sdk/cli/bin/arv

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # Arvados cli client
   4 #
   5 # Ward Vandewege <ward@curoverse.com>
   6
   7 require 'fileutils'
   8
   9 if RUBY_VERSION < '1.9.3' then
  10   abort <<-EOS
  11 #{$0.gsub(/^\.\//,'')} requires Ruby version 1.9.3 or higher.
  12   EOS
  13 end
  14
  15 begin
  16   require 'curb'
  17   require 'rubygems'
  18   require 'arvados/google_api_client'
  19   require 'json'
  20   require 'pp'
  21   require 'trollop'
  22   require 'andand'
  23   require 'oj'
  24   require 'active_support/inflector'
  25   require 'yaml'
  26   require 'tempfile'
  27   require 'net/http'
  28 rescue LoadError
  29   abort <<-EOS
  30
  31 Please install all required gems:
  32
  33   gem install activesupport andand curb google-api-client json oj trollop yaml
  34
  35   EOS
  36 end
  37
  38 # Search for 'ENTRY POINT' to see where things get going
  39
  40 ActiveSupport::Inflector.inflections do |inflect|
  41   inflect.irregular 'specimen', 'specimens'
  42   inflect.irregular 'human', 'humans'
  43 end
  44
  45 module Kernel
  46   def suppress_warnings
  47     original_verbosity = $VERBOSE
  48     $VERBOSE = nil
  49     result = yield
  50     $VERBOSE = original_verbosity
  51     return result
  52   end
  53 end
  54
  55 class ArvadosClient < Google::APIClient
  56   def execute(*args)
  57     if args.last.is_a? Hash
  58       args.last[:headers] ||= {}
  59       args.last[:headers]['Accept'] ||= 'application/json'
  60     end
  61     super(*args)
  62   end
  63 end
  64
  65 def init_config
  66   # read authentication data from arvados configuration file if present
  67   lineno = 0
  68   config_file = File.expand_path('~/.config/arvados/settings.conf') rescue nil
  69   if not config_file.nil? and File.exist? config_file then
  70     File.open(config_file, 'r').each do |line|
  71       lineno = lineno + 1
  72       # skip comments
  73       if line.match('^\s*#') then
  74         next
  75       end
  76       var, val = line.chomp.split('=', 2)
  77       # allow environment settings to override config files.
  78       if var and val
  79         ENV[var] ||= val
  80       else
  81         warn "#{config_file}: #{lineno}: could not parse `#{line}'"
  82       end
  83     end
  84   end
  85 end
  86
  87
  88 subcommands = %w(copy create edit get keep pipeline run tag ws)
  89
  90 def exec_bin bin, opts
  91   bin_path = `which #{bin}`.strip
  92   if bin_path.empty?
  93     raise "#{bin}: command not found"
  94   end
  95   exec bin_path, *opts
  96 end
  97
  98 def check_subcommands client, arvados, subcommand, global_opts, remaining_opts
  99   case subcommand
 100   when 'create'
 101     arv_create client, arvados, global_opts, remaining_opts
 102   when 'edit'
 103     arv_edit client, arvados, global_opts, remaining_opts
 104   when 'get'
 105     arv_get client, arvados, global_opts, remaining_opts
 106   when 'copy', 'tag', 'ws', 'run'
 107     exec_bin "arv-#{subcommand}", remaining_opts
 108   when 'keep'
 109     @sub = remaining_opts.shift
 110     if ['get', 'put', 'ls', 'normalize'].index @sub then
 111       # Native Arvados
 112       exec_bin "arv-#{@sub}", remaining_opts
 113     elsif ['less', 'check'].index @sub then
 114       # wh* shims
 115       exec_bin "wh#{@sub}", remaining_opts
 116     elsif @sub == 'docker'
 117       exec_bin "arv-keepdocker", remaining_opts
 118     else
 119       puts "Usage: arv keep [method] [--parameters]\n"
 120       puts "Use 'arv keep [method] --help' to get more information about specific methods.\n\n"
 121       puts "Available methods: ls, get, put, less, check, docker"
 122     end
 123     abort
 124   when 'pipeline'
 125     sub = remaining_opts.shift
 126     if sub == 'run'
 127       exec_bin "arv-run-pipeline-instance", remaining_opts
 128     else
 129       puts "Usage: arv pipeline [method] [--parameters]\n"
 130       puts "Use 'arv pipeline [method] --help' to get more information about specific methods.\n\n"
 131       puts "Available methods: run"
 132     end
 133     abort
 134   end
 135 end
 136
 137 def command_exists?(command)
 138   File.executable?(command) || ENV['PATH'].split(':').any? {|folder| File.executable?(File.join(folder, command))}
 139 end
 140
 141 def run_editor path
 142   pid = Process::fork
 143   if pid.nil?
