         dumpConfig := flag.Bool(
  71                 "dump-config",
  72                 false,
  73                 "write current configuration to stdout and exit")
  74         getVersion := flags.Bool(
  75                 "version",
  76                 false,
  77                 "Print version information and exit.")
  78         // Parse args; omit the first arg which is the command name
  79         flags.Parse(os.Args[1:])
  80
  81         // Print version information if requested
  82         if *getVersion {
  83                 fmt.Printf("crunch-dispatch-slurm %s\n", version)
  84                 return nil
  85         }
  86
  87         log.Printf("crunch-dispatch-slurm %s started", version)
  88
  89         err := readConfig(&theConfig, *configPath)
  90         if err != nil {
  91                 return err
  92         }
  93
  94         if theConfig.CrunchRunCommand == nil {
  95                 theConfig.CrunchRunCommand = []string{"crunch-run"}
  96         }
  97
  98         if theConfig.PollPeriod == 0 {
  99                 theConfig.PollPeriod = arvados.Duration(10 * time.Second)
 100         }
 101
 102         if theConfig.Client.APIHost != "" || theConfig.Client.AuthToken != "" {
 103                 // Copy real configs into env vars so [a]
 104                 // MakeArvadosClient() uses them, and [b] they get
 105                 // propagated to crunch-run via SLURM.
 106                 os.Setenv("ARVADOS_API_HOST", theConfig.Client.APIHost)
 107                 os.Setenv("ARVADOS_API_TOKEN", theConfig.Client.AuthToken)
 108                 os.Setenv("ARVADOS_API_HOST_INSECURE", "")
 109                 if theConfig.Client.Insecure {
 110                         os.Setenv("ARVADOS_API_HOST_INSECURE", "1")
 111                 }
 112                 os.Setenv("ARVADOS_KEEP_SERVICES", strings.Join(theConfig.Client.KeepServiceURIs, " "))
 113                 os.Setenv("ARVADOS_EXTERNAL_CLIENT", "")
 114         } else {
 115                 log.Printf("warning: Client credentials missing from config, so falling back on environment variables (deprecated).")
 116         }
 117
 118         if *dumpConfig {
 119                 log.Fatal(config.DumpAndExit(theConfig))
 120         }
 121
 122         arv, err := arvadosclient.MakeArvadosClient()
 123         if err != nil {
 124                 log.Printf("Error making Arvados client: %v", err)
 125                 return err
 126         }
 127         arv.Retries = 25
 128
 129         sqCheck = &SqueueChecker{Period: time.Duration(theConfig.PollPeriod)}
 130         defer sqCheck.Stop()
 131
 132         dispatcher := &dispatch.Dispatcher{
 133                 Arv:            arv,
 134                 RunContainer:   run,
 135                 PollPeriod:     time.Duration(theConfig.PollPeriod),
 136                 MinRetryPeriod: time.Duration(theConfig.MinRetryPeriod),
 137         }
 138
 139         if _, err := daemon.SdNotify(false, "READY=1"); err != nil {
 140                 log.Printf("Error notifying init daemon: %v", err)
 141         }
 142
 143         go checkSqueueForOrphans(dispatcher, sqCheck)
 144
 145         return dispatcher.Run(context.Background())
 146 }
 147
 148 var containerUuidPattern = regexp.MustCompile(`^[a-z0-9]{5}-dz642-[a-z0-9]{15}$`)
 149
 150 // Check the next squeue report, and invoke TrackContainer for all the
 151 // containers in the report. This gives us a chance to cancel slurm
 152 // jobs started by a previous dispatch process that never released
 153 // their slurm allocations even though their container states are
 154 // Cancelled or Complete. See https://dev.arvados.org/issues/10979
 155 func checkSqueueForOrphans(dispatcher *dispatch.Dispatcher, sqCheck *SqueueChecker) {
 156         for _, uuid := range sqCheck.All() {
 157                 if !containerUuidPattern.MatchString(uuid) {
 158                         continue
 159                 }
 160                 err := dispatcher.TrackContainer(uuid)
 161                 if err != nil {
 162                         log.Printf("checkSqueueForOrphans: TrackContainer(%s): %s", uuid, err)
 163                 }
 164         }
 165 }
 166
 167 func niceness(priority int) int {
 168         if priority > 1000 {
 169                 priority = 1000
 170         }
 171         if priority < 0 {
 172                 priority = 0
 173         }
 174         // Niceness range 1-10000
 175         return (1000 - priority) * 10
 176 }
 177
 178 // sbatchCmd
 179 func sbatchFunc(container arvados.Container) *exec.Cmd {
 180         mem := int64(math.Ceil(float64(container.RuntimeConstraints.RAM+container.RuntimeConstraints.KeepCacheRAM) / float64(1048576)))
 181
 182         var disk int64
 183         for _, m := range container.Mounts {
 184                 if m.Kind == "tmp" {
 185                         disk += m.Capacity
 186                 }
 187         }
 188         disk = int64(math.Ceil(float64(disk) / float64(1048576)))
 189
 190         var sbatchArgs []string
 191         sbatchArgs = append(sbatchArgs, theConfig.SbatchArguments...)
