21601: Install wheel in run-tests.sh VENV3DIR
[arvados.git] / build / run-tests.sh
1 #!/bin/bash
2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
3 #
4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
5
6 COLUMNS=80
7 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
8
9 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
10 $(basename $0): Install and test Arvados components.
11
12 Exit non-zero if any tests fail.
13
14 Syntax:
15         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
16
17 Options:
18
19 --skip FOO     Do not test the FOO component.
20 --skip sanity  Skip initial dev environment sanity checks.
21 --skip install Do not run any install steps. Just run tests.
22                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
23                from a previous invocation if you use this option.
24 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
25 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
26                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
27 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
28                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
29                subsequent invocations.
30 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
31 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
32 --only-install Run specific install step
33 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
34 --interactive  Set up, then prompt for test/install steps to perform.
35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
36 CONFIGSRC=path Dir with config.yml file containing PostgreSQL section for use by tests.
37 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
38                Restrict apiserver tests to the given file
39 sdk/python_test="--test-suite tests.test_keep_locator"
40                Restrict Python SDK tests to the given class
41 services/githttpd_test="-check.vv"
42                Show all log messages, even when tests pass (also works
43                with services/keepstore_test etc.)
44 ARVADOS_DEBUG=1
45                Print more debug messages
46 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
47                *_test, and other examples shown above.
48
49 Assuming "--skip install" is not given, all components are installed
50 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
51 test suites depend on other components being installed, and installing
52 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
53
54 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
55 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
56
57 More information and background:
58
59 https://dev.arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
60
61 Available tests:
62
63 cmd/arvados-client
64 cmd/arvados-package
65 cmd/arvados-server
66 doc
67 lib/cli
68 lib/cmd
69 lib/controller
70 lib/controller/federation
71 lib/controller/railsproxy
72 lib/controller/router
73 lib/controller/rpc
74 lib/crunchstat
75 lib/crunch-run
76 lib/cloud
77 lib/cloud/azure
78 lib/cloud/cloudtest
79 lib/dispatchcloud
80 lib/dispatchcloud/container
81 lib/dispatchcloud/scheduler
82 lib/dispatchcloud/sshexecutor
83 lib/dispatchcloud/worker
84 lib/mount
85 lib/pam
86 lib/service
87 services/api
88 services/githttpd
89 services/dockercleaner
90 services/fuse
91 services/fuse:py3
92 services/health
93 services/keep-web
94 services/keepproxy
95 services/keepstore
96 services/keep-balance
97 services/login-sync
98 services/crunch-dispatch-local
99 services/crunch-dispatch-slurm
100 services/workbench2_units
101 services/workbench2_integration
102 services/ws
103 sdk/cli
104 sdk/python
105 sdk/python:py3
106 sdk/ruby-google-api-client
107 sdk/ruby
108 sdk/go/arvados
109 sdk/go/arvadosclient
110 sdk/go/auth
111 sdk/go/dispatch
112 sdk/go/keepclient
113 sdk/go/health
114 sdk/go/httpserver
115 sdk/go/manifest
116 sdk/go/blockdigest
117 sdk/go/asyncbuf
118 sdk/go/stats
119 sdk/go/crunchrunner
120 sdk/cwl:py3
121 sdk/R
122 sdk/java-v2
123 tools/sync-groups
124 tools/crunchstat-summary
125 tools/crunchstat-summary:py3
126 tools/keep-exercise
127 tools/keep-rsync
128 tools/keep-block-check
129
130 EOF
131
132 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
133 # environment that could interfere with the tests.
134 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
135
136 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
137 # accident.
138 GITDIR=
139 GOPATH=
140 VENVDIR=
141 VENV3DIR=
142 PYTHONPATH=
143 GEMHOME=
144 R_LIBS=
145 export LANG=en_US.UTF-8
146
147 short=
148 only_install=
149 temp=
150 temp_preserve=
151
152 ignore_sigint=
153
154 clear_temp() {
155     if [[ -z "$temp" ]]; then
156         # we did not even get as far as making a temp dir
157         :
158     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
159         # Go creates readonly dirs in the module cache, which cause
160         # "rm -rf" to fail unless we chmod first.
