sdk/cwl/arvados_cwl/arv-cwl-schema-v1.2.yml

   1 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   4
   5 $base: "http://arvados.org/cwl#"
   6 $namespaces:
   7   cwl: "https://w3id.org/cwl/cwl#"
   8   cwltool: "http://commonwl.org/cwltool#"
   9 $graph:
  10 - $import: https://w3id.org/cwl/CommonWorkflowLanguage.yml
  11
  12 - name: cwltool:Secrets
  13   type: record
  14   inVocab: false
  15   extends: cwl:ProcessRequirement
  16   fields:
  17     class:
  18       type: string
  19       doc: "Always 'Secrets'"
  20       jsonldPredicate:
  21         "_id": "@type"
  22         "_type": "@vocab"
  23     secrets:
  24       type: string[]
  25       doc: |
  26         List one or more input parameters that are sensitive (such as passwords)
  27         which will be deliberately obscured from logging.
  28       jsonldPredicate:
  29         "_type": "@id"
  30         refScope: 0
  31
  32 - name: RunInSingleContainer
  33   type: record
  34   extends: cwl:ProcessRequirement
  35   inVocab: false
  36   doc: |
  37     Indicates that a subworkflow should run in a single container
  38     and not be scheduled as separate steps.
  39   fields:
  40     - name: class
  41       type: string
  42       doc: "Always 'arv:RunInSingleContainer'"
  43       jsonldPredicate:
  44         _id: "@type"
  45         _type: "@vocab"
  46
  47 - name: OutputDirType
  48   type: enum
  49   symbols:
  50     - local_output_dir
  51     - keep_output_dir
  52   doc:
  53     - |
  54       local_output_dir: Use regular file system local to the compute node.
  55       There must be sufficient local scratch space to store entire output;
  56       specify this with `outdirMin` of `ResourceRequirement`.  Files are
  57       batch uploaded to Keep when the process completes.  Most compatible, but
  58       upload step can be time consuming for very large files.
  59     - |
  60       keep_output_dir: Use writable Keep mount.  Files are streamed to Keep as
  61       they are written.  Does not consume local scratch space, but does consume
  62       RAM for output buffers (up to 192 MiB per file simultaneously open for
  63       writing.)  Best suited to processes which produce sequential output of
  64       large files (non-sequential writes may produced fragmented file
  65       manifests).  Supports regular files and directories, does not support
  66       special files such as symlinks, hard links, named pipes, named sockets,
  67       or device nodes.
  68
  69
  70 - name: RuntimeConstraints
  71   type: record
  72   extends: cwl:ProcessRequirement
  73   inVocab: false
  74   doc: |
  75     Set Arvados-specific runtime hints.
  76   fields:
  77     - name: class
  78       type: string
  79       doc: "Always 'arv:RuntimeConstraints'"
  80       jsonldPredicate:
  81         _id: "@type"
  82         _type: "@vocab"
  83     - name: keep_cache
  84       type: int?
  85       doc: |
  86         Size of file data buffer for Keep mount in MiB. Default is 256
  87         MiB. Increase this to reduce cache thrashing in situations such as
  88         accessing multiple large (64+ MiB) files at the same time, or
  89         performing random access on a large file.
  90     - name: outputDirType
  91       type: OutputDirType?
  92       doc: |
  93         Preferred backing store for output staging.  If not specified, the
  94         system may choose which one to use.
  95
  96 - name: PartitionRequirement
  97   type: record
  98   extends: cwl:ProcessRequirement
  99   inVocab: false
 100   doc: |
 101     Select preferred compute partitions on which to run jobs.
 102   fields:
 103     - name: class
 104       type: string
 105       doc: "Always 'arv:PartitionRequirement'"
 106       jsonldPredicate:
 107         _id: "@type"
 108         _type: "@vocab"
 109     - name: partition
 110       type:
 111         - string
 112         - string[]
 113
 114 - name: APIRequirement
 115   type: record
 116   extends: cwl:ProcessRequirement
 117   inVocab: false
 118   doc: |
 119     Indicates that process wants to access to the Arvados API.  Will be granted
 120     limited network access and have ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN set
 121     in the environment.
 122   fields:
 123     - name: class
 124       type: string
 125       doc: "Always 'arv:APIRequirement'"
 126       jsonldPredicate:
 127         _id: "@type"
 128         _type: "@vocab"
 129
 130 - name: IntermediateOutput
 131   type: record
 132   extends: cwl:ProcessRequirement
 133   inVocab: false
 134   doc: |
 135     Specify desired handling of intermediate output collections.
 136   fields:
 137     class:
 138       type: string
 139       doc: "Always 'arv:IntermediateOutput'"
 140       jsonldPredicate:
 141         _id: "@type"
 142         _type: "@vocab"
 143     outputTTL:
 144       type: int
 145       doc: |
 146         If the value is greater than zero, consider intermediate output
 147         collections to be temporary and should be automatically
 148         trashed. Temporary collections will be trashed `outputTTL` seconds
 149         after creation.  A value of zero means intermediate output should be
 150         retained indefinitely (this is the default behavior).
