build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  23 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  24                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  25 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  26                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  27                subsequent invocations.
  28 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  29 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  30 --skip-install Do not run any install steps. Just run tests.
  31                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  32                from a previous invocation if you use this option.
  33 --only-install Run specific install step
  34 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  36 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
  37                (If none given, leave config files alone in source tree.)
  38 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  39                Restrict apiserver tests to the given file
  40 sdk/python_test="--test-suite test.test_keep_locator"
  41                Restrict Python SDK tests to the given class
  42 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  43                Restrict Workbench tests to the given file
  44 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  45                Show all log messages, even when tests pass (also works
  46                with services/keepstore_test etc.)
  47 ARVADOS_DEBUG=1
  48                Print more debug messages
  49 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  50                *_test, and other examples shown above.
  51
  52 Assuming --skip-install is not given, all components are installed
  53 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  54 test suites depend on other components being installed, and installing
  55 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  56
  57 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  58 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  59
  60 More information and background:
  61
  62 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  63
  64 Available tests:
  65
  66 apps/workbench (*)
  67 apps/workbench_units (*)
  68 apps/workbench_functionals (*)
  69 apps/workbench_integration (*)
  70 apps/workbench_benchmark
  71 apps/workbench_profile
  72 cmd/arvados-client
  73 doc
  74 lib/cli
  75 lib/cmd
  76 lib/crunchstat
  77 services/api
  78 services/arv-git-httpd
  79 services/crunchstat
  80 services/dispatchcloud
  81 services/dockercleaner
  82 services/fuse
  83 services/health
  84 services/keep-web
  85 services/keepproxy
  86 services/keepstore
  87 services/keep-balance
  88 services/login-sync
  89 services/nodemanager
  90 services/nodemanager_integration
  91 services/crunch-run
  92 services/crunch-dispatch-local
  93 services/crunch-dispatch-slurm
  94 services/ws
  95 sdk/cli
  96 sdk/pam
  97 sdk/python
  98 sdk/python:py3
  99 sdk/ruby
 100 sdk/go/arvados
 101 sdk/go/arvadosclient
 102 sdk/go/dispatch
 103 sdk/go/keepclient
 104 sdk/go/health
 105 sdk/go/httpserver
 106 sdk/go/manifest
 107 sdk/go/blockdigest
 108 sdk/go/asyncbuf
 109 sdk/go/stats
 110 sdk/go/crunchrunner
 111 sdk/cwl
 112 sdk/R
 113 tools/sync-groups
 114 tools/crunchstat-summary
 115 tools/keep-exercise
 116 tools/keep-rsync
 117 tools/keep-block-check
 118
 119 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 120     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 121
 122 EOF
 123
 124 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 125 # environment that could interfere with the tests.
 126 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 127
 128 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 129 # accident.
 130 GITDIR=
 131 GOPATH=
 132 VENVDIR=
 133 VENV3DIR=
 134 PYTHONPATH=
 135 GEMHOME=
 136 PERLINSTALLBASE=
 137 R_LIBS=
 138
 139 short=
 140 only_install=
 141 temp=
 142 temp_preserve=
 143
 144 clear_temp() {
 145     if [[ -z "$temp" ]]; then
 146         # we didn't even get as far as making a temp dir
 147         :
 148     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 149         rm -rf "$temp"
 150     else
 151         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 152     fi
 153 }
 154
 155 fatal() {
 156     clear_temp
 157     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 158     exit 1
 159 }
 160
 161 exit_cleanly() {
 162     trap - INT
 163     create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 164     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 165     stop_services
 166     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 167     report_outcomes
 168     clear_temp
 169     exit ${#failures}
 170 }
 171
 172 sanity_checks() {
 173     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 174         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 175     echo Checking dependencies:
 176     echo -n 'virtualenv: '
 177     virtualenv --version \
 178         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 179     echo -n 'ruby: '
 180     ruby -v \
 181         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 182     echo -n 'go: '
 183     go version \
 184         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 185     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 8 ]] \
 186         || fatal "Go >= 1.8 required. See http://golang.org/doc/install"
 187     echo -n 'gcc: '
 188     gcc --version | egrep ^gcc \
 189         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 190     echo -n 'fuse.h: '
 191     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 192         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 193     echo -n 'gnutls.h: '
 194     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 195         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 196     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 197     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 198         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 199     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 200     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 201         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 202     echo -n 'nginx: '
 203     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 204         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 205     echo -n 'perl: '
