sdk/python/arvados/ranges.py

   1 class Range(object):
   2     def __init__(self, locator, range_start, range_size, segment_offset=0):
   3         self.locator = locator
   4         self.range_start = range_start
   5         self.range_size = range_size
   6         self.segment_offset = segment_offset
   7
   8     def __repr__(self):
   9         return "[\"%s\", %i, %i, %i]" % (self.locator, self.range_start, self.range_size, self.segment_offset)
  10
  11 def first_block(data_locators, range_start, range_size, debug=False):
  12     block_start = 0L
  13
  14     # range_start/block_start is the inclusive lower bound
  15     # range_end/block_end is the exclusive upper bound
  16
  17     hi = len(data_locators)
  18     lo = 0
  19     i = int((hi + lo) / 2)
  20     block_size = data_locators[i].range_size
  21     block_start = data_locators[i].range_start
  22     block_end = block_start + block_size
  23     if debug: print '---'
  24
  25     # perform a binary search for the first block
  26     # assumes that all of the blocks are contigious, so range_start is guaranteed
  27     # to either fall into the range of a block or be outside the block range entirely
  28     while not (range_start >= block_start and range_start < block_end):
  29         if lo == i:
  30             # must be out of range, fail
  31             return None
  32         if range_start > block_start:
  33             lo = i
  34         else:
  35             hi = i
  36         i = int((hi + lo) / 2)
  37         if debug: print lo, i, hi
  38         block_size = data_locators[i].range_size
  39         block_start = data_locators[i].range_start
  40         block_end = block_start + block_size
  41
  42     return i
  43
  44 class LocatorAndRange(object):
  45     def __init__(self, locator, block_size, segment_offset, segment_size):
  46         self.locator = locator
  47         self.block_size = block_size
  48         self.segment_offset = segment_offset
  49         self.segment_size = segment_size
  50
  51     def __eq__(self, other):
  52         return  (self.locator == other.locator and
  53                  self.block_size == other.block_size and
  54                  self.segment_offset == other.segment_offset and
  55                  self.segment_size == other.segment_size)
  56
  57     def __repr__(self):
  58         return "[\"%s\", %i, %i, %i]" % (self.locator, self.block_size, self.segment_offset, self.segment_size)
  59
  60 def locators_and_ranges(data_locators, range_start, range_size, debug=False):
  61     '''
  62     Get blocks that are covered by the range
  63     data_locators: list of Range objects, assumes that blocks are in order and contigous
  64     range_start: start of range
  65     range_size: size of range
  66     returns list of LocatorAndRange objects
  67     '''
  68     if range_size == 0:
  69         return []
  70     resp = []
  71     range_start = long(range_start)
  72     range_size = long(range_size)
  73     range_end = range_start + range_size
  74
  75     i = first_block(data_locators, range_start, range_size, debug)
  76     if i is None:
  77         return []
  78
  79     while i < len(data_locators):
  80         dl = data_locators[i]
  81         block_start = dl.range_start
  82         block_size = dl.range_size
  83         block_end = block_start + block_size
  84         if debug:
  85             print dl.locator, "range_start", range_start, "block_start", block_start, "range_end", range_end, "block_end", block_end
  86         if range_end <= block_start:
  87             # range ends before this block starts, so don't look at any more locators
  88             break
  89
  90         #if range_start >= block_end:
  91             # range starts after this block ends, so go to next block
  92             # we should always start at the first block due to the binary above, so this test is redundant
  93             #next
  94
  95         if range_start >= block_start and range_end <= block_end:
  96             # range starts and ends in this block
  97             resp.append(LocatorAndRange(dl.locator, block_size, dl.segment_offset + (range_start - block_start), range_size))
  98         elif range_start >= block_start and range_end > block_end:
  99             # range starts in this block
 100             resp.append(LocatorAndRange(dl.locator, block_size, dl.segment_offset + (range_start - block_start), block_end - range_start))
 101         elif range_start < block_start and range_end > block_end:
 102             # range starts in a previous block and extends to further blocks
 103             resp.append(LocatorAndRange(dl.locator, block_size, dl.segment_offset, block_size))
 104         elif range_start < block_start and range_end <= block_end:
 105             # range starts in a previous block and ends in this block
 106             resp.append(LocatorAndRange(dl.locator, block_size, dl.segment_offset, range_end - block_start))
 107         block_start = block_end
 108         i += 1
 109     return resp
 110
 111 def replace_range(data_locators, new_range_start, new_range_size, new_locator, new_segment_offset, debug=False):
 112     '''
