doc/user/tutorials/running-external-program.html.textile.liquid

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   2 layout: default
   3 navsection: userguide
   4 title: "Using Crunch to run external programs"
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   7 This tutorial demonstrates how to use Crunch to run an external program by writting a wrapper using the Python SDK.
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   9 *This tutorial assumes that you are "logged into an Arvados VM instance":{{site.baseurl}}/user/getting_started/ssh-access.html#login, and have a "working environment.":{{site.baseurl}}/user/getting_started/check-environment.html*
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  11 In this tutorial, you will use the external program @md5sum@ to compute hashes instead of the built-in Python library used in earlier tutorials.
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  13 Start by entering the @crunch_scripts@ directory of your git repository:
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  15 <notextile>
  16 <pre><code>~$ <span class="userinput">cd <b>you</b>/crunch_scripts</span>
  17 </code></pre>
  18 </notextile>
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  20 Next, using @nano@ or your favorite Unix text editor, create a new file called @run-md5sum.py@ in the @crunch_scripts@ directory.
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  22 notextile. <pre>~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <code class="userinput">nano run-md5sum.py</code></pre>
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  24 Add the following code to use the @md5sum@ program to compute the hash of each file in a collection:
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  26 <notextile> {% code 'run_md5sum_py' as python %} </notextile>
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  28 Make the file executable:
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  30 notextile. <pre><code>~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">chmod +x run-md5sum.py</span></code></pre>
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  32 Next, add the file to @git@ staging, commit and push:
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  34 <notextile>
  35 <pre><code>~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">git add run-md5sum.py</span>
  36 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">git commit -m"run external md5sum program"</span>
  37 ~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">git push origin master</span>
  38 </code></pre>
  39 </notextile>
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  41 You should now be able to run your new script using Crunch, with "script" referring to our new "run-md5sum.py" script.
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  43 <notextile>
  44 <pre><code>~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">cat &gt;~/the_pipeline &lt;&lt;EOF
  45 {
  46   "name":"Run external md5sum program",
  47   "components":{
  48     "do_hash":{
  49       "script":"run-md5sum.py",
  50       "script_parameters":{
  51         "input":{
  52           "required": true,
  53           "dataclass": "Collection"
  54         }
  55       },
  56       "script_version":"<b>you</b>:master"
  57     }
  58   }
  59 }
  60 EOF
  61 </span>~/<b>you</b>/crunch_scripts$ <span class="userinput">arv pipeline_template create --pipeline-template "$(cat ~/the_pipeline)"</span>
  62 </code></pre>
  63 </notextile>
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  65 Your new pipeline template will appear on the "Workbench %(rarr)&rarr;% Compute %(rarr)&rarr;% Pipeline&nbsp;templates":http://{{ site.arvados_workbench_host }}/pipeline_instances page.  You can run the "pipeline using workbench":tutorial-pipeline-workbench.html