 206     perl -v | grep version \
 207         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 208     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 209         echo -n "perl $mod: "
 210         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 211             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 212     done
 213     echo -n 'gitolite: '
 214     which gitolite \
 215         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 216     echo -n 'npm: '
 217     npm --version \
 218         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 219     echo -n 'cadaver: '
 220     cadaver --version | grep -w cadaver \
 221           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 222     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 223     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 224         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 225     echo -n 'libcurl curl.h: '
 226     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 227         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 228     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 229     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 230         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 231     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
 232     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
 233             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
 234     else
 235             echo "OK"
 236     fi
 237     echo -n 'postgresql: '
 238     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 239     echo -n 'phantomjs: '
 240     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 241     echo -n 'xvfb: '
 242     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 243     echo -n 'graphviz: '
 244     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 245
 246     # R SDK stuff
 247     echo -n 'R: '
 248     which R || fatal "No R. Try: apt-get install r-base"
 249     echo -n 'testthat: '
 250     R -q -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 251     # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 252     pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 253     # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 254     which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 255 }
 256
 257 rotate_logfile() {
 258   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 259   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 260   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 261     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 262     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 263     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 264   fi
 265 }
 266
 267 declare -a failures
 268 declare -A skip
 269 declare -A testargs
 270 skip[apps/workbench_profile]=1
 271
 272 while [[ -n "$1" ]]
 273 do
 274     arg="$1"; shift
 275     case "$arg" in
 276         --help)
 277             echo >&2 "$helpmessage"
 278             echo >&2
 279             exit 1
 280             ;;
 281         --skip)
 282             skip[$1]=1; shift
 283             ;;
 284         --only)
 285             only="$1"; skip[$1]=""; shift
 286             ;;
 287         --short)
 288             short=1
 289             ;;
 290         --skip-install)
 291             only_install=nothing
 292             ;;
 293         --only-install)
 294             only_install="$1"; shift
 295             ;;
 296         --temp)
 297             temp="$1"; shift
 298             temp_preserve=1
 299             ;;
 300         --leave-temp)
 301             temp_preserve=1
 302             ;;
 303         --repeat)
 304             repeat=$((${1}+0)); shift
 305             ;;
 306         --retry)
 307             retry=1
 308             ;;
 309         *_test=*)
 310             suite="${arg%%_test=*}"
 311             args="${arg#*=}"
 312             testargs["$suite"]="$args"
 313             ;;
 314         *=*)
 315             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 316             ;;
 317         *)
 318             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 319             exit 1
 320             ;;
 321     esac
 322 done
 323
 324 start_services() {
 325     echo 'Starting API, keepproxy, keep-web, ws, arv-git-httpd, and nginx ssl proxy...'
 326     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 327         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 328     fi
 329     # Remove empty api.pid file if it exists
 330     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 331         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 332     fi
 333     cd "$WORKSPACE" \
 334         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin) \
 335         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 336         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 337         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 338         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 339         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 340         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 341         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx \
 342         && (env | egrep ^ARVADOS)
 343 }
 344
 345 stop_services() {
 346     if [[ -z "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 347         return
 348     fi
 349     unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 350     cd "$WORKSPACE" \
 351         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 352         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 353         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 354         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 355         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 356         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop
 357 }
 358
 359 interrupt() {
 360     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 361     exit_cleanly
 362 }
 363 trap interrupt INT
 364
 365 sanity_checks
 366
 367 echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 368
 369 if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
 370     # Jenkins expects us to use this by default.
