lib/crunchrun/singularity.go

   1 // Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 //
   3 // SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 package crunchrun
   6
   7 import (
   8         "fmt"
   9         "io/ioutil"
  10         "os"
  11         "os/exec"
  12         "sort"
  13         "syscall"
  14         "time"
  15
  16         "git.arvados.org/arvados.git/sdk/go/arvados"
  17         "golang.org/x/net/context"
  18 )
  19
  20 type singularityExecutor struct {
  21         logf          func(string, ...interface{})
  22         spec          containerSpec
  23         tmpdir        string
  24         child         *exec.Cmd
  25         imageFilename string // "sif" image
  26 }
  27
  28 func newSingularityExecutor(logf func(string, ...interface{})) (*singularityExecutor, error) {
  29         tmpdir, err := ioutil.TempDir("", "crunch-run-singularity-")
  30         if err != nil {
  31                 return nil, err
  32         }
  33         return &singularityExecutor{
  34                 logf:   logf,
  35                 tmpdir: tmpdir,
  36         }, nil
  37 }
  38
  39 func (e *singularityExecutor) getOrCreateProject(ownerUuid string, name string, containerClient *arvados.Client) (*arvados.Group, error) {
  40         var gp arvados.GroupList
  41         err := containerClient.RequestAndDecode(&gp,
  42                 arvados.EndpointGroupList.Method,
  43                 arvados.EndpointGroupList.Path,
  44                 nil, arvados.ListOptions{Filters: []arvados.Filter{
  45                         arvados.Filter{"owner_uuid", "=", ownerUuid},
  46                         arvados.Filter{"name", "=", name},
  47                         arvados.Filter{"group_class", "=", "project"},
  48                 },
  49                         Limit: 1})
  50         if err != nil {
  51                 return nil, err
  52         }
  53         if len(gp.Items) == 1 {
  54                 return &gp.Items[0], nil
  55         }
  56
  57         var rgroup arvados.Group
  58         err = containerClient.RequestAndDecode(&rgroup,
  59                 arvados.EndpointGroupCreate.Method,
  60                 arvados.EndpointGroupCreate.Path,
  61                 nil, map[string]interface{}{
  62                         "group": map[string]string{
  63                                 "owner_uuid":  ownerUuid,
  64                                 "name":        name,
  65                                 "group_class": "project",
  66                         },
  67                 })
  68         if err != nil {
  69                 return nil, err
  70         }
  71         return &rgroup, nil
  72 }
  73
  74 func (e *singularityExecutor) checkImageCache(dockerImageID string, container arvados.Container, arvMountPoint string,
  75         containerClient *arvados.Client) (collection *arvados.Collection, err error) {
  76
  77         // Cache the image to keep
  78         cacheGroup, err := e.getOrCreateProject(container.RuntimeUserUUID, ".cache", containerClient)
  79         if err != nil {
  80                 return nil, fmt.Errorf("error getting '.cache' project: %v", err)
  81         }
  82         imageGroup, err := e.getOrCreateProject(cacheGroup.UUID, "auto-generated singularity images", containerClient)
  83         if err != nil {
  84                 return nil, fmt.Errorf("error getting 'auto-generated singularity images' project: %s", err)
  85         }
  86
  87         collectionName := fmt.Sprintf("singularity image for %v", dockerImageID)
  88         var cl arvados.CollectionList
  89         err = containerClient.RequestAndDecode(&cl,
  90                 arvados.EndpointCollectionList.Method,
  91                 arvados.EndpointCollectionList.Path,
  92                 nil, arvados.ListOptions{Filters: []arvados.Filter{
  93                         arvados.Filter{"owner_uuid", "=", imageGroup.UUID},
  94                         arvados.Filter{"name", "=", collectionName},
  95                 },
  96                         Limit: 1})
  97         if err != nil {
  98                 return nil, fmt.Errorf("error querying for collection '%v': %v", collectionName, err)
  99         }
 100         var imageCollection arvados.Collection
 101         if len(cl.Items) == 1 {
 102                 imageCollection = cl.Items[0]
 103         } else {
 104                 collectionName := "converting " + collectionName
 105                 exp := time.Now().Add(24 * 7 * 2 * time.Hour)
 106                 err = containerClient.RequestAndDecode(&imageCollection,
 107                         arvados.EndpointCollectionCreate.Method,
 108                         arvados.EndpointCollectionCreate.Path,
 109                         nil, map[string]interface{}{
 110                                 "collection": map[string]string{
 111                                         "owner_uuid": imageGroup.UUID,
 112                                         "name":       collectionName,
 113                                         "trash_at":   exp.UTC().Format(time.RFC3339),
 114                                 },
 115                                 "ensure_unique_name": true,
 116                         })
 117                 if err != nil {
 118                         return nil, fmt.Errorf("error creating '%v' collection: %s", collectionName, err)
 119                 }
 120
 121         }
 122
 123         return &imageCollection, nil
 124 }
 125
 126 // LoadImage will satisfy ContainerExecuter interface transforming
 127 // containerImage into a sif file for later use.