 113     Replace a file segment range with a new segment.
 114     data_locators: list of Range objects, assumes that segments are in order and contigous
 115     range_start: start of range
 116     range_size: size of range
 117     new_locator: locator for new segment to be inserted
 118     !!! data_locators will be updated in place !!!
 119     '''
 120     if new_range_size == 0:
 121         return
 122
 123     new_range_start = long(new_range_start)
 124     new_range_size = long(new_range_size)
 125     new_range_end = new_range_start + new_range_size
 126
 127     if len(data_locators) == 0:
 128         data_locators.append(Range(new_locator, new_range_start, new_range_size, new_segment_offset))
 129         return
 130
 131     last = data_locators[-1]
 132     if (last.range_start+last.range_size) == new_range_start:
 133         if last.locator == new_locator:
 134             # extend last segment
 135             last.range_size += new_range_size
 136         else:
 137             data_locators.append(Range(new_locator, new_range_start, new_range_size, new_segment_offset))
 138         return
 139
 140     i = first_block(data_locators, new_range_start, new_range_size, debug)
 141     if i is None:
 142         return
 143
 144     while i < len(data_locators):
 145         dl = data_locators[i]
 146         old_segment_start = dl.range_start
 147         old_segment_end = old_segment_start + dl.range_size
 148         if debug:
 149             print locator, "range_start", new_range_start, "segment_start", old_segment_start, "range_end", new_range_end, "segment_end", old_segment_end
 150         if new_range_end <= old_segment_start:
 151             # range ends before this segment starts, so don't look at any more locators
 152             break
 153
 154         #if range_start >= old_segment_end:
 155             # range starts after this segment ends, so go to next segment
 156             # we should always start at the first segment due to the binary above, so this test is redundant
 157             #next
 158
 159         if  old_segment_start <= new_range_start and new_range_end <= old_segment_end:
 160             # new range starts and ends in old segment
 161             # split segment into up to 3 pieces
 162             if (new_range_start-old_segment_start) > 0:
 163                 data_locators[i] = Range(dl.locator, old_segment_start, (new_range_start-old_segment_start), dl.segment_offset)
 164                 data_locators.insert(i+1, Range(new_locator, new_range_start, new_range_size, new_segment_offset))
 165             else:
 166                 data_locators[i] = Range(new_locator, new_range_start, new_range_size, new_segment_offset)
 167                 i -= 1
 168             if (old_segment_end-new_range_end) > 0:
 169                 data_locators.insert(i+2, Range(dl.locator, new_range_end, (old_segment_end-new_range_end), dl.segment_offset + (new_range_start-old_segment_start) + new_range_size))
 170             return
 171         elif old_segment_start <= new_range_start and new_range_end > old_segment_end:
 172             # range starts in this segment
 173             # split segment into 2 pieces
 174             data_locators[i] = Range(dl.locator, old_segment_start, (new_range_start-old_segment_start), dl.segment_offset)
 175             data_locators.insert(i+1, Range(new_locator, new_range_start, new_range_size, new_segment_offset))
 176             i += 1
 177         elif new_range_start < old_segment_start and new_range_end >= old_segment_end:
 178             # range starts in a previous segment and extends to further segments
 179             # delete this segment
 180             del data_locators[i]
 181             i -= 1
 182         elif new_range_start < old_segment_start and new_range_end < old_segment_end:
 183             # range starts in a previous segment and ends in this segment
 184             # move the starting point of this segment up, and shrink it.
 185             data_locators[i] = Range(dl.locator, new_range_end, (old_segment_end-new_range_end), dl.segment_offset + (new_range_end-old_segment_start))
 186             return
 187         i += 1