crunch_scripts/rtg-fasta2sdf

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 import arvados
   4 import os
   5 import re
   6 import sys
   7 import pyrtg
   8
   9 this_job = arvados.current_job()
  10 this_task = arvados.current_task()
  11 fasta_path = arvados.util.collection_extract(
  12     collection = this_job['script_parameters']['input'],
  13     path = 'fasta',
  14     decompress = False)
  15 fasta_files = filter(lambda f: f != '.locator', os.listdir(fasta_path))
  16 out_dir = os.path.join(arvados.current_task().tmpdir, 'ref-sdf')
  17 arvados.util.run_command(['rm', '-rf', out_dir], stderr=sys.stderr)
  18
  19 pyrtg.run_rtg('format', out_dir,
  20               map(lambda f: os.path.join(fasta_path, f), fasta_files))
  21
  22 out = arvados.CollectionWriter()
  23 out.write_directory_tree(out_dir, max_manifest_depth=0)
  24 this_task.set_output(out.finish())