build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  23 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  24                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  25 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  26                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  27                subsequent invocations.
  28 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  29 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  30 --skip-install Do not run any install steps. Just run tests.
  31                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  32                from a previous invocation if you use this option.
  33 --only-install Run specific install step
  34 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  36 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
  37                (If none given, leave config files alone in source tree.)
  38 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  39                Restrict apiserver tests to the given file
  40 sdk/python_test="--test-suite test.test_keep_locator"
  41                Restrict Python SDK tests to the given class
  42 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  43                Restrict Workbench tests to the given file
  44 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  45                Show all log messages, even when tests pass (also works
  46                with services/keepstore_test etc.)
  47 ARVADOS_DEBUG=1
  48                Print more debug messages
  49 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  50                *_test, and other examples shown above.
  51
  52 Assuming --skip-install is not given, all components are installed
  53 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  54 test suites depend on other components being installed, and installing
  55 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  56
  57 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  58 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  59
  60 More information and background:
  61
  62 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  63
  64 Available tests:
  65
  66 apps/workbench (*)
  67 apps/workbench_units (*)
  68 apps/workbench_functionals (*)
  69 apps/workbench_integration (*)
  70 apps/workbench_benchmark
  71 apps/workbench_profile
  72 cmd/arvados-client
  73 doc
  74 lib/cli
  75 lib/cmd
  76 lib/crunchstat
  77 services/api
  78 services/arv-git-httpd
  79 services/crunchstat
  80 services/dockercleaner
  81 services/fuse
  82 services/health
  83 services/keep-web
  84 services/keepproxy
  85 services/keepstore
  86 services/keep-balance
  87 services/login-sync
  88 services/nodemanager
  89 services/nodemanager_integration
  90 services/crunch-run
  91 services/crunch-dispatch-local
  92 services/crunch-dispatch-slurm
  93 services/ws
  94 sdk/cli
  95 sdk/pam
  96 sdk/python
  97 sdk/python:py3
  98 sdk/ruby
  99 sdk/go/arvados
 100 sdk/go/arvadosclient
 101 sdk/go/dispatch
 102 sdk/go/keepclient
 103 sdk/go/health
 104 sdk/go/httpserver
 105 sdk/go/manifest
 106 sdk/go/blockdigest
 107 sdk/go/asyncbuf
 108 sdk/go/stats
 109 sdk/go/crunchrunner
 110 sdk/cwl
 111 sdk/R
 112 tools/sync-groups
 113 tools/crunchstat-summary
 114 tools/keep-exercise
 115 tools/keep-rsync
 116 tools/keep-block-check
 117
 118 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 119     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 120
 121 EOF
 122
 123 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 124 # environment that could interfere with the tests.
 125 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 126
 127 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 128 # accident.
 129 GITDIR=
 130 GOPATH=
 131 VENVDIR=
 132 VENV3DIR=
 133 PYTHONPATH=
 134 GEMHOME=
 135 PERLINSTALLBASE=
 136 R_LIBS=
 137
 138 short=
 139 only_install=
 140 temp=
 141 temp_preserve=
 142
 143 clear_temp() {
 144     if [[ -z "$temp" ]]; then
 145         # we didn't even get as far as making a temp dir
 146         :
 147     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 148         rm -rf "$temp"
 149     else
 150         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 151     fi
 152 }
 153
 154 fatal() {
 155     clear_temp
 156     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 157     exit 1
 158 }
 159
 160 exit_cleanly() {
 161     trap - INT
 162     create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 163     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 164     stop_services
 165     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 166     report_outcomes
 167     clear_temp
 168     exit ${#failures}
 169 }
 170
 171 sanity_checks() {
 172     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 173         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 174     echo Checking dependencies:
 175     echo -n 'virtualenv: '
 176     virtualenv --version \
 177         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 178     echo -n 'ruby: '
 179     ruby -v \
 180         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 181     echo -n 'go: '
 182     go version \
 183         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 184     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 8 ]] \
 185         || fatal "Go >= 1.8 required. See http://golang.org/doc/install"
 186     echo -n 'gcc: '
 187     gcc --version | egrep ^gcc \
 188         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 189     echo -n 'fuse.h: '
 190     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 191         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 192     echo -n 'gnutls.h: '
 193     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 194         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 195     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 196     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 197         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 198     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 199     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 200         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 201     echo -n 'nginx: '
