sdk/cwl/arvados_cwl/arv-cwl-schema.yml

   1 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 #
   3 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   4
   5 $base: "http://arvados.org/cwl#"
   6 $namespaces:
   7   cwl: "https://w3id.org/cwl/cwl#"
   8   cwltool: "http://commonwl.org/cwltool#"
   9 $graph:
  10 - $import: https://w3id.org/cwl/CommonWorkflowLanguage.yml
  11
  12 - name: cwltool:LoadListingRequirement
  13   type: record
  14   extends: cwl:ProcessRequirement
  15   inVocab: false
  16   fields:
  17     class:
  18       type: string
  19       doc: "Always 'LoadListingRequirement'"
  20       jsonldPredicate:
  21         "_id": "@type"
  22         "_type": "@vocab"
  23     loadListing:
  24       type:
  25         - "null"
  26         - type: enum
  27           name: LoadListingEnum
  28           symbols: [no_listing, shallow_listing, deep_listing]
  29
  30 - name: cwltool:Secrets
  31   type: record
  32   inVocab: false
  33   extends: cwl:ProcessRequirement
  34   fields:
  35     class:
  36       type: string
  37       doc: "Always 'Secrets'"
  38       jsonldPredicate:
  39         "_id": "@type"
  40         "_type": "@vocab"
  41     secrets:
  42       type: string[]
  43       doc: |
  44         List one or more input parameters that are sensitive (such as passwords)
  45         which will be deliberately obscured from logging.
  46       jsonldPredicate:
  47         "_type": "@id"
  48         refScope: 0
  49
  50 - name: cwltool:TimeLimit
  51   type: record
  52   inVocab: false
  53   extends: cwl:ProcessRequirement
  54   doc: |
  55     Set an upper limit on the execution time of a CommandLineTool or
  56     ExpressionTool.  A tool execution which exceeds the time limit may
  57     be preemptively terminated and considered failed.  May also be
  58     used by batch systems to make scheduling decisions.
  59   fields:
  60     - name: class
  61       type: string
  62       doc: "Always 'TimeLimit'"
  63       jsonldPredicate:
  64         "_id": "@type"
  65         "_type": "@vocab"
  66     - name: timelimit
  67       type: [long, string]
  68       doc: |
  69         The time limit, in seconds.  A time limit of zero means no
  70         time limit.  Negative time limits are an error.
  71
  72 - name: RunInSingleContainer
  73   type: record
  74   extends: cwl:ProcessRequirement
  75   inVocab: false
  76   doc: |
  77     Indicates that a subworkflow should run in a single container
  78     and not be scheduled as separate steps.
  79   fields:
  80     - name: class
  81       type: string
  82       doc: "Always 'arv:RunInSingleContainer'"
  83       jsonldPredicate:
  84         _id: "@type"
  85         _type: "@vocab"
  86
  87 - name: OutputDirType
  88   type: enum
  89   symbols:
  90     - local_output_dir
  91     - keep_output_dir
  92   doc:
  93     - |
  94       local_output_dir: Use regular file system local to the compute node.
  95       There must be sufficient local scratch space to store entire output;
  96       specify this with `outdirMin` of `ResourceRequirement`.  Files are
  97       batch uploaded to Keep when the process completes.  Most compatible, but
  98       upload step can be time consuming for very large files.
  99     - |
 100       keep_output_dir: Use writable Keep mount.  Files are streamed to Keep as
 101       they are written.  Does not consume local scratch space, but does consume
 102       RAM for output buffers (up to 192 MiB per file simultaneously open for
 103       writing.)  Best suited to processes which produce sequential output of
 104       large files (non-sequential writes may produced fragmented file
 105       manifests).  Supports regular files and directories, does not support
 106       special files such as symlinks, hard links, named pipes, named sockets,
 107       or device nodes.
 108
 109
 110 - name: RuntimeConstraints
 111   type: record
 112   extends: cwl:ProcessRequirement
 113   inVocab: false
 114   doc: |
 115     Set Arvados-specific runtime hints.
 116   fields:
 117     - name: class
 118       type: string
 119       doc: "Always 'arv:RuntimeConstraints'"
 120       jsonldPredicate:
 121         _id: "@type"
 122         _type: "@vocab"
 123     - name: keep_cache
 124       type: int?
