build/run-tests.sh

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/libcloud-pin.sh
   7
   8 COLUMNS=80
   9 . `dirname "$(readlink -f "$0")"`/run-library.sh
  10
  11 read -rd "\000" helpmessage <<EOF
  12 $(basename $0): Install and test Arvados components.
  13
  14 Exit non-zero if any tests fail.
  15
  16 Syntax:
  17         $(basename $0) WORKSPACE=/path/to/arvados [options]
  18
  19 Options:
  20
  21 --skip FOO     Do not test the FOO component.
  22 --only FOO     Do not test anything except the FOO component.
  23 --temp DIR     Install components and dependencies under DIR instead of
  24                making a new temporary directory. Implies --leave-temp.
  25 --leave-temp   Do not remove GOPATH, virtualenv, and other temp dirs at exit.
  26                Instead, show the path to give as --temp to reuse them in
  27                subsequent invocations.
  28 --repeat N     Repeat each install/test step until it succeeds N times.
  29 --retry        Prompt to retry if an install or test suite fails.
  30 --skip-install Do not run any install steps. Just run tests.
  31                You should provide GOPATH, GEMHOME, and VENVDIR options
  32                from a previous invocation if you use this option.
  33 --only-install Run specific install step
  34 --short        Skip (or scale down) some slow tests.
  35 WORKSPACE=path Arvados source tree to test.
  36 CONFIGSRC=path Dir with api server config files to copy into source tree.
  37                (If none given, leave config files alone in source tree.)
  38 services/api_test="TEST=test/functional/arvados/v1/collections_controller_test.rb"
  39                Restrict apiserver tests to the given file
  40 sdk/python_test="--test-suite tests.test_keep_locator"
  41                Restrict Python SDK tests to the given class
  42 apps/workbench_test="TEST=test/integration/pipeline_instances_test.rb"
  43                Restrict Workbench tests to the given file
  44 services/arv-git-httpd_test="-check.vv"
  45                Show all log messages, even when tests pass (also works
  46                with services/keepstore_test etc.)
  47 ARVADOS_DEBUG=1
  48                Print more debug messages
  49 envvar=value   Set \$envvar to value. Primarily useful for WORKSPACE,
  50                *_test, and other examples shown above.
  51
  52 Assuming --skip-install is not given, all components are installed
  53 into \$GOPATH, \$VENDIR, and \$GEMHOME before running any tests. Many
  54 test suites depend on other components being installed, and installing
  55 everything tends to be quicker than debugging dependencies.
  56
  57 As a special concession to the current CI server config, CONFIGSRC
  58 defaults to $HOME/arvados-api-server if that directory exists.
  59
  60 More information and background:
  61
  62 https://arvados.org/projects/arvados/wiki/Running_tests
  63
  64 Available tests:
  65
  66 apps/workbench (*)
  67 apps/workbench_units (*)
  68 apps/workbench_functionals (*)
  69 apps/workbench_integration (*)
  70 apps/workbench_benchmark
  71 apps/workbench_profile
  72 cmd/arvados-client
  73 cmd/arvados-server
  74 doc
  75 lib/cli
  76 lib/cmd
  77 lib/controller
  78 lib/crunchstat
  79 lib/cloud
  80 lib/cloud/azure
  81 lib/dispatchcloud
  82 lib/dispatchcloud/container
  83 lib/dispatchcloud/scheduler
  84 lib/dispatchcloud/ssh_executor
  85 lib/dispatchcloud/worker
  86 services/api
  87 services/arv-git-httpd
  88 services/crunchstat
  89 services/dockercleaner
  90 services/fuse
  91 services/health
  92 services/keep-web
  93 services/keepproxy
  94 services/keepstore
  95 services/keep-balance
  96 services/login-sync
  97 services/nodemanager
  98 services/nodemanager_integration
  99 services/crunch-run
 100 services/crunch-dispatch-local
 101 services/crunch-dispatch-slurm
 102 services/ws
 103 sdk/cli
 104 sdk/pam
 105 sdk/python
 106 sdk/python:py3
 107 sdk/ruby
 108 sdk/go/arvados
 109 sdk/go/arvadosclient
 110 sdk/go/auth
 111 sdk/go/dispatch
 112 sdk/go/keepclient
 113 sdk/go/health
 114 sdk/go/httpserver
 115 sdk/go/manifest
 116 sdk/go/blockdigest
 117 sdk/go/asyncbuf
 118 sdk/go/stats
 119 sdk/go/crunchrunner
 120 sdk/cwl
 121 sdk/R
 122 tools/sync-groups
 123 tools/crunchstat-summary
 124 tools/keep-exercise
 125 tools/keep-rsync
 126 tools/keep-block-check
 127
 128 (*) apps/workbench is shorthand for apps/workbench_units +
 129     apps/workbench_functionals + apps/workbench_integration
 130
 131 EOF
 132
 133 # First make sure to remove any ARVADOS_ variables from the calling
 134 # environment that could interfere with the tests.
 135 unset $(env | cut -d= -f1 | grep \^ARVADOS_)
 136
 137 # Reset other variables that could affect our [tests'] behavior by
 138 # accident.
