apps/workbench/app/models/arvados_base.rb

   1 class ArvadosBase < ActiveRecord::Base
   2   self.abstract_class = true
   3   attr_accessor :attribute_sortkey
   4
   5   def self.arvados_api_client
   6     ArvadosApiClient.new_or_current
   7   end
   8
   9   def arvados_api_client
  10     ArvadosApiClient.new_or_current
  11   end
  12
  13   def self.uuid_infix_object_kind
  14     @@uuid_infix_object_kind ||=
  15       begin
  16         infix_kind = {}
  17         arvados_api_client.discovery[:schemas].each do |name, schema|
  18           if schema[:uuidPrefix]
  19             infix_kind[schema[:uuidPrefix]] =
  20               'arvados#' + name.to_s.camelcase(:lower)
  21           end
  22         end
  23
  24         # Recognize obsolete types.
  25         infix_kind.
  26           merge('mxsvm' => 'arvados#pipelineTemplate', # Pipeline
  27                 'uo14g' => 'arvados#pipelineInstance', # PipelineInvocation
  28                 'ldvyl' => 'arvados#group') # Project
  29       end
  30   end
  31
  32   def initialize raw_params={}
  33     super self.class.permit_attribute_params(raw_params)
  34     @attribute_sortkey ||= {
  35       'id' => nil,
  36       'name' => '000',
  37       'owner_uuid' => '002',
  38       'event_type' => '100',
  39       'link_class' => '100',
  40       'group_class' => '100',
  41       'tail_uuid' => '101',
  42       'head_uuid' => '102',
  43       'object_uuid' => '102',
  44       'summary' => '104',
  45       'description' => '104',
  46       'properties' => '150',
  47       'info' => '150',
  48       'created_at' => '200',
  49       'modified_at' => '201',
  50       'modified_by_user_uuid' => '202',
  51       'modified_by_client_uuid' => '203',
  52       'uuid' => '999',
  53     }
  54   end
  55
  56   def self.columns
  57     return @columns unless @columns.nil?
  58     @columns = []
  59     @attribute_info ||= {}
  60     schema = arvados_api_client.discovery[:schemas][self.to_s.to_sym]
  61     return @columns if schema.nil?
  62     schema[:properties].each do |k, coldef|
  63       case k
  64       when :etag, :kind
  65         attr_reader k
  66       else
  67         if coldef[:type] == coldef[:type].downcase
  68           # boolean, integer, etc.
  69           @columns << column(k, coldef[:type].to_sym)
  70         else
  71           # Hash, Array
  72           @columns << column(k, :text)
  73           serialize k, coldef[:type].constantize
  74         end
  75         @attribute_info[k] = coldef
  76       end
  77     end
  78     @columns
  79   end
  80
  81   def self.column(name, sql_type = nil, default = nil, null = true)
  82     ActiveRecord::ConnectionAdapters::Column.new(name.to_s, default, sql_type.to_s, null)
  83   end
  84
  85   def self.attribute_info
  86     self.columns
  87     @attribute_info
  88   end
  89
  90   def self.find(uuid, opts={})
  91     if uuid.class != String or uuid.length < 27 then
  92       raise 'argument to find() must be a uuid string. Acceptable formats: warehouse locator or string with format xxxxx-xxxxx-xxxxxxxxxxxxxxx'
  93     end
  94
  95     if self == ArvadosBase
  96       # Determine type from uuid and defer to the appropriate subclass.
  97       return resource_class_for_uuid(uuid).find(uuid, opts)
  98     end
  99
 100     # Only do one lookup on the API side per {class, uuid, workbench
 101     # request} unless {cache: false} is given via opts.