 202     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 203         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 204     echo -n 'perl: '
 205     perl -v | grep version \
 206         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 207     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 208         echo -n "perl $mod: "
 209         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 210             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 211     done
 212     echo -n 'gitolite: '
 213     which gitolite \
 214         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 215     echo -n 'npm: '
 216     npm --version \
 217         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 218     echo -n 'cadaver: '
 219     cadaver --version | grep -w cadaver \
 220           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 221     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 222     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 223         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 224     echo -n 'libcurl curl.h: '
 225     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 226         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 227     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 228     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 229         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 230     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
 231     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
 232             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
 233     else
 234             echo "OK"
 235     fi
 236     echo -n 'postgresql: '
 237     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 238     echo -n 'phantomjs: '
 239     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 240     echo -n 'xvfb: '
 241     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 242     echo -n 'graphviz: '
 243     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 244
 245     # R SDK stuff
 246     echo -n 'R: '
 247     which R || fatal "No R. Try: apt-get install r-base"
 248     echo -n 'testthat: '
 249     R -q -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 250     # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 251     pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 252 }
 253
 254 rotate_logfile() {
 255   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 256   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 257   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 258     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 259     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 260     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 261   fi
 262 }
 263
 264 declare -a failures
 265 declare -A skip
 266 declare -A testargs
 267 skip[apps/workbench_profile]=1
 268
 269 while [[ -n "$1" ]]
 270 do
 271     arg="$1"; shift
 272     case "$arg" in
 273         --help)
 274             echo >&2 "$helpmessage"
 275             echo >&2
 276             exit 1
 277             ;;
 278         --skip)
 279             skip[$1]=1; shift
 280             ;;
 281         --only)
 282             only="$1"; skip[$1]=""; shift
 283             ;;
 284         --short)
 285             short=1
 286             ;;
 287         --skip-install)
 288             only_install=nothing
 289             ;;
 290         --only-install)
 291             only_install="$1"; shift
 292             ;;
 293         --temp)
 294             temp="$1"; shift
 295             temp_preserve=1
 296             ;;
 297         --leave-temp)
 298             temp_preserve=1
 299             ;;
 300         --repeat)
 301             repeat=$((${1}+0)); shift
 302             ;;
 303         --retry)
 304             retry=1
 305             ;;
 306         *_test=*)
 307             suite="${arg%%_test=*}"
 308             args="${arg#*=}"
 309             testargs["$suite"]="$args"
 310             ;;
 311         *=*)
 312             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 313             ;;
 314         *)
 315             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 316             exit 1
 317             ;;
 318     esac
 319 done
 320
 321 start_services() {
 322     echo 'Starting API, keepproxy, keep-web, ws, arv-git-httpd, and nginx ssl proxy...'
 323     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 324         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 325     fi
 326     # Remove empty api.pid file if it exists
 327     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 328         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 329     fi
 330     cd "$WORKSPACE" \
 331         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
 332         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 333         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 334         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 335         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 336         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 337         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 338         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx \
 339         && (env | egrep ^ARVADOS)
 340 }
 341
 342 stop_services() {
 343     if [[ -z "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 344         return
 345     fi
 346     unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 347     cd "$WORKSPACE" \
 348         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 349         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 350         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 351         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 352         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 353         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop
 354 }
 355
 356 interrupt() {
 357     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 358     exit_cleanly
 359 }
 360 trap interrupt INT
 361
 362 sanity_checks
 363
 364 echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 365
 366 if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
 367     # Jenkins expects us to use this by default.