 192         sbatchArgs = append(sbatchArgs, fmt.Sprintf("--job-name=%s", container.UUID))
 193         sbatchArgs = append(sbatchArgs, fmt.Sprintf("--mem=%d", mem))
 194         sbatchArgs = append(sbatchArgs, fmt.Sprintf("--cpus-per-task=%d", container.RuntimeConstraints.VCPUs))
 195         sbatchArgs = append(sbatchArgs, fmt.Sprintf("--tmp=%d", disk))
 196         sbatchArgs = append(sbatchArgs, fmt.Sprintf("--nice=%d", niceness(container.Priority)))
 197         if len(container.SchedulingParameters.Partitions) > 0 {
 198                 sbatchArgs = append(sbatchArgs, fmt.Sprintf("--partition=%s", strings.Join(container.SchedulingParameters.Partitions, ",")))
 199         }
 200
 201         return exec.Command("sbatch", sbatchArgs...)
 202 }
 203
 204 // scancelCmd
 205 func scancelFunc(container arvados.Container) *exec.Cmd {
 206         return exec.Command("scancel", "--name="+container.UUID)
 207 }
 208
 209 // scontrolCmd
 210 func scontrolFunc(container arvados.Container) *exec.Cmd {
 211         return exec.Command("scontrol", "update", "JobName="+container.UUID, fmt.Sprintf("Nice=%d", niceness(container.Priority)))
 212 }
 213
 214 // Wrap these so that they can be overridden by tests
 215 var sbatchCmd = sbatchFunc
 216 var scancelCmd = scancelFunc
 217 var scontrolCmd = scontrolFunc
 218
 219 // Submit job to slurm using sbatch.
 220 func submit(dispatcher *dispatch.Dispatcher, container arvados.Container, crunchRunCommand []string) error {
 221         cmd := sbatchCmd(container)
 222
 223         // Send a tiny script on stdin to execute the crunch-run
 224         // command (slurm requires this to be a #! script)
 225         cmd.Stdin = strings.NewReader(execScript(append(crunchRunCommand, container.UUID)))
 226
 227         var stdout, stderr bytes.Buffer
 228         cmd.Stdout = &stdout
 229         cmd.Stderr = &stderr
 230
 231         // Mutex between squeue sync and running sbatch or scancel.
 232         sqCheck.L.Lock()
 233         defer sqCheck.L.Unlock()
 234
 235         log.Printf("exec sbatch %+q", cmd.Args)
 236         err := cmd.Run()
 237
 238         switch err.(type) {
 239         case nil:
 240                 log.Printf("sbatch succeeded: %q", strings.TrimSpace(stdout.String()))
 241                 return nil
 242
 243         case *exec.ExitError:
 244                 dispatcher.Unlock(container.UUID)
 245                 return fmt.Errorf("sbatch %+q failed: %v (stderr: %q)", cmd.Args, err, stderr.Bytes())
 246
 247         default:
 248                 dispatcher.Unlock(container.UUID)
 249                 return fmt.Errorf("exec failed: %v", err)
 250         }
 251 }
 252
 253 // Submit a container to the slurm queue (or resume monitoring if it's
 254 // already in the queue).  Cancel the slurm job if the container's
 255 // priority changes to zero or its state indicates it's no longer
 256 // running.
