crunch_scripts/pgp-survey-parse

   1 #!/usr/bin/env python
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   5
   6 import arvados
   7
   8 this_job = arvados.current_job()
   9 this_task = arvados.current_task()
  10 parser_path = arvados.util.git_checkout(
  11     url = this_job['script_parameters']['parser_url'],
  12     version = this_job['script_parameters']['parser_version'],
  13     path = 'parser')
  14
  15 stdoutdata, stderrdata = arvados.util.run_command(
  16     ["python", "demo.py"],
  17     cwd=parser_path)
  18
  19 out = arvados.CollectionWriter()
  20 out.write(stdoutdata)
  21 out.set_current_file_name('participant_traits.tsv')
  22 this_task.set_output(out.finish())