services/fuse/arvados_fuse/__init__.py

   1 #
   2 # FUSE driver for Arvados Keep
   3 #
   4
   5 import os
   6 import sys
   7 import llfuse
   8 import errno
   9 import stat
  10 import threading
  11 import arvados
  12 import pprint
  13 import arvados.events
  14 import re
  15 import apiclient
  16 import json
  17 import logging
  18 import time
  19 import _strptime
  20 import calendar
  21 import threading
  22 import itertools
  23
  24 from arvados.util import portable_data_hash_pattern, uuid_pattern, collection_uuid_pattern, group_uuid_pattern, user_uuid_pattern, link_uuid_pattern
  25
  26 _logger = logging.getLogger('arvados.arvados_fuse')
  27
  28 # Match any character which FUSE or Linux cannot accommodate as part
  29 # of a filename. (If present in a collection filename, they will
  30 # appear as underscores in the fuse mount.)
  31 _disallowed_filename_characters = re.compile('[\x00/]')
  32
  33 class SafeApi(object):
  34     '''Threadsafe wrapper for API object.  This stores and returns a different api
  35     object per thread, because httplib2 which underlies apiclient is not
  36     threadsafe.
  37     '''
  38
  39     def __init__(self, config):
  40         self.host = config.get('ARVADOS_API_HOST')
  41         self.api_token = config.get('ARVADOS_API_TOKEN')
  42         self.insecure = config.flag_is_true('ARVADOS_API_HOST_INSECURE')
  43         self.local = threading.local()
  44         self.block_cache = arvados.KeepBlockCache()
  45
  46     def localapi(self):
  47         if 'api' not in self.local.__dict__:
  48             self.local.api = arvados.api('v1', False, self.host,
  49                                          self.api_token, self.insecure)
  50         return self.local.api
  51
  52     def localkeep(self):
  53         if 'keep' not in self.local.__dict__:
  54             self.local.keep = arvados.KeepClient(api_client=self.localapi(), block_cache=self.block_cache)
  55         return self.local.keep
  56
  57     def __getattr__(self, name):
  58         # Proxy nonexistent attributes to the local API client.
  59         try:
  60             return getattr(self.localapi(), name)
  61         except AttributeError:
  62             return super(SafeApi, self).__getattr__(name)
  63
  64
  65 def convertTime(t):
  66     '''Parse Arvados timestamp to unix time.'''
  67     try:
  68         return calendar.timegm(time.strptime(t, "%Y-%m-%dT%H:%M:%SZ"))
  69     except (TypeError, ValueError):
  70         return 0
  71
  72 def sanitize_filename(dirty):
  73     '''Replace disallowed filename characters with harmless "_".'''
  74     if dirty is None:
  75         return None
  76     elif dirty == '':
  77         return '_'
  78     elif dirty == '.':
  79         return '_'
  80     elif dirty == '..':
  81         return '__'
  82     else:
  83         return _disallowed_filename_characters.sub('_', dirty)
  84
  85
  86 class FreshBase(object):
  87     '''Base class for maintaining fresh/stale state to determine when to update.'''
  88     def __init__(self):
  89         self._stale = True
  90         self._poll = False
  91         self._last_update = time.time()
  92         self._atime = time.time()
  93         self._poll_time = 60
  94
  95     # Mark the value as stale
  96     def invalidate(self):
  97         self._stale = True
  98
  99     # Test if the entries dict is stale.
 100     def stale(self):
 101         if self._stale:
 102             return True
 103         if self._poll:
 104             return (self._last_update + self._poll_time) < self._atime
 105         return False
 106
 107     def fresh(self):
 108         self._stale = False
 109         self._last_update = time.time()
 110
 111     def atime(self):
 112         return self._atime
 113
 114 class File(FreshBase):
 115     '''Base for file objects.'''
 116
 117     def __init__(self, parent_inode, _mtime=0):
 118         super(File, self).__init__()
 119         self.inode = None
 120         self.parent_inode = parent_inode
 121         self._mtime = _mtime
 122
 123     def size(self):
 124         return 0
 125
 126     def readfrom(self, off, size):
 127         return ''
 128
 129     def mtime(self):
 130         return self._mtime
 131
 132
 133 class StreamReaderFile(File):
 134     '''Wraps a StreamFileReader as a file.'''
