sdk/cwl/README.rst

   1 .. Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 ..
   3 .. SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   4
   5 ==================
   6 Arvados CWL Runner
   7 ==================
   8
   9 Overview
  10 --------
  11
  12 This package provides the ``arvados-cwl-runner`` tool to register and run Common Workflow Language workflows in Arvados_.
  13
  14 .. _Arvados: https://arvados.org/
  15
  16 Installation
  17 ------------
  18
  19 Installing under your user account
  20 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  21
  22 This method lets you install the package without root access.  However,
  23 other users on the same system will need to reconfigure their shell in order
  24 to be able to use it. Run the following to install the package in an
  25 environment at ``~/arvclients``::
  26
  27   python3 -m venv ~/arvclients
  28   ~/arvclients/bin/pip install arvados-cwl-runner
  29
  30 Command line tools will be installed under ``~/arvclients/bin``. You can
  31 test one by running::
  32
  33   ~/arvclients/bin/arvados-cwl-runner --version
  34
  35 You can run these tools by specifying the full path every time, or you can
  36 add the directory to your shell's search path by running::
  37
  38   export PATH="$PATH:$HOME/arvclients/bin"
  39
  40 You can make this search path change permanent by adding this command to
  41 your shell's configuration, for example ``~/.bashrc`` if you're using bash.
  42 You can test the change by running::
  43
  44   arvados-cwl-runner --version
  45
  46 Installing on Debian and Ubuntu systems
  47 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  48
  49 Arvados publishes packages for Debian 11 "bullseye," Debian 12 "bookworm," Ubuntu 20.04 "focal," and Ubuntu 22.04 "jammy." You can install the Python SDK package on any of these distributions by running the following commands::
  50
  51   sudo install -d /etc/apt/keyrings
  52   sudo curl -fsSL -o /etc/apt/keyrings/arvados.asc https://apt.arvados.org/pubkey.gpg
  53   sudo tee /etc/apt/sources.list.d/arvados.sources >/dev/null <<EOF
  54   Types: deb
  55   URIs: https://apt.arvados.org/$(lsb_release -cs)
  56   Suites: $(lsb_release -cs)
  57   Components: main
  58   Signed-by: /etc/apt/keyrings/arvados.asc
  59   EOF
  60   sudo apt update
  61   sudo apt install python3-arvados-cwl-runner
  62
  63 Installing on Red Hat, AlmaLinux, and Rocky Linux
  64 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
  65
  66 Arvados publishes packages for RHEL 8 and distributions based on it. Note that these packages depend on, and will automatically enable, the Python 3.9 module. You can install the Python SDK package on any of these distributions by running the following commands::
  67
  68   sudo tee /etc/yum.repos.d/arvados.repo >/dev/null <<'EOF'
  69   [arvados]
  70   name=Arvados
  71   baseurl=http://rpm.arvados.org/RHEL/$releasever/os/$basearch/
  72   gpgcheck=1
  73   gpgkey=http://rpm.arvados.org/RHEL/RPM-GPG-KEY-arvados
  74   EOF
  75   sudo dnf install python3-arvados-cwl-runner
  76
  77 Configuration
  78 -------------
  79
  80 This client software needs two pieces of information to connect to
  81 Arvados: the DNS name of the API server, and an API authorization
  82 token. `The Arvados user
  83 documentation
  84 <http://doc.arvados.org/user/reference/api-tokens.html>`_ describes
  85 how to find this information in the Arvados Workbench, and install it
  86 on your system.
  87
  88 Testing and Development
  89 -----------------------
  90
  91 This package is one part of the Arvados source package, and it has
  92 integration tests to check interoperability with other Arvados
  93 components.  Our `hacking guide
  94 <https://dev.arvados.org/projects/arvados/wiki/Hacking_Python_SDK>`_
  95 describes how to set up a development environment and run tests.