doc/install/crunch2-slurm/install-slurm.html.textile.liquid

   1 ---
   2 layout: default
   3 navsection: installguide
   4 title: Set up SLURM
   5 ...
   6 {% comment %}
   7 Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   8
   9 SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
  10 {% endcomment %}
  11
  12 Containers can be dispatched to a SLURM cluster.  The dispatcher sends work to the cluster using SLURM's @sbatch@ command, so it works in a variety of SLURM configurations.
  13
  14 In order to run containers, you must run the dispatcher as a user that has permission to set up FUSE mounts and run Docker containers on each compute node.  This install guide refers to this user as the @crunch@ user.  We recommend you create this user on each compute node with the same UID and GID, and add it to the @fuse@ and @docker@ system groups to grant it the necessary permissions.  However, you can run the dispatcher under any account with sufficient permissions across the cluster.
  15
  16
  17 On the API server, install SLURM and munge, and generate a munge key.
  18
  19 On Debian-based systems:
  20
  21 <notextile>
  22 <pre><code>~$ <span class="userinput">sudo /usr/bin/apt-get install slurm-llnl munge</span>
  23 ~$ <span class="userinput">sudo /usr/sbin/create-munge-key</span>
  24 </code></pre>
  25 </notextile>
  26
  27 On Red Hat-based systems:
  28
  29 <notextile>
  30 <pre><code>~$ <span class="userinput">sudo yum install slurm munge slurm-munge</span>
  31 </code></pre>
  32 </notextile>
  33
  34 Now we need to give SLURM a configuration file.  On Debian-based systems, this is installed at @/etc/slurm-llnl/slurm.conf@.  On Red Hat-based systems, this is installed at @/etc/slurm/slurm.conf@.  Here's an example @slurm.conf@:
  35
  36 <notextile>
  37 <pre><code>
  38 ControlMachine=<span class="userinput">ClusterID.example.com</class>
  39 SlurmctldPort=6817
  40 SlurmdPort=6818
  41 AuthType=auth/munge
  42 StateSaveLocation=/tmp
  43 SlurmdSpoolDir=/tmp/slurmd
  44 SwitchType=switch/none
  45 MpiDefault=none
  46 SlurmctldPidFile=/var/run/slurmctld.pid
  47 SlurmdPidFile=/var/run/slurmd.pid
  48 ProctrackType=proctrack/pgid
  49 CacheGroups=0
  50 ReturnToService=2
  51 TaskPlugin=task/affinity
  52 #
  53 # TIMERS
  54 SlurmctldTimeout=300
  55 SlurmdTimeout=300
  56 InactiveLimit=0
  57 MinJobAge=300
  58 KillWait=30
  59 Waittime=0
  60 #
  61 # SCHEDULING
  62 SchedulerType=sched/backfill
  63 SchedulerPort=7321
  64 SelectType=select/linear
  65 FastSchedule=0
  66 #
  67 # LOGGING
  68 SlurmctldDebug=3
  69 #SlurmctldLogFile=
  70 SlurmdDebug=3
  71 #SlurmdLogFile=
  72 JobCompType=jobcomp/none
  73 #JobCompLoc=
  74 JobAcctGatherType=jobacct_gather/none
  75 #
  76 # COMPUTE NODES
  77 NodeName=DEFAULT
  78 PartitionName=DEFAULT MaxTime=INFINITE State=UP
  79
  80 NodeName=compute[0-255]
  81 PartitionName=compute Nodes=compute[0-255] Default=YES Shared=YES
  82 </code></pre>
  83 </notextile>
  84
  85 h3. SLURM configuration essentials
  86
  87 Whenever you change this file, you will need to update the copy _on every compute node_ as well as the controller node, and then run @sudo scontrol reconfigure@.
  88
  89 *@ControlMachine@* should be a DNS name that resolves to the SLURM controller (dispatch/API server). This must resolve correctly on all SLURM worker nodes as well as the controller itself. In general SLURM is very sensitive about all of the nodes being able to communicate with the controller _and one another_, all using the same DNS names.
  90
  91 *@SelectType=select/linear@* is needed on cloud-based installations that update node sizes dynamically, but it can only schedule one container at a time on each node. On a static or homogeneous cluster, use @SelectType=select/cons_res@ with @SelectTypeParameters=CR_CPU_Memory@ instead to enable node sharing.
  92
  93 *@NodeName=compute[0-255]@* establishes that the hostnames of the worker nodes will be compute0, compute1, etc. through compute255.
  94 * There are several ways to compress sequences of names, like @compute[0-9,80,100-110]@. See the "hostlist" discussion in the @slurm.conf(5)@ and @scontrol(1)@ man pages for more information.
  95 * It is not necessary for all of the nodes listed here to be alive in order for SLURM to work, although you should make sure the DNS entries exist. It is easiest to define lots of hostnames up front, assigning them to real nodes and updating your DNS records as the nodes appear. This minimizes the frequency of @slurm.conf@ updates and use of @scontrol reconfigure@.
  96
  97 Each hostname in @slurm.conf@ must also resolve correctly on all SLURM worker nodes as well as the controller itself. Furthermore, the hostnames used in the configuration file must match the hostnames reported by @hostname@ or @hostname -s@ on the nodes themselves. This applies to the ControlMachine as well as the worker nodes.
  98
  99 For example:
 100 * In @slurm.conf@ on control and worker nodes: @ControlMachine=ClusterID.example.com@
 101 * In @slurm.conf@ on control and worker nodes: @NodeName=compute[0-255]@
 102 * In @/etc/resolv.conf@ on control and worker nodes: @search ClusterID.example.com@
 103 * On the control node: @hostname@ reports @ClusterID.example.com@
 104 * On worker node 123: @hostname@ reports @compute123.ClusterID.example.com@
 105
 106 h3. Automatic hostname assignment
 107
 108 The API server will choose an unused hostname from the set given in @application.yml@, which defaults to @compute[0-255]@.
 109
 110 If it is not feasible to give your compute nodes hostnames like compute0, compute1, etc., you can accommodate other naming schemes with a bit of extra configuration.
 111
 112 If you want Arvados to assign names to your nodes with a different consecutive numeric series like @{worker1-0000, worker1-0001, worker1-0002}@, add an entry to @application.yml@; see @/var/www/arvados-api/current/config/application.default.yml@ for details. Example:
 113 * In @application.yml@: <code>assign_node_hostname: worker1-%<slot_number>04d</code>
 114 * In @slurm.conf@: <code>NodeName=worker1-[0000-0255]</code>
 115
 116 If your worker hostnames are already assigned by other means, and the full set of names is known in advance, have your worker node bootstrapping script (see "Installing a compute node":install-compute-node.html) send its current hostname, rather than expect Arvados to assign one.
 117 * In @application.yml@: <code>assign_node_hostname: false</code>
 118 * In @slurm.conf@: <code>NodeName=alice,bob,clay,darlene</code>
 119
 120 If your worker hostnames are already assigned by other means, but the full set of names is _not_ known in advance, you can use the @slurm.conf@ and @application.yml@ settings in the previous example, but you must also update @slurm.conf@ (both on the controller and on all worker nodes) and run @sudo scontrol reconfigure@ whenever a new node comes online.