crunch_scripts/bwa-index

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 import arvados
   4 import arvados_bwa
   5 import os
   6 import re
   7 import sys
   8
   9 this_job = arvados.current_job()
  10 this_task = arvados.current_task()
  11 ref_dir = arvados.util.collection_extract(
  12     collection = this_job['script_parameters']['input'],
  13     path = 'reference',
  14     decompress = False)
  15
  16 ref_fasta_files = (os.path.join(ref_dir, f)
  17                    for f in os.listdir(ref_dir)
  18                    if re.search(r'\.fasta(\.gz)?$', f))
  19
  20 # build reference index
  21 arvados_bwa.run('index',
  22                 ['-a', 'bwtsw'] + list(ref_fasta_files))
  23
  24 # move output files to new empty directory
  25 out_dir = os.path.join(arvados.current_task().tmpdir, 'out')
  26 arvados.util.run_command(['rm', '-rf', out_dir], stderr=sys.stderr)
  27 os.mkdir(out_dir)
  28 for f in os.listdir(ref_dir):
  29     if re.search(r'\.(amb|ann|bwt|pac|rbwt|rpac|rsa|sa)$', f):
  30         sys.stderr.write("bwa output: %s (%d)\n" %
  31                          (f, os.stat(os.path.join(ref_dir, f)).st_size))
  32         os.rename(os.path.join(ref_dir, f),
  33                   os.path.join(out_dir, f))
  34
  35 # store output
  36 out = arvados.CollectionWriter()
  37 out.write_directory_tree(out_dir, max_manifest_depth=0)
  38 this_task.set_output(out.finish())