crunch_scripts/rtg-map

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 import arvados
   4 import os
   5 import re
   6 import sys
   7 import pyrtg
   8
   9 arvados.job_setup.one_task_per_input_stream(if_sequence=0, and_end_task=True)
  10
  11 this_job = arvados.current_job()
  12 this_task = arvados.current_task()
  13 in_dir = os.path.join(this_task.tmpdir, 'input')
  14 arvados.util.run_command(['rm', '-rf', in_dir], stderr=sys.stderr)
  15 in_dir = arvados.util.stream_extract(
  16     stream = arvados.StreamReader(this_task['parameters']['input']),
  17     path = in_dir,
  18     decompress = False)
  19 ref_dir = arvados.util.collection_extract(
  20     collection = this_job['script_parameters']['reference'],
  21     path = 'reference',
  22     decompress = False)
  23
  24 out_dir = os.path.join(arvados.current_task().tmpdir, 'out')
  25 arvados.util.run_command(['rm', '-rf', out_dir], stderr=sys.stderr)
  26
  27 # map reads
  28 pyrtg.run_rtg('map', out_dir,
  29               ['-i', in_dir,
  30                '-t', ref_dir,
  31                '-a', '2',
  32                '-b', '1',
  33                '--sam-rg', '@RG\\tID:NA\\tSM:NA\\tPL:ILLUMINA'])
  34
  35 # store output
  36 out = arvados.CollectionWriter()
  37 out.write_directory_tree(out_dir, this_task['parameters']['input'][0], 0)
  38 this_task.set_output(out.finish())