 368     CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
 369 fi
 370
 371 # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 372 cd "$WORKSPACE"
 373 find -name '*.pyc' -delete
 374
 375 if [[ -z "$temp" ]]; then
 376     temp="$(mktemp -d)"
 377 fi
 378
 379 # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 380 for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 381 do
 382     if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 383         eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 384     fi
 385     if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 386         mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 387     fi
 388 done
 389
 390 setup_ruby_environment() {
 391     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 392         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 393         using_rvm=true
 394     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 395         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 396         using_rvm=true
 397     else
 398         using_rvm=false
 399     fi
 400
 401     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 402         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 403         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 404         # the environment to the "current gemset", which would lose
 405         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 406         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 407         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 408         # rvm gemset and use it for everything.
 409
 410         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 411             || fatal 'rvm check'
 412
 413         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 414         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 415         # complaint about not being in first place already.
 416         rvm use @default 2>/dev/null
 417
 418         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 419         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 420         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 421         # ruby to the caller.
 422         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 423         rvm use "@${gemset}" --create \
 424             || fatal 'rvm gemset setup'
 425
 426         rvm env
 427     else
 428         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 429         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 430         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 431         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 432         # should be installed, and we should leave it alone.)
 433
 434         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 435             user_gempath="$(gem env gempath)"
 436             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 437         fi
 438         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 439
 440         # When we build and install our own gems, we install them in our
 441         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 442         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 443         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 444
 445         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 446         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 447         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 448
 449         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 450         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 451         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 452     fi
 453     bundle config || gem install bundler \
 454         || fatal 'install bundler'
 455 }
 456
 457 with_test_gemset() {
 458     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 459         "$@"
 460     else
 461         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 462     fi
 463 }
 464
 465 gem_uninstall_if_exists() {
 466     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 467         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 468     fi
 469 }
 470
 471 setup_virtualenv() {
 472     local venvdest="$1"; shift
 473     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 474         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 475     fi
 476     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 477         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 478         "$venvdest/bin/pip" install 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 479     else
 480         "$venvdest/bin/pip" install 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 481     fi
 482     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
 483     "$venvdest/bin/pip" install 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
 484 }
 485
 486 export PERLINSTALLBASE
 487 export PERLLIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5:${PERLLIB:+$PERLLIB}"
 488
 489 export R_LIBS
 490
 491 export GOPATH
 492 mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
 493 rmdir -v --parents --ignore-fail-on-non-empty "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH"
 494 for d in \
 495     "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados.git" \
 496     "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 497     [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
 498     [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
 499 done
 500 ln -vsnfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" \
 501     || fatal "symlink failed"
 502 go get -v github.com/kardianos/govendor \
 503     || fatal "govendor install failed"
 504 cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" \
 505     || fatal
 506 # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they won't qualify
 507 # as +missing or +external below, and we won't be able to detect that
 508 # they're missing from vendor/vendor.json.
 509 rm -r vendor/*/
 510 go get -v -d ...
 511 "$GOPATH/bin/govendor" sync \
 512     || fatal "govendor sync failed"
 513 [[ -z $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]] \
 514     || fatal "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
 515 * govendor remove +unused
 516 * govendor add +missing +external
 517 "
 518 cd "$WORKSPACE"
 519
 520
 521 setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 522 . "$VENVDIR/bin/activate"
 523
 524 # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 525 pip freeze 2>/dev/null | egrep ^PyYAML= \
 526     || pip install PyYAML >/dev/null \
 527     || fatal "pip install PyYAML failed"
 528
 529 # Preinstall forked version of libcloud, because nodemanager "pip install"
 530 # won't pick it up by default.
 531 pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 532     || pip install --pre --ignore-installed https://github.com/curoverse/libcloud/archive/apache-libcloud-$LIBCLOUD_PIN.zip >/dev/null \
 533     || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 534
 535 # We need an unreleased (as of 2017-08-17) llfuse bugfix, otherwise our fuse test suite deadlocks.