 371     CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
 372 fi
 373
 374 # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 375 cd "$WORKSPACE"
 376 find -name '*.pyc' -delete
 377
 378 if [[ -z "$temp" ]]; then
 379     temp="$(mktemp -d)"
 380 fi
 381
 382 # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 383 for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 384 do
 385     if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 386         eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 387     fi
 388     if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 389         mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 390     fi
 391 done
 392
 393 setup_ruby_environment() {
 394     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 395         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 396         using_rvm=true
 397     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 398         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 399         using_rvm=true
 400     else
 401         using_rvm=false
 402     fi
 403
 404     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 405         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 406         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 407         # the environment to the "current gemset", which would lose
 408         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 409         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 410         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 411         # rvm gemset and use it for everything.
 412
 413         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 414             || fatal 'rvm check'
 415
 416         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 417         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 418         # complaint about not being in first place already.
 419         rvm use @default 2>/dev/null
 420
 421         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 422         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 423         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 424         # ruby to the caller.
 425         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 426         rvm use "@${gemset}" --create \
 427             || fatal 'rvm gemset setup'
 428
 429         rvm env
 430     else
 431         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 432         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 433         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 434         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 435         # should be installed, and we should leave it alone.)
 436
 437         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 438             user_gempath="$(gem env gempath)"
 439             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 440         fi
 441         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 442
 443         # When we build and install our own gems, we install them in our
 444         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 445         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 446         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 447
 448         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 449         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 450         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 451
 452         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 453         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 454         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 455     fi
 456     bundle config || gem install bundler \
 457         || fatal 'install bundler'
 458 }
 459
 460 with_test_gemset() {
 461     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 462         "$@"
 463     else
 464         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 465     fi
 466 }
 467
 468 gem_uninstall_if_exists() {
 469     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 470         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 471     fi
 472 }
 473
 474 setup_virtualenv() {
 475     local venvdest="$1"; shift
 476     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 477         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 478     fi
 479     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 480         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 481         "$venvdest/bin/pip" install 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 482     else
 483         "$venvdest/bin/pip" install 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 484     fi
 485     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
 486     "$venvdest/bin/pip" install 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
 487 }
 488
 489 export PERLINSTALLBASE
 490 export PERLLIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5:${PERLLIB:+$PERLLIB}"
 491
 492 export R_LIBS
 493
 494 export GOPATH
 495 mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
 496 rmdir -v --parents --ignore-fail-on-non-empty "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH"
 497 for d in \
 498     "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados.git" \
 499     "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 500     [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
 501     [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
 502 done
 503 ln -vsnfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" \
 504     || fatal "symlink failed"
 505 go get -v github.com/kardianos/govendor \
 506     || fatal "govendor install failed"
 507 cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" \
 508     || fatal
 509 # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they won't qualify
 510 # as +missing or +external below, and we won't be able to detect that
 511 # they're missing from vendor/vendor.json.
 512 rm -r vendor/*/
 513 go get -v -d ...
 514 "$GOPATH/bin/govendor" sync \
 515     || fatal "govendor sync failed"
 516 [[ -z $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]] \
 517     || fatal "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
 518 * govendor remove +unused
 519 * govendor add +missing +external
 520 "
 521 cd "$WORKSPACE"
 522
 523
 524 setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 525 . "$VENVDIR/bin/activate"
 526
 527 # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 528 pip freeze 2>/dev/null | egrep ^PyYAML= \
 529     || pip install PyYAML >/dev/null \
 530     || fatal "pip install PyYAML failed"
 531
 532 # Preinstall forked version of libcloud, because nodemanager "pip install"
 533 # won't pick it up by default.
 534 pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 535     || pip install --pre --ignore-installed https://github.com/curoverse/libcloud/archive/apache-libcloud-$LIBCLOUD_PIN.zip >/dev/null \
 536     || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 537
 538 # We need an unreleased (as of 2017-08-17) llfuse bugfix, otherwise our fuse test suite deadlocks.
