doc/install/install-crunch-dispatch.html.textile.liquid

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   2 layout: default
   3 navsection: installguide
   4 title: Install the Crunch dispatcher
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   6 ...
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  10 The dispatcher normally runs on the same host/VM as the API server.
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  12 h4. Perl SDK dependencies
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  14 * @apt-get install libjson-perl libwww-perl libio-socket-ssl-perl libipc-system-simple-perl@
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  16 Add this to @/etc/apt/sources.list@
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  18 @deb http://git.oxf.freelogy.org/apt wheezy main contrib@
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  20 Then
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  22 @apt-get install libwarehouse-perl@
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  24 h4. Python SDK dependencies
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  26 On controller and all compute nodes:
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  28 * @apt-get install python-pip@
  29 * @pip install --upgrade virtualenv arvados-python-client@
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  31 h4. Likely crunch job dependencies
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  33 On compute nodes:
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  35 * @pip install --upgrade pyvcf@
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  37 h4. Redis
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  39 On controller:
  40
  41 * @apt-get install redis-server@
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  43 h4. Crunch user account
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  45 On compute nodes and controller:
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  47 * @adduser crunch@
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  49 The crunch user should have the same UID, GID, and home directory on all compute nodes and on the controller.
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  51 h4. Repositories
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  53 Crunch scripts must be in Git repositories in @/var/cache/git/*/.git@ (or whatever is configured in @services/api/config/environments/production.rb@).
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  55 h4. Importing commits
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  57 @services/api/script/import_commits.rb production@ must run periodically. Example @/var/service/arvados_import_commits/run@ script for daemontools or runit:
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  59 <pre>
  60 #!/bin/sh
  61 set -e
  62 while sleep 60
  63 do
  64   cd /path/to/arvados/services/api
  65   setuidgid www-data env RAILS_ENV=production /usr/local/rvm/bin/rvm-exec 2.0.0 bundle exec ./script/import_commits.rb 2>&1
  66 done
  67 </pre>
  68
  69 Once you have imported some commits, you should be able to create a new job:
  70
  71 <pre>
  72 read -rd $'\000' newjob <<EOF; arv job create --job "$newjob"
  73 {"script_parameters":{"input":"f815ec01d5d2f11cb12874ab2ed50daa"},
  74  "script_version":"master",
  75  "script":"hash"}
  76 EOF
  77 </pre>
  78
  79 Without getting this error:
  80
  81 <pre>
  82 ArgumentError: Specified script_version does not resolve to a commit
  83 </pre>
  84
  85 h4. Running jobs
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  87 * @services/api/script/crunch-dispatch.rb@ must be running.
  88 * @crunch-dispatch.rb@ needs @services/crunch/crunch-job@ in its @PATH@.
  89 * @crunch-job@ needs @sdk/perl/lib@ and @warehouse-apps/libwarehouse-perl/lib@ in its @PERLLIB@
  90 * @crunch-job@ needs @ARVADOS_API_HOST@ (and, if necessary in a development environment, @ARVADOS_API_HOST_INSECURE@)
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  92 Example @/var/service/arvados_crunch_dispatch/run@ script:
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  94 <pre>
  95 #!/bin/sh
  96 set -e
  97 export PATH="$PATH":/path/to/arvados/services/crunch
  98 export PERLLIB=/path/to/arvados/sdk/perl/lib:/path/to/warehouse-apps/libwarehouse-perl/lib
  99 export ARVADOS_API_HOST={{ site.arvados_api_host }}
 100 export CRUNCH_DISPATCH_LOCKFILE=/var/lock/crunch-dispatch
 101
 102 fuser -TERM -k $CRUNCH_DISPATCH_LOCKFILE || true
 103
 104 ## Only if your SSL cert is unverifiable:
 105 # export ARVADOS_API_HOST_INSECURE=yes
 106
 107 cd /path/to/arvados/services/api
 108 export RAILS_ENV=production
 109 exec /usr/local/rvm/bin/rvm-exec 2.0.0 bundle exec ./script/crunch-dispatch.rb 2>&1
 110 </pre>