crunch_scripts/pgp-survey-parse

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 import arvados
   4
   5 this_job = arvados.current_job()
   6 this_task = arvados.current_task()
   7 parser_path = arvados.util.git_checkout(
   8     url = this_job['script_parameters']['parser_url'],
   9     version = this_job['script_parameters']['parser_version'],
  10     path = 'parser')
  11
  12 stdoutdata, stderrdata = arvados.util.run_command(
  13     ["python", "demo.py"],
  14     cwd=parser_path)
  15
  16 out = arvados.CollectionWriter()
  17 out.write(stdoutdata)
  18 out.set_current_file_name('participant_traits.tsv')
  19 this_task.set_output(out.finish())