161         chmod -R u+w "$temp"
162         rm -rf "$temp"
163     else
164         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
165     fi
166 }
167
168 fatal() {
169     clear_temp
170     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
171     exit 1
172 }
173
174 exit_cleanly() {
175     trap - INT
176     stop_services
177     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
178     report_outcomes
179     clear_temp
180     exit ${#failures}
181 }
182
183 sanity_checks() {
184     [[ -n "${skip[sanity]}" ]] && return 0
185     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
186         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
187     [[ -z "$CONFIGSRC" ]] || [[ -s "$CONFIGSRC/config.yml" ]] \
188         || fatal "CONFIGSRC is $CONFIGSRC but '$CONFIGSRC/config.yml' is empty or not found (see: $0 --help)"
189     echo Checking dependencies:
190     echo "locale: ${LANG}"
191     [[ "$(locale charmap)" = "UTF-8" ]] \
192         || fatal "Locale '${LANG}' is broken/missing. Try: echo ${LANG} | sudo tee -a /etc/locale.gen && sudo locale-gen"
193     echo -n 'ruby: '
194     ruby -v \
195         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
196     echo -n 'go: '
197     go version \
198         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
199     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 12 ]] \
200         || fatal "Go >= 1.12 required. See http://golang.org/doc/install"
201     echo -n 'gcc: '
202     gcc --version | egrep ^gcc \
203         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
204     echo -n 'fuse.h: '
205     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
206         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
207     echo -n 'gnutls.h: '
208     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
209         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
210     echo -n 'virtualenv: '
211     python3 -m venv --help | grep -q '^usage: venv ' \
212         && echo "venv module found" \
213         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install python3-venv"
214     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
215     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
216         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
217     which netstat \
218         || fatal "No netstat. Try: apt-get install net-tools"
219     echo -n 'nginx: '
220     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
221         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
222     echo -n 'gitolite: '
223     which gitolite \
224         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
225     echo -n 'npm: '
226     npm --version \
227         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v12.22.12/node-v12.22.12-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v12.22.12-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
228     echo -n 'cadaver: '
229     cadaver --version | grep -w cadaver \
230           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
231     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
232     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
233         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
234     echo -n 'libcurl curl.h: '
235     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
236         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
237     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
238     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
239         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
240     echo -n 'libpam pam_appl.h: '
241     find /usr/include -path '*/security/pam_appl.h' | egrep --max-count=1 . \
242         || fatal "No libpam pam_appl.h. Try: apt-get install libpam0g-dev"
243     echo -n 'postgresql: '
244     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
245     echo -n 'xvfb: '
246     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
247     echo -n 'graphviz: '
248     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
249     echo -n 'singularity: '
250     singularity --version || fatal "No singularity. Try: arvados-server install"
251     echo -n 'docker client: '
252     docker --version || echo "No docker client. Try: arvados-server install"
253     echo -n 'docker server: '
254     docker info --format='{{.ServerVersion}}' || echo "No docker server. Try: arvados-server install"
255
256     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
257       # R SDK stuff
258       echo -n 'R: '
259       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
260       echo -n 'testthat: '
261       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
262       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
263       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
264       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
265       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
266     fi
267     echo 'procs with /dev/fuse open:'
268     find /proc/*/fd -lname /dev/fuse 2>/dev/null | cut -d/ -f3 | xargs --no-run-if-empty ps -lywww
269     echo 'grep fuse /proc/self/mountinfo:'
270     grep fuse /proc/self/mountinfo
271 }
272
273 rotate_logfile() {
274   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
275   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
276   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
277     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
278     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
279     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
280   fi
281 }
282
283 declare -a failures
284 declare -A skip
285 declare -A only
286 declare -A testargs
287
288 while [[ -n "$1" ]]
289 do
290     arg="$1"; shift
291     case "$arg" in
292         --help)
293             echo >&2 "$helpmessage"
294             echo >&2
295             exit 1
296             ;;
297         --skip)
298             skip[$1]=1; shift
299             ;;
300         --only)
301             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
302             ;;
303         --short)
304             short=1
305             ;;
306         --interactive)
307             interactive=1
308             ;;
309         --skip-install)
310             skip[install]=1
311             ;;
312         --only-install)
313             only_install="$1"; shift
314             ;;
315         --temp)
316             temp="$1"; shift
317             temp_preserve=1
318             ;;
319         --leave-temp)
320             temp_preserve=1
321             ;;
322         --repeat)
323             repeat=$((${1}+0)); shift
324             ;;
325         --retry)