 135
 136     def __init__(self, parent_inode, reader, _mtime):
 137         super(StreamReaderFile, self).__init__(parent_inode, _mtime)
 138         self.reader = reader
 139
 140     def size(self):
 141         return self.reader.size()
 142
 143     def readfrom(self, off, size):
 144         return self.reader.readfrom(off, size)
 145
 146     def stale(self):
 147         return False
 148
 149
 150 class StringFile(File):
 151     '''Wrap a simple string as a file'''
 152     def __init__(self, parent_inode, contents, _mtime):
 153         super(StringFile, self).__init__(parent_inode, _mtime)
 154         self.contents = contents
 155
 156     def size(self):
 157         return len(self.contents)
 158
 159     def readfrom(self, off, size):
 160         return self.contents[off:(off+size)]
 161
 162
 163 class ObjectFile(StringFile):
 164     '''Wrap a dict as a serialized json object.'''
 165
 166     def __init__(self, parent_inode, obj):
 167         super(ObjectFile, self).__init__(parent_inode, "", 0)
 168         self.uuid = obj['uuid']
 169         self.update(obj)
 170
 171     def update(self, obj):
 172         self._mtime = convertTime(obj['modified_at']) if 'modified_at' in obj else 0
 173         self.contents = json.dumps(obj, indent=4, sort_keys=True) + "\n"
 174
 175
 176 class Directory(FreshBase):
 177     '''Generic directory object, backed by a dict.
 178     Consists of a set of entries with the key representing the filename
 179     and the value referencing a File or Directory object.
 180     '''
 181
 182     def __init__(self, parent_inode):
 183         super(Directory, self).__init__()
 184
 185         '''parent_inode is the integer inode number'''
 186         self.inode = None
 187         if not isinstance(parent_inode, int):
 188             raise Exception("parent_inode should be an int")
 189         self.parent_inode = parent_inode
 190         self._entries = {}
 191         self._mtime = time.time()
 192
 193     #  Overriden by subclasses to implement logic to update the entries dict
 194     #  when the directory is stale
 195     def update(self):
 196         pass
 197
 198     # Only used when computing the size of the disk footprint of the directory
 199     # (stub)
 200     def size(self):
 201         return 0
 202
 203     def checkupdate(self):
 204         if self.stale():
 205             try:
 206                 self.update()
 207             except apiclient.errors.HttpError as e:
 208                 _logger.debug(e)
 209
 210     def __getitem__(self, item):
 211         self.checkupdate()
 212         return self._entries[item]
 213
 214     def items(self):
 215         self.checkupdate()
 216         return self._entries.items()
 217
 218     def __iter__(self):
 219         self.checkupdate()
 220         return self._entries.iterkeys()
 221
 222     def __contains__(self, k):
 223         self.checkupdate()
 224         return k in self._entries
 225
 226     def merge(self, items, fn, same, new_entry):
 227         '''Helper method for updating the contents of the directory.  Takes a list
 228         describing the new contents of the directory, reuse entries that are
 229         the same in both the old and new lists, create new entries, and delete
 230         old entries missing from the new list.
 231
 232         items: iterable with new directory contents
 233
 234         fn: function to take an entry in 'items' and return the desired file or
 235         directory name, or None if this entry should be skipped
 236
 237         same: function to compare an existing entry (a File or Directory
 238         object) with an entry in the items list to determine whether to keep
 239         the existing entry.
 240
 241         new_entry: function to create a new directory entry (File or Directory
 242         object) from an entry in the items list.
