Merge branch 'master' into 5383-api-db-current-time
[arvados.git] / services / api / script / crunch-dispatch.rb
1 #!/usr/bin/env ruby
2
3 require 'shellwords'
4 include Process
5
6 $options = {}
7 (ARGV.any? ? ARGV : ['--jobs', '--pipelines']).each do |arg|
8   case arg
9   when '--jobs'
10     $options[:jobs] = true
11   when '--pipelines'
12     $options[:pipelines] = true
13   else
14     abort "Unrecognized command line option '#{arg}'"
15   end
16 end
17 if not ($options[:jobs] or $options[:pipelines])
18   abort "Nothing to do. Please specify at least one of: --jobs, --pipelines."
19 end
20
21 ARGV.reject! { |a| a =~ /--jobs|--pipelines/ }
22
23 $warned = {}
24 $signal = {}
25 %w{TERM INT}.each do |sig|
26   signame = sig
27   Signal.trap(sig) do
28     $stderr.puts "Received #{signame} signal"
29     $signal[:term] = true
30   end
31 end
32
33 if ENV["CRUNCH_DISPATCH_LOCKFILE"]
34   lockfilename = ENV.delete "CRUNCH_DISPATCH_LOCKFILE"
35   lockfile = File.open(lockfilename, File::RDWR|File::CREAT, 0644)
36   unless lockfile.flock File::LOCK_EX|File::LOCK_NB
37     abort "Lock unavailable on #{lockfilename} - exit"
38   end
39 end
40
41 ENV["RAILS_ENV"] = ARGV[0] || ENV["RAILS_ENV"] || "development"
42
43 require File.dirname(__FILE__) + '/../config/boot'
44 require File.dirname(__FILE__) + '/../config/environment'
45 require 'open3'
46
47 class LogTime < Time
48   def to_s
49     self.utc.strftime "%Y-%m-%d_%H:%M:%S"
50   end
51 end
52
53 class Dispatcher
54   include ApplicationHelper
55   include DbCurrentTime
56
57   def initialize
58     @crunch_job_bin = (ENV['CRUNCH_JOB_BIN'] || `which arv-crunch-job`.strip)
59     if @crunch_job_bin.empty?
60       raise "No CRUNCH_JOB_BIN env var, and crunch-job not in path."
61     end
62
63     @arvados_internal = Rails.configuration.git_internal_dir
64     if not File.exists? @arvados_internal
65       $stderr.puts `mkdir -p #{@arvados_internal.shellescape} && git init --bare #{@arvados_internal.shellescape}`
66       raise "No internal git repository available" unless ($? == 0)
67     end
68
69     @repo_root = Rails.configuration.git_repositories_dir
70     @authorizations = {}
71     @did_recently = {}
72     @fetched_commits = {}
73     @git_tags = {}
74     @node_state = {}
75     @pipe_auth_tokens = {}
76     @running = {}
77     @todo = []
78     @todo_pipelines = []
79   end
80
81   def sysuser
82     return act_as_system_user
83   end
84
85   def refresh_todo
86     if $options[:jobs]
87       @todo = Job.queue.select(&:repository)
88     end
89     if $options[:pipelines]
90       @todo_pipelines = PipelineInstance.queue
91     end
92   end
93
94   def each_slurm_line(cmd, outfmt, max_fields=nil)
95     max_fields ||= outfmt.split(":").size
96     max_fields += 1  # To accommodate the node field we add
97     @@slurm_version ||= Gem::Version.new(`sinfo --version`.match(/\b[\d\.]+\b/)[0])
98     if Gem::Version.new('2.3') <= @@slurm_version
99       `#{cmd} --noheader -o '%n:#{outfmt}'`.each_line do |line|
100         yield line.chomp.split(":", max_fields)
101       end
102     else
103       # Expand rows with hostname ranges (like "foo[1-3,5,9-12]:idle")
104       # into multiple rows with one hostname each.