 139 GITDIR=
 140 GOPATH=
 141 VENVDIR=
 142 VENV3DIR=
 143 PYTHONPATH=
 144 GEMHOME=
 145 PERLINSTALLBASE=
 146 R_LIBS=
 147
 148 short=
 149 only_install=
 150 temp=
 151 temp_preserve=
 152
 153 clear_temp() {
 154     if [[ -z "$temp" ]]; then
 155         # we didn't even get as far as making a temp dir
 156         :
 157     elif [[ -z "$temp_preserve" ]]; then
 158         rm -rf "$temp"
 159     else
 160         echo "Leaving behind temp dirs in $temp"
 161     fi
 162 }
 163
 164 fatal() {
 165     clear_temp
 166     echo >&2 "Fatal: $* (encountered in ${FUNCNAME[1]} at ${BASH_SOURCE[1]} line ${BASH_LINENO[0]})"
 167     exit 1
 168 }
 169
 170 exit_cleanly() {
 171     trap - INT
 172     create-plot-data-from-log.sh $BUILD_NUMBER "$WORKSPACE/apps/workbench/log/test.log" "$WORKSPACE/apps/workbench/log/"
 173     rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 174     stop_services
 175     rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
 176     report_outcomes
 177     clear_temp
 178     exit ${#failures}
 179 }
 180
 181 sanity_checks() {
 182     ( [[ -n "$WORKSPACE" ]] && [[ -d "$WORKSPACE/services" ]] ) \
 183         || fatal "WORKSPACE environment variable not set to a source directory (see: $0 --help)"
 184     echo Checking dependencies:
 185     echo -n 'virtualenv: '
 186     virtualenv --version \
 187         || fatal "No virtualenv. Try: apt-get install virtualenv (on ubuntu: python-virtualenv)"
 188     echo -n 'ruby: '
 189     ruby -v \
 190         || fatal "No ruby. Install >=2.1.9 (using rbenv, rvm, or source)"
 191     echo -n 'go: '
 192     go version \
 193         || fatal "No go binary. See http://golang.org/doc/install"
 194     [[ $(go version) =~ go1.([0-9]+) ]] && [[ ${BASH_REMATCH[1]} -ge 10 ]] \
 195         || fatal "Go >= 1.10 required. See http://golang.org/doc/install"
 196     echo -n 'gcc: '
 197     gcc --version | egrep ^gcc \
 198         || fatal "No gcc. Try: apt-get install build-essential"
 199     echo -n 'fuse.h: '
 200     find /usr/include -path '*fuse/fuse.h' | egrep --max-count=1 . \
 201         || fatal "No fuse/fuse.h. Try: apt-get install libfuse-dev"
 202     echo -n 'gnutls.h: '
 203     find /usr/include -path '*gnutls/gnutls.h' | egrep --max-count=1 . \
 204         || fatal "No gnutls/gnutls.h. Try: apt-get install libgnutls28-dev"
 205     echo -n 'Python2 pyconfig.h: '
 206     find /usr/include -path '*/python2*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 207         || fatal "No Python2 pyconfig.h. Try: apt-get install python2.7-dev"
 208     echo -n 'Python3 pyconfig.h: '
 209     find /usr/include -path '*/python3*/pyconfig.h' | egrep --max-count=1 . \
 210         || fatal "No Python3 pyconfig.h. Try: apt-get install python3-dev"
 211     echo -n 'nginx: '
 212     PATH="$PATH:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin" nginx -v \
 213         || fatal "No nginx. Try: apt-get install nginx"
 214     echo -n 'perl: '
 215     perl -v | grep version \
 216         || fatal "No perl. Try: apt-get install perl"
 217     for mod in ExtUtils::MakeMaker JSON LWP Net::SSL; do
 218         echo -n "perl $mod: "
 219         perl -e "use $mod; print \"\$$mod::VERSION\\n\"" \
 220             || fatal "No $mod. Try: apt-get install perl-modules libcrypt-ssleay-perl libjson-perl libwww-perl"
 221     done
 222     echo -n 'gitolite: '
 223     which gitolite \
 224         || fatal "No gitolite. Try: apt-get install gitolite3"
 225     echo -n 'npm: '
 226     npm --version \
 227         || fatal "No npm. Try: wget -O- https://nodejs.org/dist/v6.11.2/node-v6.11.2-linux-x64.tar.xz | sudo tar -C /usr/local -xJf - && sudo ln -s ../node-v6.11.2-linux-x64/bin/{node,npm} /usr/local/bin/"
 228     echo -n 'cadaver: '
 229     cadaver --version | grep -w cadaver \
 230           || fatal "No cadaver. Try: apt-get install cadaver"
 231     echo -n 'libattr1 xattr.h: '
 232     find /usr/include -path '*/attr/xattr.h' | egrep --max-count=1 . \
 233         || fatal "No libattr1 xattr.h. Try: apt-get install libattr1-dev"
 234     echo -n 'libcurl curl.h: '
 235     find /usr/include -path '*/curl/curl.h' | egrep --max-count=1 . \
 236         || fatal "No libcurl curl.h. Try: apt-get install libcurl4-gnutls-dev"
 237     echo -n 'libpq libpq-fe.h: '
 238     find /usr/include -path '*/postgresql/libpq-fe.h' | egrep --max-count=1 . \
 239         || fatal "No libpq libpq-fe.h. Try: apt-get install libpq-dev"
 240     echo -n 'services/api/config/database.yml: '
 241     if [[ ! -f "$WORKSPACE/services/api/config/database.yml" ]]; then
 242             fatal "Please provide a database.yml file for the test suite"
 243     else
 244             echo "OK"
 245     fi
 246     echo -n 'postgresql: '
 247     psql --version || fatal "No postgresql. Try: apt-get install postgresql postgresql-client-common"
 248     echo -n 'phantomjs: '
 249     phantomjs --version || fatal "No phantomjs. Try: apt-get install phantomjs"
 250     echo -n 'xvfb: '
 251     which Xvfb || fatal "No xvfb. Try: apt-get install xvfb"
 252     echo -n 'graphviz: '
 253     dot -V || fatal "No graphviz. Try: apt-get install graphviz"
 254     echo -n 'geckodriver: '
 255     geckodriver --version | grep ^geckodriver || echo "No geckodriver. Try: wget -O- https://github.com/mozilla/geckodriver/releases/download/v0.23.0/geckodriver-v0.23.0-linux64.tar.gz | sudo tar -C /usr/local/bin -xzf - geckodriver"
 256
 257     if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 258       # R SDK stuff