 257 func run(disp *dispatch.Dispatcher, ctr arvados.Container, status <-chan arvados.Container) {
 258         ctx, cancel := context.WithCancel(context.Background())
 259         defer cancel()
 260
 261         if ctr.State == dispatch.Locked && !sqCheck.HasUUID(ctr.UUID) {
 262                 log.Printf("Submitting container %s to slurm", ctr.UUID)
 263                 if err := submit(disp, ctr, theConfig.CrunchRunCommand); err != nil {
 264                         text := fmt.Sprintf("Error submitting container %s to slurm: %s", ctr.UUID, err)
 265                         log.Print(text)
 266
 267                         lr := arvadosclient.Dict{"log": arvadosclient.Dict{
 268                                 "object_uuid": ctr.UUID,
 269                                 "event_type":  "dispatch",
 270                                 "properties":  map[string]string{"text": text}}}
 271                         disp.Arv.Create("logs", lr, nil)
 272
 273                         disp.Unlock(ctr.UUID)
 274                         return
 275                 }
 276         }
 277
 278         log.Printf("Start monitoring container %v in state %q", ctr.UUID, ctr.State)
 279         defer log.Printf("Done monitoring container %s", ctr.UUID)
 280
 281         // If the container disappears from the slurm queue, there is
 282         // no point in waiting for further dispatch updates: just
 283         // clean up and return.
 284         go func(uuid string) {
 285                 for ctx.Err() == nil && sqCheck.HasUUID(uuid) {
 286                 }
 287                 cancel()
 288         }(ctr.UUID)
 289
 290         for {
 291                 select {
 292                 case <-ctx.Done():
 293                         // Disappeared from squeue
 294                         if err := disp.Arv.Get("containers", ctr.UUID, nil, &ctr); err != nil {
 295                                 log.Printf("Error getting final container state for %s: %s", ctr.UUID, err)
 296                         }
 297                         switch ctr.State {
 298                         case dispatch.Running:
 299                                 disp.UpdateState(ctr.UUID, dispatch.Cancelled)
 300                         case dispatch.Locked:
 301                                 disp.Unlock(ctr.UUID)
 302                         }
 303                         return
 304                 case updated, ok := <-status:
 305                         if !ok {
 306                                 log.Printf("Dispatcher says container %s is done: cancel slurm job", ctr.UUID)
 307                                 scancel(ctr)
 308                         } else if updated.Priority == 0 {
 309                                 log.Printf("Container %s has state %q, priority %d: cancel slurm job", ctr.UUID, updated.State, updated.Priority)
 310                                 scancel(ctr)
 311                         } else if niceness(updated.Priority) != sqCheck.GetNiceness(ctr.UUID) && sqCheck.GetNiceness(ctr.UUID) != -1 {
 312                                 // dynamically adjust priority
 313                                 log.Printf("Container priority %v != %v", niceness(updated.Priority), sqCheck.GetNiceness(ctr.UUID))
 314                                 scontrolUpdate(updated)
 315                         }
 316                 }
 317         }
 318 }
 319
 320 func scancel(ctr arvados.Container) {
 321         sqCheck.L.Lock()
 322         cmd := scancelCmd(ctr)
 323         msg, err := cmd.CombinedOutput()
 324         sqCheck.L.Unlock()
 325
 326         if err != nil {
 327                 log.Printf("%q %q: %s %q", cmd.Path, cmd.Args, err, msg)
 328                 time.Sleep(time.Second)
 329         } else if sqCheck.HasUUID(ctr.UUID) {
 330                 log.Printf("container %s is still in squeue after scancel", ctr.UUID)
 331                 time.Sleep(time.Second)
 332         }
 333 }
 334
 335 func scontrolUpdate(ctr arvados.Container) {
 336         sqCheck.L.Lock()
 337         cmd := scontrolCmd(ctr)
 338         msg, err := cmd.CombinedOutput()
 339         sqCheck.L.Unlock()
 340
 341         if err != nil {
 342                 log.Printf("%q %q: %s %q", cmd.Path, cmd.Args, err, msg)
 343                 time.Sleep(time.Second)
 344         } else if sqCheck.HasUUID(ctr.UUID) {
 345                 log.Printf("Container %s priority is now %v, niceness is now %v",
 346                         ctr.UUID, ctr.Priority, sqCheck.GetNiceness(ctr.UUID))
 347         }
 348 }
 349
 350 func readConfig(dst interface{}, path string) error {
 351         err := config.LoadFile(dst, path)
 352         if err != nil && os.IsNotExist(err) && path == defaultConfigPath {
 353                 log.Printf("Config not specified. Continue with default configuration.")
 354                 err = nil
 355         }
 356         return err
 357 }