 151
 152         Note: arvados-cwl-runner currently does not take workflow dependencies
 153         into account when setting the TTL on an intermediate output
 154         collection. If the TTL is too short, it is possible for a collection to
 155         be trashed before downstream steps that consume it are started.  The
 156         recommended minimum value for TTL is the expected duration of the
 157         entire the workflow.
 158
 159 - name: WorkflowRunnerResources
 160   type: record
 161   extends: cwl:ProcessRequirement
 162   inVocab: false
 163   doc: |
 164     Specify memory or cores resource request for the CWL runner process itself.
 165   fields:
 166     class:
 167       type: string
 168       doc: "Always 'arv:WorkflowRunnerResources'"
 169       jsonldPredicate:
 170         _id: "@type"
 171         _type: "@vocab"
 172     ramMin:
 173       type: int?
 174       doc: Minimum RAM, in mebibytes (2**20)
 175       jsonldPredicate: "https://w3id.org/cwl/cwl#ResourceRequirement/ramMin"
 176     coresMin:
 177       type: int?
 178       doc: Minimum cores allocated to cwl-runner
 179       jsonldPredicate: "https://w3id.org/cwl/cwl#ResourceRequirement/coresMin"
 180     keep_cache:
 181       type: int?
 182       doc: |
 183         Size of collection metadata cache for the workflow runner, in
 184         MiB.  Default 256 MiB.  Will be added on to the RAM request
 185         when determining node size to request.
 186       jsonldPredicate: "http://arvados.org/cwl#RuntimeConstraints/keep_cache"
 187     acrContainerImage:
 188       type: string?
 189       doc: |
 190         The container image containing the correct version of
 191         arvados-cwl-runner to use when invoking the workflow on
 192         Arvados.
 193
 194 - name: ClusterTarget
 195   type: record
 196   extends: cwl:ProcessRequirement
 197   inVocab: false
 198   doc: |
 199     Specify where a workflow step should run
 200   fields:
 201     class:
 202       type: string
 203       doc: "Always 'arv:ClusterTarget'"
 204       jsonldPredicate:
 205         _id: "@type"
 206         _type: "@vocab"
 207     cluster_id:
 208       type: string?
 209       doc: The cluster to run the container
 210     project_uuid:
 211       type: string?
 212       doc: The project that will own the container requests and intermediate collections
 213
 214
 215 - name: OutputStorageClass
 216   type: record
 217   extends: cwl:ProcessRequirement
 218   inVocab: false
 219   doc: |
 220     Specify the storage class to be used for intermediate and final output
 221   fields:
 222     class:
 223       type: string
 224       doc: "Always 'arv:StorageClassHint"
 225       jsonldPredicate:
 226         _id: "@type"
 227         _type: "@vocab"
 228     intermediateStorageClass:
 229       type:
 230         - "null"
 231         - string
 232         - type: array
 233           items: string
 234       doc: One or more storages classes
 235     finalStorageClass:
 236       type:
 237         - "null"
 238         - string
 239         - type: array
 240           items: string
 241       doc: One or more storages classes
 242
 243
 244 - type: record
 245   name: PropertyDef
 246   doc: |
 247     Define a property that will be set on the submitted container
 248     request associated with this workflow or step.
 249   fields:
 250     - name: propertyName
 251       type: string
 252       doc: The property key
 253     - name: propertyValue
 254       type: [Any]
 255       doc: The property value
 256
 257
 258 - name: ProcessProperties
 259   type: record
 260   extends: cwl:ProcessRequirement
 261   inVocab: false
 262   doc: |
 263     Specify metadata properties that will be set on the submitted
 264     container request associated with this workflow or step.
 265   fields:
 266     class:
 267       type: string
 268       doc: "Always 'arv:ProcessProperties"
 269       jsonldPredicate:
 270         _id: "@type"
 271         _type: "@vocab"
 272     processProperties:
 273       type: PropertyDef[]
 274       jsonldPredicate:
 275         mapSubject: propertyName
 276         mapPredicate: propertyValue
 277
 278
 279 - name: cwltool:CUDARequirement
 280   type: record
 281   extends: cwl:ProcessRequirement
 282   inVocab: false
 283   doc: |
 284     Require support for NVIDA CUDA (GPU hardware acceleration).
 285   fields:
 286     class:
 287       type: string
 288       doc: 'cwltool:CUDARequirement'
 289       jsonldPredicate:
 290         _id: "@type"
 291         _type: "@vocab"
 292     cudaVersionMin:
 293       type: string
 294       doc: |
 295         Minimum CUDA version to run the software, in X.Y format.  This
 296         corresponds to a CUDA SDK release.  When running directly on
 297         the host (not in a container) the host must have a compatible
 298         CUDA SDK (matching the exact version, or, starting with CUDA
 299         11.3, matching major version).  When run in a container, the
 300         container image should provide the CUDA runtime, and the host
 301         driver is injected into the container.  In this case, because
 302         CUDA drivers are backwards compatible, it is possible to
 303         use an older SDK with a newer driver across major versions.