 259       echo -n 'R: '
 260       which Rscript || fatal "No Rscript. Try: apt-get install r-base"
 261       echo -n 'testthat: '
 262       Rscript -e "library('testthat')" || fatal "No testthat. Try: apt-get install r-cran-testthat"
 263       # needed for roxygen2, needed for devtools, needed for R sdk
 264       pkg-config --exists libxml-2.0 || fatal "No libxml2. Try: apt-get install libxml2-dev"
 265       # needed for pkgdown, builds R SDK doc pages
 266       which pandoc || fatal "No pandoc. Try: apt-get install pandoc"
 267     fi
 268 }
 269
 270 rotate_logfile() {
 271   # i.e.  rotate_logfile "$WORKSPACE/apps/workbench/log/" "test.log"
 272   # $BUILD_NUMBER is set by Jenkins if this script is being called as part of a Jenkins run
 273   if [[ -f "$1/$2" ]]; then
 274     THEDATE=`date +%Y%m%d%H%M%S`
 275     mv "$1/$2" "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 276     gzip "$1/$THEDATE-$BUILD_NUMBER-$2"
 277   fi
 278 }
 279
 280 declare -a failures
 281 declare -A skip
 282 declare -A only
 283 declare -A testargs
 284 skip[apps/workbench_profile]=1
 285 # nodemanager_integration tests are not reliable, see #12061.
 286 skip[services/nodemanager_integration]=1
 287
 288 while [[ -n "$1" ]]
 289 do
 290     arg="$1"; shift
 291     case "$arg" in
 292         --help)
 293             echo >&2 "$helpmessage"
 294             echo >&2
 295             exit 1
 296             ;;
 297         --skip)
 298             skip[$1]=1; shift
 299             ;;
 300         --only)
 301             only[$1]=1; skip[$1]=""; shift
 302             ;;
 303         --short)
 304             short=1
 305             ;;
 306         --skip-install)
 307             only_install=nothing
 308             ;;
 309         --only-install)
 310             only_install="$1"; shift
 311             ;;
 312         --temp)
 313             temp="$1"; shift
 314             temp_preserve=1
 315             ;;
 316         --leave-temp)
 317             temp_preserve=1
 318             ;;
 319         --repeat)
 320             repeat=$((${1}+0)); shift
 321             ;;
 322         --retry)
 323             retry=1
 324             ;;
 325         *_test=*)
 326             suite="${arg%%_test=*}"
 327             args="${arg#*=}"
 328             testargs["$suite"]="$args"
 329             ;;
 330         *=*)
 331             eval export $(echo $arg | cut -d= -f1)=\"$(echo $arg | cut -d= -f2-)\"
 332             ;;
 333         *)
 334             echo >&2 "$0: Unrecognized option: '$arg'. Try: $0 --help"
 335             exit 1
 336             ;;
 337     esac
 338 done
 339
 340 # R SDK installation is very slow (~360s in a clean environment) and only
 341 # required when testing it. Skip that step if it is not needed.
 342 NEED_SDK_R=true
 343
 344 if [[ ${#only[@]} -ne 0 ]] &&
 345    [[ -z "${only['sdk/R']}" && -z "${only['doc']}" ]]; then
 346   NEED_SDK_R=false
 347 fi
 348
 349 if [[ ${skip["sdk/R"]} == 1 && ${skip["doc"]} == 1 ]]; then
 350   NEED_SDK_R=false
 351 fi
 352
 353 if [[ $NEED_SDK_R == false ]]; then
 354         echo "R SDK not needed, it will not be installed."
 355 fi
 356
 357 start_services() {
 358     echo 'Starting API, keepproxy, keep-web, ws, arv-git-httpd, and nginx ssl proxy...'
 359     if [[ ! -d "$WORKSPACE/services/api/log" ]]; then
 360         mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/log"
 361     fi
 362     # Remove empty api.pid file if it exists
 363     if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid" && ! -s "$WORKSPACE/tmp/api.pid" ]]; then
 364         rm -f "$WORKSPACE/tmp/api.pid"
 365     fi
 366     cd "$WORKSPACE" \
 367         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start --auth admin || echo fail=1) \
 368         && export ARVADOS_TEST_API_HOST="$ARVADOS_API_HOST" \
 369         && export ARVADOS_TEST_API_INSTALLED="$$" \
 370         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_controller \
 371         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep_proxy \
 372         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_keep-web \
 373         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_arv-git-httpd \
 374         && python sdk/python/tests/run_test_server.py start_ws \
 375         && eval $(python sdk/python/tests/run_test_server.py start_nginx || echo fail=1) \
 376         && (env | egrep ^ARVADOS)
 377     if [[ -n "$fail" ]]; then
 378        return 1
 379     fi
 380 }
 381
 382 stop_services() {
 383     if [[ -z "$ARVADOS_TEST_API_HOST" ]]; then
 384         return
 385     fi
 386     unset ARVADOS_TEST_API_HOST
 387     cd "$WORKSPACE" \
 388         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_nginx \
 389         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_arv-git-httpd \
 390         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_ws \
 391         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep-web \
 392         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_keep_proxy \
 393         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop_controller \
 394         && python sdk/python/tests/run_test_server.py stop
 395 }
 396
 397 interrupt() {
 398     failures+=("($(basename $0) interrupted)")
 399     exit_cleanly
 400 }
 401 trap interrupt INT
 402
 403 sanity_checks
 404
 405 echo "WORKSPACE=$WORKSPACE"
 406
 407 if [[ -z "$CONFIGSRC" ]] && [[ -d "$HOME/arvados-api-server" ]]; then
 408     # Jenkins expects us to use this by default.