 125       doc: |
 126         Size of file data buffer for Keep mount in MiB. Default is 256
 127         MiB. Increase this to reduce cache thrashing in situations such as
 128         accessing multiple large (64+ MiB) files at the same time, or
 129         performing random access on a large file.
 130     - name: outputDirType
 131       type: OutputDirType?
 132       doc: |
 133         Preferred backing store for output staging.  If not specified, the
 134         system may choose which one to use.
 135
 136 - name: PartitionRequirement
 137   type: record
 138   extends: cwl:ProcessRequirement
 139   inVocab: false
 140   doc: |
 141     Select preferred compute partitions on which to run jobs.
 142   fields:
 143     - name: class
 144       type: string
 145       doc: "Always 'arv:PartitionRequirement'"
 146       jsonldPredicate:
 147         _id: "@type"
 148         _type: "@vocab"
 149     - name: partition
 150       type:
 151         - string
 152         - string[]
 153
 154 - name: APIRequirement
 155   type: record
 156   extends: cwl:ProcessRequirement
 157   inVocab: false
 158   doc: |
 159     Indicates that process wants to access to the Arvados API.  Will be granted
 160     limited network access and have ARVADOS_API_HOST and ARVADOS_API_TOKEN set
 161     in the environment.
 162   fields:
 163     - name: class
 164       type: string
 165       doc: "Always 'arv:APIRequirement'"
 166       jsonldPredicate:
 167         _id: "@type"
 168         _type: "@vocab"
 169
 170 - name: IntermediateOutput
 171   type: record
 172   extends: cwl:ProcessRequirement
 173   inVocab: false
 174   doc: |
 175     Specify desired handling of intermediate output collections.
 176   fields:
 177     class:
 178       type: string
 179       doc: "Always 'arv:IntermediateOutput'"
 180       jsonldPredicate:
 181         _id: "@type"
 182         _type: "@vocab"
 183     outputTTL:
 184       type: int
 185       doc: |
 186         If the value is greater than zero, consider intermediate output
 187         collections to be temporary and should be automatically
 188         trashed. Temporary collections will be trashed `outputTTL` seconds
 189         after creation.  A value of zero means intermediate output should be
 190         retained indefinitely (this is the default behavior).
 191
 192         Note: arvados-cwl-runner currently does not take workflow dependencies
 193         into account when setting the TTL on an intermediate output
 194         collection. If the TTL is too short, it is possible for a collection to
 195         be trashed before downstream steps that consume it are started.  The
 196         recommended minimum value for TTL is the expected duration of the
 197         entire the workflow.
 198
 199 - name: ReuseRequirement
 200   type: record
 201   extends: cwl:ProcessRequirement
 202   inVocab: false
 203   doc: |
 204     Enable/disable work reuse for current process.  Default true (work reuse enabled).
 205   fields:
 206     - name: class
 207       type: string
 208       doc: "Always 'arv:ReuseRequirement'"
 209       jsonldPredicate:
 210         _id: "@type"
 211         _type: "@vocab"
 212     - name: enableReuse
 213       type: boolean
 214
 215 - name: WorkflowRunnerResources
 216   type: record
 217   extends: cwl:ProcessRequirement
 218   inVocab: false
 219   doc: |
 220     Specify memory or cores resource request for the CWL runner process itself.
 221   fields:
 222     class:
 223       type: string
 224       doc: "Always 'arv:WorkflowRunnerResources'"
 225       jsonldPredicate:
 226         _id: "@type"
 227         _type: "@vocab"
 228     ramMin:
 229       type: int?
 230       doc: Minimum RAM, in mebibytes (2**20)
 231       jsonldPredicate: "https://w3id.org/cwl/cwl#ResourceRequirement/ramMin"
 232     coresMin:
 233       type: int?
 234       doc: Minimum cores allocated to cwl-runner
 235       jsonldPredicate: "https://w3id.org/cwl/cwl#ResourceRequirement/coresMin"