 536 pip freeze | grep -x llfuse==1.2.0 || (
 537     set -e
 538     yes | pip uninstall llfuse || true
 539     cython --version || fatal "no cython; try sudo apt-get install cython"
 540     cd "$temp"
 541     (cd python-llfuse 2>/dev/null || git clone https://github.com/curoverse/python-llfuse)
 542     cd python-llfuse
 543     git checkout 620722fd990ea642ddb8e7412676af482c090c0c
 544     git checkout setup.py
 545     sed -i -e "s:'1\\.2':'1.2.0':" setup.py
 546     python setup.py build_cython
 547     python setup.py install --force
 548 ) || fatal "llfuse fork failed"
 549 pip freeze | grep -x llfuse==1.2.0 || fatal "error: installed llfuse 1.2.0 but '$(pip freeze | grep llfuse)' ???"
 550
 551 # Deactivate Python 2 virtualenv
 552 deactivate
 553
 554 declare -a pythonstuff
 555 pythonstuff=(
 556     sdk/pam
 557     sdk/python
 558     sdk/python:py3
 559     sdk/cwl
 560     services/dockercleaner:py3
 561     services/fuse
 562     services/nodemanager
 563     tools/crunchstat-summary
 564     )
 565
 566 # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 567 # Otherwise, skip dependent tests.
 568 PYTHON3=$(which python3)
 569 if [[ ${?} = 0 ]]; then
 570     setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 571 else
 572     PYTHON3=
 573     cat >&2 <<EOF
 574
 575 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 576
 577 EOF
 578 fi
 579
 580 # Reactivate Python 2 virtualenv
 581 . "$VENVDIR/bin/activate"
 582
 583 # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 584 # whine a lot.
 585 setup_ruby_environment
 586
 587 echo "PATH is $PATH"
 588
 589 if ! which bundler >/dev/null
 590 then
 591     gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
 592 fi
 593
 594 retry() {
 595     remain="${repeat}"
 596     while :
 597     do
 598         if ${@}; then
 599             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 600                 remain=$((${remain}-1))
 601                 title "Repeating ${remain} more times"
 602             else
 603                 break
 604             fi
 605         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 606             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 607             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 608             then
 609                 break
 610             fi
 611         else
 612             break
 613         fi
 614     done
 615 }
 616
 617 do_test() {
 618     case "${1}" in
 619         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 620             suite=apps/workbench
 621             ;;
 622         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 623             suite=services/nodemanager_suite
 624             ;;
 625         *)
 626             suite="${1}"
 627             ;;
 628     esac
 629     if [[ -z "${skip[$suite]}" && -z "${skip[$1]}" && \
 630                 (-z "${only}" || "${only}" == "${suite}" || \
 631                  "${only}" == "${1}") ]]; then
 632         retry do_test_once ${@}
 633     else
 634         title "Skipping ${1} tests"
 635     fi
 636 }
 637
 638 do_test_once() {
 639     unset result
 640
 641     title "Running $1 tests"
 642     timer_reset
 643     if [[ "$2" == "go" ]]
 644     then
 645         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 646         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 647         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
 648         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 649         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 650         # compilation errors.
 651         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 652             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 653             [[ -z "$(gofmt -e -d . | tee /dev/stderr)" ]] && \
 654             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 655         then
 656             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 657             # does:
 658             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 659         else
 660             # The above form gets verbose even when testargs is
 661             # empty, so use this form in such cases:
 662             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 663         fi
 664         result=${result:-$?}
 665         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 666         then
 667             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 668             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 669         fi
 670     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 671     then
 672         tries=0
 673         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 674         do
 675             tries=$((${tries}+1))
 676             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 677             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 678             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 679             result=$?