105       `#{cmd} --noheader -o '%N:#{outfmt}'`.each_line do |line|
106         tokens = line.chomp.split(":", max_fields)
107         if (re = tokens[0].match /^(.*?)\[([-,\d]+)\]$/)
108           tokens.shift
109           re[2].split(",").each do |range|
110             range = range.split("-").collect(&:to_i)
111             (range[0]..range[-1]).each do |n|
112               yield [re[1] + n.to_s] + tokens
113             end
114           end
115         else
116           yield tokens
117         end
118       end
119     end
120   end
121
122   def slurm_status
123     slurm_nodes = {}
124     each_slurm_line("sinfo", "%t") do |hostname, state|
125       # Treat nodes in idle* state as down, because the * means that slurm
126       # hasn't been able to communicate with it recently.
127       state.sub!(/^idle\*/, "down")
128       state.sub!(/\W+$/, "")
129       state = "down" unless %w(idle alloc down).include?(state)
130       slurm_nodes[hostname] = {state: state, job: nil}
131     end
132     each_slurm_line("squeue", "%j") do |hostname, job_uuid|
133       slurm_nodes[hostname][:job] = job_uuid if slurm_nodes[hostname]
134     end
135     slurm_nodes
136   end
137
138   def update_node_status
139     return unless Server::Application.config.crunch_job_wrapper.to_s.match /^slurm/
140     slurm_status.each_pair do |hostname, slurmdata|
141       next if @node_state[hostname] == slurmdata
142       begin
143         node = Node.where('hostname=?', hostname).order(:last_ping_at).last
144         if node
145           $stderr.puts "dispatch: update #{hostname} state to #{slurmdata}"
146           node.info["slurm_state"] = slurmdata[:state]
147           node.job_uuid = slurmdata[:job]
148           if node.save
149             @node_state[hostname] = slurmdata
150           else
151             $stderr.puts "dispatch: failed to update #{node.uuid}: #{node.errors.messages}"
152           end
153         elsif slurmdata[:state] != 'down'
154           $stderr.puts "dispatch: SLURM reports '#{hostname}' is not down, but no node has that name"
155         end
156       rescue => error
157         $stderr.puts "dispatch: error updating #{hostname} node status: #{error}"
158       end
159     end
160   end
161
162   def positive_int(raw_value, default=nil)
163     value = begin raw_value.to_i rescue 0 end
164     if value > 0
165       value
166     else
167       default
168     end
169   end
170
171   NODE_CONSTRAINT_MAP = {
172     # Map Job runtime_constraints keys to the corresponding Node info key.
173     'min_ram_mb_per_node' => 'total_ram_mb',
174     'min_scratch_mb_per_node' => 'total_scratch_mb',
175     'min_cores_per_node' => 'total_cpu_cores',
176   }
177
178   def nodes_available_for_job_now(job)
179     # Find Nodes that satisfy a Job's runtime constraints (by building
180     # a list of Procs and using them to test each Node).  If there
181     # enough to run the Job, return an array of their names.
182     # Otherwise, return nil.
183     need_procs = NODE_CONSTRAINT_MAP.each_pair.map do |job_key, node_key|
184       Proc.new do |node|
185         positive_int(node.info[node_key], 0) >=
186           positive_int(job.runtime_constraints[job_key], 0)
187       end
188     end
189     min_node_count = positive_int(job.runtime_constraints['min_nodes'], 1)
190     usable_nodes = []
191     Node.find_each do |node|
192       good_node = (node.info['slurm_state'] == 'idle')
193       need_procs.each { |node_test| good_node &&= node_test.call(node) }
194       if good_node
195         usable_nodes << node
196         if usable_nodes.count >= min_node_count
197           return usable_nodes.map { |node| node.hostname }
198         end
199       end
200     end
201     nil
202   end
203
204   def nodes_available_for_job(job)
205     # Check if there are enough idle nodes with the Job's minimum
206     # hardware requirements to run it.  If so, return an array of
207     # their names.  If not, up to once per hour, signal start_jobs to
208     # hold off launching Jobs.  This delay is meant to give the Node
209     # Manager an opportunity to make new resources available for new
210     # Jobs.
211     #
212     # The exact timing parameters here might need to be adjusted for
213     # the best balance between helping the longest-waiting Jobs run,
214     # and making efficient use of immediately available resources.
215     # These are all just first efforts until we have more data to work
216     # with.