 128 func (e *singularityExecutor) LoadImage(dockerImageID string, imageTarballPath string, container arvados.Container, arvMountPoint string,
 129         containerClient *arvados.Client) error {
 130
 131         var imageFilename string
 132         var sifCollection *arvados.Collection
 133         var err error
 134         if containerClient != nil {
 135                 sifCollection, err = e.checkImageCache(dockerImageID, container, arvMountPoint, containerClient)
 136                 if err != nil {
 137                         return err
 138                 }
 139                 imageFilename = fmt.Sprintf("%s/by_uuid/%s/image.sif", arvMountPoint, sifCollection.UUID)
 140         } else {
 141                 imageFilename = e.tmpdir + "/image.sif"
 142         }
 143
 144         if _, err := os.Stat(imageFilename); os.IsNotExist(err) {
 145                 // Make sure the docker image is readable
 146                 if _, err := os.Stat(dockerImageID); err != nil {
 147                         return err;
 148                 }
 149
 150                 e.logf("building singularity image")
 151                 // "singularity build" does not accept a
 152                 // docker-archive://... filename containing a ":" character,
 153                 // as in "/path/to/sha256:abcd...1234.tar". Workaround: make a
 154                 // symlink that doesn't have ":" chars.
 155                 err := os.Symlink(imageTarballPath, e.tmpdir+"/image.tar")
 156                 if err != nil {
 157                         return err
 158                 }
 159
 160                 build := exec.Command("singularity", "build", imageFilename, "docker-archive://"+e.tmpdir+"/image.tar")
 161                 e.logf("%v", build.Args)
 162                 out, err := build.CombinedOutput()
 163                 // INFO:    Starting build...
 164                 // Getting image source signatures
 165                 // Copying blob ab15617702de done
 166                 // Copying config 651e02b8a2 done
 167                 // Writing manifest to image destination
 168                 // Storing signatures
 169                 // 2021/04/22 14:42:14  info unpack layer: sha256:21cbfd3a344c52b197b9fa36091e66d9cbe52232703ff78d44734f85abb7ccd3
 170                 // INFO:    Creating SIF file...