 243
 244         '''
 245
 246         oldentries = self._entries
 247         self._entries = {}
 248         changed = False
 249         for i in items:
 250             name = sanitize_filename(fn(i))
 251             if name:
 252                 if name in oldentries and same(oldentries[name], i):
 253                     # move existing directory entry over
 254                     self._entries[name] = oldentries[name]
 255                     del oldentries[name]
 256                 else:
 257                     # create new directory entry
 258                     ent = new_entry(i)
 259                     if ent is not None:
 260                         self._entries[name] = self.inodes.add_entry(ent)
 261                         changed = True
 262
 263         # delete any other directory entries that were not in found in 'items'
 264         for i in oldentries:
 265             llfuse.invalidate_entry(self.inode, str(i))
 266             self.inodes.del_entry(oldentries[i])
 267             changed = True
 268
 269         if changed:
 270             self._mtime = time.time()
 271
 272         self.fresh()
 273
 274     def clear(self):
 275         '''Delete all entries'''
 276         oldentries = self._entries
 277         self._entries = {}
 278         for n in oldentries:
 279             if isinstance(n, Directory):
 280                 n.clear()
 281             llfuse.invalidate_entry(self.inode, str(n))
 282             self.inodes.del_entry(oldentries[n])
 283         self.invalidate()
 284
 285     def mtime(self):
 286         return self._mtime
 287
 288
 289 class CollectionDirectory(Directory):
 290     '''Represents the root of a directory tree holding a collection.'''
 291
 292     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, collection):
 293         super(CollectionDirectory, self).__init__(parent_inode)
 294         self.inodes = inodes
 295         self.api = api
 296         self.num_retries = num_retries
 297         self.collection_object_file = None
 298         self.collection_object = None
 299         if isinstance(collection, dict):
 300             self.collection_locator = collection['uuid']
 301         else:
 302             self.collection_locator = collection
 303
 304     def same(self, i):
 305         return i['uuid'] == self.collection_locator or i['portable_data_hash'] == self.collection_locator
 306
 307     def new_collection(self, new_collection_object, coll_reader):
 308         self.collection_object = new_collection_object
 309
 310         if self.collection_object_file is not None:
 311             self.collection_object_file.update(self.collection_object)
 312
 313         self.clear()
 314         for s in coll_reader.all_streams():
 315             cwd = self
 316             for part in s.name().split('/'):
 317                 if part != '' and part != '.':
 318                     partname = sanitize_filename(part)
 319                     if partname not in cwd._entries:
 320                         cwd._entries[partname] = self.inodes.add_entry(Directory(cwd.inode))
 321                     cwd = cwd._entries[partname]
 322             for k, v in s.files().items():
 323                 cwd._entries[sanitize_filename(k)] = self.inodes.add_entry(StreamReaderFile(cwd.inode, v, self.mtime()))
 324
 325     def update(self):
 326         try:
 327             if self.collection_object is not None and portable_data_hash_pattern.match(self.collection_locator):
 328                 return True
 329
 330             with llfuse.lock_released:
 331                 coll_reader = arvados.CollectionReader(
 332                     self.collection_locator, self.api, self.api.localkeep(),
 333                     num_retries=self.num_retries)
 334                 new_collection_object = coll_reader.api_response() or {}
 335                 # If the Collection only exists in Keep, there will be no API
 336                 # response.  Fill in the fields we need.