 680             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 681             then
 682                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 683                 continue
 684             else
 685                 break
 686             fi
 687         done
 688     elif [[ "$2" != "" ]]
 689     then
 690         "test_$2"
 691     else
 692         "test_$1"
 693     fi
 694     result=${result:-$?}
 695     checkexit $result "$1 tests"
 696     title "End of $1 tests (`timer`)"
 697     return $result
 698 }
 699
 700 do_install() {
 701     if [[ -z "${only_install}" || "${only_install}" == "${1}" ]]; then
 702         retry do_install_once ${@}
 703     else
 704         title "Skipping $1 install"
 705     fi
 706 }
 707
 708 do_install_once() {
 709     title "Running $1 install"
 710     timer_reset
 711     if [[ "$2" == "go" ]]
 712     then
 713         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 714     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 715     then
 716         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 717         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 718
 719         # Need to change to a different directory after creating
 720         # the source dist package to avoid a pip bug.
 721         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 722
 723         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 724         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 725         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 726         # install" ensures that we've actually installed the local package
 727         # we just built.
 728         cd "$WORKSPACE/$1" \
 729             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 730             && cd "$WORKSPACE" \
 731             && "${3}pip" install --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 732             && "${3}pip" install --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 733     elif [[ "$2" != "" ]]
 734     then
 735         "install_$2"
 736     else
 737         "install_$1"
 738     fi
 739     result=$?
 740     checkexit $result "$1 install"
 741     title "End of $1 install (`timer`)"
 742     return $result
 743 }
 744
 745 bundle_install_trylocal() {
 746     (
 747         set -e
 748         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 749         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 750             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 751             bundle install --no-deployment
 752         fi
 753         bundle package --all
 754     )
 755 }
 756
 757 install_doc() {
 758     cd "$WORKSPACE/doc" \
 759         && bundle_install_trylocal \
 760         && rm -rf .site
 761 }
 762 do_install doc
 763
 764 install_gem() {
 765     gemname=$1
 766     srcpath=$2
 767     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 768         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 769         && bundle_install_trylocal \
 770         && gem build "$gemname.gemspec" \
 771         && with_test_gemset gem install --no-ri --no-rdoc $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 772 }
 773
 774 install_ruby_sdk() {
 775     install_gem arvados sdk/ruby
 776 }
 777 do_install sdk/ruby ruby_sdk
 778
 779 install_R_sdk() {
 780     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 781        && R --quiet --vanilla <<EOF
 782 options(repos=structure(c(CRAN="http://cran.wustl.edu/")))
 783 if (!requireNamespace("devtools")) {
 784   install.packages("devtools")
 785 }
 786 if (!requireNamespace("roxygen2")) {
 787   install.packages("roxygen2")
 788 }
 789 devtools::install_dev_deps()
 790 EOF
 791 }
 792 do_install sdk/R R_sdk
 793
 794 install_perl_sdk() {
 795     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 796         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 797         && make install INSTALLDIRS=perl
 798 }
 799 do_install sdk/perl perl_sdk
 800
 801 install_cli() {
 802     install_gem arvados-cli sdk/cli
 803 }
 804 do_install sdk/cli cli
 805
 806 install_login-sync() {
 807     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 808 }
 809 do_install services/login-sync login-sync
 810
 811 # Install the Python SDK early. Various other test suites (like
 812 # keepproxy) bring up run_test_server.py, which imports the arvados
 813 # module. We can't actually *test* the Python SDK yet though, because
 814 # its own test suite brings up some of those other programs (like
 815 # keepproxy).
 816 for p in "${pythonstuff[@]}"
 817 do
 818     dir=${p%:py3}
 819     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 820         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 821             do_install ${dir} pip
 822         fi
 823     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
 824         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
 825             do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
 826         fi
 827     fi
 828 done
 829
 830 install_apiserver() {
 831     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 832         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
 833
 834     rm -f config/environments/test.rb
 835     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 836
 837     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
 838     then
 839         for f in database.yml
 840         do
 841             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
 842         done
 843     fi
 844
 845     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 846     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 847     # is a postgresql superuser.