 171                 // INFO:    Build complete: arvados-jobs.latest.sif
 172                 e.logf("%s", out)
 173                 if err != nil {
 174                         return err
 175                 }
 176         }
 177
 178         if containerClient == nil {
 179                 e.imageFilename = imageFilename
 180                 return nil
 181         }
 182
 183         // update TTL to now + two weeks
 184         exp := time.Now().Add(24 * 7 * 2 * time.Hour)
 185
 186         uuidPath, err := containerClient.PathForUUID("update", sifCollection.UUID)
 187         if err != nil {
 188                 e.logf("error PathForUUID: %v", err)
 189                 return nil
 190         }
 191         var imageCollection arvados.Collection
 192         err = containerClient.RequestAndDecode(&imageCollection,
 193                 arvados.EndpointCollectionUpdate.Method,
 194                 uuidPath,
 195                 nil, map[string]interface{}{
 196                         "collection": map[string]string{
 197                                 "name":     fmt.Sprintf("singularity image for %v", dockerImageID),
 198                                 "trash_at": exp.UTC().Format(time.RFC3339),
 199                         },
 200                 })
 201         if err == nil {
 202                 // If we just wrote the image to the cache, the
 203                 // response also returns the updated PDH
 204                 e.imageFilename = fmt.Sprintf("%s/by_id/%s/image.sif", arvMountPoint, imageCollection.PortableDataHash)
 205                 return nil
 206         }
 207
 208         e.logf("error updating/renaming collection for cached sif image: %v", err)
 209         // Failed to update but maybe it lost a race and there is
 210         // another cached collection in the same place, so check the cache
 211         // again
 212         sifCollection, err = e.checkImageCache(dockerImageID, container, arvMountPoint, containerClient)
 213         if err != nil {
 214                 return err
 215         }
 216         e.imageFilename = fmt.Sprintf("%s/by_id/%s/image.sif", arvMountPoint, sifCollection.PortableDataHash)
 217
 218         return nil
 219 }
 220
 221 func (e *singularityExecutor) Create(spec containerSpec) error {
 222         e.spec = spec
 223         return nil
 224 }
 225
 226 func (e *singularityExecutor) Start() error {
 227         args := []string{"singularity", "exec", "--containall", "--no-home", "--cleanenv", "--pwd", e.spec.WorkingDir}
 228         if !e.spec.EnableNetwork {
 229                 args = append(args, "--net", "--network=none")
 230         }
 231         readonlyflag := map[bool]string{
 232                 false: "rw",
 233                 true:  "ro",
 234         }
 235         var binds []string
 236         for path, _ := range e.spec.BindMounts {
 237                 binds = append(binds, path)
 238         }
 239         sort.Strings(binds)
 240         for _, path := range binds {
 241                 mount := e.spec.BindMounts[path]
 242                 args = append(args, "--bind", mount.HostPath+":"+path+":"+readonlyflag[mount.ReadOnly])
 243         }
 244
 245         // This is for singularity 3.5.2. There are some behaviors
 246         // that will change in singularity 3.6, please see:
 247         // https://sylabs.io/guides/3.7/user-guide/environment_and_metadata.html
 248         // https://sylabs.io/guides/3.5/user-guide/environment_and_metadata.html
 249         env := make([]string, 0, len(e.spec.Env))
 250         for k, v := range e.spec.Env {
 251                 if k == "HOME" {
 252                         // $HOME is a special case
 253                         args = append(args, "--home="+v)
 254                 } else {
 255                         env = append(env, "SINGULARITYENV_"+k+"="+v)
 256                 }
 257         }
 258
 259         args = append(args, e.imageFilename)
 260         args = append(args, e.spec.Command...)
 261
 262         path, err := exec.LookPath(args[0])
 263         if err != nil {
 264                 return err
 265         }
 266         child := &exec.Cmd{
 267                 Path:   path,
 268                 Args:   args,
 269                 Env:    env,
 270                 Stdin:  e.spec.Stdin,
 271                 Stdout: e.spec.Stdout,
 272                 Stderr: e.spec.Stderr,
 273         }
 274         err = child.Start()
 275         if err != nil {
 276                 return err
 277         }
 278         e.child = child
 279         return nil
 280 }
 281
 282 func (e *singularityExecutor) CgroupID() string {
 283         return ""
 284 }
 285
 286 func (e *singularityExecutor) Stop() error {
 287         if err := e.child.Process.Signal(syscall.Signal(0)); err != nil {
 288                 // process already exited
 289                 return nil
 290         }
 291         return e.child.Process.Signal(syscall.SIGKILL)
 292 }
 293
 294 func (e *singularityExecutor) Wait(context.Context) (int, error) {
 295         err := e.child.Wait()
 296         if err, ok := err.(*exec.ExitError); ok {
 297                 return err.ProcessState.ExitCode(), nil
 298         }
 299         if err != nil {
 300                 return 0, err
 301         }
 302         return e.child.ProcessState.ExitCode(), nil
 303 }
 304
 305 func (e *singularityExecutor) Close() {
 306         err := os.RemoveAll(e.tmpdir)
 307         if err != nil {
 308                 e.logf("error removing temp dir: %s", err)
 309         }
 310 }