build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  23 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  24                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  25 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  26                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  27                subsequent invocations.
  28 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  29 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  30 --skip-install Do not run any install steps. Just run tests.
  31                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  32                from a previous invocation if you use this option.
  33 --only-install Run specific install step
  34 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  36 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
  37                (If none given, leave config files alone in source tree.)
  38 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  39                Restrict apiserver tests to the given file
  40 sdk/python_test="--test-suite test.test_keep_locator"
  41                Restrict Python SDK tests to the given class
  42 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  43                Restrict Workbench tests to the given file
  44 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  45                Show all log messages, even when tests pass (also works
  46                with services/keepstore_test etc.)
  47 ARVADOS_DEBUG=1
  48                Print more debug messages
  49 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  50                *_test, and other examples shown above.
  51
  52 Assuming --skip-install is not given, all components are installed
  53 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  54 test suites depend on other components being installed, and installing
  55 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  56
  57 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  58 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  59
  60 More information and background:
  61
  62 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  63
  64 Available tests:
  65
  66 apps/workbench (*)
  67 apps/workbench_units (*)
  68 apps/workbench_functionals (*)
  69 apps/workbench_integration (*)
  70 apps/workbench_benchmark
  71 apps/workbench_profile
  72 cmd/arvados-client
  73 doc
  74 lib/cli
  75 lib/cmd
  76 lib/crunchstat
  77 services/api
  78 services/arv-git-httpd
  79 services/crunchstat
  80 services/dockercleaner
  81 services/fuse
  82 services/health
  83 services/keep-web
  84 services/keepproxy
  85 services/keepstore
  86 services/keep-balance
  87 services/login-sync
  88 services/nodemanager
  89 services/nodemanager_integration
  90 services/crunch-run
  91 services/crunch-dispatch-local
  92 services/crunch-dispatch-slurm
  93 services/ws
  94 sdk/cli
  95 sdk/pam
  96 sdk/python
  97 sdk/python:py3
  98 sdk/ruby
  99 sdk/go/arvados
 100 sdk/go/arvadosclient
 101 sdk/go/dispatch
 102 sdk/go/keepclient
 103 sdk/go/health
 104 sdk/go/httpserver
 105 sdk/go/manifest
 106 sdk/go/blockdigest
 107 sdk/go/asyncbuf
 108 sdk/go/stats
 109 sdk/go/crunchrunner
 110 sdk/cwl
 111 sdk/R
 112 tools/sync-groups
 113 tools/crunchstat-summary
 114 tools/keep-exercise
 115 tools/keep-rsync
 116 tools/keep-block-check
 117
 118 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 119     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 120
 121 EOF
 122
 123 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 124 # environment that could interfere with the tests.
 125 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 126
 127 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 128 # accident.
 129 GITDIR=
 130 GOPATH=
 131 VENVDIR=
 132 VENV3DIR=
 133 PYTHONPATH=
 134 GEMHOME=
 135 PERLINSTALLBASE=
 136 R_LIBS=
 137
 138 short=
 139 only_install=
 140 temp=
 141 temp_preserve=
 142
 143 clear_temp() {
 144     if [[ -z "$temp" ]]; then
 145         # we didn't even get as far as making a temp dir
 146         :
 147     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 148         rm -rf "$temp"
 149     else
 150         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 151     fi
 152 }
 153
 154 fatal() {
 155     clear_temp
 156     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 157     exit 1
 158 }
 159
 160 exit_cleanly() {
 161     trap - INT
 162     create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 163     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 164     stop_services
 165     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 166     report_outcomes
 167     clear_temp
 168     exit ${#failures}
 169 }
 170
 171 sanity_checks() {
 172     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 173         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 174     echo Checking dependencies:
 175     echo -n 'virtualenv: '
 176     virtualenv --version \
 177         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 178     echo -n 'ruby: '
 179     ruby -v \
 180         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 181     echo -n 'go: '
 182     go version \
 183         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 184     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 8 ]] \
 185         || fatal "Go >= 1.8 required. See http://golang.org/doc/install"
 186     echo -n 'gcc: '
 187     gcc --version | egrep ^gcc \
 188         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 189     echo -n 'fuse.h: '
 190     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 191         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 192     echo -n 'gnutls.h: '
 193     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 194         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 195     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 196     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 197         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 198     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 199     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 200         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 201     echo -n 'nginx: '
 202     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 203         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 204     echo -n 'perl: '
