sdk/python/arvados/commands/run.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 import arvados
   4 import arvados.commands.ws as ws
   5 import argparse
   6 import json
   7 import re
   8 import os
   9 import stat
  10 import put
  11 import time
  12 import subprocess
  13 import logging
  14 import arvados.commands._util as arv_cmd
  15
  16 logger = logging.getLogger('arvados.arv-run')
  17 logger.setLevel(logging.INFO)
  18
  19 arvrun_parser = argparse.ArgumentParser(parents=[arv_cmd.retry_opt])
  20 arvrun_parser.add_argument('--dry-run', action="store_true", help="Print out the pipeline that would be submitted and exit")
  21 arvrun_parser.add_argument('--local', action="store_true", help="Run locally using arv-run-pipeline-instance")
  22 arvrun_parser.add_argument('--docker-image', type=str, help="Docker image to use, otherwise use instance default.")
  23 arvrun_parser.add_argument('--ignore-rcode', action="store_true", help="Commands that return non-zero return codes should not be considered failed.")
  24 arvrun_parser.add_argument('--no-reuse', action="store_true", help="Do not reuse past jobs.")
  25 arvrun_parser.add_argument('--no-wait', action="store_true", help="Do not wait and display logs after submitting command, just exit.")
  26 arvrun_parser.add_argument('--project-uuid', type=str, help="Parent project of the pipeline")
  27 arvrun_parser.add_argument('--git-dir', type=str, default="", help="Git repository passed to arv-crunch-job when using --local")
  28 arvrun_parser.add_argument('--repository', type=str, default="arvados", help="repository field of component, default 'arvados'")
  29 arvrun_parser.add_argument('--script-version', type=str, default="master", help="script_version field of component, default 'master'")
  30 arvrun_parser.add_argument('args', nargs=argparse.REMAINDER)
  31
  32 class ArvFile(object):
  33     def __init__(self, prefix, fn):
  34         self.prefix = prefix
  35         self.fn = fn
  36
  37 class UploadFile(ArvFile):
  38     pass
  39
  40 # Determine if a file is in a collection, and return a tuple consisting of the
  41 # portable data hash and the path relative to the root of the collection.
  42 # Return None if the path isn't with an arv-mount collection or there was is error.
  43 def is_in_collection(root, branch):
  44     try:
  45         if root == "/":
  46             return (None, None)
  47         fn = os.path.join(root, ".arvados#collection")
  48         if os.path.exists(fn):
  49             with file(fn, 'r') as f:
  50                 c = json.load(f)
  51             return (c["portable_data_hash"], branch)
  52         else:
  53             sp = os.path.split(root)
  54             return is_in_collection(sp[0], os.path.join(sp[1], branch))
  55     except (IOError, OSError):
  56         return (None, None)
  57
  58 # Determine the project to place the output of this command by searching upward
  59 # for arv-mount psuedofile indicating the project.  If the cwd isn't within
  60 # an arv-mount project or there is an error, return current_user.
  61 def determine_project(root, current_user):
  62     try:
  63         if root == "/":
  64             return current_user
  65         fn = os.path.join(root, ".arvados#project")
  66         if os.path.exists(fn):
  67             with file(fn, 'r') as f:
  68                 c = json.load(f)
  69             if 'writable_by' in c and current_user in c['writable_by']:
  70                 return c["uuid"]
  71             else:
  72                 return current_user
  73         else:
  74             sp = os.path.split(root)
  75             return determine_project(sp[0], current_user)
  76     except (IOError, OSError):
  77         return current_user
  78
  79 # Determine if string corresponds to a file, and if that file is part of a
  80 # arv-mounted collection or only local to the machine.  Returns one of
  81 # ArvFile() (file already exists in a collection), UploadFile() (file needs to
  82 # be uploaded to a collection), or simply returns prefix+fn (which yields the
  83 # original parameter string).
  84 def statfile(prefix, fn, fnPattern="$(file %s/%s)", dirPattern="$(dir %s/%s/)"):
  85     absfn = os.path.abspath(fn)
  86     if os.path.exists(absfn):
  87         st = os.stat(absfn)
  88         if stat.S_ISREG(st.st_mode):
  89             sp = os.path.split(absfn)
  90             (pdh, branch) = is_in_collection(sp[0], sp[1])
  91             if pdh:
  92                 return ArvFile(prefix, fnPattern % (pdh, branch))
  93             else:
  94                 # trim leading '/' for path prefix test later
  95                 return UploadFile(prefix, absfn[1:])
  96         if stat.S_ISDIR(st.st_mode):
  97             sp = os.path.split(absfn)
  98             (pdh, branch) = is_in_collection(sp[0], sp[1])
  99             if pdh:
 100                 return ArvFile(prefix, dirPattern % (pdh, branch))
 101
 102     return prefix+fn
 103
 104 def uploadfiles(files, api, dry_run=False, num_retries=0, project=None, fnPattern="$(file %s/%s)"):
 105     # Find the smallest path prefix that includes all the files that need to be uploaded.
