doc/user/tutorials/writing-cwl-workflow.html.textile.liquid

   1 ---
   2 layout: default
   3 navsection: userguide
   4 title: "Writing a CWL workflow"
   5 ...
   6 {% comment %}
   7 Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   8
   9 SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
  10 {% endcomment %}
  11
  12 {% include 'what_is_cwl' %}
  13
  14 {% include 'tutorial_expectations' %}
  15
  16 h2. Developing workflows
  17
  18 For an introduction and and detailed documentation about writing CWL, see the "CWL User Guide":https://www.commonwl.org/user_guide and the "CWL Specification":http://commonwl.org/v1.0 .
  19
  20 See "Best Practices for writing CWL":{{site.baseurl}}/user/cwl/cwl-style.html and "Arvados CWL Extensions":{{site.baseurl}}/user/cwl/cwl-extensions.html for additional information about using CWL on Arvados.
  21
  22 h2. Using Composer
  23
  24 You can create new workflows in the browser using "Arvados Composer":{{site.baseurl}}/user/composer/composer.html
  25
  26 h2. Registering a workflow to use in Workbench
  27
  28 Use @--create-workflow@ to register a CWL workflow with Arvados.  This enables you to share workflows with other Arvados users, and run them by clicking the <span class="btn btn-sm btn-primary"><i class="fa fa-fw fa-gear"></i> Run a process...</span> button on the Workbench Dashboard and on the command line by UUID.
  29
  30 <notextile>
  31 <pre><code>~/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem$ <span class="userinput">arvados-cwl-runner --create-workflow bwa-mem.cwl</span>
  32 arvados-cwl-runner 1.0.20160628195002, arvados-python-client 0.1.20160616015107, cwltool 1.0.20160629140624
  33 2016-07-01 12:21:01 arvados.arv-run[15796] INFO: Upload local files: "bwa-mem.cwl"
  34 2016-07-01 12:21:01 arvados.arv-run[15796] INFO: Uploaded to qr1hi-4zz18-7e0hedrmkuyoei3
  35 2016-07-01 12:21:01 arvados.cwl-runner[15796] INFO: Created template qr1hi-p5p6p-rjleou1dwr167v5
  36 qr1hi-p5p6p-rjleou1dwr167v5
  37 </code></pre>
  38 </notextile>
  39
  40 You can provide a partial input file to set default values for the workflow input parameters.  You can also use the @--name@ option to set the name of the workflow:
  41
  42 <notextile>
  43 <pre><code>~/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem$ <span class="userinput">arvados-cwl-runner --name "My workflow with defaults" --create-workflow bwa-mem.cwl bwa-mem-template.yml</span>
  44 arvados-cwl-runner 1.0.20160628195002, arvados-python-client 0.1.20160616015107, cwltool 1.0.20160629140624
  45 2016-07-01 14:09:50 arvados.arv-run[3730] INFO: Upload local files: "bwa-mem.cwl"
  46 2016-07-01 14:09:50 arvados.arv-run[3730] INFO: Uploaded to qr1hi-4zz18-0f91qkovk4ml18o
  47 2016-07-01 14:09:50 arvados.cwl-runner[3730] INFO: Created template qr1hi-p5p6p-0deqe6nuuyqns2i
  48 qr1hi-p5p6p-zuniv58hn8d0qd8
  49 </code></pre>
  50 </notextile>
  51
  52 h3. Running registered workflows at the command line
  53
  54 You can run a registered workflow at the command line by its UUID:
  55
  56 <notextile>
  57 <pre><code>~/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem$ <span class="userinput">arvados-cwl-runner qr1hi-p5p6p-zuniv58hn8d0qd8 --help</span>
  58 /home/peter/work/scripts/venv/bin/arvados-cwl-runner 0d62edcb9d25bf4dcdb20d8872ea7b438e12fc59 1.0.20161209192028, arvados-python-client 0.1.20161212125425, cwltool 1.0.20161207161158
  59 Resolved 'qr1hi-p5p6p-zuniv58hn8d0qd8' to 'keep:655c6cd07550151b210961ed1d3852cf+57/bwa-mem.cwl'
  60 usage: qr1hi-p5p6p-zuniv58hn8d0qd8 [-h] [--PL PL] --group_id GROUP_ID
  61                                    --read_p1 READ_P1 [--read_p2 READ_P2]
  62                                    [--reference REFERENCE] --sample_id
  63                                    SAMPLE_ID
  64                                    [job_order]
  65
  66 positional arguments:
  67   job_order             Job input json file
  68
  69 optional arguments:
  70   -h, --help            show this help message and exit
  71   --PL PL
  72   --group_id GROUP_ID
  73   --read_p1 READ_P1     The reads, in fastq format.
  74   --read_p2 READ_P2     For mate paired reads, the second file (optional).