 409     CONFIGSRC="$HOME/arvados-api-server"
 410 fi
 411
 412 # Clean up .pyc files that may exist in the workspace
 413 cd "$WORKSPACE"
 414 find -name '*.pyc' -delete
 415
 416 if [[ -z "$temp" ]]; then
 417     temp="$(mktemp -d)"
 418 fi
 419
 420 # Set up temporary install dirs (unless existing dirs were supplied)
 421 for tmpdir in VENVDIR VENV3DIR GOPATH GEMHOME PERLINSTALLBASE R_LIBS
 422 do
 423     if [[ -z "${!tmpdir}" ]]; then
 424         eval "$tmpdir"="$temp/$tmpdir"
 425     fi
 426     if ! [[ -d "${!tmpdir}" ]]; then
 427         mkdir "${!tmpdir}" || fatal "can't create ${!tmpdir} (does $temp exist?)"
 428     fi
 429 done
 430
 431 rm -vf "${WORKSPACE}/tmp/*.log"
 432
 433 setup_ruby_environment() {
 434     if [[ -s "$HOME/.rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 435         source "$HOME/.rvm/scripts/rvm"
 436         using_rvm=true
 437     elif [[ -s "/usr/local/rvm/scripts/rvm" ]] ; then
 438         source "/usr/local/rvm/scripts/rvm"
 439         using_rvm=true
 440     else
 441         using_rvm=false
 442     fi
 443
 444     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 445         # If rvm is in use, we can't just put separate "dependencies"
 446         # and "gems-under-test" paths to GEM_PATH: passenger resets
 447         # the environment to the "current gemset", which would lose
 448         # our GEM_PATH and prevent our test suites from running ruby
 449         # programs (for example, the Workbench test suite could not
 450         # boot an API server or run arv). Instead, we have to make an
 451         # rvm gemset and use it for everything.
 452
 453         [[ `type rvm | head -n1` == "rvm is a function" ]] \
 454             || fatal 'rvm check'
 455
 456         # Put rvm's favorite path back in first place (overriding
 457         # virtualenv, which just put itself there). Ignore rvm's
 458         # complaint about not being in first place already.
 459         rvm use @default 2>/dev/null
 460
 461         # Create (if needed) and switch to an @arvados-tests-* gemset,
 462         # salting the gemset name so it doesn't interfere with
 463         # concurrent builds in other workspaces. Leave the choice of
 464         # ruby to the caller.
 465         gemset="arvados-tests-$(echo -n "${WORKSPACE}" | md5sum | head -c16)"
 466         rvm use "@${gemset}" --create \
 467             || fatal 'rvm gemset setup'
 468
 469         rvm env
 470     else
 471         # When our "bundle install"s need to install new gems to
 472         # satisfy dependencies, we want them to go where "gem install
 473         # --user-install" would put them. (However, if the caller has
 474         # already set GEM_HOME, we assume that's where dependencies
 475         # should be installed, and we should leave it alone.)
 476
 477         if [ -z "$GEM_HOME" ]; then
 478             user_gempath="$(gem env gempath)"
 479             export GEM_HOME="${user_gempath%%:*}"
 480         fi
 481         PATH="$(gem env gemdir)/bin:$PATH"
 482
 483         # When we build and install our own gems, we install them in our
 484         # $GEMHOME tmpdir, and we want them to be at the front of GEM_PATH and
 485         # PATH so integration tests prefer them over other versions that
 486         # happen to be installed in $user_gempath, system dirs, etc.
 487
 488         tmpdir_gem_home="$(env - PATH="$PATH" HOME="$GEMHOME" gem env gempath | cut -f1 -d:)"
 489         PATH="$tmpdir_gem_home/bin:$PATH"
 490         export GEM_PATH="$tmpdir_gem_home"
 491
 492         echo "Will install dependencies to $(gem env gemdir)"
 493         echo "Will install arvados gems to $tmpdir_gem_home"
 494         echo "Gem search path is GEM_PATH=$GEM_PATH"
 495     fi
 496     bundle config || gem install bundler \
 497         || fatal 'install bundler'
 498 }
 499
 500 with_test_gemset() {
 501     if [[ "$using_rvm" == true ]]; then
 502         "$@"
 503     else
 504         GEM_HOME="$tmpdir_gem_home" GEM_PATH="$tmpdir_gem_home" "$@"
 505     fi
 506 }
 507
 508 gem_uninstall_if_exists() {
 509     if gem list "$1\$" | egrep '^\w'; then
 510         gem uninstall --force --all --executables "$1"
 511     fi
 512 }
 513
 514 setup_virtualenv() {
 515     local venvdest="$1"; shift
 516     if ! [[ -e "$venvdest/bin/activate" ]] || ! [[ -e "$venvdest/bin/pip" ]]; then
 517         virtualenv --setuptools "$@" "$venvdest" || fatal "virtualenv $venvdest failed"
 518     elif [[ -n "$short" ]]; then
 519         return
 520     fi
 521     if [[ $("$venvdest/bin/python" --version 2>&1) =~ \ 3\.[012]\. ]]; then
 522         # pip 8.0.0 dropped support for python 3.2, e.g., debian wheezy
 523         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7,<8'
 524     else
 525         "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'setuptools>=18.5' 'pip>=7'
 526     fi
 527     # ubuntu1404 can't seem to install mock via tests_require, but it can do this.
