sdk/cwl/tests/test_job.py

   1 import unittest
   2 import mock
   3 import arvados_cwl
   4
   5 class TestJob(unittest.TestCase):
   6
   7     # The test passes no builder.resources
   8     # Hence the default resources will apply: {'cores': 1, 'ram': 1024, 'outdirSize': 1024, 'tmpdirSize': 1024}
   9     def test_run(self):
  10         runner = mock.MagicMock()
  11         runner.project_uuid = "zzzzz-8i9sb-zzzzzzzzzzzzzzz"
  12         tool = {
  13             "inputs": [],
  14             "outputs": [],
  15             "baseCommand": "ls"
  16         }
  17         arvtool = arvados_cwl.ArvadosCommandTool(runner, tool)
  18         arvtool.formatgraph = None
  19         for j in arvtool.job({}, "", mock.MagicMock()):
  20             j.run()
  21         runner.api.jobs().create.assert_called_with(body={
  22             'owner_uuid': 'zzzzz-8i9sb-zzzzzzzzzzzzzzz',
  23             'runtime_constraints': {},
  24             'script_parameters': {
  25                 'tasks': [{
  26                     'task.env': {'TMPDIR': '$(task.tmpdir)'},
  27                     'command': ['ls']
  28                 }],
  29                 'crunchrunner': 'ff6fc71e593081ef9733afacaeee15ea+140/crunchrunner'
  30             },
  31             'script_version': 'master',
  32             'minimum_script_version': '9e5b98e8f5f4727856b53447191f9c06e3da2ba6',
  33             'repository': 'arvados',
  34             'script': 'crunchrunner',
  35             'runtime_constraints': {
  36                 'min_cores_per_node': 1,
  37                 'min_ram_mb_per_node': 1024,
  38                 'min_scratch_mb_per_node': 2048 # tmpdirSize + outdirSize
  39             }
  40         }, find_or_create=True)
  41
  42     # The test passes some fields in builder.resources
  43     # For the remaining fields, the defaults will apply: {'cores': 1, 'ram': 1024, 'outdirSize': 1024, 'tmpdirSize': 1024}
  44     def test_resource_requirements(self):
  45         runner = mock.MagicMock()
  46         runner.project_uuid = "zzzzz-8i9sb-zzzzzzzzzzzzzzz"
  47         tool = {
  48             "inputs": [],
  49             "outputs": [],
  50             "hints": [{
  51                 "class": "ResourceRequirement",
  52                 "coresMin": 3,
  53                 "ramMin": 3000,
  54                 "tmpdirMin": 4000
  55             }],
  56             "baseCommand": "ls"
  57         }
  58         arvtool = arvados_cwl.ArvadosCommandTool(runner, tool)
  59         arvtool.formatgraph = None
  60         for j in arvtool.job({}, "", mock.MagicMock()):
  61             j.run()
  62         runner.api.jobs().create.assert_called_with(body={
  63             'owner_uuid': 'zzzzz-8i9sb-zzzzzzzzzzzzzzz',
  64             'runtime_constraints': {},
  65             'script_parameters': {
  66                 'tasks': [{
  67                     'task.env': {'TMPDIR': '$(task.tmpdir)'},
  68                     'command': ['ls']
  69                 }],
  70                 'crunchrunner': 'ff6fc71e593081ef9733afacaeee15ea+140/crunchrunner'
  71             },
  72             'script_version': 'master',
  73             'minimum_script_version': '9e5b98e8f5f4727856b53447191f9c06e3da2ba6',
  74             'repository': 'arvados',
  75             'script': 'crunchrunner',
  76             'runtime_constraints': {
  77                 'min_cores_per_node': 3,
  78                 'min_ram_mb_per_node': 3000,
  79                 'min_scratch_mb_per_node': 5024 # tmpdirSize + outdirSize
  80             }
  81         }, find_or_create=True)