326             retry=1
327             ;;
328         *_test=*)
329             suite="${arg%%_test=*}"
330             args="${arg#*=}"
331             testargs["$suite"]="$args"
332             ;;
333         *=*)
334             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
335             ;;
336         *)
337             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
338             exit 1
339             ;;
340     esac
341 done
342
343 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
344 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
345 NEED_SDK_R=true
346
347 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
348    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
349   NEED_SDK_R=false
350 fi
351
352 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
353   NEED_SDK_R=false
354 fi
355
356 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
357         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
358 fi
359
360 checkpidfile() {
361     svc="$1"
362     pid="$(cat "$WORKSPACE/tmp/${svc}.pid")"
363     if [[ -z "$pid" ]] || ! kill -0 "$pid"; then
364         tail $WORKSPACE/tmp/${1}*.log
365         echo "${svc} pid ${pid} not running"
366         return 1
367     fi
368     echo "${svc} pid ${pid} ok"
369 }
370
371 checkhealth() {
372     svc="$1"
373     base=$("${VENV3DIR}/bin/python3" -c "import yaml; print(list(yaml.safe_load(open('$ARVADOS_CONFIG','r'))['Clusters']['zzzzz']['Services']['$1']['InternalURLs'].keys())[0])")
374     url="$base/_health/ping"
375     if ! curl -Ss -H "Authorization: Bearer e687950a23c3a9bceec28c6223a06c79" "${url}" | tee -a /dev/stderr | grep '"OK"'; then
376         echo "${url} failed"
377         return 1
378     fi
379 }
380
381 checkdiscoverydoc() {
382     dd="https://${1}/discovery/v1/apis/arvados/v1/rest"
383     if ! (set -o pipefail; curl -fsk "$dd" | grep -q ^{ ); then
384         echo >&2 "ERROR: could not retrieve discovery doc from RailsAPI at $dd"
385         tail -v $WORKSPACE/tmp/railsapi.log
386         return 1
387     fi
388     echo "${dd} ok"
389 }
390
391 start_services() {
392     if [[ -n "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
393         return 0
394     fi
395     . "$VENV3DIR/bin/activate"
396     echo 'Starting API, controller, keepproxy, keep-web, githttpd, ws, and nginx ssl proxy...'
397     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
398         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
399     fi
400     # Remove empty api.pid file if it exists
401     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
402         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
403     fi
404     all_services_stopped=
405     fail=1
406
407     cd "$WORKSPACE" \
408         && eval $(python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
409         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
410         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
411         && checkpidfile api \
412         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
413         && eval $(python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx) \
414         && checkpidfile nginx \
415         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
416         && checkpidfile controller \
417         && checkhealth Controller \
418         && checkdiscoverydoc $ARVADOS_API_HOST \
419         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
420         && checkpidfile keepproxy \
421         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
422         && checkpidfile keep-web \
423         && checkhealth WebDAV \
424         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_githttpd \
425         && checkpidfile githttpd \
426         && checkhealth GitHTTP \
427         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
428         && checkpidfile ws \
429         && export ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES=1 \
430         && (env | egrep ^ARVADOS) \
431         && fail=0
432     deactivate
433     if [[ $fail != 0 ]]; then
434         unset ARVADOS_TEST_API_HOST
435     fi
436     return $fail
437 }
438
439 stop_services() {
440     if [[ -n "$all_services_stopped" ]]; then
441         return
442     fi
443     unset ARVADOS_TEST_API_HOST ARVADOS_TEST_PROXY_SERVICES
444     . "$VENV3DIR/bin/activate" || return
445     cd "$WORKSPACE" \
446         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
447         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_githttpd \
448         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
449         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
450         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
451         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
452         && python3 sdk/python/tests/run_test_server.py stop \
453         && all_services_stopped=1
454     deactivate
455     unset ARVADOS_CONFIG
456 }
457
458 interrupt() {
459     if [[ -n "$ignore_sigint" ]]; then
460         echo >&2 "ignored SIGINT"
461         return
462     fi
463     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
464     exit_cleanly
465 }
466 trap interrupt INT
467
468 setup_ruby_environment() {
469     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
470         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
471         using_rvm=true
472     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
473         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
474         using_rvm=true
475     else
476         using_rvm=false
477     fi
478
479     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
480         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
481         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
482         # the environment to the "current gemset", which would lose
483         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
484         # programs (for example, the Workbench test suite could not
485         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
486         # rvm gemset and use it for everything.
487
488         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
489             || fatal 'rvm check'
490
491         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
492         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
493         # complaint about not being in first place already.
494         rvm use @default 2>/dev/null
495
496         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
497         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
498         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
499         # ruby to the caller.