 304
 305         See https://docs.nvidia.com/deploy/cuda-compatibility/ for
 306         details.
 307     cudaComputeCapability:
 308       type:
 309         - 'string'
 310         - 'string[]'
 311       doc: |
 312         CUDA hardware capability required to run the software, in X.Y
 313         format.
 314
 315         * If this is a single value, it defines only the minimum
 316           compute capability.  GPUs with higher capability are also
 317           accepted.
 318
 319         * If it is an array value, then only select GPUs with compute
 320           capabilities that explicitly appear in the array.
 321     cudaDeviceCountMin:
 322       type: ['null', int, cwl:Expression]
 323       default: 1
 324       doc: |
 325         Minimum number of GPU devices to request.  If not specified,
 326         same as `cudaDeviceCountMax`.  If neither are specified,
 327         default 1.
 328     cudaDeviceCountMax:
 329       type: ['null', int, cwl:Expression]
 330       doc: |
 331         Maximum number of GPU devices to request.  If not specified,
 332         same as `cudaDeviceCountMin`.
 333
 334 - name: UsePreemptible
 335   type: record
 336   extends: cwl:ProcessRequirement
 337   inVocab: false
 338   doc: |
 339     Specify a workflow step should opt-in or opt-out of using preemptible (spot) instances.
 340   fields:
 341     class:
 342       type: string
 343       doc: "Always 'arv:UsePreemptible"
 344       jsonldPredicate:
 345         _id: "@type"
 346         _type: "@vocab"
 347     usePreemptible: boolean
 348
 349 - name: OutputCollectionProperties
 350   type: record
 351   extends: cwl:ProcessRequirement
 352   inVocab: false
 353   doc: |
 354     Specify metadata properties that will be set on the output
 355     collection associated with this workflow or step.
 356   fields:
 357     class:
 358       type: string
 359       doc: "Always 'arv:OutputCollectionProperties"
 360       jsonldPredicate:
 361         _id: "@type"
 362         _type: "@vocab"
 363     outputProperties:
 364       type: PropertyDef[]
 365       jsonldPredicate:
 366         mapSubject: propertyName
 367         mapPredicate: propertyValue
 368
 369
 370 - name: KeepCacheType
 371   type: enum
 372   symbols:
 373     - ram_cache
 374     - disk_cache
 375   doc:
 376     - |
 377         ram_cache: Keep blocks will be cached in RAM only.
 378     - |
 379         disk_cache: Keep blocks will be cached to disk and
 380         memory-mapped.  The disk cache leverages the kernel's virtual
 381         memory system so "hot" data will generally still be kept in
 382         RAM.
 383
 384 - name: KeepCacheTypeRequirement
 385   type: record
 386   extends: cwl:ProcessRequirement
 387   inVocab: false
 388   doc: |
 389     Choose keep cache strategy.
 390   fields:
 391     - name: class
 392       type: string
 393       doc: "'arv:KeepCacheTypeRequirement'"
 394       jsonldPredicate:
 395         _id: "@type"
 396         _type: "@vocab"
 397     - name: keepCacheType
 398       type: KeepCacheType?
 399       doc: |
 400         Whether Keep blocks loaded by arv-mount should be kept in RAM
 401         only or written to disk and memory-mapped.  The disk cache
 402         leverages the kernel's virtual memory system so "hot" data will
 403         generally still be kept in RAM.
 404
 405
 406 - name: OutOfMemoryRetry
 407   type: record
 408   extends: cwl:ProcessRequirement
 409   inVocab: false
 410   doc: |
 411     Detect when a failed tool run may have run out of memory, and
 412     re-submit the container with more RAM.
 413   fields:
 414     - name: class
 415       type: string
 416       doc: "'arv:OutOfMemoryRetry"
 417       jsonldPredicate:
 418         _id: "@type"
 419         _type: "@vocab"
 420     - name: memoryErrorRegex
 421       type: string?
 422       doc: |
 423         A regular expression that will be used on the text of stdout
 424         and stderr produced by the tool to determine if a failed job
 425         should be retried with more RAM.  By default, searches for the
 426         substrings 'bad_alloc' and 'OutOfMemory'.
 427     - name: memoryRetryMultipler
 428       type: float
 429       doc: |
 430         If the container failed on its first run, re-submit the
 431         container with the RAM request multiplied by this factor.
 432
 433 - name: SeparateRunner
 434   type: record
 435   extends: cwl:ProcessRequirement
 436   inVocab: false
 437   doc: |
 438     Indicates that a subworkflow should run in a separate
 439     arvados-cwl-runner process.
 440   fields:
 441     - name: class
 442       type: string
 443       doc: "Always 'arv:SeparateRunner'"
 444       jsonldPredicate:
 445         _id: "@type"
 446         _type: "@vocab"
 447     - name: runnerProcessName
 448       type: ['null', string, cwl:Expression]
 449       doc: |
 450         Custom name to use for the runner process