217     nodelist = nodes_available_for_job_now(job)
218     if nodelist.nil? and not did_recently(:wait_for_available_nodes, 3600)
219       $stderr.puts "dispatch: waiting for nodes for #{job.uuid}"
220       @node_wait_deadline = db_current_time + 5.minutes
221     end
222     nodelist
223   end
224
225   def fail_job job, message
226     $stderr.puts "dispatch: #{job.uuid}: #{message}"
227     begin
228       Log.new(object_uuid: job.uuid,
229               event_type: 'dispatch',
230               owner_uuid: job.owner_uuid,
231               summary: message,
232               properties: {"text" => message}).save!
233     rescue
234       $stderr.puts "dispatch: log.create failed"
235     end
236
237     begin
238       job.lock @authorizations[job.uuid].user.uuid
239       job.state = "Failed"
240       if not job.save
241         $stderr.puts "dispatch: save failed setting job #{job.uuid} to failed"
242       end
243     rescue ArvadosModel::AlreadyLockedError
244       $stderr.puts "dispatch: tried to mark job #{job.uuid} as failed but it was already locked by someone else"
245     end
246   end
247
248   def stdout_s(cmd_a, opts={})
249     IO.popen(cmd_a, "r", opts) do |pipe|
250       return pipe.read.chomp
251     end
252   end
253
254   def git_cmd(*cmd_a)
255     ["git", "--git-dir=#{@arvados_internal}"] + cmd_a
256   end
257
258   def get_authorization(job)
259     if @authorizations[job.uuid] and
260         @authorizations[job.uuid].user.uuid != job.modified_by_user_uuid
261       # We already made a token for this job, but we need a new one
262       # because modified_by_user_uuid has changed (the job will run
263       # as a different user).
264       @authorizations[job.uuid].update_attributes expires_at: db_current_time
265       @authorizations[job.uuid] = nil
266     end
267     if not @authorizations[job.uuid]
268       auth = ApiClientAuthorization.
269         new(user: User.where('uuid=?', job.modified_by_user_uuid).first,
270             api_client_id: 0)
271       if not auth.save
272         $stderr.puts "dispatch: auth.save failed for #{job.uuid}"
273       else
274         @authorizations[job.uuid] = auth
275       end
276     end
277     @authorizations[job.uuid]
278   end
279
280   def get_commit(repo_name, commit_hash)
281     # @fetched_commits[V]==true if we know commit V exists in the
282     # arvados_internal git repository.
283     if !@fetched_commits[commit_hash]
284       src_repo = File.join(@repo_root, "#{repo_name}.git")
285       if not File.exists? src_repo
286         src_repo = File.join(@repo_root, repo_name, '.git')
287         if not File.exists? src_repo
288           fail_job job, "No #{repo_name}.git or #{repo_name}/.git at #{@repo_root}"
289           return nil
290         end
291       end
292
293       # check if the commit needs to be fetched or not
294       commit_rev = stdout_s(git_cmd("rev-list", "-n1", commit_hash),
295                             err: "/dev/null")
296       unless $? == 0 and commit_rev == commit_hash
297         # commit does not exist in internal repository, so import the source repository using git fetch-pack
298         cmd = git_cmd("fetch-pack", "--no-progress", "--all", src_repo)
299         $stderr.puts "dispatch: #{cmd}"
300         $stderr.puts(stdout_s(cmd))
301         unless $? == 0
302           fail_job job, "git fetch-pack failed"
303           return nil
304         end
305       end
306       @fetched_commits[commit_hash] = true
307     end
308     @fetched_commits[commit_hash]
309   end
310
311   def tag_commit(commit_hash, tag_name)
312     # @git_tags[T]==V if we know commit V has been tagged T in the
313     # arvados_internal repository.
314     if not @git_tags[tag_name]
315       cmd = git_cmd("tag", tag_name, commit_hash)
316       $stderr.puts "dispatch: #{cmd}"
317       $stderr.puts(stdout_s(cmd, err: "/dev/null"))
318       unless $? == 0
319         # git tag failed.  This may be because the tag already exists, so check for that.
320         tag_rev = stdout_s(git_cmd("rev-list", "-n1", tag_name))
321         if $? == 0
322           # We got a revision back
323           if tag_rev != commit_hash
324             # Uh oh, the tag doesn't point to the revision we were expecting.
325             # Someone has been monkeying with the job record and/or git.