  75   --reference REFERENCE
  76                         The index files produced by `bwa index`
  77   --sample_id SAMPLE_ID
  78 </code></pre>
  79 </notextile>
  80
  81 h2. Using cwltool
  82
  83 When developing a workflow, it is often helpful to run it on the local host to avoid the overhead of submitting to the cluster.  To execute a workflow only on the local host (without submitting jobs to an Arvados cluster) you can use the @cwltool@ command.  Note that when using @cwltool@ you must have the input data accessible on the local file system using either @arv-mount@ or @arv-get@ to fetch the data from Keep.
  84
  85 <notextile>
  86 <pre><code>~/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem$ <span class="userinput">arv-get 2463fa9efeb75e099685528b3b9071e0+438/ .</span>
  87 156 MiB / 156 MiB 100.0%
  88 ~/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem$ <span class="userinput">arv-get ae480c5099b81e17267b7445e35b4bc7+180/ .</span>
  89 23 MiB / 23 MiB 100.0%
  90 ~/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem$ <span class="userinput">cwltool bwa-mem-input.yml bwa-mem-input-local.yml</span>
  91 cwltool 1.0.20160629140624
  92 [job bwa-mem.cwl] /home/example/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem$ docker \
  93     run \
  94     -i \
  95     --volume=/home/example/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem/19.fasta.ann:/var/lib/cwl/job979368791_bwa-mem/19.fasta.ann:ro \
  96     --volume=/home/example/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem/HWI-ST1027_129_D0THKACXX.1_1.fastq:/var/lib/cwl/job979368791_bwa-mem/HWI-ST1027_129_D0THKACXX.1_1.fastq:ro \
  97     --volume=/home/example/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem/19.fasta.sa:/var/lib/cwl/job979368791_bwa-mem/19.fasta.sa:ro \
  98     --volume=/home/example/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem/19.fasta.amb:/var/lib/cwl/job979368791_bwa-mem/19.fasta.amb:ro \
  99     --volume=/home/example/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem/19.fasta.pac:/var/lib/cwl/job979368791_bwa-mem/19.fasta.pac:ro \
 100     --volume=/home/example/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem/HWI-ST1027_129_D0THKACXX.1_2.fastq:/var/lib/cwl/job979368791_bwa-mem/HWI-ST1027_129_D0THKACXX.1_2.fastq:ro \
 101     --volume=/home/example/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem/19.fasta.bwt:/var/lib/cwl/job979368791_bwa-mem/19.fasta.bwt:ro \
 102     --volume=/home/example/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem:/var/spool/cwl:rw \
 103     --volume=/tmp/tmpgzyou9:/tmp:rw \
 104     --workdir=/var/spool/cwl \
 105     --read-only=true \
 106     --log-driver=none \
 107     --user=1001 \
 108     --rm \
 109     --env=TMPDIR=/tmp \
 110     --env=HOME=/var/spool/cwl \
 111     biodckr/bwa \
 112     bwa \
 113     mem \
 114     -t \
 115     1 \
 116     -R \
 117     '@RG        ID:arvados_tutorial     PL:illumina     SM:HWI-ST1027_129' \
 118     /var/lib/cwl/job979368791_bwa-mem/19.fasta \
 119     /var/lib/cwl/job979368791_bwa-mem/HWI-ST1027_129_D0THKACXX.1_1.fastq \
 120     /var/lib/cwl/job979368791_bwa-mem/HWI-ST1027_129_D0THKACXX.1_2.fastq > /home/example/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem/HWI-ST1027_129_D0THKACXX.1_1.sam
 121 [M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs
 122 [M::process] read 100000 sequences (10000000 bp)...
 123 [M::mem_pestat] # candidate unique pairs for (FF, FR, RF, RR): (0, 4745, 1, 0)
 124 [M::mem_pestat] skip orientation FF as there are not enough pairs
 125 [M::mem_pestat] analyzing insert size distribution for orientation FR...
 126 [M::mem_pestat] (25, 50, 75) percentile: (154, 181, 214)
 127 [M::mem_pestat] low and high boundaries for computing mean and std.dev: (34, 334)
 128 [M::mem_pestat] mean and std.dev: (185.63, 44.88)
 129 [M::mem_pestat] low and high boundaries for proper pairs: (1, 394)
 130 [M::mem_pestat] skip orientation RF as there are not enough pairs
 131 [M::mem_pestat] skip orientation RR as there are not enough pairs
 132 [M::mem_process_seqs] Processed 100000 reads in 9.848 CPU sec, 9.864 real sec
 133 [main] Version: 0.7.12-r1039
 134 [main] CMD: bwa mem -t 1 -R @RG ID:arvados_tutorial     PL:illumina     SM:HWI-ST1027_129 /var/lib/cwl/job979368791_bwa-mem/19.fasta /var/lib/cwl/job979368791_bwa-mem/HWI-ST1027_129_D0THKACXX.1_1.fastq /var/lib/cwl/job979368791_bwa-mem/HWI-ST1027_129_D0THKACXX.1_2.fastq
 135 [main] Real time: 10.061 sec; CPU: 10.032 sec
 136 Final process status is success
 137 {
 138     "aligned_sam": {
 139         "size": 30738959,
 140         "path": "/home/example/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem/HWI-ST1027_129_D0THKACXX.1_1.sam",
 141         "checksum": "sha1$0c668cca45fef02397bb5302880526d300ee4dac",
 142         "class": "File"
 143     }
 144 }
 145 </code></pre>
 146 </notextile>
 147
 148 If you get the error @JavascriptException: Long-running script killed after 20 seconds.@ this may be due to the Dockerized Node.js engine taking too long to start.  You may address this by installing Node.js locally (run @apt-get install nodejs@ on Debian or Ubuntu) or by specifying a longer timeout with the @--eval-timeout@ option.  For example, run the workflow with @cwltool --eval-timeout=40@ for a 40-second timeout.