 539 pip freeze | grep -x llfuse==1.2.0 || (
 540     set -e
 541     yes | pip uninstall llfuse || true
 542     cython --version || fatal "no cython; try sudo apt-get install cython"
 543     cd "$temp"
 544     (cd python-llfuse 2>/dev/null || git clone https://github.com/curoverse/python-llfuse)
 545     cd python-llfuse
 546     git checkout 620722fd990ea642ddb8e7412676af482c090c0c
 547     git checkout setup.py
 548     sed -i -e "s:'1\\.2':'1.2.0':" setup.py
 549     python setup.py build_cython
 550     python setup.py install --force
 551 ) || fatal "llfuse fork failed"
 552 pip freeze | grep -x llfuse==1.2.0 || fatal "error: installed llfuse 1.2.0 but '$(pip freeze | grep llfuse)' ???"
 553
 554 # Deactivate Python 2 virtualenv
 555 deactivate
 556
 557 declare -a pythonstuff
 558 pythonstuff=(
 559     sdk/pam
 560     sdk/python
 561     sdk/python:py3
 562     sdk/cwl
 563     services/dockercleaner:py3
 564     services/fuse
 565     services/nodemanager
 566     tools/crunchstat-summary
 567     )
 568
 569 # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 570 # Otherwise, skip dependent tests.
 571 PYTHON3=$(which python3)
 572 if [[ ${?} = 0 ]]; then
 573     setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 574 else
 575     PYTHON3=
 576     cat >&2 <<EOF
 577
 578 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 579
 580 EOF
 581 fi
 582
 583 # Reactivate Python 2 virtualenv
 584 . "$VENVDIR/bin/activate"
 585
 586 # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 587 # whine a lot.
 588 setup_ruby_environment
 589
 590 echo "PATH is $PATH"
 591
 592 if ! which bundler >/dev/null
 593 then
 594     gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
 595 fi
 596
 597 retry() {
 598     remain="${repeat}"
 599     while :
 600     do
 601         if ${@}; then
 602             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 603                 remain=$((${remain}-1))
 604                 title "Repeating ${remain} more times"
 605             else
 606                 break
 607             fi
 608         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 609             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 610             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 611             then
 612                 break
 613             fi
 614         else
 615             break
 616         fi
 617     done
 618 }
 619
 620 do_test() {
 621     case "${1}" in
 622         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 623             suite=apps/workbench
 624             ;;
 625         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 626             suite=services/nodemanager_suite
 627             ;;
 628         *)
 629             suite="${1}"
 630             ;;
 631     esac
 632     if [[ -z "${skip[$suite]}" && -z "${skip[$1]}" && \
 633                 (-z "${only}" || "${only}" == "${suite}" || \
 634                  "${only}" == "${1}") ]]; then
 635         retry do_test_once ${@}
 636     else
 637         title "Skipping ${1} tests"
 638     fi
 639 }
 640
 641 do_test_once() {
 642     unset result
 643
 644     title "Running $1 tests"
 645     timer_reset
 646     if [[ "$2" == "go" ]]
 647     then
 648         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 649         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 650         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
 651         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 652         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 653         # compilation errors.
 654         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 655             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 656             [[ -z "$(gofmt -e -d . | tee /dev/stderr)" ]] && \
 657             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 658         then
 659             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 660             # does:
 661             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 662         else
 663             # The above form gets verbose even when testargs is
 664             # empty, so use this form in such cases:
 665             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 666         fi
 667         result=${result:-$?}
 668         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 669         then
 670             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 671             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 672         fi
 673     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 674     then
 675         tries=0
 676         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 677         do
 678             tries=$((${tries}+1))
 679             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 680             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 681             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 682             result=$?
 683             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 684             then
 685                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 686                 continue
 687             else
 688                 break
 689             fi
 690         done
 691     elif [[ "$2" != "" ]]
 692     then
 693         "test_$2"
 694     else
 695         "test_$1"
 696     fi
 697     result=${result:-$?}
 698     checkexit $result "$1 tests"
 699     title "End of $1 tests (`timer`)"
 700     return $result
 701 }
 702
 703 do_install() {
 704     if [[ -z "${only_install}" || "${only_install}" == "${1}" ]]; then
 705         retry do_install_once ${@}
 706     else
 707         title "Skipping $1 install"
 708     fi
 709 }
 710
 711 do_install_once() {
 712     title "Running $1 install"
 713     timer_reset
 714     if [[ "$2" == "go" ]]
 715     then
 716         go get -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 717     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 718     then
 719         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 720         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 721
 722         # Need to change to a different directory after creating
 723         # the source dist package to avoid a pip bug.
