doc/install/crunch2/install-compute-node-singularity.html.textile.liquid

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   2 layout: default
   3 navsection: installguide
   4 title: Set up a compute node with Singularity
   5 ...
   6 {% comment %}
   7 Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
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   9 SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
  10 {% endcomment %}
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  12 {% include 'notebox_begin_warning' %}
  13 This page describes the requirements for a compute node in a Slurm or LSF cluster that will run containers dispatched by @crunch-dispatch-slurm@ or @arvados-dispatch-lsf@. If you are installing a cloud cluster, refer to "Build a cloud compute node image":{{ site.baseurl }}/install/crunch2-cloud/install-compute-node.html.
  14 {% include 'notebox_end' %}
  15
  16 {% include 'notebox_begin_warning' %}
  17 These instructions apply when Containers.RuntimeEngine is set to @singularity@, refer to "Set up a compute node with Docker":install-compute-node-docker.html when running @docker@.
  18 {% include 'notebox_end' %}
  19
  20 # "Introduction":#introduction
  21 # "Install python-arvados-fuse and crunch-run and squashfs-tools":#install-packages
  22 # "Set up Singularity":#singularity
  23 # "Singularity mksquashfs configuration":#singularity_mksquashfs_configuration
  24
  25 h2(#introduction). Introduction
  26
  27 Please refer to the "Singularity":{{site.baseurl}}/architecture/singularity.html documentation in the Architecture section.
  28
  29 This page describes how to configure a compute node so that it can be used to run containers dispatched by Arvados on a static cluster. These steps must be performed on every compute node.
  30
  31 {% assign arvados_component = 'python-arvados-fuse crunch-run squashfs-tools' %}
  32
  33 {% include 'install_packages' %}
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  35 {% include 'install_cuda' %}
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  37 h2(#singularity). Set up Singularity
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  39 Follow the "Singularity installation instructions":https://sylabs.io/guides/latest/user-guide/quick_start.html. Note that while the latest stable version is normally expected to be compatible, Arvados is currently tested with singularity 3.10.4.
  40
  41 Make sure @singularity@ and @mksquashfs@ are working:
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  43 <notextile>
  44 <pre><code>$ <span class="userinput">singularity version</span>
  45 singularity-ce version 3.10.4-dirty
  46 $ <span class="userinput">mksquashfs -version</span>
  47 mksquashfs version 4.4 (2019/08/29)
  48 [...]
  49 </code></pre>
  50 </notextile>
  51
  52 Then update @Containers.RuntimeEngine@ in your cluster configuration:
  53
  54 <notextile>
  55 <pre><code>      # Container runtime: "docker" (default) or "singularity"
  56       RuntimeEngine: singularity
  57 </code></pre>
  58 </notextile>
  59
  60 {% include 'singularity_mksquashfs_configuration' %}