 106     # This starts at the root and iteratively removes common parent directory prefixes
 107     # until all file pathes no longer have a common parent.
 108     n = True
 109     pathprefix = "/"
 110     while n:
 111         pathstep = None
 112         for c in files:
 113             if pathstep is None:
 114                 sp = c.fn.split('/')
 115                 if len(sp) < 2:
 116                     # no parent directories left
 117                     n = False
 118                     break
 119                 # path step takes next directory
 120                 pathstep = sp[0] + "/"
 121             else:
 122                 # check if pathstep is common prefix for all files
 123                 if not c.fn.startswith(pathstep):
 124                     n = False
 125                     break
 126         if n:
 127             # pathstep is common parent directory for all files, so remove the prefix
 128             # from each path
 129             pathprefix += pathstep
 130             for c in files:
 131                 c.fn = c.fn[len(pathstep):]
 132
 133     orgdir = os.getcwd()
 134     os.chdir(pathprefix)
 135
 136     logger.info("Upload local files: \"%s\"", '" "'.join([c.fn for c in files]))
 137
 138     if dry_run:
 139         logger.info("$(input) is %s", pathprefix.rstrip('/'))
 140         pdh = "$(input)"
 141     else:
 142         files = sorted(files, key=lambda x: x.fn)
 143         collection = arvados.CollectionWriter(api, num_retries=num_retries)
 144         stream = None
 145         for f in files:
 146             sp = os.path.split(f.fn)
 147             if sp[0] != stream:
 148                 stream = sp[0]
 149                 collection.start_new_stream(stream)
 150             collection.write_file(f.fn, sp[1])
 151         item = api.collections().create(body={"owner_uuid": project, "manifest_text": collection.manifest_text()}).execute()
 152         pdh = item["portable_data_hash"]
 153         logger.info("Uploaded to %s", item["uuid"])
 154
 155     for c in files:
 156         c.fn = fnPattern % (pdh, c.fn)
 157
 158     os.chdir(orgdir)
 159
 160
 161 def main(arguments=None):
 162     args = arvrun_parser.parse_args(arguments)
 163
 164     if len(args.args) == 0:
 165         arvrun_parser.print_help()
 166         return
 167
 168     starting_args = args.args
 169
 170     reading_into = 2
 171
 172     # Parse the command arguments into 'slots'.
 173     # All words following '>' are output arguments and are collected into slots[0].
 174     # All words following '<' are input arguments and are collected into slots[1].
 175     # slots[2..] store the parameters of each command in the pipeline.
 176     #
 177     # e.g. arv-run foo arg1 arg2 '|' bar arg3 arg4 '<' input1 input2 input3 '>' output.txt
 178     # will be parsed into:
 179     #   [['output.txt'],
 180     #    ['input1', 'input2', 'input3'],
 181     #    ['foo', 'arg1', 'arg2'],
 182     #    ['bar', 'arg3', 'arg4']]
 183     slots = [[], [], []]
 184     for c in args.args:
 185         if c.startswith('>'):
 186             reading_into = 0
 187             if len(c) > 1:
 188                 slots[reading_into].append(c[1:])
 189         elif c.startswith('<'):
 190             reading_into = 1
 191             if len(c) > 1:
 192                 slots[reading_into].append(c[1:])
 193         elif c == '|':
 194             reading_into = len(slots)
 195             slots.append([])
 196         else:
 197             slots[reading_into].append(c)
 198
 199     if slots[0] and len(slots[0]) > 1:
 200         logger.error("Can only specify a single stdout file (run-command substitutions are permitted)")
 201         return
 202
 203     if not args.dry_run:
 204         api = arvados.api('v1')
 205         if args.project_uuid:
 206             project = args.project_uuid
 207         else:
 208             project = determine_project(os.getcwd(), api.users().current().execute()["uuid"])
 209
 210     # Identify input files.  Look at each parameter and test to see if there is
 211     # a file by that name.  This uses 'patterns' to look for within
 212     # command line arguments, such as --foo=file.txt or -lfile.txt
 213     patterns = [re.compile("([^=]+=)(.*)"),
 214                 re.compile("(-[A-Za-z])(.+)")]
 215     for j, command in enumerate(slots[1:]):
 216         for i, a in enumerate(command):
 217             if j > 0 and i == 0:
 218                 # j == 0 is stdin, j > 0 is commands
 219                 # always skip program executable (i == 0) in commands
 220                 pass
 221             elif a.startswith('\\'):
 222                 # if it starts with a \ then don't do any interpretation
 223                 command[i] = a[1:]
 224             else:
 225                 # See if it looks like a file
 226                 command[i] = statfile('', a)
 227
 228                 # If a file named command[i] was found, it would now be an
 229                 # ArvFile or UploadFile.  If command[i] is a basestring, that
 230                 # means it doesn't correspond exactly to a file, so do some
 231                 # pattern matching.