326             fail_job job, "Existing tag #{tag_name} points to commit #{tag_rev} but expected commit #{commit_hash}"
327             return nil
328           end
329           # we're okay (fall through to setting @git_tags below)
330         else
331           # git rev-list failed for some reason.
332           fail_job job, "'git tag' for #{tag_name} failed but did not find any existing tag using 'git rev-list'"
333           return nil
334         end
335       end
336       # 'git tag' was successful, or there is an existing tag that points to the same revision.
337       @git_tags[tag_name] = commit_hash
338     elsif @git_tags[tag_name] != commit_hash
339       fail_job job, "Existing tag #{tag_name} points to commit #{@git_tags[tag_name]} but this job uses commit #{commit_hash}"
340       return nil
341     end
342     @git_tags[tag_name]
343   end
344
345   def start_jobs
346     @todo.each do |job|
347       next if @running[job.uuid]
348
349       cmd_args = nil
350       case Server::Application.config.crunch_job_wrapper
351       when :none
352         if @running.size > 0
353             # Don't run more than one at a time.
354             return
355         end
356         cmd_args = []
357       when :slurm_immediate
358         nodelist = nodes_available_for_job(job)
359         if nodelist.nil?
360           if db_current_time < @node_wait_deadline
361             break
362           else
363             next
364           end
365         end
366         cmd_args = ["salloc",
367                     "--chdir=/",
368                     "--immediate",
369                     "--exclusive",
370                     "--no-kill",
371                     "--job-name=#{job.uuid}",
372                     "--nodelist=#{nodelist.join(',')}"]
373       else
374         raise "Unknown crunch_job_wrapper: #{Server::Application.config.crunch_job_wrapper}"
375       end
376
377       if Server::Application.config.crunch_job_user
378         cmd_args.unshift("sudo", "-E", "-u",
379                          Server::Application.config.crunch_job_user,
380                          "PATH=#{ENV['PATH']}",
381                          "PERLLIB=#{ENV['PERLLIB']}",
382                          "PYTHONPATH=#{ENV['PYTHONPATH']}",
383                          "RUBYLIB=#{ENV['RUBYLIB']}",
384                          "GEM_PATH=#{ENV['GEM_PATH']}")
385       end
386
387       ready = (get_authorization(job) and
388                get_commit(job.repository, job.script_version) and
389                tag_commit(job.script_version, job.uuid))
390       if ready and job.arvados_sdk_version
391         ready = (get_commit("arvados", job.arvados_sdk_version) and
392                  tag_commit(job.arvados_sdk_version, "#{job.uuid}-arvados-sdk"))
393       end
394       next unless ready
395
396       cmd_args += [@crunch_job_bin,
397                    '--job-api-token', @authorizations[job.uuid].api_token,
398                    '--job', job.uuid,
399                    '--git-dir', @arvados_internal]
400
401       $stderr.puts "dispatch: #{cmd_args.join ' '}"
402
403       begin
404         i, o, e, t = Open3.popen3(*cmd_args)
405       rescue
406         $stderr.puts "dispatch: popen3: #{$!}"
407         sleep 1
408         next
409       end
410
411       $stderr.puts "dispatch: job #{job.uuid}"
412       start_banner = "dispatch: child #{t.pid} start #{LogTime.now}"
413       $stderr.puts start_banner
414
415       @running[job.uuid] = {
416         stdin: i,
417         stdout: o,
418         stderr: e,
419         wait_thr: t,
420         job: job,
421         buf: {stderr: '', stdout: ''},
422         started: false,
423         sent_int: 0,
424         job_auth: @authorizations[job.uuid],
425         stderr_buf_to_flush: '',
426         stderr_flushed_at: Time.new(0),
427         bytes_logged: 0,
428         events_logged: 0,
429         log_throttle_is_open: true,
430         log_throttle_reset_time: db_current_time + Rails.configuration.crunch_log_throttle_period,
431         log_throttle_bytes_so_far: 0,
432         log_throttle_lines_so_far: 0,
433         log_throttle_bytes_skipped: 0,
434       }
435       i.close
436       update_node_status
437     end
438   end
439
440   # Test for hard cap on total output and for log throttling.  Returns whether
441   # the log line should go to output or not.  Modifies "line" in place to
442   # replace it with an error if a logging limit is tripped.