 848     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 849         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
 850         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.procpid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 851
 852     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 853
 854     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 855     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 856         (
 857             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 858             set -ex
 859             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 860             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 861         ) || return 1
 862     fi
 863
 864     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 865         && rm -rf tmp/git \
 866         && mkdir -p tmp/git \
 867         && cd tmp/git \
 868         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 869         && mkdir -p internal.git \
 870         && git --git-dir internal.git init \
 871             || return 1
 872
 873     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 874         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
 875         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
 876         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
 877 }
 878 do_install services/api apiserver
 879
 880 declare -a gostuff
 881 gostuff=(
 882     cmd/arvados-client
 883     lib/cli
 884     lib/cmd
 885     lib/crunchstat
 886     sdk/go/arvados
 887     sdk/go/arvadosclient
 888     sdk/go/blockdigest
 889     sdk/go/dispatch
 890     sdk/go/health
 891     sdk/go/httpserver
 892     sdk/go/manifest
 893     sdk/go/asyncbuf
 894     sdk/go/crunchrunner
 895     sdk/go/stats
 896     services/arv-git-httpd
 897     services/crunchstat
 898     services/health
 899     services/keep-web
 900     services/keepstore
 901     sdk/go/keepclient
 902     services/keep-balance
 903     services/keepproxy
 904     services/crunch-dispatch-local
 905     services/crunch-dispatch-slurm
 906     services/crunch-run
 907     services/ws
 908     tools/keep-block-check
 909     tools/keep-exercise
 910     tools/keep-rsync
 911     tools/sync-groups
 912 )
 913 for g in "${gostuff[@]}"
 914 do
 915     do_install "$g" go
 916 done
 917
 918 install_workbench() {
 919     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 920         && mkdir -p tmp/cache \
 921         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 922         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
 923 }
 924 do_install apps/workbench workbench
 925
 926 unset http_proxy https_proxy no_proxy
 927
 928 test_doclinkchecker() {
 929     (
 930         set -e
 931         cd "$WORKSPACE/doc"
 932         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
 933         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
 934         # do much good!
 935         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
 936     )
 937 }
 938 do_test doc doclinkchecker
 939
 940 stop_services
 941
 942 test_apiserver() {
 943     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
 944     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 945         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/api]}
 946 }
 947 do_test services/api apiserver
 948
 949 # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
 950 # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
 951 if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
 952   rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 953   exit_cleanly
 954 fi
 955
 956 start_services || { stop_services; fatal "start_services"; }
 957
 958 test_ruby_sdk() {
 959     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
 960         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
 961 }
 962 do_test sdk/ruby ruby_sdk
 963
 964 test_R_sdk() {
 965     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 966         && R --quiet --file=run_test.R
 967 }
 968 do_test sdk/R R_sdk
 969
 970 test_cli() {
 971     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
 972         && mkdir -p /tmp/keep \
 973         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
 974 }
 975 do_test sdk/cli cli
 976
 977 test_login-sync() {
 978     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
 979         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
 980 }
 981 do_test services/login-sync login-sync
 982
 983 test_nodemanager_integration() {
 984     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
 985         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
 986 }
 987 do_test services/nodemanager_integration nodemanager_integration
 988
 989 for p in "${pythonstuff[@]}"
 990 do
 991     dir=${p%:py3}
 992     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 993         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 994             do_test ${dir} pip
 995         fi
 996     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
 997         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
 998             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
 999         fi
1000     fi
1001 done
1002
1003 for g in "${gostuff[@]}"
1004 do
1005     do_test "$g" go
1006 done
1007
1008 test_workbench_units() {
1009     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1010         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:units TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1011 }
1012 do_test apps/workbench_units workbench_units
1013
1014 test_workbench_functionals() {
1015     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1016         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:functionals TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1017 }
1018 do_test apps/workbench_functionals workbench_functionals
1019
1020 test_workbench_integration() {
1021     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1022         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:integration TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1023 }
1024 do_test apps/workbench_integration workbench_integration
1025
1026
1027 test_workbench_benchmark() {
1028     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1029         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:benchmark ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1030 }
1031 do_test apps/workbench_benchmark workbench_benchmark
1032
1033 test_workbench_profile() {
1034     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1035         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:profile ${testargs[apps/workbench_profile]}
1036 }
1037 do_test apps/workbench_profile workbench_profile
1038
1039 exit_cleanly