500         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
501         rvm use "@${gemset}" --create \
502             || fatal 'rvm gemset setup'
503
504         rvm env
505         (bundle version | grep -q 2.2.19) || gem install --no-document bundler -v 2.2.19
506         bundle="$(which bundle)"
507         echo "$bundle"
508         "$bundle" version | grep 2.2.19 || fatal 'install bundler'
509     else
510         # When our "bundle install"s need to install new gems to
511         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
512         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
513         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
514         # should be installed, and we should leave it alone.)
515
516         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
517             user_gempath="$(gem env gempath)"
518             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
519         fi
520         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
521
522         # When we build and install our own gems, we install them in our
523         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
524         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
525         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
526
527         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
528         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
529         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home:$(gem env gempath)"
530
531         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
532         echo "Will install bundler and arvados gems to $tmpdir_gem_home"
533         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
534         bundle="bundle"
535         (
536             export HOME=$GEMHOME
537             versions=(2.2.19)
538             for v in ${versions[@]}; do
539                 if ! gem list --installed --version "${v}" bundler >/dev/null; then
540                     gem install --no-document --user $(for v in ${versions[@]}; do echo bundler:${v}; done)
541                     break
542                 fi
543             done
544             "$bundle" version | tee /dev/stderr | grep -q 'version 2'
545         ) || fatal 'install bundler'
546         if test -d /var/lib/arvados-arvbox/ ; then
547             # Inside arvbox, use bundler-installed binstubs.  The
548             # system bundler and rail's own bin/bundle refuse to work.
549             # I don't know why.
550             bundle=binstubs/bundle
551         fi
552     fi
553 }
554
555 with_test_gemset() {
556     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
557         "$@"
558     else
559         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
560     fi
561 }
562
563 gem_uninstall_if_exists() {
564     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
565         gem uninstall --force --all --executables "$1"
566     fi
567 }
568
569 setup_virtualenv() {
570     local venvdest="$1"; shift
571     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip3" ]]; then
572         python3 -m venv "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
573     elif [[ -n "$short" ]]; then
574         return
575     fi
576     "$venvdest/bin/pip3" install --no-cache-dir 'setuptools>=68' 'pip>=20'
577 }
578
579 initialize() {
580     # If dependencies like ruby, go, etc. are installed in
581     # /var/lib/arvados -- presumably by "arvados-server install" --
582     # then we want to use those versions, instead of whatever happens
583     # to be installed in /usr.
584     PATH="/var/lib/arvados/bin:${PATH}"
585     sanity_checks
586
587     echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
588
589     # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
590     cd "$WORKSPACE"
591     find -name '*.pyc' -delete
592
593     if [[ -z "$temp" ]]; then
594         temp="$(mktemp -d)"
595     fi
596
597     # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
598     for tmpdir in VENV3DIR GOPATH GEMHOME R_LIBS
599     do
600         if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
601             eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
602         fi
603         if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
604             mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
605         fi
606     done
607
608     rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
609
610     export R_LIBS
611
612     export GOPATH
613     # Make sure our compiled binaries under test override anything
614     # else that might be in the environment.
615     export PATH=$GOPATH/bin:$PATH
616
617     # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
618     # that happens even if we don't end up running services that set up
619     # logging.
620     mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
621     touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
622
623     unset http_proxy https_proxy no_proxy
624
625     # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
626     # whine a lot.
627     setup_ruby_environment
628
629     echo "PATH is $PATH"
630 }
631
632 install_env() {
633     go mod download || fatal "Go deps failed"
634     which goimports >/dev/null || go install golang.org/x/tools/cmd/goimports@latest || fatal "Go setup failed"
635
636     setup_virtualenv "$VENV3DIR"
637     . "$VENV3DIR/bin/activate"
638
639     # wheel modernizes the venv (as of early 2024) and makes it more closely
640     # match our package build environment.
641     # PyYAML is a test requirement used by run_test_server.py and needed for
642     # other, non-Python tests.
643     # pdoc is needed to build PySDK documentation.
644     # We run `setup.py build` first to generate _version.py.
