apps/workbench/app/controllers/pipeline_instances_controller.rb

   1 class PipelineInstancesController < ApplicationController
   2   skip_before_filter :find_object_by_uuid, only: :compare
   3   before_filter :find_objects_by_uuid, only: :compare
   4   include PipelineInstancesHelper
   5
   6   def copy
   7     @object = @object.dup
   8     @object.components.each do |cname, component|
   9       component.delete :job
  10     end
  11     @object.state = 'New'
  12     super
  13   end
  14
  15   def update
  16     @updates ||= params[@object.class.to_s.underscore.singularize.to_sym]
  17     if (components = @updates[:components])
  18       components.each do |cname, component|
  19         if component[:script_parameters]
  20           component[:script_parameters].each do |param, value_info|
  21             if value_info.is_a? Hash
  22               if resource_class_for_uuid(value_info[:value]) == Link
  23                 # Use the link target, not the link itself, as script
  24                 # parameter; but keep the link info around as well.
  25                 link = Link.find value_info[:value]
  26                 value_info[:value] = link.head_uuid
  27                 value_info[:link_uuid] = link.uuid
  28                 value_info[:link_name] = link.name
  29               else
  30                 # Delete stale link_uuid and link_name data.
  31                 value_info[:link_uuid] = nil
  32                 value_info[:link_name] = nil
  33               end
  34             end
  35           end
  36         end
  37       end
  38     end
  39     super
  40   end
  41
  42   def graph(pipelines)
  43     count = {}
  44     provenance = {}
  45     pips = {}
  46     n = 1
  47
  48     pipelines.each do |p|
  49       collections = []
  50
  51       p.components.each do |k, v|
  52         j = v[:job] || next
  53
  54         # The graph is interested in whether the component is
  55         # indicated as persistent, more than whether the job
  56         # satisfying it (which could have been reused, or someone
  57         # else's) is.
  58         j[:output_is_persistent] = v[:output_is_persistent]
  59
  60         uuid = j[:uuid].intern
  61         provenance[uuid] = j
  62         pips[uuid] = 0 unless pips[uuid] != nil
  63         pips[uuid] |= n
  64
  65         collections << j[:output]
  66         ProvenanceHelper::find_collections(j[:script_parameters]).each do |k|
  67           collections << k
  68         end
  69
  70         uuid = j[:script_version].intern
  71         provenance[uuid] = {:uuid => uuid}
  72         pips[uuid] = 0 unless pips[uuid] != nil
  73         pips[uuid] |= n
  74       end
  75
  76       Collection.where(uuid: collections.compact).each do |c|
  77         uuid = c.uuid.intern
  78         provenance[uuid] = c
  79         pips[uuid] = 0 unless pips[uuid] != nil
  80         pips[uuid] |= n
  81       end
  82
  83       n = n << 1
  84     end
  85
  86     return provenance, pips
  87   end
  88
  89   def show
  90     @pipelines = [@object]
  91
  92     if params[:compare]
  93       PipelineInstance.where(uuid: params[:compare]).each do |p|
  94         @pipelines << p
  95       end
  96     end
  97
  98     provenance, pips = graph(@pipelines)
  99
 100     @prov_svg = ProvenanceHelper::create_provenance_graph provenance, "provenance_svg", {
 101       :request => request,
 102       :all_script_parameters => true,
 103       :combine_jobs => :script_and_version,
 104       :script_version_nodes => true,
 105       :pips => pips }
 106     super
 107   end
 108
 109   def compare
 110     @breadcrumb_page_name = 'compare'
 111
 112     @rows = []          # each is {name: S, components: [...]}
 113
 114     # Build a table: x=pipeline y=component
 115     @objects.each_with_index do |pi, pi_index|
 116       pipeline_jobs(pi).each do |component|
 117         # Find a cell with the same name as this component but no
 118         # entry for this pipeline
 119         target_row = nil
 120         @rows.each_with_index do |row, row_index|
 121           if row[:name] == component[:name] and !row[:components][pi_index]
 122             target_row = row
 123           end
 124         end
 125         if !target_row
 126           target_row = {name: component[:name], components: []}
 127           @rows << target_row
 128         end
 129         target_row[:components][pi_index] = component
 130       end
 131     end
 132
 133     @rows.each do |row|
 134       # Build a "normal" pseudo-component for this row by picking the
 135       # most common value for each attribute. If all values are
 136       # equally common, there is no "normal".
 137       normal = {}              # attr => most common value
 138       highscore = {}           # attr => how common "normal" is
 139       score = {}               # attr => { value => how common }
 140       row[:components].each do |pj|
 141         next if pj.nil?
 142         pj.each do |k,v|
 143           vstr = for_comparison v
 144           score[k] ||= {}
 145           score[k][vstr] = (score[k][vstr] || 0) + 1
 146           highscore[k] ||= 0
 147           if score[k][vstr] == highscore[k]
 148             # tie for first place = no "normal"
 149             normal.delete k
 150           elsif score[k][vstr] == highscore[k] + 1
 151             # more pipelines have v than anything else
 152             highscore[k] = score[k][vstr]
 153             normal[k] = vstr
 154           end
 155         end
 156       end
 157
 158       # Add a hash in component[:is_normal]: { attr => is_the_value_normal? }
 159       row[:components].each do |pj|
 160         next if pj.nil?
 161         pj[:is_normal] = {}
 162         pj.each do |k,v|
 163           pj[:is_normal][k] = (normal.has_key?(k) && normal[k] == for_comparison(v))
 164         end
 165       end
 166     end
 167
 168     provenance, pips = graph(@objects)
 169
 170     @pipelines = @objects
 171
 172     @prov_svg = ProvenanceHelper::create_provenance_graph provenance, "provenance_svg", {
 173       :request => request,
 174       :all_script_parameters => true,
 175       :combine_jobs => :script_and_version,
 176       :script_version_nodes => true,
 177       :pips => pips }
 178     @object = @objects.first
 179   end
 180
 181   def show_pane_list
 182     panes = %w(Components Graph Advanced)
 183     if @object and @object.state.in? ['New', 'Ready']
 184       panes = %w(Inputs) + panes
 185     end
 186     if not @object.components.values.collect { |x| x['job'] }.compact.any?
 187       panes -= ['Graph']
 188     end
 189     panes
 190   end
 191
 192   def compare_pane_list
 193     %w(Compare Graph)
 194   end
 195
 196   def index
 197     @limit = 20
 198     super
 199   end
 200
 201   protected
 202   def for_comparison v
 203     if v.is_a? Hash or v.is_a? Array
 204       v.to_json
 205     else
 206       v.to_s
 207     end
 208   end
 209
 210   def find_objects_by_uuid
 211     @objects = model_class.where(uuid: params[:uuids])
 212   end
 213
 214 end