 205     perl -v | grep version \
 206         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 207     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 208         echo -n "perl $mod: "
 209         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 210             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 211     done
 212     echo -n 'gitolite: '
 213     which gitolite \
 214         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 215     echo -n 'npm: '
 216     npm --version \
 217         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 218     echo -n 'cadaver: '
 219     cadaver --version | grep -w cadaver \
 220           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 221     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 222     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 223         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 224     echo -n 'libcurl curl.h: '
 225     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 226         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 227     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 228     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 229         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 230     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
 231     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
 232             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
 233     else
 234             echo "OK"
 235     fi
 236     echo -n 'postgresql: '
 237     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 238     echo -n 'phantomjs: '
 239     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 240     echo -n 'xvfb: '
 241     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 242     echo -n 'graphviz: '
 243     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 244
 245     # R SDK stuff
 246     echo -n 'R: '
 247     which R || fatal "No R. Try: apt-get install r-base"
 248     echo -n 'testthat: '
 249     R -q -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 250     # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 251     pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 252     # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 253     which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 254 }
 255
 256 rotate_logfile() {
 257   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 258   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 259   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 260     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 261     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 262     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 263   fi
 264 }
 265
 266 declare -a failures
 267 declare -A skip
 268 declare -A testargs
 269 skip[apps/workbench_profile]=1
 270
 271 while [[ -n "$1" ]]
 272 do
 273     arg="$1"; shift
 274     case "$arg" in
 275         --help)
 276             echo >&2 "$helpmessage"
 277             echo >&2
 278             exit 1
 279             ;;
 280         --skip)
 281             skip[$1]=1; shift
 282             ;;
 283         --only)
 284             only="$1"; skip[$1]=""; shift
 285             ;;
 286         --short)
 287             short=1
 288             ;;
 289         --skip-install)
 290             only_install=nothing
 291             ;;
 292         --only-install)
 293             only_install="$1"; shift
 294             ;;
 295         --temp)
 296             temp="$1"; shift
 297             temp_preserve=1
 298             ;;
 299         --leave-temp)
 300             temp_preserve=1
 301             ;;
 302         --repeat)
 303             repeat=$((${1}+0)); shift
 304             ;;
 305         --retry)
 306             retry=1
 307             ;;
 308         *_test=*)
 309             suite="${arg%%_test=*}"
 310             args="${arg#*=}"
 311             testargs["$suite"]="$args"
 312             ;;
 313         *=*)
 314             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 315             ;;
 316         *)
 317             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 318             exit 1
 319             ;;
 320     esac
 321 done
 322
 323 start_services() {
 324     echo 'Starting API, keepproxy, keep-web, ws, arv-git-httpd, and nginx ssl proxy...'
 325     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 326         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 327     fi
 328     # Remove empty api.pid file if it exists
 329     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 330         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 331     fi
 332     cd "$WORKSPACE" \
 333         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
 334         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 335         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 336         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 337         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 338         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 339         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 340         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx \
 341         && (env | egrep ^ARVADOS)
 342 }
 343
 344 stop_services() {
 345     if [[ -z "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 346         return
 347     fi
 348     unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 349     cd "$WORKSPACE" \
 350         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 351         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 352         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 353         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 354         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 355         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop
 356 }
 357
 358 interrupt() {
 359     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 360     exit_cleanly
 361 }
 362 trap interrupt INT
 363
 364 sanity_checks
 365
 366 echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 367
 368 if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
 369     # Jenkins expects us to use this by default.
