sdk/python/bin/arv-normalize

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 import argparse
   4 import hashlib
   5 import os
   6 import re
   7 import string
   8 import sys
   9
  10 parser = argparse.ArgumentParser(
  11     description='Read manifest on standard input and put normalized manifest on standard output.')
  12
  13 parser.add_argument('--extract', type=str, help="The file to extract from the input manifest")
  14 parser.add_argument('--strip', action='store_true', help="Strip authorization tokens")
  15
  16 args = parser.parse_args()
  17
  18 import arvados
  19
  20 r = sys.stdin.read()
  21
  22 cr = arvados.CollectionReader(r)
  23 cr.normalize()
  24
  25 if args.extract:
  26     i = args.extract.rfind('/')
  27     if i == -1:
  28         stream = '.'
  29         fn = args.extract
  30     else:
  31         stream = args.extract[:i]
  32         fn = args.extract[(i+1):]
  33     for s in cr.all_streams():
  34         if s.name() == stream:
  35             if fn in s.files():
  36                 sys.stdout.write(s.files()[fn].as_manifest())
  37 else:
  38     sys.stdout.write(cr.manifest_text(args.strip))