 724         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 725
 726         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 727         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 728         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 729         # install" ensures that we've actually installed the local package
 730         # we just built.
 731         cd "$WORKSPACE/$1" \
 732             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 733             && cd "$WORKSPACE" \
 734             && "${3}pip" install --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 735             && "${3}pip" install --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 736     elif [[ "$2" != "" ]]
 737     then
 738         "install_$2"
 739     else
 740         "install_$1"
 741     fi
 742     result=$?
 743     checkexit $result "$1 install"
 744     title "End of $1 install (`timer`)"
 745     return $result
 746 }
 747
 748 bundle_install_trylocal() {
 749     (
 750         set -e
 751         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 752         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 753             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 754             bundle install --no-deployment
 755         fi
 756         bundle package --all
 757     )
 758 }
 759
 760 install_doc() {
 761     cd "$WORKSPACE/doc" \
 762         && bundle_install_trylocal \
 763         && rm -rf .site
 764 }
 765 do_install doc
 766
 767 install_gem() {
 768     gemname=$1
 769     srcpath=$2
 770     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 771         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 772         && bundle_install_trylocal \
 773         && gem build "$gemname.gemspec" \
 774         && with_test_gemset gem install --no-ri --no-rdoc $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 775 }
 776
 777 install_ruby_sdk() {
 778     install_gem arvados sdk/ruby
 779 }
 780 do_install sdk/ruby ruby_sdk
 781
 782 install_R_sdk() {
 783     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 784        && R --quiet --vanilla <<EOF
 785 options(repos=structure(c(CRAN="http://cran.wustl.edu/")))
 786 if (!requireNamespace("devtools")) {
 787   install.packages("devtools")
 788 }
 789 if (!requireNamespace("roxygen2")) {
 790   install.packages("roxygen2")
 791 }
 792 if (!requireNamespace("pkgdown")) {
 793   devtools::install_github("hadley/pkgdown")
 794 }
 795 devtools::install_dev_deps()
 796 EOF
 797 }
 798 do_install sdk/R R_sdk
 799
 800 install_perl_sdk() {
 801     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 802         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 803         && make install INSTALLDIRS=perl
 804 }
 805 do_install sdk/perl perl_sdk
 806
 807 install_cli() {
 808     install_gem arvados-cli sdk/cli
 809 }
 810 do_install sdk/cli cli
 811
 812 install_login-sync() {
 813     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 814 }
 815 do_install services/login-sync login-sync
 816
 817 # Install the Python SDK early. Various other test suites (like
 818 # keepproxy) bring up run_test_server.py, which imports the arvados
 819 # module. We can't actually *test* the Python SDK yet though, because
 820 # its own test suite brings up some of those other programs (like
 821 # keepproxy).
 822 for p in "${pythonstuff[@]}"
 823 do
 824     dir=${p%:py3}
 825     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 826         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 827             do_install ${dir} pip
 828         fi
 829     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
 830         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
 831             do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
 832         fi
 833     fi
 834 done
 835
 836 install_apiserver() {
 837     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 838         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
 839
 840     rm -f config/environments/test.rb
 841     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 842
 843     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
 844     then
 845         for f in database.yml
 846         do
 847             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
 848         done
 849     fi
 850
 851     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 852     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 853     # is a postgresql superuser.