 102     cache_key = "request_#{Thread.current.object_id}_#{self.to_s}_#{uuid}"
 103     if opts[:cache] == false
 104       Rails.cache.write cache_key, arvados_api_client.api(self, '/' + uuid)
 105     end
 106     hash = Rails.cache.fetch cache_key do
 107       arvados_api_client.api(self, '/' + uuid)
 108     end
 109     new.private_reload(hash)
 110   end
 111
 112   def self.find?(*args)
 113     find(*args) rescue nil
 114   end
 115
 116   def self.order(*args)
 117     ArvadosResourceList.new(self).order(*args)
 118   end
 119
 120   def self.filter(*args)
 121     ArvadosResourceList.new(self).filter(*args)
 122   end
 123
 124   def self.where(*args)
 125     ArvadosResourceList.new(self).where(*args)
 126   end
 127
 128   def self.limit(*args)
 129     ArvadosResourceList.new(self).limit(*args)
 130   end
 131
 132   def self.eager(*args)
 133     ArvadosResourceList.new(self).eager(*args)
 134   end
 135
 136   def self.all(*args)
 137     ArvadosResourceList.new(self).all(*args)
 138   end
 139
 140   def self.permit_attribute_params raw_params
 141     # strong_parameters does not provide security in Workbench: anyone
 142     # who can get this far can just as well do a call directly to our
 143     # database (Arvados) with the same credentials we use.
 144     #
 145     # The following permit! is necessary even with
 146     # "ActionController::Parameters.permit_all_parameters = true",
 147     # because permit_all does not permit nested attributes.
 148     ActionController::Parameters.new(raw_params).permit!
 149   end
 150
 151   def self.create raw_params={}
 152     super(permit_attribute_params(raw_params))
 153   end
 154
 155   def update_attributes raw_params={}
 156     super(self.class.permit_attribute_params(raw_params))
 157   end
 158
 159   def save
 160     obdata = {}
 161     self.class.columns.each do |col|
 162       obdata[col.name.to_sym] = self.send(col.name.to_sym)
 163     end
 164     obdata.delete :id
 165     postdata = { self.class.to_s.underscore => obdata }
 166     if etag
 167       postdata['_method'] = 'PUT'
 168       obdata.delete :uuid
 169       resp = arvados_api_client.api(self.class, '/' + uuid, postdata)
 170     else
 171       resp = arvados_api_client.api(self.class, '', postdata)
 172     end
 173     return false if !resp[:etag] || !resp[:uuid]
 174
 175     # set read-only non-database attributes
 176     @etag = resp[:etag]
 177     @kind = resp[:kind]
 178
 179     # attributes can be modified during "save" -- we should update our copies
 180     resp.keys.each do |attr|
 181       if self.respond_to? "#{attr}=".to_sym
 182         self.send(attr.to_s + '=', resp[attr.to_sym])
 183       end
 184     end
 185
 186     @new_record = false
 187
 188     self
 189   end
 190
 191   def save!
 192     self.save or raise Exception.new("Save failed")
 193   end
 194
 195   def destroy
 196     if etag || uuid
 197       postdata = { '_method' => 'DELETE' }
 198       resp = arvados_api_client.api(self.class, '/' + uuid, postdata)
 199       resp[:etag] && resp[:uuid] && resp
 200     else
 201       true
 202     end
 203   end
 204
 205   def links(*args)
 206     o = {}
 207     o.merge!(args.pop) if args[-1].is_a? Hash
 208     o[:link_class] ||= args.shift
 209     o[:name] ||= args.shift
 210     o[:tail_uuid] = self.uuid
 211     if all_links
 212       return all_links.select do |m|
 213         ok = true
 214         o.each do |k,v|
 215           if !v.nil?
 216             test_v = m.send(k)
 217             if (v.respond_to?(:uuid) ? v.uuid : v.to_s) != (test_v.respond_to?(:uuid) ? test_v.uuid : test_v.to_s)
 218               ok = false
 219             end
 220           end
 221         end
 222         ok
 223       end
 224     end
 225     @links = arvados_api_client.api Link, '', { _method: 'GET', where: o, eager: true }
 226     @links = arvados_api_client.unpack_api_response(@links)
 227   end
 228
 229   def all_links
 230     return @all_links if @all_links
 231     res = arvados_api_client.api Link, '', {
 232       _method: 'GET',
 233       where: {
 234         tail_kind: self.kind,
 235         tail_uuid: self.uuid
 236       },
 237       eager: true
 238     }
 239     @all_links = arvados_api_client.unpack_api_response(res)
 240   end
 241
 242   def reload
 243     private_reload(self.uuid)
 244   end
 245
 246   def private_reload(uuid_or_hash)
 247     raise "No such object" if !uuid_or_hash
 248     if uuid_or_hash.is_a? Hash
 249       hash = uuid_or_hash
 250     else
 251       hash = arvados_api_client.api(self.class, '/' + uuid_or_hash)
 252     end
 253     hash.each do |k,v|
 254       if self.respond_to?(k.to_s + '=')
 255         self.send(k.to_s + '=', v)
 256       else
 257         # When ArvadosApiClient#schema starts telling us what to expect
 258         # in API responses (not just the server side database
 259         # columns), this sort of awfulness can be avoided:
 260         self.instance_variable_set('@' + k.to_s, v)
 261         if !self.respond_to? k
 262           singleton = class << self; self end
 263           singleton.send :define_method, k, lambda { instance_variable_get('@' + k.to_s) }
 264         end
 265       end
 266     end
 267     @all_links = nil
 268     @new_record = false
 269     self
 270   end
 271
 272   def to_param
 273     uuid
 274   end
 275
 276   def dup
 277     super.forget_uuid!