443   def rate_limit running_job, line
444     message = false
445     linesize = line.size
446     if running_job[:log_throttle_is_open]
447       running_job[:log_throttle_lines_so_far] += 1
448       running_job[:log_throttle_bytes_so_far] += linesize
449       running_job[:bytes_logged] += linesize
450
451       if (running_job[:bytes_logged] >
452           Rails.configuration.crunch_limit_log_bytes_per_job)
453         message = "Exceeded log limit #{Rails.configuration.crunch_limit_log_bytes_per_job} bytes (crunch_limit_log_bytes_per_job). Log will be truncated."
454         running_job[:log_throttle_reset_time] = db_current_time + 100.years
455         running_job[:log_throttle_is_open] = false
456
457       elsif (running_job[:log_throttle_bytes_so_far] >
458              Rails.configuration.crunch_log_throttle_bytes)
459         remaining_time = running_job[:log_throttle_reset_time] - db_current_time
460         message = "Exceeded rate #{Rails.configuration.crunch_log_throttle_bytes} bytes per #{Rails.configuration.crunch_log_throttle_period} seconds (crunch_log_throttle_bytes). Logging will be silenced for the next #{remaining_time.round} seconds.\n"
461         running_job[:log_throttle_is_open] = false
462
463       elsif (running_job[:log_throttle_lines_so_far] >
464              Rails.configuration.crunch_log_throttle_lines)
465         remaining_time = running_job[:log_throttle_reset_time] - db_current_time
466         message = "Exceeded rate #{Rails.configuration.crunch_log_throttle_lines} lines per #{Rails.configuration.crunch_log_throttle_period} seconds (crunch_log_throttle_lines), logging will be silenced for the next #{remaining_time.round} seconds.\n"
467         running_job[:log_throttle_is_open] = false
468       end
469     end
470
471     if not running_job[:log_throttle_is_open]
472       # Don't log anything if any limit has been exceeded. Just count lossage.
473       running_job[:log_throttle_bytes_skipped] += linesize
474     end
475
476     if message
477       # Yes, write to logs, but use our "rate exceeded" message
478       # instead of the log message that exceeded the limit.
479       line.replace message
480       true
481     else
482       running_job[:log_throttle_is_open]
483     end
484   end
485
486   def read_pipes
487     @running.each do |job_uuid, j|
488       job = j[:job]
489
490       now = db_current_time
491       if now > j[:log_throttle_reset_time]
492         # It has been more than throttle_period seconds since the last
493         # checkpoint so reset the throttle
494         if j[:log_throttle_bytes_skipped] > 0
495           message = "#{job_uuid} ! Skipped #{j[:log_throttle_bytes_skipped]} bytes of log"
496           $stderr.puts message
497           j[:stderr_buf_to_flush] << "#{LogTime.now} #{message}\n"
498         end
499
500         j[:log_throttle_reset_time] = now + Rails.configuration.crunch_log_throttle_period
501         j[:log_throttle_bytes_so_far] = 0
502         j[:log_throttle_lines_so_far] = 0
503         j[:log_throttle_bytes_skipped] = 0
504         j[:log_throttle_is_open] = true
505       end
506
507       j[:buf].each do |stream, streambuf|
508         # Read some data from the child stream
509         buf = ''
510         begin
511           # It's important to use a big enough buffer here. When we're
512           # being flooded with logs, we must read and discard many
513           # bytes at once. Otherwise, we can easily peg a CPU with
514           # time-checking and other loop overhead. (Quick tests show a
515           # 1MiB buffer working 2.5x as fast as a 64 KiB buffer.)
516           #
517           # So don't reduce this buffer size!
518           buf = j[stream].read_nonblock(2**20)
519         rescue Errno::EAGAIN, EOFError
520         end
521
522         # Short circuit the counting code if we're just going to throw
523         # away the data anyway.
524         if not j[:log_throttle_is_open]
525           j[:log_throttle_bytes_skipped] += streambuf.size + buf.size
526           streambuf.replace ''
527           next
528         elsif buf == ''
529           next
530         end
531
532         # Append to incomplete line from previous read, if any
533         streambuf << buf
534
535         bufend = ''
536         streambuf.each_line do |line|
537           if not line.end_with? $/
538             if line.size > Rails.configuration.crunch_log_throttle_bytes
539               # Without a limit here, we'll use 2x an arbitrary amount
540               # of memory, and waste a lot of time copying strings
541               # around, all without providing any feedback to anyone
542               # about what's going on _or_ hitting any of our throttle
543               # limits.
