docker/bcbio-nextgen/Dockerfile

   1 FROM bcbio-nextgen
   2 MAINTAINER Peter Amstutz <peter.amstutz@curoverse.com>
   3
   4 USER root
   5
   6 RUN apt-get remove -q -y ruby && \
   7     curl -L https://get.rvm.io | bash -s stable && \
   8     /usr/local/rvm/bin/rvm install 2.1.0 && \
   9     /bin/mkdir -p /usr/src/arvados
  10
  11 ADD generated/arvados.tar.gz /usr/src/arvados/
  12
  13 # Install dependencies and set up system.
  14 # The FUSE packages help ensure that we can install the Python SDK (arv-mount).
  15 RUN  /usr/bin/apt-get update && \
  16      /usr/bin/apt-get install -q -y python-dev python-llfuse python-pip \
  17       libio-socket-ssl-perl libjson-perl liburi-perl libwww-perl \
  18       fuse libattr1-dev libfuse-dev && \
  19     /usr/sbin/adduser --disabled-password \
  20       --gecos 'Crunch execution user' crunch && \
  21     /usr/bin/install -d -o crunch -g crunch -m 0700 /tmp/crunch-job && \
  22     /bin/ln -s /usr/src/arvados /usr/local/src/arvados
  23
  24 ENV GEM_HOME /usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0
  25 ENV GEM_PATH /usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0:/usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0@global
  26 ENV PATH /usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0/bin:/usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0@global/bin:/usr/local/rvm/rubies/ruby-2.1.0/bin:/usr/local/rvm/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin
  27
  28 # Install Arvados packages.
  29 RUN gem update --system && \
  30     find /usr/src/arvados/sdk -name '*.gem' -print0 | \
  31       xargs -0rn 1 gem install && \
  32     cd /usr/src/arvados/services/fuse && \
  33     python setup.py install && \
  34     cd /usr/src/arvados/sdk/python && \
  35     python setup.py install
  36
  37 USER crunch