 370     CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
 371 fi
 372
 373 # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 374 cd "$WORKSPACE"
 375 find -name '*.pyc' -delete
 376
 377 if [[ -z "$temp" ]]; then
 378     temp="$(mktemp -d)"
 379 fi
 380
 381 # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 382 for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 383 do
 384     if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 385         eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 386     fi
 387     if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 388         mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 389     fi
 390 done
 391
 392 setup_ruby_environment() {
 393     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 394         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 395         using_rvm=true
 396     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 397         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 398         using_rvm=true
 399     else
 400         using_rvm=false
 401     fi
 402
 403     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 404         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 405         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 406         # the environment to the "current gemset", which would lose
 407         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 408         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 409         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 410         # rvm gemset and use it for everything.
 411
 412         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 413             || fatal 'rvm check'
 414
 415         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 416         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 417         # complaint about not being in first place already.
 418         rvm use @default 2>/dev/null
 419
 420         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 421         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 422         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 423         # ruby to the caller.
 424         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 425         rvm use "@${gemset}" --create \
 426             || fatal 'rvm gemset setup'
 427
 428         rvm env
 429     else
 430         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 431         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 432         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 433         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 434         # should be installed, and we should leave it alone.)
 435
 436         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 437             user_gempath="$(gem env gempath)"
 438             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 439         fi
 440         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 441
 442         # When we build and install our own gems, we install them in our
 443         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 444         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 445         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 446
 447         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 448         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 449         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 450
 451         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 452         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 453         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 454     fi
 455     bundle config || gem install bundler \
 456         || fatal 'install bundler'
 457 }
 458
 459 with_test_gemset() {
 460     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 461         "$@"
 462     else
 463         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 464     fi
 465 }
 466
 467 gem_uninstall_if_exists() {
 468     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 469         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 470     fi
 471 }
 472
 473 setup_virtualenv() {
 474     local venvdest="$1"; shift
 475     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 476         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 477     fi
 478     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 479         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 480         "$venvdest/bin/pip" install 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 481     else
 482         "$venvdest/bin/pip" install 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 483     fi
 484     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
 485     "$venvdest/bin/pip" install 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
 486 }
 487
 488 export PERLINSTALLBASE
 489 export PERLLIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5:${PERLLIB:+$PERLLIB}"
 490
 491 export R_LIBS
 492
 493 export GOPATH
 494 mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
 495 rmdir -v --parents --ignore-fail-on-non-empty "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH"
 496 for d in \
 497     "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados.git" \
 498     "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 499     [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
 500     [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
 501 done
 502 ln -vsnfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" \
 503     || fatal "symlink failed"
 504 go get -v github.com/kardianos/govendor \
 505     || fatal "govendor install failed"
 506 cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" \
 507     || fatal
 508 # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they won't qualify
 509 # as +missing or +external below, and we won't be able to detect that
 510 # they're missing from vendor/vendor.json.
 511 rm -r vendor/*/
 512 go get -v -d ...
 513 "$GOPATH/bin/govendor" sync \
 514     || fatal "govendor sync failed"
 515 [[ -z $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]] \
 516     || fatal "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
 517 * govendor remove +unused
 518 * govendor add +missing +external
 519 "
 520 cd "$WORKSPACE"
 521
 522
 523 setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 524 . "$VENVDIR/bin/activate"
 525
 526 # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 527 pip freeze 2>/dev/null | egrep ^PyYAML= \
 528     || pip install PyYAML >/dev/null \
 529     || fatal "pip install PyYAML failed"
 530
 531 # Preinstall forked version of libcloud, because nodemanager "pip install"
 532 # won't pick it up by default.
 533 pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 534     || pip install --pre --ignore-installed https://github.com/curoverse/libcloud/archive/apache-libcloud-$LIBCLOUD_PIN.zip >/dev/null \
 535     || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 536
 537 # We need an unreleased (as of 2017-08-17) llfuse bugfix, otherwise our fuse test suite deadlocks.
