doc/sdk/python/cookbook.html.textile.liquid

   1 ---
   2 layout: default
   3 navsection: sdk
   4 navmenu: Python
   5 title: Code cookbook
   6 ...
   7 {% comment %}
   8 Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   9
  10 SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
  11 {% endcomment %}
  12
  13 h2. Cancel a container request
  14
  15 <code>
  16 import arvados
  17 arvados.api().container_requests().update(uuid=container_request_uuid, body={"priority": 0}).execute()
  18 </code>
  19
  20 h2. Cancel all container requests
  21
  22 <code>
  23 import arvados
  24 api = arvados.api()
  25 result = api.container_requests().list(filters=[["state", "=", "Committed"], ["priority", ">", "0"]]).execute()["items"]
  26 for container_request in result:
  27     api.container_requests().update(uuid=container_request["uuid"], body={"priority": 0}).execute()
  28 </code>
  29
  30 h2. List completed container requests
  31
  32 <code>
  33 import arvados
  34 api = arvados.api()
  35 result = api.container_requests().list(filters=[["name", "like", name], ["state", "=", "Final"]]).execute()["items"]
  36 container_uuids = [cr["container_uuid"] for cr in result]
  37 containers = api.containers().list(filters=[["uuid", "in", container_uuids]]).execute()["items"]
  38 container_dict = {c["uuid"]: c for c in containers}
  39
  40 for container_request in result:
  41     container = container_dict[container_request["container_uuid"]]
  42     print("%s, %s, %s" % (container_request["uuid"], container_request["name"], "Success" if container["exit_code"] == 0 else "Failed"))
  43 </code>
  44
  45 h2. Get input of a CWL workflow
  46
  47 <code>
  48 import arvados
  49 api = arvados.api()
  50 container_request = arvados.api().container_requests().get(uuid=container_request_uuid).execute()
  51 print(container_request["mounts"]["/var/lib/cwl/cwl.input.json"])
  52 </code>
  53
  54 h2. Get output of a CWL workflow
  55
  56 <code>
  57 import arvados
  58 import arvados.collection
  59 api = arvados.api()
  60 container_request = arvados.api().container_requests().get(uuid=container_request_uuid).execute()
  61 collection = arvados.collection.CollectionReader(container_request["output_uuid"])
  62 print(collection.open("cwl.output.json").read())
  63 </code>
  64
  65 h2. Create a collection sharing link
  66
  67 <code>
  68 import arvados
  69 api = arvados.api()
  70 download="https://your.download.server"
  71 collection_uuid="your-4zz18-collectionuuid"
  72 token = api.api_client_authorizations().create(body={"api_client_authorization":{"scopes": [
  73     "GET /arvados/v1/collections/%s" % collection_uuid,
  74     "GET /arvados/v1/collections/%s/" % collection_uuid,
  75     "GET /arvados/v1/keep_services/accessible"]}}).execute()
  76 print("%s/c=%s/t=%s/_/" % (download, collection_uuid, token["api_token"]))
  77 </code>
  78
  79 h2. Run a CWL workflow from a workflow record