doc/user/tutorials/tutorial-pipeline-workbench.html.textile.liquid

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   2 layout: default
   3 navsection: userguide
   4 title: "Running a pipeline using Workbench"
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   7 notextile. <div class="spaced-out">
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   9 # Go to "Collections":https://{{ site.arvados_workbench_host }}/collections .
  10 # On the collections page, go to the search box <span class="glyphicon glyphicon-search"></span> and search for "tutorial".
  11 # This should yield a collection with the contents "var-GS000016015-ASM.tsv.bz2"
  12 # Click on the check box to the left of "var-GS000016015-ASM.tsv.bz2".  This puts the collection in your persistent selection list.  Click on the paperclip <span class="glyphicon glyphicon-paperclip"></span> in the upper right to get a dropdown menu listing your current selections.
  13 # Go to "Pipeline templates":https://{{ site.arvados_workbench_host }}/pipeline_templates .
  14 # Look for a pipeline named "Tutorial pipeline".
  15 # Click on the play button <span class="glyphicon glyphicon-play"></span> to the left of "Tutorial pipeline".  This will take you to a new page to configure the pipeline.
  16 # Under *parameter* look for "input".  Set the value of "input" by clicking on on "none" to get a editing popup.  At the top of the selection list in the editing popup will be the collection that you selected in step 4.
  17 # You can now click on "Run pipeline" in the upper right to start the pipeline.
  18 # This will reload the page with the pipeline queued to run.
  19 # The page refreshes automatically every 15 seconds.  You should see the pipeline running, and then finish successfully.
  20 # Once it is finished, click on the link under the *output* column.  This will take you to the collection page for the output of this pipeline.
  21 # Click on "md5sum.txt" to see the actual file that is the output of this pipeline.
  22 # On the collection page, click on the "Provenance graph" tab to see a graphical representation of the data elements and pipelines that were involved in generating this file.
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  24 notextile. </div>
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