645     pip install PyYAML pdoc wheel \
646         && env -C "$WORKSPACE/sdk/python" python3 setup.py build \
647         && pip install "$WORKSPACE/sdk/python" \
648         || fatal "installing Python SDK and related dependencies failed"
649 }
650
651 retry() {
652     remain="${repeat}"
653     while :
654     do
655         if ${@}; then
656             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
657                 remain=$((${remain}-1))
658                 title "(repeating ${remain} more times)"
659             else
660                 break
661             fi
662         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
663             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
664             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
665             then
666                 break
667             fi
668         else
669             break
670         fi
671     done
672 }
673
674 do_test() {
675     case "${1}" in
676         services/workbench2_units | services/workbench2_integration)
677             suite=services/workbench2
678             ;;
679         *)
680             suite="${1}"
681             ;;
682     esac
683     if [[ -n "${skip[$suite]}" || \
684               -n "${skip[$1]}" || \
685               (${#only[@]} -ne 0 && ${only[$suite]} -eq 0 && ${only[$1]} -eq 0) ]]; then
686         return 0
687     fi
688     case "${1}" in
689         services/api)
690             stop_services
691             check_arvados_config "$1"
692             ;;
693         gofmt \
694             | cmd/arvados-package \
695             | doc \
696             | lib/boot \
697             | lib/cli \
698             | lib/cloud/azure \
699             | lib/cloud/cloudtest \
700             | lib/cloud/ec2 \
701             | lib/cmd \
702             | lib/dispatchcloud/sshexecutor \
703             | lib/dispatchcloud/worker \
704             | lib/install \
705             | services/workbench2_integration \
706             | services/workbench2_units \
707             )
708             check_arvados_config "$1"
709             # don't care whether services are running
710             ;;
711         *)
712             check_arvados_config "$1"
713             if ! start_services; then
714                 checkexit 1 "$1 tests"
715                 title "test $1 -- failed to start services"
716                 return 1
717             fi
718             ;;
719     esac
720     retry do_test_once ${@}
721 }
722
723 go_ldflags() {
724     version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}
725     echo "-X git.arvados.org/arvados.git/lib/cmd.version=${version} -X main.version=${version} -s -w"
726 }
727
728 do_test_once() {
729     unset result
730
731     title "test $1"
732     timer_reset
733
734     result=
735     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
736     if ! . "$VENV3DIR/bin/activate"
737     then
738         result=1
739     elif [[ "$2" == "go" ]]
740     then
741         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
742         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
743         testflags=()
744         if [[ "$1" == "cmd/arvados-package" ]]; then
745             testflags+=("-timeout" "20m")
746         fi
747         # We do "go install" here to catch compilation errors
748         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
749         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
750         # compilation errors.
751         go install -ldflags "$(go_ldflags)" "$WORKSPACE/$1" && \
752             cd "$WORKSPACE/$1" && \
753             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
754         then
755             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
756             # does:
757             go test ${short:+-short} ${testflags[@]} ${testargs[$1]}
758         else
759             # The above form gets verbose even when testargs is
760             # empty, so use this form in such cases:
761             go test ${short:+-short} ${testflags[@]} ${coverflags[@]} "git.arvados.org/arvados.git/$1"
762         fi
763         result=${result:-$?}
764         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
765         then
766             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
767             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
768         fi
769         [[ $result = 0 ]] && gofmt -e -d *.go
770     elif [[ "$2" == "pip" ]]
771     then
772         tries=0
773         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
774         do
775             tries=$((${tries}+1))
776             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
777             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
778             if [[ -e "${3}activate" ]]; then
779                 . "${3}activate"
780             fi
781             python setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
782             result=$?
783             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
784             then
785                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
786                 continue
787             else
788                 break
789             fi
790         done
791     elif [[ "$2" != "" ]]
792     then
793         "test_$2"
794     else
795         "test_$1"
796     fi
797     result=${result:-$?}
798     checkexit $result "$1 tests"
799     title "test $1 -- `timer`"
800     return $result
801 }
802
803 check_arvados_config() {
804     if [[ "$1" = "env" ]] ; then
805         return
806     fi
807     if [[ -z "$ARVADOS_CONFIG" ]] ; then
808         # Create config file.  The run_test_server script requires PyYAML,
809         # so virtualenv needs to be active.  Downstream steps like
810         # workbench install which require a valid config.yml.