 528     "$venvdest/bin/pip" install --no-cache-dir 'mock>=1.0' 'pbr<1.7.0'
 529 }
 530
 531 export PERLINSTALLBASE
 532 export PERL5LIB="$PERLINSTALLBASE/lib/perl5${PERL5LIB:+:$PERL5LIB}"
 533
 534 export R_LIBS
 535
 536 export GOPATH
 537 (
 538     set -e
 539     mkdir -p "$GOPATH/src/git.curoverse.com"
 540     if [[ ! -h "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git" ]]; then
 541         for d in \
 542             "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp/GOPATH" \
 543                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/tmp" \
 544                 "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 545             [[ -d "$d" ]] && rmdir "$d"
 546         done
 547     fi
 548     for d in \
 549         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/arvados" \
 550         "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"; do
 551         [[ -h "$d" ]] && rm "$d"
 552     done
 553     ln -vsfT "$WORKSPACE" "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 554     go get -v github.com/kardianos/govendor
 555     cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git"
 556     if [[ -n "$short" ]]; then
 557         go get -v -d ...
 558         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 559     else
 560         # Remove cached source dirs in workdir. Otherwise, they will
 561         # not qualify as +missing or +external below, and we won't be
 562         # able to detect that they're missing from vendor/vendor.json.
 563         rm -rf vendor/*/
 564         go get -v -d ...
 565         "$GOPATH/bin/govendor" sync
 566         [[ -z $("$GOPATH/bin/govendor" list +unused +missing +external | tee /dev/stderr) ]] \
 567             || fatal "vendor/vendor.json has unused or missing dependencies -- try:
 568
 569 (export GOPATH=\"${GOPATH}\"; cd \$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git && \$GOPATH/bin/govendor add +missing +external && \$GOPATH/bin/govendor remove +unused)
 570
 571 ";
 572     fi
 573 ) || fatal "Go setup failed"
 574
 575 setup_virtualenv "$VENVDIR" --python python2.7
 576 . "$VENVDIR/bin/activate"
 577
 578 # Needed for run_test_server.py which is used by certain (non-Python) tests.
 579 pip install --no-cache-dir PyYAML \
 580     || fatal "pip install PyYAML failed"
 581
 582 # Preinstall libcloud if using a fork; otherwise nodemanager "pip
 583 # install" won't pick it up by default.
 584 if [[ -n "$LIBCLOUD_PIN_SRC" ]]; then
 585     pip freeze 2>/dev/null | egrep ^apache-libcloud==$LIBCLOUD_PIN \
 586         || pip install --pre --ignore-installed --no-cache-dir "$LIBCLOUD_PIN_SRC" >/dev/null \
 587         || fatal "pip install apache-libcloud failed"
 588 fi
 589
 590 # Deactivate Python 2 virtualenv
 591 deactivate
 592
 593 declare -a pythonstuff
 594 pythonstuff=(
 595     sdk/pam
 596     sdk/python
 597     sdk/python:py3
 598     sdk/cwl
 599     sdk/cwl:py3
 600     services/dockercleaner:py3
 601     services/fuse
 602     services/nodemanager
 603     tools/crunchstat-summary
 604     )
 605
 606 # If Python 3 is available, set up its virtualenv in $VENV3DIR.
 607 # Otherwise, skip dependent tests.
 608 PYTHON3=$(which python3)
 609 if [[ ${?} = 0 ]]; then
 610     setup_virtualenv "$VENV3DIR" --python python3
 611 else
 612     PYTHON3=
 613     cat >&2 <<EOF
 614
 615 Warning: python3 could not be found. Python 3 tests will be skipped.
 616
 617 EOF
 618 fi
 619
 620 # Reactivate Python 2 virtualenv
 621 . "$VENVDIR/bin/activate"
 622
 623 # Note: this must be the last time we change PATH, otherwise rvm will
 624 # whine a lot.
 625 setup_ruby_environment
 626
 627 echo "PATH is $PATH"
 628
 629 if ! which bundler >/dev/null
 630 then
 631     gem install --user-install bundler || fatal 'Could not install bundler'
 632 fi
 633
 634 # Jenkins config requires that glob tmp/*.log match something. Ensure
 635 # that happens even if we don't end up running services that set up
 636 # logging.