 149
 150 h2. Making workflows directly executable
 151
 152 You can make a workflow file directly executable (@cwl-runner@ should be an alias to @arvados-cwl-runner@) by adding the following line to the top of the file:
 153
 154 <notextile>
 155 <pre><code>#!/usr/bin/env cwl-runner
 156 </code></pre>
 157 </notextile>
 158
 159 <notextile>
 160 <pre><code>~/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem$ <span class="userinput">./bwa-mem.cwl bwa-mem-input.yml</span>
 161 arvados-cwl-runner 1.0.20160628195002, arvados-python-client 0.1.20160616015107, cwltool 1.0.20160629140624
 162 2016-06-30 14:56:36 arvados.arv-run[27002] INFO: Upload local files: "bwa-mem.cwl"
 163 2016-06-30 14:56:36 arvados.arv-run[27002] INFO: Uploaded to qr1hi-4zz18-h7ljh5u76760ww2
 164 2016-06-30 14:56:40 arvados.cwl-runner[27002] INFO: Submitted job qr1hi-8i9sb-fm2n3b1w0l6bskg
 165 2016-06-30 14:56:41 arvados.cwl-runner[27002] INFO: Job bwa-mem.cwl (qr1hi-8i9sb-fm2n3b1w0l6bskg) is Running
 166 2016-06-30 14:57:12 arvados.cwl-runner[27002] INFO: Job bwa-mem.cwl (qr1hi-8i9sb-fm2n3b1w0l6bskg) is Complete
 167 2016-06-30 14:57:12 arvados.cwl-runner[27002] INFO: Overall process status is success
 168 {
 169     "aligned_sam": {
 170         "path": "keep:54325254b226664960de07b3b9482349+154/HWI-ST1027_129_D0THKACXX.1_1.sam",
 171         "checksum": "sha1$0dc46a3126d0b5d4ce213b5f0e86e2d05a54755a",
 172         "class": "File",
 173         "size": 30738986
 174     }
 175 }
 176 </code></pre>
 177 </notextile>
 178
 179 You can even make an input file directly executable the same way with the following two lines at the top:
 180
 181 <notextile>
 182 <pre><code>#!/usr/bin/env cwl-runner
 183 cwl:tool: <span class="userinput">bwa-mem.cwl</span>
 184 </code></pre>
 185 </notextile>
 186
 187 <notextile>
 188 <pre><code>~/arvados/doc/user/cwl/bwa-mem$ <span class="userinput">./bwa-mem-input.yml</span>
 189 arvados-cwl-runner 1.0.20160628195002, arvados-python-client 0.1.20160616015107, cwltool 1.0.20160629140624
 190 2016-06-30 14:56:36 arvados.arv-run[27002] INFO: Upload local files: "bwa-mem.cwl"
 191 2016-06-30 14:56:36 arvados.arv-run[27002] INFO: Uploaded to qr1hi-4zz18-h7ljh5u76760ww2
 192 2016-06-30 14:56:40 arvados.cwl-runner[27002] INFO: Submitted job qr1hi-8i9sb-fm2n3b1w0l6bskg
 193 2016-06-30 14:56:41 arvados.cwl-runner[27002] INFO: Job bwa-mem.cwl (qr1hi-8i9sb-fm2n3b1w0l6bskg) is Running
 194 2016-06-30 14:57:12 arvados.cwl-runner[27002] INFO: Job bwa-mem.cwl (qr1hi-8i9sb-fm2n3b1w0l6bskg) is Complete
 195 2016-06-30 14:57:12 arvados.cwl-runner[27002] INFO: Overall process status is success
 196 {
 197     "aligned_sam": {
 198         "path": "keep:54325254b226664960de07b3b9482349+154/HWI-ST1027_129_D0THKACXX.1_1.sam",
 199         "checksum": "sha1$0dc46a3126d0b5d4ce213b5f0e86e2d05a54755a",
 200         "class": "File",
 201         "size": 30738986
 202     }
 203 }
 204 </code></pre>
 205 </notextile>