811         if [[ ! -s "$VENV3DIR/bin/activate" ]] ; then
812             install_env
813         fi
814         . "$VENV3DIR/bin/activate"
815         cd "$WORKSPACE"
816         eval $(python3 sdk/python/tests/run_test_server.py setup_config)
817         deactivate
818     fi
819 }
820
821 do_install() {
822     if [[ -n "${skip[install]}" || ( -n "${only_install}" && "${only_install}" != "${1}" && "${only_install}" != "${2}" ) ]]; then
823         return 0
824     fi
825     check_arvados_config "$1"
826     retry do_install_once ${@}
827 }
828
829 do_install_once() {
830     title "install $1"
831     timer_reset
832
833     result=
834     if which deactivate >/dev/null; then deactivate; fi
835     if [[ "$1" != "env" ]] && ! . "$VENV3DIR/bin/activate"; then
836         result=1
837     elif [[ "$2" == "go" ]]
838     then
839         go install -ldflags "$(go_ldflags)" "$WORKSPACE/$1"
840     elif [[ "$2" == "pip" ]]
841     then
842         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
843         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
844
845         # Need to change to a different directory after creating
846         # the source dist package to avoid a pip bug.
847         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
848
849         # Also need to install twice, because if it believes the package is
850         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
851         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
852         # install" ensures that we've actually installed the local package
853         # we just built.
854         cd "$WORKSPACE/$1" \
855             && "${3}python3" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
856             && cd "$WORKSPACE" \
857             && "${3}pip3" install --no-cache-dir "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
858             && "${3}pip3" install --no-cache-dir --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
859     elif [[ "$2" != "" ]]
860     then
861         "install_$2"
862     else
863         "install_$1"
864     fi
865     result=${result:-$?}
866     checkexit $result "$1 install"
867     title "install $1 -- `timer`"
868     return $result
869 }
870
871 bundle_install_trylocal() {
872     (
873         set -e
874         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
875         if ! "$bundle" install --local --no-deployment; then
876             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
877             "$bundle" install --no-deployment
878         fi
879         "$bundle" package
880     )
881 }
882
883 install_doc() {
884     cd "$WORKSPACE/doc" \
885         && bundle_install_trylocal \
886         && rm -rf .site
887 }
888
889 install_gem() {
890     gemname=$1
891     srcpath=$2
892     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
893         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
894         && bundle_install_trylocal \
895         && gem build "$gemname.gemspec" \
896         && with_test_gemset gem install --no-document $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
897 }
898
899 install_sdk/ruby() {
900     install_gem arvados sdk/ruby
901 }
902
903 install_sdk/ruby-google-api-client() {
904     install_gem arvados-google-api-client sdk/ruby-google-api-client
905 }
906
907 install_sdk/R() {
908   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
909     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
910        && Rscript --vanilla install_deps.R
911   fi
912 }
913
914 install_sdk/cli() {
915     install_gem arvados-cli sdk/cli
916 }
917
918 install_services/login-sync() {
919     install_gem arvados-google-api-client sdk/ruby-google-api-client
920     install_gem arvados sdk/ruby
921     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
922 }
923
924 install_services/api() {
925     stop_services
926     check_arvados_config "services/api"
927     cd "$WORKSPACE/services/api" \
928         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
929             || return 1
930
931     rm -f config/environments/test.rb
932     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
933
934     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
935     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
936     # is a postgresql superuser.
937     cd "$WORKSPACE/services/api" \
938         && test_database=$("${VENV3DIR}/bin/python3" -c "import yaml; print(yaml.safe_load(open('$ARVADOS_CONFIG','r'))['Clusters']['zzzzz']['PostgreSQL']['Connection']['dbname'])") \
939         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
940
941     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
942
943     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
944     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
945         (
946             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
947             set -e
948             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
949             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
950         ) || return 1
951     fi
952
953     cd "$WORKSPACE/services/api" \
954         && rm -rf tmp/git \
955         && mkdir -p tmp/git \
956         && cd tmp/git \
957         && tar xf ../../test/test.git.tar \
958         && mkdir -p internal.git \
959         && git --git-dir internal.git init \
960             || return 1
961
962     (
963         set -ex
964         cd "$WORKSPACE/services/api"
965         export RAILS_ENV=test
966         if bin/rails db:environment:set ; then
967             bin/rake db:drop
968         fi
969         bin/rake db:setup
970         bin/rake db:fixtures:load
971     ) || return 1
972 }
973
974 declare -a pythonstuff
975 pythonstuff=(
976     # The ordering of sdk/python, tools/crunchstat-summary, and
977     # sdk/cwl here is significant. See
978     # https://dev.arvados.org/issues/19744#note-26
979     sdk/python:py3
980     tools/crunchstat-summary:py3
981     sdk/cwl:py3
982     services/dockercleaner:py3
983     services/fuse:py3
984 )
985
986 declare -a gostuff
987 gostuff=($(cd "$WORKSPACE" && git ls-files | grep '\.go$' | sed -e 's/\/[^\/]*$//' | sort -u))
988
989 install_services/workbench2() {
990     cd "$WORKSPACE/services/workbench2" \
991         && make yarn-install ARVADOS_DIRECTORY="${WORKSPACE}"
992 }
993
994 test_doc() {
995     local arvados_api_host=pirca.arvadosapi.com && \
996         env -C "$WORKSPACE/doc" \
997         "$bundle" exec rake linkchecker \
998         arvados_api_host="$arvados_api_host" \
999         arvados_workbench_host="https://workbench.$arvados_api_host" \
1000         baseurl="file://$WORKSPACE/doc/.site/" \
1001         ${testargs[doc]}
1002 }
1003
1004 test_gofmt() {
1005     cd "$WORKSPACE" || return 1
1006     dirs=$(ls -d */ | egrep -v 'vendor|tmp')
1007     [[ -z "$(gofmt -e -d $dirs | tee -a /dev/stderr)" ]]
1008     go vet -composites=false ./...