 538 pip freeze | grep -x llfuse==1.2.0 || (
 539     set -e
 540     yes | pip uninstall llfuse || true
 541     cython --version || fatal "no cython; try sudo apt-get install cython"
 542     cd "$temp"
 543     (cd python-llfuse 2>/dev/null || git clone https://github.com/curoverse/python-llfuse)
 544     cd python-llfuse
 545     git checkout 620722fd990ea642ddb8e7412676af482c090c0c
 546     git checkout setup.py
 547     sed -i -e "s:'1\\.2':'1.2.0':" setup.py
 548     python setup.py build_cython
 549     python setup.py install --force
 550 ) || fatal "llfuse fork failed"
 551 pip freeze | grep -x llfuse==1.2.0 || fatal "error: installed llfuse 1.2.0 but '$(pip freeze | grep llfuse)' ???"
 552
 553 # Deactivate Python 2 virtualenv
 554 deactivate
 555
 556 declare -a pythonstuff
 557 pythonstuff=(
 558     sdk/pam
 559     sdk/python
 560     sdk/python:py3
 561     sdk/cwl
 562     services/dockercleaner:py3
 563     services/fuse
 564     services/nodemanager
 565     tools/crunchstat-summary
 566     )
 567
 568 # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 569 # Otherwise, skip dependent tests.
 570 PYTHON3=$(which python3)
 571 if [[ ${?} = 0 ]]; then
 572     setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 573 else
 574     PYTHON3=
 575     cat >&2 <<EOF
 576
 577 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 578
 579 EOF
 580 fi
 581
 582 # Reactivate Python 2 virtualenv
 583 . "$VENVDIR/bin/activate"
 584
 585 # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 586 # whine a lot.
 587 setup_ruby_environment
 588
 589 echo "PATH is $PATH"
 590
 591 if ! which bundler >/dev/null
 592 then
 593     gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
 594 fi
 595
 596 retry() {
 597     remain="${repeat}"
 598     while :
 599     do
 600         if ${@}; then
 601             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 602                 remain=$((${remain}-1))
 603                 title "Repeating ${remain} more times"
 604             else
 605                 break
 606             fi
 607         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 608             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 609             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 610             then
 611                 break
 612             fi
 613         else
 614             break
 615         fi
 616     done
 617 }
 618
 619 do_test() {
 620     case "${1}" in
 621         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 622             suite=apps/workbench
 623             ;;
 624         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 625             suite=services/nodemanager_suite
 626             ;;
 627         *)
 628             suite="${1}"
 629             ;;
 630     esac
 631     if [[ -z "${skip[$suite]}" && -z "${skip[$1]}" && \
 632                 (-z "${only}" || "${only}" == "${suite}" || \
 633                  "${only}" == "${1}") ]]; then
 634         retry do_test_once ${@}
 635     else
 636         title "Skipping ${1} tests"
 637     fi
 638 }
 639
 640 do_test_once() {
 641     unset result
 642
 643     title "Running $1 tests"
 644     timer_reset
 645     if [[ "$2" == "go" ]]
 646     then
 647         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 648         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 649         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
 650         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 651         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 652         # compilation errors.
 653         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 654             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 655             [[ -z "$(gofmt -e -d . | tee /dev/stderr)" ]] && \
 656             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 657         then
 658             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 659             # does:
 660             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 661         else
 662             # The above form gets verbose even when testargs is
 663             # empty, so use this form in such cases:
 664             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 665         fi
 666         result=${result:-$?}
 667         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 668         then
 669             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 670             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 671         fi
 672     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 673     then
 674         tries=0
 675         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 676         do
 677             tries=$((${tries}+1))
 678             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 679             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 680             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 681             result=$?
 682             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 683             then
 684                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 685                 continue
 686             else
 687                 break
 688             fi
 689         done
 690     elif [[ "$2" != "" ]]
 691     then
 692         "test_$2"
 693     else
 694         "test_$1"
 695     fi
 696     result=${result:-$?}
 697     checkexit $result "$1 tests"
 698     title "End of $1 tests (`timer`)"
 699     return $result
 700 }
 701
 702 do_install() {
 703     if [[ -z "${only_install}" || "${only_install}" == "${1}" ]]; then
 704         retry do_install_once ${@}
 705     else
 706         title "Skipping $1 install"
 707     fi
 708 }
 709
 710 do_install_once() {
 711     title "Running $1 install"
 712     timer_reset
 713     if [[ "$2" == "go" ]]
 714     then
 715         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 716     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 717     then
 718         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 719         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 720
 721         # Need to change to a different directory after creating
 722         # the source dist package to avoid a pip bug.