544               #
545               # Here we leave "line" alone, knowing it will never be
546               # sent anywhere: rate_limit() will reach
547               # crunch_log_throttle_bytes immediately. However, we'll
548               # leave [...] in bufend: if the trailing end of the long
549               # line does end up getting sent anywhere, it will have
550               # some indication that it is incomplete.
551               bufend = "[...]"
552             else
553               # If line length is sane, we'll wait for the rest of the
554               # line to appear in the next read_pipes() call.
555               bufend = line
556               break
557             end
558           end
559           # rate_limit returns true or false as to whether to actually log
560           # the line or not.  It also modifies "line" in place to replace
561           # it with an error if a logging limit is tripped.
562           if rate_limit j, line
563             $stderr.print "#{job_uuid} ! " unless line.index(job_uuid)
564             $stderr.puts line
565             pub_msg = "#{LogTime.now} #{line.strip}\n"
566             j[:stderr_buf_to_flush] << pub_msg
567           end
568         end
569
570         # Leave the trailing incomplete line (if any) in streambuf for
571         # next time.
572         streambuf.replace bufend
573       end
574       # Flush buffered logs to the logs table, if appropriate. We have
575       # to do this even if we didn't collect any new logs this time:
576       # otherwise, buffered data older than seconds_between_events
577       # won't get flushed until new data arrives.
578       write_log j
579     end
580   end
581
582   def reap_children
583     return if 0 == @running.size
584     pid_done = nil
585     j_done = nil
586
587     if false
588       begin
589         pid_done = waitpid(-1, Process::WNOHANG | Process::WUNTRACED)
590         if pid_done
591           j_done = @running.values.
592             select { |j| j[:wait_thr].pid == pid_done }.
593             first
594         end
595       rescue SystemCallError
596         # I have @running processes but system reports I have no
597         # children. This is likely to happen repeatedly if it happens at
598         # all; I will log this no more than once per child process I
599         # start.
600         if 0 < @running.select { |uuid,j| j[:warned_waitpid_error].nil? }.size
601           children = @running.values.collect { |j| j[:wait_thr].pid }.join ' '
602           $stderr.puts "dispatch: IPC bug: waitpid() error (#{$!}), but I have children #{children}"
603         end
604         @running.each do |uuid,j| j[:warned_waitpid_error] = true end
605       end
606     else
607       @running.each do |uuid, j|
608         if j[:wait_thr].status == false
609           pid_done = j[:wait_thr].pid
610           j_done = j
611         end
612       end
613     end
614
615     return if !pid_done
616
617     job_done = j_done[:job]
618     $stderr.puts "dispatch: child #{pid_done} exit"
619     $stderr.puts "dispatch: job #{job_done.uuid} end"
620
621     # Ensure every last drop of stdout and stderr is consumed.
622     read_pipes
623     # Reset flush timestamp to make sure log gets written.
624     j_done[:stderr_flushed_at] = Time.new(0)
625     # Write any remaining logs.
626     write_log j_done
627
628     j_done[:buf].each do |stream, streambuf|
629       if streambuf != ''
630         $stderr.puts streambuf + "\n"
631       end
632     end
633
634     # Wait the thread (returns a Process::Status)
635     exit_status = j_done[:wait_thr].value.exitstatus
636
637     jobrecord = Job.find_by_uuid(job_done.uuid)
638     if exit_status != 75 and jobrecord.state == "Running"
639       # crunch-job did not return exit code 75 (see below) and left the job in
640       # the "Running" state, which means there was an unhandled error.  Fail
641       # the job.
642       jobrecord.state = "Failed"
643       if not jobrecord.save
644         $stderr.puts "dispatch: jobrecord.save failed"
645       end
646     else
647       # Don't fail the job if crunch-job didn't even get as far as
648       # starting it. If the job failed to run due to an infrastructure
649       # issue with crunch-job or slurm, we want the job to stay in the
650       # queue. If crunch-job exited after losing a race to another
651       # crunch-job process, it exits 75 and we should leave the job
652       # record alone so the winner of the race do its thing.