 144     editor = nil
 145     [ENV["VISUAL"], ENV["EDITOR"], "nano", "vi"].each do |e|
 146       editor ||= e if e and command_exists? e
 147     end
 148     if editor.nil?
 149       abort "Could not find any editor to use, please set $VISUAL or $EDITOR to your desired editor."
 150     end
 151     exec editor, path
 152   else
 153     Process.wait pid
 154   end
 155
 156   if $?.exitstatus != 0
 157     raise "Editor exited with status #{$?.exitstatus}"
 158   end
 159 end
 160
 161 def edit_and_commit_object initial_obj, tmp_stem, global_opts, &block
 162
 163   content = get_obj_content initial_obj, global_opts
 164
 165   tmp_file = Tempfile.new([tmp_stem, ".#{global_opts[:format]}"])
 166   tmp_file.write(content)
 167   tmp_file.close
 168
 169   begin
 170     error_text = ''
 171     while true
 172       begin
 173         run_editor tmp_file.path
 174
 175         tmp_file.open
 176         newcontent = tmp_file.read()
 177         tmp_file.close
 178
 179         # Strip lines starting with '#'
 180         newcontent = newcontent.lines.select {|l| !l.start_with? '#'}.join
 181
 182         # Load the new object
 183         newobj = case global_opts[:format]
 184                  when 'json'
 185                    Oj.load(newcontent)
 186                  when 'yaml'
 187                    YAML.load(newcontent)
 188                  else
 189                    abort "Unrecognized format #{global_opts[:format]}"
 190                  end
 191
 192         yield newobj
 193
 194         break
 195       rescue => e
 196         can_retry = true
 197         if e.is_a? Psych::SyntaxError
 198           this_error = "YAML error parsing your input: #{e}"
 199         elsif e.is_a? JSON::ParserError or e.is_a? Oj::ParseError
 200           this_error = "JSON error parsing your input: #{e}"
 201         elsif e.is_a? ArvadosAPIError
 202           this_error = "API responded with error #{e}"
 203         else
 204           this_error = "#{e.class}: #{e}"
 205           can_retry = false
 206         end
 207         puts this_error
 208
 209         tmp_file.open
 210         newcontent = tmp_file.read()
 211         tmp_file.close
 212
 213         if newcontent == error_text or not can_retry
 214           FileUtils::cp tmp_file.path, tmp_file.path + ".saved"
 215           puts "File is unchanged, edit aborted." if can_retry
 216           abort "Saved contents to " + tmp_file.path + ".saved"
 217         else
 218           tmp_file.open
 219           tmp_file.truncate 0
 220           error_text = this_error.to_s.lines.map {|l| '# ' + l}.join + "\n"
 221           error_text += "# Please fix the error and try again.\n"
 222           error_text += newcontent.lines.select {|l| !l.start_with? '#'}.join
 223           tmp_file.write error_text
 224           tmp_file.close
 225         end
 226       end
 227     end
 228   ensure
 229     tmp_file.close(true)
 230   end
 231
 232   nil
 233 end
 234
 235 class ArvadosAPIError < RuntimeError
 236 end
 237
 238 def check_response result
 239   begin
 240     results = JSON.parse result.body
 241   rescue JSON::ParserError, Oj::ParseError => e
 242     raise "Failed to parse server response:\n" + e.to_s
 243   end
 244
 245   if result.response.status != 200
 246     raise ArvadosAPIError.new("#{result.response.status}: #{
 247                               ((results['errors'] && results['errors'].join('\n')) ||
 248                                 Net::HTTPResponse::CODE_TO_OBJ[status.to_s].to_s.sub(/^Net::HTTP/, '').titleize)}")
 249   end
 250
 251   results
 252 end
 253
 254 def lookup_uuid_rsc arvados, uuid
 255   m = /([a-z0-9]{5})-([a-z0-9]{5})-([a-z0-9]{15})/.match uuid
 256   if !m
 257     if /^[a-f0-9]{32}/.match uuid
 258       abort "Arvados collections are not editable."