1009 }
1010
1011 test_services/api() {
1012     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
1013     cd "$WORKSPACE/services/api" \
1014         && eval env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} "$bundle" exec rake test TESTOPTS=\'-v -d\' ${testargs[services/api]}
1015 }
1016
1017 test_sdk/ruby() {
1018     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
1019         && "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1020 }
1021
1022 test_sdk/ruby-google-api-client() {
1023     echo "*** note \`test sdk/ruby-google-api-client\` does not actually run any tests, see https://dev.arvados.org/issues/20993 ***"
1024     true
1025 }
1026
1027 test_sdk/R() {
1028   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1029     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1030         && Rscript --vanilla run_test.R
1031   fi
1032 }
1033
1034 test_sdk/cli() {
1035     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1036         && mkdir -p /tmp/keep \
1037         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1038 }
1039
1040 test_sdk/java-v2() {
1041     cd "$WORKSPACE/sdk/java-v2" && gradle test ${testargs[sdk/java-v2]}
1042 }
1043
1044 test_services/login-sync() {
1045     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1046         && "$bundle" exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1047 }
1048
1049 test_services/workbench2_units() {
1050     cd "$WORKSPACE/services/workbench2" && make unit-tests ARVADOS_DIRECTORY="${WORKSPACE}" WORKSPACE="$(pwd)" ${testargs[services/workbench2]}
1051 }
1052
1053 test_services/workbench2_integration() {
1054     cd "$WORKSPACE/services/workbench2" && make integration-tests ARVADOS_DIRECTORY="${WORKSPACE}" WORKSPACE="$(pwd)" ${testargs[services/workbench2]}
1055 }
1056
1057 install_deps() {
1058     # Install parts needed by test suites
1059     do_install env
1060     do_install cmd/arvados-server go
1061     do_install sdk/python pip "${VENV3DIR}/bin/"
1062     do_install tools/crunchstat-summary pip "${VENV3DIR}/bin/"
1063     do_install sdk/ruby-google-api-client
1064     do_install sdk/ruby
1065     do_install sdk/cli
1066     do_install services/api
1067     # lib/controller integration tests depend on arv-mount to run
1068     # containers.