 723         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 724
 725         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 726         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 727         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 728         # install" ensures that we've actually installed the local package
 729         # we just built.
 730         cd "$WORKSPACE/$1" \
 731             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 732             && cd "$WORKSPACE" \
 733             && "${3}pip" install --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 734             && "${3}pip" install --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 735     elif [[ "$2" != "" ]]
 736     then
 737         "install_$2"
 738     else
 739         "install_$1"
 740     fi
 741     result=$?
 742     checkexit $result "$1 install"
 743     title "End of $1 install (`timer`)"
 744     return $result
 745 }
 746
 747 bundle_install_trylocal() {
 748     (
 749         set -e
 750         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 751         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 752             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 753             bundle install --no-deployment
 754         fi
 755         bundle package --all
 756     )
 757 }
 758
 759 install_doc() {
 760     cd "$WORKSPACE/doc" \
 761         && bundle_install_trylocal \
 762         && rm -rf .site
 763 }
 764 do_install doc
 765
 766 install_gem() {
 767     gemname=$1
 768     srcpath=$2
 769     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 770         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 771         && bundle_install_trylocal \
 772         && gem build "$gemname.gemspec" \
 773         && with_test_gemset gem install --no-ri --no-rdoc $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 774 }
 775
 776 install_ruby_sdk() {
 777     install_gem arvados sdk/ruby
 778 }
 779 do_install sdk/ruby ruby_sdk
 780
 781 install_R_sdk() {
 782     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 783        && R --quiet --vanilla <<EOF
 784 options(repos=structure(c(CRAN="http://cran.wustl.edu/")))
 785 if (!requireNamespace("devtools")) {
 786   install.packages("devtools")
 787 }
 788 if (!requireNamespace("roxygen2")) {
 789   install.packages("roxygen2")
 790 }
 791 if (!requireNamespace("pkgdown")) {
 792   devtools::install_github("hadley/pkgdown")
 793 }
 794 devtools::install_dev_deps()
 795 EOF
 796 }
 797 do_install sdk/R R_sdk
 798
 799 install_perl_sdk() {
 800     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 801         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 802         && make install INSTALLDIRS=perl
 803 }
 804 do_install sdk/perl perl_sdk
 805
 806 install_cli() {
 807     install_gem arvados-cli sdk/cli
 808 }
 809 do_install sdk/cli cli
 810
 811 install_login-sync() {
 812     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 813 }
 814 do_install services/login-sync login-sync
 815
 816 # Install the Python SDK early. Various other test suites (like
 817 # keepproxy) bring up run_test_server.py, which imports the arvados
 818 # module. We can't actually *test* the Python SDK yet though, because
 819 # its own test suite brings up some of those other programs (like
 820 # keepproxy).
 821 for p in "${pythonstuff[@]}"
 822 do
 823     dir=${p%:py3}
 824     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 825         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 826             do_install ${dir} pip
 827         fi
 828     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
 829         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
 830             do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
 831         fi
 832     fi
 833 done
 834
 835 install_apiserver() {
 836     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 837         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
 838
 839     rm -f config/environments/test.rb
 840     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 841
 842     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
 843     then
 844         for f in database.yml
 845         do
 846             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
 847         done
 848     fi
 849
 850     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 851     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 852     # is a postgresql superuser.