 259     else
 260       abort "'#{uuid}' does not appear to be an Arvados uuid"
 261     end
 262   end
 263
 264   rsc = nil
 265   arvados.discovery_document["resources"].each do |k,v|
 266     klass = k.singularize.camelize
 267     dig = Digest::MD5.hexdigest(klass).to_i(16).to_s(36)[-5..-1]
 268     if dig == m[2]
 269       rsc = k
 270     end
 271   end
 272
 273   if rsc.nil?
 274     abort "Could not determine resource type #{m[2]}"
 275   end
 276
 277   return rsc
 278 end
 279
 280 def fetch_rsc_obj client, arvados, rsc, uuid, remaining_opts
 281
 282   begin
 283     result = client.execute(:api_method => eval('arvados.' + rsc + '.get'),
 284                             :parameters => {"uuid" => uuid},
 285                             :authenticated => false,
 286                             :headers => {
 287                               authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 288                             })
 289     obj = check_response result
 290   rescue => e
 291     abort "Server error: #{e}"
 292   end
 293
 294   if remaining_opts.length > 0
 295     obj.select! { |k, v| remaining_opts.include? k }
 296   end
 297
 298   return obj
 299 end
 300
 301 def get_obj_content obj, global_opts
 302   content = case global_opts[:format]
 303             when 'json'
 304               Oj.dump(obj, :indent => 1)
 305             when 'yaml'
 306               obj.to_yaml
 307             else
 308               abort "Unrecognized format #{global_opts[:format]}"
 309             end
 310   return content
 311 end
 312
 313 def arv_edit client, arvados, global_opts, remaining_opts
 314   uuid = remaining_opts.shift
 315   if uuid.nil? or uuid == "-h" or uuid == "--help"
 316     puts head_banner
 317     puts "Usage: arv edit [uuid] [fields...]\n\n"
 318     puts "Fetch the specified Arvados object, select the specified fields, \n"
 319     puts "open an interactive text editor on a text representation (json or\n"
 320     puts "yaml, use --format) and then update the object.  Will use 'nano'\n"
 321     puts "by default, customize with the EDITOR or VISUAL environment variable.\n"
 322     exit 255
 323   end
 324
 325   if not $stdout.tty?
 326     puts "Not connected to a TTY, cannot run interactive editor."
 327     exit 1
 328   end
 329
 330   rsc = lookup_uuid_rsc arvados, uuid
 331   oldobj = fetch_rsc_obj client, arvados, rsc, uuid, remaining_opts
 332
 333   edit_and_commit_object oldobj, uuid, global_opts do |newobj|
 334     newobj.select! {|k| newobj[k] != oldobj[k]}
 335     if !newobj.empty?
 336       result = client.execute(:api_method => eval('arvados.' + rsc + '.update'),
 337                      :parameters => {"uuid" => uuid},
 338                      :body_object => { rsc.singularize => newobj },
 339                      :authenticated => false,
 340                      :headers => {
 341                        authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 342                      })
 343       results = check_response result
 344       puts "Updated object #{results['uuid']}"
 345     else
 346       puts "Object is unchanged, did not update."