 337                 if 'uuid' not in new_collection_object:
 338                     new_collection_object['uuid'] = self.collection_locator
 339                 if "portable_data_hash" not in new_collection_object:
 340                     new_collection_object["portable_data_hash"] = new_collection_object["uuid"]
 341                 if 'manifest_text' not in new_collection_object:
 342                     new_collection_object['manifest_text'] = coll_reader.manifest_text()
 343                 coll_reader.normalize()
 344             # end with llfuse.lock_released, re-acquire lock
 345
 346             if self.collection_object is None or self.collection_object["portable_data_hash"] != new_collection_object["portable_data_hash"]:
 347                 self.new_collection(new_collection_object, coll_reader)
 348
 349             self.fresh()
 350             return True
 351         except apiclient.errors.NotFoundError:
 352             _logger.exception("arv-mount %s: error", self.collection_locator)
 353         except arvados.errors.ArgumentError as detail:
 354             _logger.warning("arv-mount %s: error %s", self.collection_locator, detail)
 355             if self.collection_object is not None and "manifest_text" in self.collection_object:
 356                 _logger.warning("arv-mount manifest_text is: %s", self.collection_object["manifest_text"])
 357         except Exception:
 358             _logger.exception("arv-mount %s: error", self.collection_locator)
 359             if self.collection_object is not None and "manifest_text" in self.collection_object:
 360                 _logger.error("arv-mount manifest_text is: %s", self.collection_object["manifest_text"])
 361         return False
 362
 363     def __getitem__(self, item):
 364         self.checkupdate()
 365         if item == '.arvados#collection':
 366             if self.collection_object_file is None:
 367                 self.collection_object_file = ObjectFile(self.inode, self.collection_object)
 368                 self.inodes.add_entry(self.collection_object_file)
 369             return self.collection_object_file
 370         else:
 371             return super(CollectionDirectory, self).__getitem__(item)
 372
 373     def __contains__(self, k):
 374         if k == '.arvados#collection':
 375             return True
 376         else:
 377             return super(CollectionDirectory, self).__contains__(k)
 378
 379     def mtime(self):
 380         self.checkupdate()
 381         return convertTime(self.collection_object["modified_at"]) if self.collection_object is not None and 'modified_at' in self.collection_object else 0
 382
 383
 384 class MagicDirectory(Directory):
 385     '''A special directory that logically contains the set of all extant keep
 386     locators.  When a file is referenced by lookup(), it is tested to see if it
 387     is a valid keep locator to a manifest, and if so, loads the manifest
 388     contents as a subdirectory of this directory with the locator as the
 389     directory name.  Since querying a list of all extant keep locators is
 390     impractical, only collections that have already been accessed are visible
 391     to readdir().
 392     '''
 393
 394     README_TEXT = '''
 395 This directory provides access to Arvados collections as subdirectories listed
 396 by uuid (in the form 'zzzzz-4zz18-1234567890abcde') or portable data hash (in
 397 the form '1234567890abcdefghijklmnopqrstuv+123').
 398
 399 Note that this directory will appear empty until you attempt to access a
 400 specific collection subdirectory (such as trying to 'cd' into it), at which
 401 point the collection will actually be looked up on the server and the directory
 402 will appear if it exists.
 403 '''.lstrip()
 404
 405     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries):
 406         super(MagicDirectory, self).__init__(parent_inode)
 407         self.inodes = inodes
 408         self.api = api
 409         self.num_retries = num_retries
 410
 411     def __setattr__(self, name, value):
 412         super(MagicDirectory, self).__setattr__(name, value)
 413         # When we're assigned an inode, add a README.
 414         if ((name == 'inode') and (self.inode is not None) and
 415               (not self._entries)):
 416             self._entries['README'] = self.inodes.add_entry(
 417                 StringFile(self.inode, self.README_TEXT, time.time()))
 418             # If we're the root directory, add an identical by_id subdirectory.
 419             if self.inode == llfuse.ROOT_INODE:
 420                 self._entries['by_id'] = self.inodes.add_entry(MagicDirectory(
 421                         self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries))
 422
 423     def __contains__(self, k):
 424         if k in self._entries:
 425             return True
 426
 427         if not portable_data_hash_pattern.match(k) and not uuid_pattern.match(k):
 428             return False
 429
 430         try:
 431             e = self.inodes.add_entry(CollectionDirectory(
 432                     self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, k))
 433             if e.update():
 434                 self._entries[k] = e
 435                 return True
 436             else:
 437                 return False
 438         except Exception as e:
 439             _logger.debug('arv-mount exception keep %s', e)
 440             return False
 441
 442     def __getitem__(self, item):
 443         if item in self:
 444             return self._entries[item]
 445         else:
 446             raise KeyError("No collection with id " + item)
 447
 448
 449 class RecursiveInvalidateDirectory(Directory):
 450     def invalidate(self):
 451         if self.inode == llfuse.ROOT_INODE:
 452             llfuse.lock.acquire()
 453         try:
 454             super(RecursiveInvalidateDirectory, self).invalidate()
 455             for a in self._entries:
 456                 self._entries[a].invalidate()
 457         except Exception:
 458             _logger.exception()
 459         finally:
 460             if self.inode == llfuse.ROOT_INODE:
 461                 llfuse.lock.release()
 462
 463
 464 class TagsDirectory(RecursiveInvalidateDirectory):
 465     '''A special directory that contains as subdirectories all tags visible to the user.'''