1069     do_install services/fuse pip "${VENV3DIR}/bin/"
1070     do_install services/keepproxy go
1071     do_install services/keep-web go
1072 }
1073
1074 install_all() {
1075     do_install env
1076     do_install doc
1077     do_install sdk/ruby-google-api-client
1078     do_install sdk/ruby
1079     do_install sdk/R
1080     do_install sdk/cli
1081     do_install services/login-sync
1082     for p in "${pythonstuff[@]}"
1083     do
1084        dir=${p%:py3}
1085        if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1086            do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1087        fi
1088     done
1089     for g in "${gostuff[@]}"
1090     do
1091         do_install "$g" go
1092     done
1093     do_install services/api
1094     do_install services/workbench2
1095 }
1096
1097 test_all() {
1098     stop_services
1099     do_test services/api
1100
1101     # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
1102     # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
1103     if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
1104         rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
1105         exit_cleanly
1106     fi
1107
1108     do_test gofmt
1109     do_test doc
1110     do_test sdk/ruby-google-api-client
1111     do_test sdk/ruby
1112     do_test sdk/R
1113     do_test sdk/cli
1114     do_test services/login-sync
1115     do_test sdk/java-v2
1116     for p in "${pythonstuff[@]}"
1117     do
1118         dir=${p%:py3}
1119         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1120             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1121         fi
1122     done
1123
1124     for g in "${gostuff[@]}"
1125     do
1126         do_test "$g" go
1127     done
1128     do_test services/workbench2_units
1129     do_test services/workbench2_integration
1130 }
1131
1132 test_go() {
1133     do_test gofmt
1134     for g in "${gostuff[@]}"
1135     do
1136         do_test "$g" go
1137     done
1138 }
1139
1140 help_interactive() {
1141     echo "== Interactive commands:"
1142     echo "TARGET                 (short for 'test DIR')"
1143     echo "test TARGET"
1144     echo "10 test TARGET         (run test 10 times)"
1145     echo "test TARGET:py3        (test with python3)"
1146     echo "test TARGET -check.vv  (pass arguments to test)"
1147     echo "install TARGET"
1148     echo "install env            (go/python libs)"
1149     echo "install deps           (go/python libs + arvados components needed for integration tests)"
1150     echo "reset                  (...services used by integration tests)"
1151     echo "exit"
1152     echo "== Test targets:"
1153     echo "${!testfuncargs[@]}" | tr ' ' '\n' | sort | column
1154 }
1155
1156 initialize
1157
1158 declare -A testfuncargs=()
1159 for g in "${gostuff[@]}"; do
1160     testfuncargs[$g]="$g go"
1161 done
1162 for p in "${pythonstuff[@]}"; do
1163     dir=${p%:py3}
1164     testfuncargs[$dir:py3]="$dir pip $VENV3DIR/bin/"
1165 done
1166
1167 testfuncargs["sdk/cli"]="sdk/cli"
1168 testfuncargs["sdk/R"]="sdk/R"
1169 testfuncargs["sdk/java-v2"]="sdk/java-v2"
1170
1171 if [[ -z ${interactive} ]]; then
1172     install_all
1173     test_all
1174 else
1175     skip=()
1176     only=()
1177     only_install=()
1178     if [[ -e "$VENV3DIR/bin/activate" ]]; then stop_services; fi
1179     setnextcmd() {
1180         if [[ "$TERM" = dumb ]]; then
1181             # assume emacs, or something, is offering a history buffer
1182             # and pre-populating the command will only cause trouble
1183             nextcmd=
1184         elif [[ ! -e "$VENV3DIR/bin/activate" ]]; then
1185             nextcmd="install deps"
1186         else
1187             nextcmd=""
1188         fi
1189     }
1190     echo
1191     help_interactive
1192     nextcmd="install deps"
1193     setnextcmd
1194     HISTFILE="$WORKSPACE/tmp/.history"
1195     history -r
1196     ignore_sigint=1
1197     while read -p 'What next? ' -e -i "$nextcmd" nextcmd; do
1198         history -s "$nextcmd"
1199         history -w
1200         count=1
1201         if [[ "${nextcmd}" =~ ^[0-9] ]]; then
1202           read count nextcmd <<<"${nextcmd}"
1203         fi
1204         read verb target opts <<<"${nextcmd}"
1205         target="${target%/}"
1206         target="${target/\/:/:}"
1207         case "${verb}" in
1208             "exit" | "quit")
1209                 exit_cleanly
1210                 ;;
1211             "reset")
1212                 stop_services
1213                 ;;
1214             "test" | "install")
1215                 case "$target" in
1216                     "")
1217                         help_interactive
1218                         ;;
1219                     all | deps)
1220                         ${verb}_${target}
1221                         ;;
1222                     *)
1223                         argstarget=${target%:py3}
1224                         testargs["$argstarget"]="${opts}"
1225                         tt="${testfuncargs[${target}]}"
1226                         tt="${tt:-$target}"
1227                         while [ $count -gt 0 ]; do
1228                           do_$verb $tt
1229                           let "count=count-1"
1230                         done
1231                         ;;
1232                 esac
1233                 ;;
1234             "" | "help" | *)
1235                 help_interactive
1236                 ;;
1237         esac
1238         if [[ ${#successes[@]} -gt 0 || ${#failures[@]} -gt 0 ]]; then
1239             report_outcomes
1240             successes=()
1241             failures=()
1242         fi
1243         cd "$WORKSPACE"
1244         setnextcmd
1245     done
1246     echo
1247 fi
1248 exit_cleanly