 637 mkdir -p "${WORKSPACE}/tmp/" || fatal "could not mkdir ${WORKSPACE}/tmp"
 638 touch "${WORKSPACE}/tmp/controller.log" || fatal "could not touch ${WORKSPACE}/tmp/controller.log"
 639
 640 retry() {
 641     remain="${repeat}"
 642     while :
 643     do
 644         if ${@}; then
 645             if [[ "$remain" -gt 1 ]]; then
 646                 remain=$((${remain}-1))
 647                 title "Repeating ${remain} more times"
 648             else
 649                 break
 650             fi
 651         elif [[ "$retry" == 1 ]]; then
 652             read -p 'Try again? [Y/n] ' x
 653             if [[ "$x" != "y" ]] && [[ "$x" != "" ]]
 654             then
 655                 break
 656             fi
 657         else
 658             break
 659         fi
 660     done
 661 }
 662
 663 do_test() {
 664     case "${1}" in
 665         apps/workbench_units | apps/workbench_functionals | apps/workbench_integration)
 666             suite=apps/workbench
 667             ;;
 668         services/nodemanager | services/nodemanager_integration)
 669             suite=services/nodemanager_suite
 670             ;;
 671         *)
 672             suite="${1}"
 673             ;;
 674     esac
 675     if [[ -z "${skip[$suite]}" && -z "${skip[$1]}" && \
 676               (${#only[@]} -eq 0 || ${only[$suite]} -eq 1 || \
 677                    ${only[$1]} -eq 1) ||
 678                   ${only[$2]} -eq 1 ]]; then
 679         retry do_test_once ${@}
 680     else
 681         title "Skipping ${1} tests"
 682     fi
 683 }
 684
 685 do_test_once() {
 686     unset result
 687
 688     title "Running $1 tests"
 689     timer_reset
 690     if [[ "$2" == "go" ]]
 691     then
 692         covername="coverage-$(echo "$1" | sed -e 's/\//_/g')"
 693         coverflags=("-covermode=count" "-coverprofile=$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp")
 694         # We do "go get -t" here to catch compilation errors
 695         # before trying "go test". Otherwise, coverage-reporting
 696         # mode makes Go show the wrong line numbers when reporting
 697         # compilation errors.
 698         go get -ldflags "-X main.version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}" -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 699             cd "$GOPATH/src/git.curoverse.com/arvados.git/$1" && \
 700             [[ -z "$(gofmt -e -d . | tee /dev/stderr)" ]] && \
 701             if [[ -n "${testargs[$1]}" ]]
 702         then
 703             # "go test -check.vv giturl" doesn't work, but this
 704             # does:
 705             go test ${short:+-short} ${testargs[$1]}
 706         else
 707             # The above form gets verbose even when testargs is
 708             # empty, so use this form in such cases:
 709             go test ${short:+-short} ${coverflags[@]} "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 710         fi
 711         result=${result:-$?}
 712         if [[ -f "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" ]]
 713         then
 714             go tool cover -html="$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp" -o "$WORKSPACE/tmp/$covername.html"
 715             rm "$WORKSPACE/tmp/.$covername.tmp"
 716         fi
 717     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 718     then
 719         tries=0
 720         cd "$WORKSPACE/$1" && while :
 721         do
 722             tries=$((${tries}+1))
 723             # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 724             # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 725             "${3}python" setup.py ${short:+--short-tests-only} test ${testargs[$1]}
 726             result=$?
 727             if [[ ${tries} < 3 && ${result} == 137 ]]
 728             then
 729                 printf '\n*****\n%s tests killed -- retrying\n*****\n\n' "$1"
 730                 continue
 731             else
 732                 break
 733             fi
 734         done
 735     elif [[ "$2" != "" ]]
 736     then
 737         "test_$2"
 738     else
 739         "test_$1"
 740     fi
 741     result=${result:-$?}
 742     checkexit $result "$1 tests"
 743     title "End of $1 tests (`timer`)"
 744     return $result
 745 }
 746
 747 do_install() {
 748   skipit=false
 749
 750   if [[ -z "${only_install}" || "${only_install}" == "${1}" || "${only_install}" == "${2}" ]]; then
 751       retry do_install_once ${@}
 752   else
 753       skipit=true
 754   fi
 755
 756   if [[ "$skipit" = true ]]; then
 757     title "Skipping $1 install"
 758   fi
 759 }
 760
 761 do_install_once() {
 762     title "Running $1 install"
 763     timer_reset
 764     if [[ "$2" == "go" ]]
 765     then
 766         go get -ldflags "-X main.version=${ARVADOS_VERSION:-$(git log -n1 --format=%H)-dev}" -t "git.curoverse.com/arvados.git/$1"
 767     elif [[ "$2" == "pip" ]]
 768     then
 769         # $3 can name a path directory for us to use, including trailing
 770         # slash; e.g., the bin/ subdirectory of a virtualenv.
 771
 772         # Need to change to a different directory after creating
 773         # the source dist package to avoid a pip bug.
 774         # see https://arvados.org/issues/5766 for details.
 775
 776         # Also need to install twice, because if it believes the package is
 777         # already installed, pip it won't install it.  So the first "pip
 778         # install" ensures that the dependencies are met, the second "pip
 779         # install" ensures that we've actually installed the local package
 780         # we just built.
 781         cd "$WORKSPACE/$1" \
 782             && "${3}python" setup.py sdist rotate --keep=1 --match .tar.gz \
 783             && cd "$WORKSPACE" \
 784             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz \
 785             && "${3}pip" install --no-cache-dir --quiet --no-deps --ignore-installed "$WORKSPACE/$1/dist"/*.tar.gz
 786     elif [[ "$2" != "" ]]
 787     then
 788         "install_$2"
 789     else
 790         "install_$1"
 791     fi
 792     result=$?
 793     checkexit $result "$1 install"
 794     title "End of $1 install (`timer`)"
 795     return $result
 796 }
 797
 798 bundle_install_trylocal() {
 799     (
 800         set -e
 801         echo "(Running bundle install --local. 'could not find package' messages are OK.)"