653       #
654       # There is still an unhandled race condition: If our crunch-job
655       # process is about to lose a race with another crunch-job
656       # process, but crashes before getting to its "exit 75" (for
657       # example, "cannot fork" or "cannot reach API server") then we
658       # will assume incorrectly that it's our process's fault
659       # jobrecord.started_at is non-nil, and mark the job as failed
660       # even though the winner of the race is probably still doing
661       # fine.
662     end
663
664     # Invalidate the per-job auth token, unless the job is still queued and we
665     # might want to try it again.
666     if jobrecord.state != "Queued"
667       j_done[:job_auth].update_attributes expires_at: db_current_time
668     end
669
670     @running.delete job_done.uuid
671   end
672
673   def update_pipelines
674     expire_tokens = @pipe_auth_tokens.dup
675     @todo_pipelines.each do |p|
676       pipe_auth = (@pipe_auth_tokens[p.uuid] ||= ApiClientAuthorization.
677                    create(user: User.where('uuid=?', p.modified_by_user_uuid).first,
678                           api_client_id: 0))
679       puts `export ARVADOS_API_TOKEN=#{pipe_auth.api_token} && arv-run-pipeline-instance --run-pipeline-here --no-wait --instance #{p.uuid}`
680       expire_tokens.delete p.uuid
681     end
682
683     expire_tokens.each do |k, v|
684       v.update_attributes expires_at: db_current_time
685       @pipe_auth_tokens.delete k
686     end
687   end
688
689   def run
690     act_as_system_user
691     $stderr.puts "dispatch: ready"
692     while !$signal[:term] or @running.size > 0
693       read_pipes
694       if $signal[:term]
695         @running.each do |uuid, j|
696           if !j[:started] and j[:sent_int] < 2
697             begin
698               Process.kill 'INT', j[:wait_thr].pid
699             rescue Errno::ESRCH
700               # No such pid = race condition + desired result is
701               # already achieved
702             end
703             j[:sent_int] += 1
704           end
705         end
706       else
707         refresh_todo unless did_recently(:refresh_todo, 1.0)
708         update_node_status unless did_recently(:update_node_status, 1.0)
709         unless @todo.empty? or did_recently(:start_jobs, 1.0) or $signal[:term]
710           start_jobs
711         end
712         unless (@todo_pipelines.empty? and @pipe_auth_tokens.empty?) or did_recently(:update_pipelines, 5.0)
713           update_pipelines
714         end
715       end
716       reap_children
717       select(@running.values.collect { |j| [j[:stdout], j[:stderr]] }.flatten,
718              [], [], 1)
719     end
720   end
721
722   protected
723
724   def did_recently(thing, min_interval)
725     current_time = db_current_time
726     if !@did_recently[thing] or @did_recently[thing] < current_time - min_interval
727       @did_recently[thing] = current_time
728       false
729     else
730       true
731     end
732   end
733
734   # send message to log table. we want these records to be transient
735   def write_log running_job
736     return if running_job[:stderr_buf_to_flush] == ''
737
738     # Send out to log event if buffer size exceeds the bytes per event or if
739     # it has been at least crunch_log_seconds_between_events seconds since
740     # the last flush.
741     if running_job[:stderr_buf_to_flush].size > Rails.configuration.crunch_log_bytes_per_event or
742         (db_current_time - running_job[:stderr_flushed_at]) >= Rails.configuration.crunch_log_seconds_between_events
743       begin
744         log = Log.new(object_uuid: running_job[:job].uuid,
745                       event_type: 'stderr',
746                       owner_uuid: running_job[:job].owner_uuid,
747                       properties: {"text" => running_job[:stderr_buf_to_flush]})
748         log.save!
749         running_job[:events_logged] += 1
750       rescue => exception
751         $stderr.puts "Failed to write logs"
752         $stderr.puts exception.backtrace
753       end
754       running_job[:stderr_buf_to_flush] = ''
755       running_job[:stderr_flushed_at] = db_current_time
756     end
757   end
758 end
759
760 # This is how crunch-job child procs know where the "refresh" trigger file is
761 ENV["CRUNCH_REFRESH_TRIGGER"] = Rails.configuration.crunch_refresh_trigger
762
763 Dispatcher.new.run