 466
 467     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, poll_time=60):
 468         super(TagsDirectory, self).__init__(parent_inode)
 469         self.inodes = inodes
 470         self.api = api
 471         self.num_retries = num_retries
 472         self._poll = True
 473         self._poll_time = poll_time
 474
 475     def update(self):
 476         with llfuse.lock_released:
 477             tags = self.api.links().list(
 478                 filters=[['link_class', '=', 'tag']],
 479                 select=['name'], distinct=True
 480                 ).execute(num_retries=self.num_retries)
 481         if "items" in tags:
 482             self.merge(tags['items'],
 483                        lambda i: i['name'] if 'name' in i else i['uuid'],
 484                        lambda a, i: a.tag == i,
 485                        lambda i: TagDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i['name'], poll=self._poll, poll_time=self._poll_time))
 486
 487
 488 class TagDirectory(Directory):
 489     '''A special directory that contains as subdirectories all collections visible
 490     to the user that are tagged with a particular tag.
 491     '''
 492
 493     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, tag,
 494                  poll=False, poll_time=60):
 495         super(TagDirectory, self).__init__(parent_inode)
 496         self.inodes = inodes
 497         self.api = api
 498         self.num_retries = num_retries
 499         self.tag = tag
 500         self._poll = poll
 501         self._poll_time = poll_time
 502
 503     def update(self):
 504         with llfuse.lock_released:
 505             taggedcollections = self.api.links().list(
 506                 filters=[['link_class', '=', 'tag'],
 507                          ['name', '=', self.tag],
 508                          ['head_uuid', 'is_a', 'arvados#collection']],
 509                 select=['head_uuid']
 510                 ).execute(num_retries=self.num_retries)
 511         self.merge(taggedcollections['items'],
 512                    lambda i: i['head_uuid'],
 513                    lambda a, i: a.collection_locator == i['head_uuid'],
 514                    lambda i: CollectionDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i['head_uuid']))
 515
 516
 517 class ProjectDirectory(Directory):
 518     '''A special directory that contains the contents of a project.'''
 519
 520     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, project_object,
 521                  poll=False, poll_time=60):
 522         super(ProjectDirectory, self).__init__(parent_inode)
 523         self.inodes = inodes
 524         self.api = api
 525         self.num_retries = num_retries
 526         self.project_object = project_object
 527         self.project_object_file = None
 528         self.uuid = project_object['uuid']
 529         self._poll = poll
 530         self._poll_time = poll_time
 531
 532     def createDirectory(self, i):
 533         if collection_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 534             return CollectionDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i)
 535         elif group_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 536             return ProjectDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i, self._poll, self._poll_time)
 537         elif link_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 538             if i['head_kind'] == 'arvados#collection' or portable_data_hash_pattern.match(i['head_uuid']):
 539                 return CollectionDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i['head_uuid'])
 540             else:
 541                 return None
 542         elif uuid_pattern.match(i['uuid']):
 543             return ObjectFile(self.parent_inode, i)
 544         else:
 545             return None
 546
 547     def update(self):
 548         if self.project_object_file == None:
 549             self.project_object_file = ObjectFile(self.inode, self.project_object)
 550             self.inodes.add_entry(self.project_object_file)
 551
 552         def namefn(i):
 553             if 'name' in i:
 554                 if i['name'] is None or len(i['name']) == 0:
 555                     return None
 556                 elif collection_uuid_pattern.match(i['uuid']) or group_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 557                     # collection or subproject
 558                     return i['name']
 559                 elif link_uuid_pattern.match(i['uuid']) and i['head_kind'] == 'arvados#collection':
 560                     # name link
 561                     return i['name']
 562                 elif 'kind' in i and i['kind'].startswith('arvados#'):
 563                     # something else
 564                     return "{}.{}".format(i['name'], i['kind'][8:])