 802         if ! bundle install --local --no-deployment; then
 803             echo "(Running bundle install again, without --local.)"
 804             bundle install --no-deployment
 805         fi
 806         bundle package --all
 807     )
 808 }
 809
 810 install_doc() {
 811     cd "$WORKSPACE/doc" \
 812         && bundle_install_trylocal \
 813         && rm -rf .site
 814 }
 815 do_install doc
 816
 817 install_gem() {
 818     gemname=$1
 819     srcpath=$2
 820     with_test_gemset gem_uninstall_if_exists "$gemname" \
 821         && cd "$WORKSPACE/$srcpath" \
 822         && bundle_install_trylocal \
 823         && gem build "$gemname.gemspec" \
 824         && with_test_gemset gem install --no-ri --no-rdoc $(ls -t "$gemname"-*.gem|head -n1)
 825 }
 826
 827 install_ruby_sdk() {
 828     install_gem arvados sdk/ruby
 829 }
 830 do_install sdk/ruby ruby_sdk
 831
 832 install_R_sdk() {
 833   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
 834     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
 835        && Rscript --vanilla install_deps.R
 836   fi
 837 }
 838 do_install sdk/R R_sdk
 839
 840 install_perl_sdk() {
 841     cd "$WORKSPACE/sdk/perl" \
 842         && perl Makefile.PL INSTALL_BASE="$PERLINSTALLBASE" \
 843         && make install INSTALLDIRS=perl
 844 }
 845 do_install sdk/perl perl_sdk
 846
 847 install_cli() {
 848     install_gem arvados-cli sdk/cli
 849 }
 850 do_install sdk/cli cli
 851
 852 install_login-sync() {
 853     install_gem arvados-login-sync services/login-sync
 854 }
 855 do_install services/login-sync login-sync
 856
 857 # Install the Python SDK early. Various other test suites (like
 858 # keepproxy) bring up run_test_server.py, which imports the arvados
 859 # module. We can't actually *test* the Python SDK yet though, because
 860 # its own test suite brings up some of those other programs (like
 861 # keepproxy).
 862 for p in "${pythonstuff[@]}"
 863 do
 864     dir=${p%:py3}
 865     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
 866         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
 867             do_install ${dir} pip
 868         fi
 869     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
 870         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
 871             do_install ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
 872         fi
 873     fi
 874 done
 875
 876 install_apiserver() {
 877     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 878         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal
 879
 880     rm -f config/environments/test.rb
 881     cp config/environments/test.rb.example config/environments/test.rb
 882
 883     if [ -n "$CONFIGSRC" ]
 884     then
 885         for f in database.yml
 886         do
 887             cp "$CONFIGSRC/$f" config/ || fatal "$f"
 888         done
 889     fi
 890
 891     # Clear out any lingering postgresql connections to the test
 892     # database, so that we can drop it. This assumes the current user
 893     # is a postgresql superuser.
 894     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 895         && test_database=$(python -c "import yaml; print yaml.load(file('config/database.yml'))['test']['database']") \
 896         && psql "$test_database" -c "SELECT pg_terminate_backend (pg_stat_activity.pid::int) FROM pg_stat_activity WHERE pg_stat_activity.datname = '$test_database';" 2>/dev/null
 897
 898     mkdir -p "$WORKSPACE/services/api/tmp/pids"
 899
 900     cert="$WORKSPACE/services/api/tmp/self-signed"
 901     if [[ ! -e "$cert.pem" || "$(date -r "$cert.pem" +%s)" -lt 1512659226 ]]; then
 902         (
 903             dir="$WORKSPACE/services/api/tmp"
 904             set -ex
 905             openssl req -newkey rsa:2048 -nodes -subj '/C=US/ST=State/L=City/CN=localhost' -out "$cert.csr" -keyout "$cert.key" </dev/null
 906             openssl x509 -req -in "$cert.csr" -signkey "$cert.key" -out "$cert.pem" -days 3650 -extfile <(printf 'subjectAltName=DNS:localhost,DNS:::1,DNS:0.0.0.0,DNS:127.0.0.1,IP:::1,IP:0.0.0.0,IP:127.0.0.1')
 907         ) || return 1
 908     fi
 909
 910     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 911         && rm -rf tmp/git \
 912         && mkdir -p tmp/git \
 913         && cd tmp/git \
 914         && tar xf ../../test/test.git.tar \
 915         && mkdir -p internal.git \
 916         && git --git-dir internal.git init \
 917             || return 1
 918
 919     cd "$WORKSPACE/services/api" \
 920         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:drop \
 921         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:setup \
 922         && RAILS_ENV=test bundle exec rake db:fixtures:load
 923 }
 924 do_install services/api apiserver
 925
 926 declare -a gostuff
 927 gostuff=(
 928     cmd/arvados-client
 929     cmd/arvados-server
 930     lib/cli
 931     lib/cmd
 932     lib/controller
 933     lib/crunchstat
 934     lib/cloud
 935     lib/cloud/azure
 936     lib/cloud/ec2
 937     lib/dispatchcloud
 938     lib/dispatchcloud/container
 939     lib/dispatchcloud/scheduler
 940     lib/dispatchcloud/ssh_executor
 941     lib/dispatchcloud/worker
 942     sdk/go/arvados
 943     sdk/go/arvadosclient
 944     sdk/go/auth
 945     sdk/go/blockdigest
 946     sdk/go/dispatch
 947     sdk/go/health
 948     sdk/go/httpserver
 949     sdk/go/manifest
 950     sdk/go/asyncbuf
 951     sdk/go/crunchrunner
 952     sdk/go/stats
 953     services/arv-git-httpd
 954     services/crunchstat
 955     services/health
 956     services/keep-web
 957     services/keepstore
 958     sdk/go/keepclient
 959     services/keep-balance
 960     services/keepproxy
 961     services/crunch-dispatch-local
 962     services/crunch-dispatch-slurm
 963     services/crunch-run
 964     services/ws
 965     tools/keep-block-check
 966     tools/keep-exercise
 967     tools/keep-rsync
 968     tools/sync-groups
 969 )
 970 for g in "${gostuff[@]}"
 971 do
 972     do_install "$g" go
 973 done
 974
 975 install_workbench() {
 976     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
 977         && mkdir -p tmp/cache \
 978         && RAILS_ENV=test bundle_install_trylocal \
 979         && RAILS_ENV=test RAILS_GROUPS=assets bundle exec rake npm:install
 980 }
 981 do_install apps/workbench workbench
 982
 983 unset http_proxy https_proxy no_proxy
 984
 985 test_doclinkchecker() {
 986     (
 987         set -e
 988         cd "$WORKSPACE/doc"
 989         ARVADOS_API_HOST=qr1hi.arvadosapi.com
 990         # Make sure python-epydoc is installed or the next line won't
 991         # do much good!