 347     end
 348   end
 349
 350   exit 0
 351 end
 352
 353 def arv_get client, arvados, global_opts, remaining_opts
 354   uuid = remaining_opts.shift
 355   if uuid.nil? or uuid == "-h" or uuid == "--help"
 356     puts head_banner
 357     puts "Usage: arv get [uuid] [fields...]\n\n"
 358     puts "Fetch the specified Arvados object, select the specified fields, \n"
 359     puts "and print a text representation (json or yaml, use --format).\n"
 360     exit 255
 361   end
 362
 363   rsc = lookup_uuid_rsc arvados, uuid
 364   obj = fetch_rsc_obj client, arvados, rsc, uuid, remaining_opts
 365   content = get_obj_content obj, global_opts
 366
 367   puts content
 368   exit 0
 369 end
 370
 371 def arv_create client, arvados, global_opts, remaining_opts
 372   types = resource_types(arvados.discovery_document)
 373   create_opts = Trollop::options do
 374     opt :project_uuid, "Project uuid in which to create the object", :type => :string
 375     stop_on resource_types(arvados.discovery_document)
 376   end
 377
 378   object_type = remaining_opts.shift
 379   if object_type.nil?
 380     abort "Missing resource type, must be one of #{types.join ', '}"
 381   end
 382
 383   rsc = arvados.discovery_document["resources"].keys.select { |k| object_type == k.singularize }
 384   if rsc.empty?
 385     abort "Could not determine resource type #{object_type}"
 386   end
 387   rsc = rsc.first
 388
 389   discovered_params = arvados.discovery_document["resources"][rsc]["methods"]["create"]["parameters"]
 390   method_opts = Trollop::options do
 391     banner head_banner
 392     banner "Usage: arv create [--project-uuid] #{object_type} [create parameters]"
 393     banner ""
 394     banner "This method supports the following parameters:"
 395     banner ""
 396     discovered_params.each do |k,v|
 397       opts = Hash.new()
 398       opts[:type] = v["type"].to_sym if v.include?("type")
 399       if [:datetime, :text, :object, :array].index opts[:type]
 400         opts[:type] = :string                       # else trollop bork
 401       end
 402       opts[:default] = v["default"] if v.include?("default")
 403       opts[:default] = v["default"].to_i if opts[:type] == :integer
 404       opts[:default] = to_boolean(v["default"]) if opts[:type] == :boolean
 405       opts[:required] = true if v.include?("required") and v["required"]
 406       description = ''
 407       description = '  ' + v["description"] if v.include?("description")
 408       opt k.to_sym, description, opts
 409     end
 410   end
 411
 412   initial_obj = {}
 413   if create_opts[:project_uuid]
 414     initial_obj["owner_uuid"] = create_opts[:project_uuid]
 415   end
 416
 417   edit_and_commit_object initial_obj, "", global_opts do |newobj|
 418     result = client.execute(:api_method => eval('arvados.' + rsc + '.create'),
 419                    :parameters => method_opts,
 420                    :body_object => {object_type => newobj},
 421                    :authenticated => false,
 422                    :headers => {
 423                      authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 424                    })
 425     results = check_response result
 426     puts "Created object #{results['uuid']}"
 427   end
 428
 429   exit 0
 430 end
 431
 432 def to_boolean(s)
 433   !!(s =~ /^(true|t|yes|y|1)$/i)
 434 end
 435
 436 def head_banner
 437   "Arvados command line client\n"
 438 end
 439
 440 def help_methods(discovery_document, resource, method=nil)
 441   banner = head_banner
 442   banner += "Usage: arv #{resource} [method] [--parameters]\n"
 443   banner += "Use 'arv #{resource} [method] --help' to get more information about specific methods.\n\n"
 444   banner += "The #{resource} resource supports the following methods:"
 445   banner += "\n\n"
 446   discovery_document["resources"][resource.pluralize]["methods"].