 565             else:
 566                 return None
 567
 568         def samefn(a, i):
 569             if isinstance(a, CollectionDirectory):
 570                 return a.collection_locator == i['uuid']
 571             elif isinstance(a, ProjectDirectory):
 572                 return a.uuid == i['uuid']
 573             elif isinstance(a, ObjectFile):
 574                 return a.uuid == i['uuid'] and not a.stale()
 575             return False
 576
 577         with llfuse.lock_released:
 578             if group_uuid_pattern.match(self.uuid):
 579                 self.project_object = self.api.groups().get(
 580                     uuid=self.uuid).execute(num_retries=self.num_retries)
 581             elif user_uuid_pattern.match(self.uuid):
 582                 self.project_object = self.api.users().get(
 583                     uuid=self.uuid).execute(num_retries=self.num_retries)
 584
 585             contents = arvados.util.list_all(self.api.groups().contents,
 586                                              self.num_retries, uuid=self.uuid)
 587
 588         # end with llfuse.lock_released, re-acquire lock
 589
 590         self.merge(contents,
 591                    namefn,
 592                    samefn,
 593                    self.createDirectory)
 594
 595     def __getitem__(self, item):
 596         self.checkupdate()
 597         if item == '.arvados#project':
 598             return self.project_object_file
 599         else:
 600             return super(ProjectDirectory, self).__getitem__(item)
 601
 602     def __contains__(self, k):
 603         if k == '.arvados#project':
 604             return True
 605         else:
 606             return super(ProjectDirectory, self).__contains__(k)
 607
 608
 609 class SharedDirectory(Directory):
 610     '''A special directory that represents users or groups who have shared projects with me.'''
 611
 612     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, exclude,
 613                  poll=False, poll_time=60):
 614         super(SharedDirectory, self).__init__(parent_inode)
 615         self.inodes = inodes
 616         self.api = api
 617         self.num_retries = num_retries
 618         self.current_user = api.users().current().execute(num_retries=num_retries)
 619         self._poll = True
 620         self._poll_time = poll_time
 621
 622     def update(self):
 623         with llfuse.lock_released:
 624             all_projects = arvados.util.list_all(
 625                 self.api.groups().list, self.num_retries,
 626                 filters=[['group_class','=','project']])
 627             objects = {}
 628             for ob in all_projects:
 629                 objects[ob['uuid']] = ob
 630
 631             roots = []
 632             root_owners = {}
 633             for ob in all_projects:
 634                 if ob['owner_uuid'] != self.current_user['uuid'] and ob['owner_uuid'] not in objects:
 635                     roots.append(ob)
 636                     root_owners[ob['owner_uuid']] = True
 637
 638             lusers = arvados.util.list_all(
 639                 self.api.users().list, self.num_retries,
 640                 filters=[['uuid','in', list(root_owners)]])
 641             lgroups = arvados.util.list_all(
 642                 self.api.groups().list, self.num_retries,
 643                 filters=[['uuid','in', list(root_owners)]])
 644
 645             users = {}
 646             groups = {}
 647
 648             for l in lusers:
 649                 objects[l["uuid"]] = l
 650             for l in lgroups:
 651                 objects[l["uuid"]] = l
 652
 653             contents = {}
 654             for r in root_owners:
 655                 if r in objects:
 656                     obr = objects[r]
 657                     if "name" in obr:
 658                         contents[obr["name"]] = obr
 659                     if "first_name" in obr:
 660                         contents[u"{} {}".format(obr["first_name"], obr["last_name"])] = obr
 661
 662             for r in roots:
 663                 if r['owner_uuid'] not in objects:
 664                     contents[r['name']] = r
 665
 666         # end with llfuse.lock_released, re-acquire lock
 667
 668         try:
 669             self.merge(contents.items(),
 670                        lambda i: i[0],
 671                        lambda a, i: a.uuid == i[1]['uuid'],
 672                        lambda i: ProjectDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i[1], poll=self._poll, poll_time=self._poll_time))
 673         except Exception:
 674             _logger.exception()
 675
 676
 677 class FileHandle(object):
 678     '''Connects a numeric file handle to a File or Directory object that has
 679     been opened by the client.'''
