lib/lsf/lsfcli.go

   1 // Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 //
   3 // SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 package lsf
   6
   7 import (
   8         "bytes"
   9         "fmt"
  10         "os"
  11         "os/exec"
  12         "strings"
  13
  14         "git.arvados.org/arvados.git/sdk/go/arvados"
  15         "github.com/sirupsen/logrus"
  16 )
  17
  18 type bjobsEntry struct {
  19         id   int
  20         name string
  21         stat string
  22 }
  23
  24 type lsfcli struct {
  25         logger logrus.FieldLogger
  26         // (for testing) if non-nil, call stubCommand() instead of
  27         // exec.Command() when running lsf command line programs.
  28         stubCommand func(string, ...string) *exec.Cmd
  29 }
  30
  31 func (cli lsfcli) command(prog string, args ...string) *exec.Cmd {
  32         if f := cli.stubCommand; f != nil {
  33                 return f(prog, args...)
  34         } else {
  35                 return exec.Command(prog, args...)
  36         }
  37 }
  38
  39 func (cli lsfcli) Bsub(script []byte, args []string, arv *arvados.Client) error {
  40         cli.logger.Infof("bsub command %q script %q", args, script)
  41         cmd := cli.command(args[0], args[1:]...)
  42         cmd.Env = append([]string(nil), os.Environ()...)
  43         cmd.Env = append(cmd.Env, "ARVADOS_API_HOST="+arv.APIHost)
  44         cmd.Env = append(cmd.Env, "ARVADOS_API_TOKEN="+arv.AuthToken)
  45         if arv.Insecure {
  46                 cmd.Env = append(cmd.Env, "ARVADOS_API_HOST_INSECURE=1")
  47         }
  48         cmd.Stdin = bytes.NewReader(script)
  49         out, err := cmd.Output()
  50         cli.logger.WithField("stdout", string(out)).Infof("bsub finished")
  51         return errWithStderr(err)
  52 }
  53
  54 func (cli lsfcli) Bjobs() ([]bjobsEntry, error) {
  55         cli.logger.Debugf("Bjobs()")
  56         cmd := cli.command("bjobs", "-u", "all", "-noheader", "-o", "jobid stat job_name:30")
  57         buf, err := cmd.Output()
  58         if err != nil {
  59                 return nil, errWithStderr(err)
  60         }
  61         var bjobs []bjobsEntry
  62         for _, line := range strings.Split(string(buf), "\n") {
  63                 if line == "" {
  64                         continue
  65                 }
  66                 var ent bjobsEntry
  67                 if _, err := fmt.Sscan(line, &ent.id, &ent.stat, &ent.name); err != nil {
  68                         cli.logger.Warnf("ignoring unparsed line in bjobs output: %q", line)
  69                         continue
  70                 }
  71                 bjobs = append(bjobs, ent)
  72         }
  73         return bjobs, nil
  74 }
  75
  76 func (cli lsfcli) Bkill(id int) error {
  77         cli.logger.Infof("Bkill(%d)", id)
  78         cmd := cli.command("bkill", fmt.Sprintf("%d", id))
  79         buf, err := cmd.CombinedOutput()
  80         if err == nil || strings.Index(string(buf), "already finished") >= 0 {
  81                 return nil
  82         } else {
  83                 return fmt.Errorf("%s (%q)", err, buf)
  84         }
  85 }
  86
  87 func errWithStderr(err error) error {
  88         if err, ok := err.(*exec.ExitError); ok {
  89                 return fmt.Errorf("%s (%q)", err, err.Stderr)
  90         }
  91         return err
  92 }