 854     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 855         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
 856         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.procpid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 857
 858     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 859
 860     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 861     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 862         (
 863             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 864             set -ex
 865             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 866             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 867         ) || return 1
 868     fi
 869
 870     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 871         && rm -rf tmp/git \
 872         && mkdir -p tmp/git \
 873         && cd tmp/git \
 874         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 875         && mkdir -p internal.git \
 876         && git --git-dir internal.git init \
 877             || return 1
 878
 879     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 880         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
 881         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
 882         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
 883 }
 884 do_install services/api apiserver
 885
 886 declare -a gostuff
 887 gostuff=(
 888     cmd/arvados-client
 889     lib/cli
 890     lib/cmd
 891     lib/crunchstat
 892     sdk/go/arvados
 893     sdk/go/arvadosclient
 894     sdk/go/blockdigest
 895     sdk/go/dispatch
 896     sdk/go/health
 897     sdk/go/httpserver
 898     sdk/go/manifest
 899     sdk/go/asyncbuf
 900     sdk/go/crunchrunner
 901     sdk/go/stats
 902     services/arv-git-httpd
 903     services/crunchstat
 904     services/dispatchcloud
 905     services/health
 906     services/keep-web
 907     services/keepstore
 908     sdk/go/keepclient
 909     services/keep-balance
 910     services/keepproxy
 911     services/crunch-dispatch-local
 912     services/crunch-dispatch-slurm
 913     services/crunch-run
 914     services/ws
 915     tools/keep-block-check
 916     tools/keep-exercise
 917     tools/keep-rsync
 918     tools/sync-groups
 919 )
 920 for g in "${gostuff[@]}"
 921 do
 922     do_install "$g" go
 923 done
 924
 925 install_workbench() {
 926     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 927         && mkdir -p tmp/cache \
 928         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 929         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
 930 }
 931 do_install apps/workbench workbench
 932
 933 unset http_proxy https_proxy no_proxy
 934
 935 test_doclinkchecker() {
 936     (
 937         set -e
 938         cd "$WORKSPACE/doc"
 939         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
 940         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
 941         # do much good!
 942         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
 943     )
 944 }
 945 do_test doc doclinkchecker
 946
 947 stop_services
 948
 949 test_apiserver() {
 950     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
 951     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 952         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/api]}
 953 }
 954 do_test services/api apiserver
 955
 956 # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
 957 # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
 958 if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
 959   rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 960   exit_cleanly
 961 fi
 962
 963 start_services || { stop_services; fatal "start_services"; }
 964
 965 test_ruby_sdk() {
 966     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
 967         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
 968 }
 969 do_test sdk/ruby ruby_sdk
 970
 971 test_R_sdk() {
 972     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 973         && R --quiet --file=run_test.R
 974 }
 975 do_test sdk/R R_sdk
 976
 977 test_cli() {
 978     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
 979         && mkdir -p /tmp/keep \
 980         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
 981 }
 982 do_test sdk/cli cli
 983
 984 test_login-sync() {
 985     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
 986         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
 987 }
 988 do_test services/login-sync login-sync
 989
 990 test_nodemanager_integration() {
 991     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
 992         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
 993 }
 994 do_test services/nodemanager_integration nodemanager_integration
 995
 996 for p in "${pythonstuff[@]}"
 997 do
 998     dir=${p%:py3}
 999     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1000         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1001             do_test ${dir} pip
1002         fi
1003     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1004         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1005             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1006         fi
1007     fi
1008 done
1009
1010 for g in "${gostuff[@]}"
1011 do
1012     do_test "$g" go
1013 done
1014
1015 test_workbench_units() {
1016     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1017         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:units TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1018 }
1019 do_test apps/workbench_units workbench_units
1020
1021 test_workbench_functionals() {
1022     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1023         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:functionals TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1024 }
1025 do_test apps/workbench_functionals workbench_functionals
1026
1027 test_workbench_integration() {
1028     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1029         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:integration TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1030 }
1031 do_test apps/workbench_integration workbench_integration
1032
1033
1034 test_workbench_benchmark() {
1035     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1036         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:benchmark ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1037 }
1038 do_test apps/workbench_benchmark workbench_benchmark
1039
1040 test_workbench_profile() {
1041     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1042         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:profile ${testargs[apps/workbench_profile]}
1043 }
1044 do_test apps/workbench_profile workbench_profile
1045
1046 exit_cleanly