 680
 681     def __init__(self, fh, entry):
 682         self.fh = fh
 683         self.entry = entry
 684
 685
 686 class Inodes(object):
 687     '''Manage the set of inodes.  This is the mapping from a numeric id
 688     to a concrete File or Directory object'''
 689
 690     def __init__(self):
 691         self._entries = {}
 692         self._counter = itertools.count(llfuse.ROOT_INODE)
 693
 694     def __getitem__(self, item):
 695         return self._entries[item]
 696
 697     def __setitem__(self, key, item):
 698         self._entries[key] = item
 699
 700     def __iter__(self):
 701         return self._entries.iterkeys()
 702
 703     def items(self):
 704         return self._entries.items()
 705
 706     def __contains__(self, k):
 707         return k in self._entries
 708
 709     def add_entry(self, entry):
 710         entry.inode = next(self._counter)
 711         self._entries[entry.inode] = entry
 712         return entry
 713
 714     def del_entry(self, entry):
 715         llfuse.invalidate_inode(entry.inode)
 716         del self._entries[entry.inode]
 717
 718 class Operations(llfuse.Operations):
 719     '''This is the main interface with llfuse.  The methods on this object are
 720     called by llfuse threads to service FUSE events to query and read from
 721     the file system.
 722
 723     llfuse has its own global lock which is acquired before calling a request handler,
 724     so request handlers do not run concurrently unless the lock is explicitly released
 725     using "with llfuse.lock_released:"'''
 726
 727     def __init__(self, uid, gid, encoding="utf-8"):
 728         super(Operations, self).__init__()
 729
 730         self.inodes = Inodes()
 731         self.uid = uid
 732         self.gid = gid
 733         self.encoding = encoding
 734
 735         # dict of inode to filehandle
 736         self._filehandles = {}
 737         self._filehandles_counter = 1
 738
 739         # Other threads that need to wait until the fuse driver
 740         # is fully initialized should wait() on this event object.
 741         self.initlock = threading.Event()
 742
 743     def init(self):
 744         # Allow threads that are waiting for the driver to be finished
 745         # initializing to continue
 746         self.initlock.set()
 747
 748     def access(self, inode, mode, ctx):
 749         return True
 750
 751     def getattr(self, inode):
 752         if inode not in self.inodes:
 753             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 754
 755         e = self.inodes[inode]
 756
 757         entry = llfuse.EntryAttributes()
 758         entry.st_ino = inode
 759         entry.generation = 0
 760         entry.entry_timeout = 300
 761         entry.attr_timeout = 300
 762
 763         entry.st_mode = stat.S_IRUSR | stat.S_IRGRP | stat.S_IROTH
 764         if isinstance(e, Directory):
 765             entry.st_mode |= stat.S_IXUSR | stat.S_IXGRP | stat.S_IXOTH | stat.S_IFDIR
 766         else:
 767             entry.st_mode |= stat.S_IFREG
 768
 769         entry.st_nlink = 1
 770         entry.st_uid = self.uid
 771         entry.st_gid = self.gid
 772         entry.st_rdev = 0
 773
 774         entry.st_size = e.size()
 775
 776         entry.st_blksize = 512
 777         entry.st_blocks = (e.size()/512)+1
 778         entry.st_atime = int(e.atime())
 779         entry.st_mtime = int(e.mtime())
 780         entry.st_ctime = int(e.mtime())
 781
 782         return entry
 783
 784     def lookup(self, parent_inode, name):
 785         name = unicode(name, self.encoding)
 786         _logger.debug("arv-mount lookup: parent_inode %i name %s",
 787                       parent_inode, name)
 788         inode = None
 789
 790         if name == '.':
 791             inode = parent_inode
 792         else:
 793             if parent_inode in self.inodes:
 794                 p = self.inodes[parent_inode]
 795                 if name == '..':
 796                     inode = p.parent_inode
 797                 elif isinstance(p, Directory) and name in p:
 798                     inode = p[name].inode
 799
 800         if inode != None:
 801             return self.getattr(inode)
