sdk/cwl/tests/12213-keepref-expr.cwl

   1 cwlVersion: v1.0
   2 class: ExpressionTool
   3 requirements:
   4   InlineJavascriptRequirement: {}
   5 inputs:
   6   dir: Directory
   7 outputs:
   8   out: Directory[]
   9 expression: |
  10   ${
  11     var samples = {};
  12     var pattern = /^(.+)(_S[0-9]{1,3}_)(.+)$/;
  13     for (var i = 0; i < inputs.dir.listing.length; i++) {
  14       var file = inputs.dir.listing[i];
  15       var groups = file.basename.match(pattern);
  16       if (groups) {
  17         var sampleid = groups[1];
  18         if (!samples[sampleid]) {
  19           samples[sampleid] = [];
  20         }
  21         samples[sampleid].push(file);
  22       }
  23     }
  24     var dirs = [];
  25     Object.keys(samples).sort().forEach(function(sampleid, _) {
  26       dirs.push({"class": "Directory",
  27                  "basename": sampleid,
  28                  "listing": samples[sampleid]});
  29     });
  30     return {"out": dirs};
  31   }