 992         PYTHONPATH=$WORKSPACE/sdk/python/ bundle exec rake linkchecker baseurl=file://$WORKSPACE/doc/.site/ arvados_workbench_host=https://workbench.$ARVADOS_API_HOST arvados_api_host=$ARVADOS_API_HOST
 993     )
 994 }
 995 do_test doc doclinkchecker
 996
 997 stop_services
 998
 999 test_apiserver() {
1000     rm -f "$WORKSPACE/services/api/git-commit.version"
1001     cd "$WORKSPACE/services/api" \
1002         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/api]}
1003 }
1004 do_test services/api apiserver
1005
1006 # Shortcut for when we're only running apiserver tests. This saves a bit of time,
1007 # because we don't need to start up the api server for subsequent tests.
1008 if [ ! -z "$only" ] && [ "$only" == "services/api" ]; then
1009   rotate_logfile "$WORKSPACE/services/api/log/" "test.log"
1010   exit_cleanly
1011 fi
1012
1013 start_services || { stop_services; fatal "start_services"; }
1014
1015 test_ruby_sdk() {
1016     cd "$WORKSPACE/sdk/ruby" \
1017         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/ruby]}
1018 }
1019 do_test sdk/ruby ruby_sdk
1020
1021 test_R_sdk() {
1022   if [[ "$NEED_SDK_R" = true ]]; then
1023     cd "$WORKSPACE/sdk/R" \
1024         && Rscript --vanilla run_test.R
1025   fi
1026 }
1027
1028 do_test sdk/R R_sdk
1029
1030 test_cli() {
1031     cd "$WORKSPACE/sdk/cli" \
1032         && mkdir -p /tmp/keep \
1033         && KEEP_LOCAL_STORE=/tmp/keep bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[sdk/cli]}
1034 }
1035 do_test sdk/cli cli
1036
1037 test_login-sync() {
1038     cd "$WORKSPACE/services/login-sync" \
1039         && bundle exec rake test TESTOPTS=-v ${testargs[services/login-sync]}
1040 }
1041 do_test services/login-sync login-sync
1042
1043 test_nodemanager_integration() {
1044     cd "$WORKSPACE/services/nodemanager" \
1045         && tests/integration_test.py ${testargs[services/nodemanager_integration]}
1046 }
1047 do_test services/nodemanager_integration nodemanager_integration
1048
1049 for p in "${pythonstuff[@]}"
1050 do
1051     dir=${p%:py3}
1052     if [[ ${dir} = ${p} ]]; then
1053         if [[ -z ${skip[python2]} ]]; then
1054             do_test ${dir} pip
1055         fi
1056     elif [[ -n ${PYTHON3} ]]; then
1057         if [[ -z ${skip[python3]} ]]; then
1058             do_test ${dir} pip "$VENV3DIR/bin/"
1059         fi
1060     fi
1061 done
1062
1063 for g in "${gostuff[@]}"
1064 do
1065     do_test "$g" go
1066 done
1067
1068 test_workbench_units() {
1069     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1070         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:units TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1071 }
1072 do_test apps/workbench_units workbench_units
1073
1074 test_workbench_functionals() {
1075     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1076         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:functionals TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1077 }
1078 do_test apps/workbench_functionals workbench_functionals
1079
1080 test_workbench_integration() {
1081     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1082         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:integration TESTOPTS=-v ${testargs[apps/workbench]}
1083 }
1084 do_test apps/workbench_integration workbench_integration
1085
1086
1087 test_workbench_benchmark() {
1088     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1089         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:benchmark ${testargs[apps/workbench_benchmark]}
1090 }
1091 do_test apps/workbench_benchmark workbench_benchmark
1092
1093 test_workbench_profile() {
1094     cd "$WORKSPACE/apps/workbench" \
1095         && env RAILS_ENV=test ${short:+RAILS_TEST_SHORT=1} bundle exec rake test:profile ${testargs[apps/workbench_profile]}
1096 }
1097 do_test apps/workbench_profile workbench_profile
1098
1099 exit_cleanly