 278   end
 279
 280   def attributes_for_display
 281     self.attributes.reject { |k,v|
 282       attribute_sortkey.has_key?(k) and !attribute_sortkey[k]
 283     }.sort_by { |k,v|
 284       attribute_sortkey[k] or k
 285     }
 286   end
 287
 288   def class_for_display
 289     self.class.to_s.underscore.humanize
 290   end
 291
 292   def self.creatable?
 293     current_user
 294   end
 295
 296   def self.goes_in_folders?
 297     false
 298   end
 299
 300   def editable?
 301     (current_user and current_user.is_active and
 302      (current_user.is_admin or
 303       current_user.uuid == self.owner_uuid or
 304       new_record? or
 305       (writable_by.include? current_user.uuid rescue false)))
 306   end
 307
 308   def attribute_editable?(attr)
 309     if "created_at modified_at modified_by_user_uuid modified_by_client_uuid updated_at".index(attr.to_s)
 310       false
 311     elsif not (current_user.andand.is_active)
 312       false
 313     elsif attr == 'uuid'
 314       current_user.is_admin
 315     else
 316       editable?
 317     end
 318   end
 319
 320   def self.resource_class_for_uuid(uuid, opts={})
 321     if uuid.is_a? ArvadosBase
 322       return uuid.class
 323     end
 324     unless uuid.is_a? String
 325       return nil
 326     end
 327     if opts[:class].is_a? Class
 328       return opts[:class]
 329     end
 330     if uuid.match /^[0-9a-f]{32}(\+[^,]+)*(,[0-9a-f]{32}(\+[^,]+)*)*$/
 331       return Collection
 332     end
 333     resource_class = nil
 334     uuid.match /^[0-9a-z]{5}-([0-9a-z]{5})-[0-9a-z]{15}$/ do |re|
 335       resource_class ||= arvados_api_client.
 336         kind_class(self.uuid_infix_object_kind[re[1]])
 337     end
 338     if opts[:referring_object] and
 339         opts[:referring_attr] and
 340         opts[:referring_attr].match /_uuid$/
 341       resource_class ||= arvados_api_client.
 342         kind_class(opts[:referring_object].
 343                    attributes[opts[:referring_attr].
 344                               sub(/_uuid$/, '_kind')])
 345     end
 346     resource_class
 347   end
 348
 349   def friendly_link_name
 350     (name if self.respond_to? :name) || default_name
 351   end
 352
 353   def content_summary
 354     self.class_for_display
 355   end
 356
 357   def selection_label
 358     friendly_link_name
 359   end
 360
 361   def self.default_name
 362     self.to_s.underscore.humanize
 363   end
 364
 365   # Placeholder for name when name is missing or empty
 366   def default_name
 367     if self.respond_to? :name
 368       "New #{class_for_display.downcase}"
 369     else
 370       uuid
 371     end
 372   end
 373
 374   def owner
 375     ArvadosBase.find(owner_uuid) rescue nil
 376   end
 377
 378   protected
 379
 380   def forget_uuid!
 381     self.uuid = nil
 382     @etag = nil
 383     self
 384   end
 385
 386   def self.current_user
 387     Thread.current[:user] ||= User.current if Thread.current[:arvados_api_token]
 388     Thread.current[:user]
 389   end
 390   def current_user
 391     self.class.current_user
 392   end
 393 end