README.md

   1 [comment]: # (Copyright © The Arvados Authors. All rights reserved.)
   2 [comment]: # ()
   3 [comment]: # (SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0)
   4
   5 [![Join the chat at https://gitter.im/arvados/community](https://badges.gitter.im/arvados/community.svg)](https://gitter.im/arvados/community?utm_source=badge&utm_medium=badge&utm_campaign=pr-badge&utm_content=badge) | [Installing Arvados](https://doc.arvados.org/install/index.html) | [Installing Client SDKs](https://doc.arvados.org/sdk/index.html) | [Report a bug](https://dev.arvados.org/projects/arvados/issues/new) | [Development and Contributing](CONTRIBUTING.md)
   6
   7 <img align="right" src="doc/images/dax.png" height="240px">
   8
   9 [Arvados](https://arvados.org) is an open source platform for
  10 managing, processing, and sharing genomic and other large scientific
  11 and biomedical data.  With Arvados, bioinformaticians run and scale
  12 compute-intensive workflows, developers create biomedical
  13 applications, and IT administrators manage large compute and storage
  14 resources.
  15
  16 The key components of Arvados are:
  17
  18 ## Keep
  19
  20 Keep is the Arvados storage system for managing and storing large
  21 collections of files.  Keep combines content addressing and a
  22 distributed storage architecture resulting in both high reliability
  23 and high throughput.  Every file stored in Keep can be accurately
  24 verified every time it is retrieved.  Keep supports the creation of
  25 collections as a flexible way to define data sets without having to
  26 re-organize or needlessly copy data. Keep works on a wide range of
  27 underlying filesystems and object stores.
  28
  29 ## Crunch
  30
  31 Crunch is the orchestration system for running [Common Workflow Language](https://www.commonwl.org) workflows. It is
  32 designed to maintain data provenance and workflow
  33 reproducibility. Crunch automatically tracks data inputs and outputs
  34 through Keep and executes workflow processes in Docker containers.  In
  35 a cloud environment, Crunch optimizes costs by scaling compute on demand.
  36
  37 ## Workbench
  38
  39 The Workbench web application allows users to interactively access
  40 Arvados functionality.  It is especially helpful for querying and
  41 browsing data, visualizing provenance, and tracking the progress of
  42 workflows.
  43
  44 ## Command Line
  45
  46 The command line interface (CLI) provides convenient access to Arvados
  47 functionality in the Arvados platform from the command line.
  48
  49 ## API and SDKs
  50
  51 Arvados is designed to be integrated with existing infrastructure. All
  52 the services in Arvados are accessed through a RESTful API.  SDKs are
  53 available for Python, Go, R, Perl, Ruby, and Java.
  54
  55 # Quick start
  56
  57 To try out Arvados on your local workstation, you can use Arvbox, which
  58 provides Arvados components pre-installed in a Docker container (requires
  59 Docker 1.9+).  After cloning the Arvados git repository:
  60
  61 ```
  62 $ cd arvados/tools/arvbox/bin
  63 $ ./arvbox start localdemo
  64 ```
  65
  66 In this mode you will only be able to connect to Arvbox from the same host.  To
  67 configure Arvbox to be accessible over a network and for other options see
  68 http://doc.arvados.org/install/arvbox.html for details.
  69
  70 # Documentation
  71
  72 Complete documentation, including the [User Guide](https://doc.arvados.org/user/index.html), [Installation documentation](https://doc.arvados.org/install/index.html), [Administrator documentation](https://doc.arvados.org/admin/index.html) and
  73 [API documentation](https://doc.arvados.org/api/index.html) is available at http://doc.arvados.org/
  74
  75 If you wish to build the Arvados documentation from a local git clone, see
  76 [doc/README.textile](doc/README.textile) for instructions.
  77
  78 # Community
  79
  80 [![Join the chat at https://gitter.im/arvados/community](https://badges.gitter.im/arvados/community.svg)](https://gitter.im/arvados/community?utm_source=badge&utm_medium=badge&utm_campaign=pr-badge&utm_content=badge)
  81
  82 The [Arvados community channel](https://gitter.im/arvados/community)
  83 channel at [gitter.im](https://gitter.im) is available for live
  84 discussion and support.
  85
  86 The [Arvados developement channel](https://gitter.im/arvados/development)
  87 channel at [gitter.im](https://gitter.im) is used to coordinate development.
  88
  89 The [Arvados user mailing list](http://lists.arvados.org/mailman/listinfo/arvados)
  90 is used to announce new versions and other news.
  91
  92 All participants are expected to abide by the [Arvados Code of Conduct](CODE_OF_CONDUCT.md).
  93
  94 # Reporting bugs
  95
  96 [Report a bug](https://dev.arvados.org/projects/arvados/issues/new) on [dev.arvados.org](https://dev.arvados.org).
  97
  98 # Development and Contributing
  99
 100 See [CONTRIBUTING](CONTRIBUTING.md) for information about Arvados development and how to contribute to the Arvados project.
 101
 102 The [development road map](https://dev.arvados.org/issues/gantt?utf8=%E2%9C%93&set_filter=1&gantt=1&f%5B%5D=project_id&op%5Bproject_id%5D=%3D&v%5Bproject_id%5D%5B%5D=49&f%5B%5D=&zoom=1) outlines some of the project priorities over the next twelve months.
 103
 104 # Licensing
 105
 106 Arvados is Free Software.  See [COPYING](COPYING) for information about the open source licenses used in Arvados.