 802         else:
 803             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 804
 805     def open(self, inode, flags):
 806         if inode in self.inodes:
 807             p = self.inodes[inode]
 808         else:
 809             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 810
 811         if (flags & os.O_WRONLY) or (flags & os.O_RDWR):
 812             raise llfuse.FUSEError(errno.EROFS)
 813
 814         if isinstance(p, Directory):
 815             raise llfuse.FUSEError(errno.EISDIR)
 816
 817         fh = self._filehandles_counter
 818         self._filehandles_counter += 1
 819         self._filehandles[fh] = FileHandle(fh, p)
 820         return fh
 821
 822     def read(self, fh, off, size):
 823         _logger.debug("arv-mount read %i %i %i", fh, off, size)
 824         if fh in self._filehandles:
 825             handle = self._filehandles[fh]
 826         else:
 827             raise llfuse.FUSEError(errno.EBADF)
 828
 829         # update atime
 830         handle.entry._atime = time.time()
 831
 832         try:
 833             with llfuse.lock_released:
 834                 return handle.entry.readfrom(off, size)
 835         except arvados.errors.NotFoundError as e:
 836             _logger.warning("Block not found: " + str(e))
 837             raise llfuse.FUSEError(errno.EIO)
 838         except Exception:
 839             _logger.exception()
 840             raise llfuse.FUSEError(errno.EIO)
 841
 842     def release(self, fh):
 843         if fh in self._filehandles:
 844             del self._filehandles[fh]
 845
 846     def opendir(self, inode):
 847         _logger.debug("arv-mount opendir: inode %i", inode)
 848
 849         if inode in self.inodes:
 850             p = self.inodes[inode]
 851         else:
 852             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 853
 854         if not isinstance(p, Directory):
 855             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOTDIR)
 856
 857         fh = self._filehandles_counter
 858         self._filehandles_counter += 1
 859         if p.parent_inode in self.inodes:
 860             parent = self.inodes[p.parent_inode]
 861         else:
 862             raise llfuse.FUSEError(errno.EIO)
 863
 864         # update atime
 865         p._atime = time.time()
 866
 867         self._filehandles[fh] = FileHandle(fh, [('.', p), ('..', parent)] + list(p.items()))
 868         return fh
 869
 870     def readdir(self, fh, off):
 871         _logger.debug("arv-mount readdir: fh %i off %i", fh, off)
 872
 873         if fh in self._filehandles:
 874             handle = self._filehandles[fh]
 875         else:
 876             raise llfuse.FUSEError(errno.EBADF)
 877
 878         _logger.debug("arv-mount handle.entry %s", handle.entry)
 879
 880         e = off
 881         while e < len(handle.entry):
 882             if handle.entry[e][1].inode in self.inodes:
 883                 try:
 884                     yield (handle.entry[e][0].encode(self.encoding), self.getattr(handle.entry[e][1].inode), e+1)
 885                 except UnicodeEncodeError:
 886                     pass
 887             e += 1
 888
 889     def releasedir(self, fh):
 890         del self._filehandles[fh]
 891
 892     def statfs(self):
 893         st = llfuse.StatvfsData()
 894         st.f_bsize = 64 * 1024
 895         st.f_blocks = 0
 896         st.f_files = 0
 897
 898         st.f_bfree = 0
 899         st.f_bavail = 0
 900
 901         st.f_ffree = 0
 902         st.f_favail = 0
 903
 904         st.f_frsize = 0
 905         return st
 906
 907     # The llfuse documentation recommends only overloading functions that
 908     # are actually implemented, as the default implementation will raise ENOSYS.
 909     # However, there is a bug in the llfuse default implementation of create()
 910     # "create() takes exactly 5 positional arguments (6 given)" which will crash
 911     # arv-mount.
 912     # The workaround is to implement it with the proper number of parameters,
 913     # and then everything works out.
 914     def create(self, inode_parent, name, mode, flags, ctx):
 915         raise llfuse.FUSEError(errno.EROFS)