 447     each do |k,v|
 448     description = ''
 449     if v.include? "description"
 450       # add only the first line of the discovery doc description
 451       description = '  ' + v["description"].split("\n").first.chomp
 452     end
 453     banner += "   #{sprintf("%20s",k)}#{description}\n"
 454   end
 455   banner += "\n"
 456   STDERR.puts banner
 457
 458   if not method.nil? and method != '--help' and method != '-h' then
 459     abort "Unknown method #{method.inspect} " +
 460                   "for resource #{resource.inspect}"
 461   end
 462   exit 255
 463 end
 464
 465 def help_resources(option_parser, discovery_document, resource)
 466   option_parser.educate
 467   exit 255
 468 end
 469
 470 def resource_types discovery_document
 471   resource_types = Array.new()
 472   discovery_document["resources"].each do |k,v|
 473     resource_types << k.singularize
 474   end
 475   resource_types
 476 end
 477
 478 def parse_arguments(discovery_document, subcommands)
 479   resources_and_subcommands = resource_types(discovery_document) + subcommands
 480
 481   option_parser = Trollop::Parser.new do
 482     version __FILE__
 483     banner head_banner
 484     banner "Usage: arv [--flags] subcommand|resource [method] [--parameters]"
 485     banner ""
 486     banner "Available flags:"
 487
 488     opt :dry_run, "Don't actually do anything", :short => "-n"
 489     opt :verbose, "Print some things on stderr"
 490     opt :format,
 491         "Set the output format. Must be one of json (default), yaml or uuid.",
 492         :type => :string,
 493         :default => 'json'
 494     opt :short, "Return only UUIDs (equivalent to --format=uuid)"
 495
 496     banner ""
 497     banner "Use 'arv subcommand|resource --help' to get more information about a particular command or resource."
 498     banner ""
 499     banner "Available subcommands: #{subcommands.join(', ')}"
 500     banner ""
 501
 502     banner "Available resources: #{discovery_document['resources'].keys.map { |k| k.singularize }.join(', ')}"
 503
 504     banner ""
 505     banner "Additional options:"
 506
 507     conflicts :short, :format
 508     stop_on resources_and_subcommands
 509   end
 510
 511   global_opts = Trollop::with_standard_exception_handling option_parser do
 512     o = option_parser.parse ARGV
 513   end
 514
 515   unless %w(json yaml uuid).include?(global_opts[:format])
 516     $stderr.puts "#{$0}: --format must be one of json, yaml or uuid."
 517     $stderr.puts "Use #{$0} --help for more information."
 518     abort
 519   end
 520
 521   if global_opts[:short]
 522     global_opts[:format] = 'uuid'
 523   end
 524
 525   resource = ARGV.shift
 526
 527   if not subcommands.include? resource
 528     if not resources_and_subcommands.include?(resource)
 529       puts "Resource or subcommand '#{resource}' is not recognized.\n\n" if !resource.nil?
 530       help_resources(option_parser, discovery_document, resource)
 531     end
 532
 533     method = ARGV.shift
 534     if not (discovery_document["resources"][resource.pluralize]["methods"].
 535             include?(method))
 536       help_methods(discovery_document, resource, method)
 537     end
 538
 539     discovered_params = discovery_document\
 540     ["resources"][resource.pluralize]\
 541     ["methods"][method]["parameters"]
 542     method_opts = Trollop::options do
 543       banner head_banner
 544       banner "Usage: arv #{resource} #{method} [--parameters]"
 545       banner ""
 546       banner "This method supports the following parameters:"
 547       banner ""
 548       discovered_params.each do |k,v|
 549         opts = Hash.new()
 550         opts[:type] = v["type"].to_sym if v.include?("type")
 551         if [:datetime, :text, :object, :array].index opts[:type]
 552           opts[:type] = :string                       # else trollop bork
 553         end
 554         opts[:default] = v["default"] if v.include?("default")
 555         opts[:default] = v["default"].to_i if opts[:type] == :integer
 556         opts[:default] = to_boolean(v["default"]) if opts[:type] == :boolean
 557         opts[:required] = true if v.include?("required") and v["required"]
 558         description = ''
 559         description = '  ' + v["description"] if v.include?("description")
 560         opt k.to_sym, description, opts
 561       end
 562
 563       body_object = discovery_document["resources"][resource.pluralize]["methods"][method]["request"]
 564       if body_object and discovered_params[resource].nil?
 565         is_required = true
 566         if body_object["required"] == false
 567           is_required = false
 568         end
 569         opt resource.to_sym, "#{resource} (request body)", {
 570           required: is_required,
 571           type: :string
 572         }
 573       end
 574     end
 575
 576     discovered_params.each do |k,v|
 577       k = k.to_sym
 578       if ['object', 'array'].index(v["type"]) and method_opts.has_key? k
 579         if method_opts[k].andand.match /^\//
 580           method_opts[k] = File.open method_opts[k], 'rb' do |f| f.read end
 581         end
 582       end
 583     end
 584   end
 585
 586   return resource, method, method_opts, global_opts, ARGV
 587 end
 588
 589 #
 590 # ENTRY POINT
 591 #
 592
 593 init_config
 594
 595 ENV['ARVADOS_API_VERSION'] ||= 'v1'
 596
 597 if not ENV.include?('ARVADOS_API_HOST') or not ENV.include?('ARVADOS_API_TOKEN') then
 598   abort <<-EOS
 599 ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN need to be defined as environment variables.