 232                 if isinstance(command[i], basestring):
 233                     for p in patterns:
 234                         m = p.match(a)
 235                         if m:
 236                             command[i] = statfile(m.group(1), m.group(2))
 237                             break
 238
 239     files = [c for command in slots[1:] for c in command if isinstance(c, UploadFile)]
 240     if files:
 241         uploadfiles(files, api, dry_run=args.dry_run, num_retries=args.retries, project=project)
 242
 243     for i in xrange(1, len(slots)):
 244         slots[i] = [("%s%s" % (c.prefix, c.fn)) if isinstance(c, ArvFile) else c for c in slots[i]]
 245
 246     component = {
 247         "script": "run-command",
 248         "script_version": args.script_version,
 249         "repository": args.repository,
 250         "script_parameters": {
 251         },
 252         "runtime_constraints": {}
 253     }
 254
 255     if args.docker_image:
 256         component["runtime_constraints"]["docker_image"] = args.docker_image
 257
 258     task_foreach = []
 259     group_parser = argparse.ArgumentParser()
 260     group_parser.add_argument('-b', '--batch-size', type=int)
 261     group_parser.add_argument('args', nargs=argparse.REMAINDER)
 262
 263     for s in xrange(2, len(slots)):
 264         for i in xrange(0, len(slots[s])):
 265             if slots[s][i] == '--':
 266                 inp = "input%i" % (s-2)
 267                 groupargs = group_parser.parse_args(slots[2][i+1:])
 268                 if groupargs.batch_size:
 269                     component["script_parameters"][inp] = {"value": {"batch":groupargs.args, "size":groupargs.batch_size}}
 270                     slots[s] = slots[s][0:i] + [{"foreach": inp, "command": "$(%s)" % inp}]
 271                 else:
 272                     component["script_parameters"][inp] = groupargs.args
 273                     slots[s] = slots[s][0:i] + ["$(%s)" % inp]
 274                 task_foreach.append(inp)
 275                 break
 276             if slots[s][i] == '\--':
 277                 slots[s][i] = '--'
 278
 279     if slots[0]:
 280         component["script_parameters"]["task.stdout"] = slots[0][0]
 281     if slots[1]:
 282         task_foreach.append("stdin")
 283         component["script_parameters"]["stdin"] = slots[1]
 284         component["script_parameters"]["task.stdin"] = "$(stdin)"
 285
 286     if task_foreach:
 287         component["script_parameters"]["task.foreach"] = task_foreach
 288
 289     component["script_parameters"]["command"] = slots[2:]
 290     if args.ignore_rcode:
 291         component["script_parameters"]["task.ignore_rcode"] = args.ignore_rcode
 292
 293     pipeline = {
 294         "name": "arv-run " + " | ".join([s[0] for s in slots[2:]]),
 295         "description": "@" + " ".join(starting_args) + "@",
 296         "components": {
 297             "command": component
 298         },
 299         "state": "RunningOnClient" if args.local else "RunningOnServer"
 300     }
 301
 302     if args.dry_run:
 303         print(json.dumps(pipeline, indent=4))
 304     else:
 305         pipeline["owner_uuid"] = project
 306         pi = api.pipeline_instances().create(body=pipeline, ensure_unique_name=True).execute()
 307         logger.info("Running pipeline %s", pi["uuid"])
 308
 309         if args.local:
 310             subprocess.call(["arv-run-pipeline-instance", "--instance", pi["uuid"], "--run-jobs-here"] + (["--no-reuse"] if args.no_reuse else []))
 311         elif not args.no_wait:
 312             ws.main(["--pipeline", pi["uuid"]])
 313
 314         pi = api.pipeline_instances().get(uuid=pi["uuid"]).execute()
 315         logger.info("Pipeline is %s", pi["state"])
 316         if "output_uuid" in pi["components"]["command"]:
 317             logger.info("Output is %s", pi["components"]["command"]["output_uuid"])
 318         else:
 319             logger.info("No output")
 320
 321 if __name__ == '__main__':
 322     main()