 853     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 854         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
 855         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.procpid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 856
 857     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 858
 859     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 860     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 861         (
 862             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 863             set -ex
 864             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 865             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 866         ) || return 1
 867     fi
 868
 869     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 870         && rm -rf tmp/git \
 871         && mkdir -p tmp/git \
 872         && cd tmp/git \
 873         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 874         && mkdir -p internal.git \
 875         && git --git-dir internal.git init \
 876             || return 1
 877
 878     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 879         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
 880         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
 881         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
 882 }
 883 do_install services/api apiserver
 884
 885 declare -a gostuff
 886 gostuff=(
 887     cmd/arvados-client
 888     lib/cli
 889     lib/cmd
 890     lib/crunchstat
 891     sdk/go/arvados
 892     sdk/go/arvadosclient
 893     sdk/go/blockdigest
 894     sdk/go/dispatch
 895     sdk/go/health
 896     sdk/go/httpserver
 897     sdk/go/manifest
 898     sdk/go/asyncbuf
 899     sdk/go/crunchrunner
 900     sdk/go/stats
 901     services/arv-git-httpd
 902     services/crunchstat
 903     services/health
 904     services/keep-web
 905     services/keepstore
 906     sdk/go/keepclient
 907     services/keep-balance
 908     services/keepproxy
 909     services/crunch-dispatch-local
 910     services/crunch-dispatch-slurm
 911     services/crunch-run
 912     services/ws
 913     tools/keep-block-check
 914     tools/keep-exercise
 915     tools/keep-rsync
 916     tools/sync-groups
 917 )
 918 for g in "${gostuff[@]}"
 919 do
 920     do_install "$g" go
 921 done
 922
 923 install_workbench() {
 924     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 925         && mkdir -p tmp/cache \
 926         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 927         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
 928 }
 929 do_install apps/workbench workbench
 930
 931 unset http_proxy https_proxy no_proxy
 932
 933 test_doclinkchecker() {
 934     (
 935         set -e
 936         cd "$WORKSPACE/doc"
 937         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
 938         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
 939         # do much good!
 940         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
 941     )
 942 }
 943 do_test doc doclinkchecker
 944
 945 stop_services
 946
 947 test_apiserver() {
 948     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
 949     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 950         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/api]}
 951 }
 952 do_test services/api apiserver
 953
 954 # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
 955 # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
 956 if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
 957   rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 958   exit_cleanly
 959 fi
 960
 961 start_services || { stop_services; fatal "start_services"; }
 962
 963 test_ruby_sdk() {
 964     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
 965         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
 966 }
 967 do_test sdk/ruby ruby_sdk
 968
 969 test_R_sdk() {
 970     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 971         && R --quiet --file=run_test.R
 972 }
 973 do_test sdk/R R_sdk
 974
 975 test_cli() {
 976     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
 977         && mkdir -p /tmp/keep \
 978         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
 979 }
 980 do_test sdk/cli cli
 981
 982 test_login-sync() {
 983     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
 984         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
 985 }
 986 do_test services/login-sync login-sync
 987
 988 test_nodemanager_integration() {
 989     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
 990         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
 991 }
 992 do_test services/nodemanager_integration nodemanager_integration
 993
 994 for p in "${pythonstuff[@]}"
 995 do
 996     dir=${p%:py3}
 997     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 998         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 999             do_test ${dir} pip
1000         fi
1001     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1002         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1003             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1004         fi
1005     fi
1006 done
1007
1008 for g in "${gostuff[@]}"
1009 do
1010     do_test "$g" go
1011 done
1012
1013 test_workbench_units() {
1014     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1015         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:units TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1016 }
1017 do_test apps/workbench_units workbench_units
1018
1019 test_workbench_functionals() {
1020     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1021         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:functionals TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1022 }
1023 do_test apps/workbench_functionals workbench_functionals
1024
1025 test_workbench_integration() {
1026     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1027         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:integration TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1028 }
1029 do_test apps/workbench_integration workbench_integration
1030
1031
1032 test_workbench_benchmark() {
1033     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1034         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:benchmark ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1035 }
1036 do_test apps/workbench_benchmark workbench_benchmark
1037
1038 test_workbench_profile() {
1039     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1040         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:profile ${testargs[apps/workbench_profile]}
1041 }
1042 do_test apps/workbench_profile workbench_profile
1043
1044 exit_cleanly