 600   EOS
 601 end
 602
 603 # do this if you're testing with a dev server and you don't care about SSL certificate checks:
 604 if ENV['ARVADOS_API_HOST_INSECURE']
 605   suppress_warnings { OpenSSL::SSL::VERIFY_PEER = OpenSSL::SSL::VERIFY_NONE }
 606 end
 607
 608 begin
 609   client = ArvadosClient.new(:host => ENV['ARVADOS_API_HOST'], :application_name => 'arvados-cli', :application_version => '1.0')
 610   arvados = client.discovered_api('arvados', ENV['ARVADOS_API_VERSION'])
 611 rescue Exception => e
 612   puts "Failed to connect to Arvados API server: #{e}"
 613   exit 1
 614 end
 615
 616 # Parse arguments here
 617 resource_schema, method, method_opts, global_opts, remaining_opts = parse_arguments(arvados.discovery_document, subcommands)
 618
 619 check_subcommands client, arvados, resource_schema, global_opts, remaining_opts
 620
 621 controller = resource_schema.pluralize
 622
 623 api_method = 'arvados.' + controller + '.' + method
 624
 625 if global_opts[:dry_run]
 626   if global_opts[:verbose]
 627     $stderr.puts "#{api_method} #{method_opts.inspect}"
 628   end
 629   exit
 630 end
 631
 632 request_parameters = {_profile:true}.merge(method_opts)
 633 resource_body = request_parameters.delete(resource_schema.to_sym)
 634 if resource_body
 635   request_body = {
 636     resource_schema => resource_body
 637   }
 638 else
 639   request_body = nil
 640 end
 641
 642 case api_method
 643 when
 644   'arvados.jobs.log_tail_follow'
 645
 646   # Special case for methods that respond with data streams rather
 647   # than JSON (TODO: use the discovery document instead of a static
 648   # list of methods)
 649   uri_s = eval(api_method).generate_uri(request_parameters)
 650   Curl::Easy.perform(uri_s) do |curl|
 651     curl.headers['Accept'] = 'text/plain'
 652     curl.headers['Authorization'] = "OAuth2 #{ENV['ARVADOS_API_TOKEN']}"
 653     if ENV['ARVADOS_API_HOST_INSECURE']
 654       curl.ssl_verify_peer = false
 655       curl.ssl_verify_host = false
 656     end
 657     if global_opts[:verbose]
 658       curl.on_header { |data| $stderr.write data }
 659     end
 660     curl.on_body { |data| $stdout.write data }
 661   end
 662   exit 0
 663 else
 664   result = client.execute(:api_method => eval(api_method),
 665                           :parameters => request_parameters,
 666                           :body_object => request_body,
 667                           :authenticated => false,
 668                           :headers => {
 669                             authorization: 'OAuth2 '+ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 670                           })
 671 end
 672
 673 begin
 674   results = JSON.parse result.body
 675 rescue JSON::ParserError => e
 676   abort "Failed to parse server response:\n" + e.to_s
 677 end
 678
 679 if results["errors"] then
 680   abort "Error: #{results["errors"][0]}"
 681 end
 682
 683 case global_opts[:format]
 684 when 'json'
 685   puts Oj.dump(results, :indent => 1)
 686 when 'yaml'
 687   puts results.to_yaml
 688 else
 689   if results["items"] and results["kind"].match /list$/i
 690     results['items'].each do |i| puts i['uuid'] end
 691   elsif results['uuid'].nil?
 692     abort("Response did not include a uuid:\n" +
 693           Oj.dump(results, :indent => 1) +
 694           "\n")
 695   else
 696     puts results['uuid']
 697   end
 698 end