Make sure set return code non-zero.
[arvados.git] / crunch_scripts / rtg-map
1 #!/usr/bin/env python
2
3 import arvados
4 import os
5 import re
6 import sys
7 import pyrtg
8
9 arvados.job_setup.one_task_per_input_stream(if_sequence=0, and_end_task=True)
10
11 this_job = arvados.current_job()
12 this_task = arvados.current_task()
13 in_dir = os.path.join(this_task.tmpdir, 'input')
14 arvados.util.run_command(['rm', '-rf', in_dir], stderr=sys.stderr)
15 in_dir = arvados.util.stream_extract(
16     stream = arvados.StreamReader(this_task['parameters']['input']),
17     path = in_dir,
18     decompress = False)
19 ref_dir = arvados.util.collection_extract(
20     collection = this_job['script_parameters']['reference'],
21     path = 'reference',
22     decompress = False)
23
24 out_dir = os.path.join(arvados.current_task().tmpdir, 'out')
25 arvados.util.run_command(['rm', '-rf', out_dir], stderr=sys.stderr)
26
27 # map reads
28 pyrtg.run_rtg('map', out_dir,
29               ['-i', in_dir,
30                '-t', ref_dir,
31                '-a', '2',
32                '-b', '1',
33                '--sam-rg', '@RG\\tID:NA\\tSM:NA\\tPL:ILLUMINA'])
34
35 # store output
36 out = arvados.CollectionWriter()
37 out.write_directory_tree(out_dir, this_task['parameters']['input'][0], 0)
38 this_task.set_output(out.finish())