tools/arvbox/bin/arvbox

   1 #!/bin/bash
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   5
   6 set -e
   7
   8 if ! test -d /sys/fs/cgroup ; then
   9      echo "Arvbox requires cgroups to be mounted at /sys/fs/cgroup in order to use"
  10      echo "Docker-in-Docker.  Older operating systems that put cgroups in other"
  11      echo "places (such as /cgroup) are not supported."
  12      exit 1
  13 fi
  14
  15 if ! which docker >/dev/null 2>/dev/null ; then
  16   echo "Arvbox requires Docker.  To install, run the following command as root:"
  17   echo "curl -sSL https://get.docker.com/ | sh"
  18   exit 1
  19 fi
  20
  21 if test -z "$ARVBOX_DOCKER" ; then
  22     set +e
  23     if which greadlink >/dev/null 2>/dev/null ; then
  24         ARVBOX_DOCKER=$(greadlink -f $(dirname $0)/../lib/arvbox/docker)
  25     else
  26         ARVBOX_DOCKER=$(readlink -f $(dirname $0)/../lib/arvbox/docker)
  27     fi
  28     set -e
  29 fi
  30
  31 if test -z "$ARVBOX_CONTAINER" ; then
  32     ARVBOX_CONTAINER=arvbox
  33 fi
  34
  35 if test -z "$ARVBOX_BASE" ; then
  36     ARVBOX_BASE="$HOME/.arvbox"
  37 fi
  38
  39 if test -z "$ARVBOX_DATA" ; then
  40     ARVBOX_DATA="$ARVBOX_BASE/$ARVBOX_CONTAINER"
  41 fi
  42
  43 if test -z "$ARVADOS_ROOT" ; then
  44     ARVADOS_ROOT="$ARVBOX_DATA/arvados"
  45 fi
  46
  47 if test -z "$COMPOSER_ROOT" ; then
  48     COMPOSER_ROOT="$ARVBOX_DATA/composer"
  49 fi
  50
  51 if test -z "$WORKBENCH2_ROOT" ; then
  52     WORKBENCH2_ROOT="$ARVBOX_DATA/workbench2"
  53 fi
  54
  55 PG_DATA="$ARVBOX_DATA/postgres"
  56 VAR_DATA="$ARVBOX_DATA/var"
  57 PASSENGER="$ARVBOX_DATA/passenger"
  58 GEMS="$ARVBOX_DATA/gems"
  59 PIPCACHE="$ARVBOX_DATA/pip"
  60 NPMCACHE="$ARVBOX_DATA/npm"
  61 GOSTUFF="$ARVBOX_DATA/gopath"
  62 RLIBS="$ARVBOX_DATA/Rlibs"
  63 ARVADOS_CONTAINER_PATH="/var/lib/arvados-arvbox"
  64 GEM_HOME="/var/lib/arvados/lib/ruby/gems/2.5.0"
  65
  66 getip() {
  67     docker inspect --format='{{range .NetworkSettings.Networks}}{{.IPAddress}}{{end}}' $ARVBOX_CONTAINER
  68 }
  69
  70 gethost() {
  71     set +e
  72     OVERRIDE=$(docker exec -i $ARVBOX_CONTAINER cat /var/run/localip_override 2>/dev/null)
  73     CODE=$?
  74     set -e
  75     if test "$CODE" = 0 ; then
  76        echo $OVERRIDE
  77     else
  78         getip
  79     fi
  80 }
  81
  82 getclusterid() {
  83     docker exec $ARVBOX_CONTAINER cat $ARVADOS_CONTAINER_PATH/api_uuid_prefix
  84 }
  85
  86 updateconf() {
  87     if test -f ~/.config/arvados/$ARVBOX_CONTAINER.conf ; then
  88         sed "s/ARVADOS_API_HOST=.*/ARVADOS_API_HOST=$(gethost):8000/" <$HOME/.config/arvados/$ARVBOX_CONTAINER.conf >$HOME/.config/arvados/$ARVBOX_CONTAINER.conf.tmp
  89         mv ~/.config/arvados/$ARVBOX_CONTAINER.conf.tmp ~/.config/arvados/$ARVBOX_CONTAINER.conf
  90     else
  91         mkdir -p $HOME/.config/arvados
  92         cat >$HOME/.config/arvados/$ARVBOX_CONTAINER.conf <<EOF
  93 ARVADOS_API_HOST=$(gethost):8000
  94 ARVADOS_API_TOKEN=
  95 ARVADOS_API_HOST_INSECURE=true
  96 EOF
  97     fi
  98 }
  99
 100 listusers() {
 101     docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER /usr/local/lib/arvbox/edit_users.py $ARVADOS_CONTAINER_PATH/cluster_config.yml $(getclusterid) list
 102 }
 103
 104 wait_for_arvbox() {
 105     FF=/tmp/arvbox-fifo-$$
 106     mkfifo $FF
 107     docker logs -f $ARVBOX_CONTAINER > $FF &
 108     LOGPID=$!
 109     while read line ; do
 110         if [[ $line =~ "ok: down: ready:" ]] ; then
 111             kill $LOGPID
 112             set +e
 113             wait $LOGPID 2>/dev/null
 114             set -e
 115         else
 116             echo $line
 117         fi
 118     done < $FF
 119     rm $FF
 120     echo
 121     if test -n "$localip" ; then
 122         echo "export ARVADOS_API_HOST=$localip:8000"
 123     else
 124         echo "export ARVADOS_API_HOST=$(gethost):8000"
 125     fi
 126 }
 127
 128 docker_run_dev() {
 129     docker run \
 130            "--volume=$ARVADOS_ROOT:/usr/src/arvados:rw" \
 131            "--volume=$COMPOSER_ROOT:/usr/src/composer:rw" \
 132            "--volume=$WORKBENCH2_ROOT:/usr/src/workbench2:rw" \
 133            "--volume=$PG_DATA:/var/lib/postgresql:rw" \
 134            "--volume=$VAR_DATA:$ARVADOS_CONTAINER_PATH:rw" \
 135            "--volume=$PASSENGER:/var/lib/passenger:rw" \
 136            "--volume=$GEMS:$GEM_HOME:rw" \
 137            "--volume=$PIPCACHE:/var/lib/pip:rw" \
 138            "--volume=$NPMCACHE:/var/lib/npm:rw" \
 139            "--volume=$GOSTUFF:/var/lib/gopath:rw" \
 140            "--volume=$RLIBS:/var/lib/Rlibs:rw" \
 141            --label "org.arvados.arvbox_config=$CONFIG" \
 142            "$@"
 143 }
 144
 145 running_config() {
 146     docker inspect $ARVBOX_CONTAINER -f '{{index .Config.Labels "org.arvados.arvbox_config"}}'
 147 }
 148
 149 run() {
 150     CONFIG=$1
 151     TAG=$2
 152
 153     shift
 154
 155     need_setup=1
 156
 157     if docker ps -a --filter "status=running" | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER$" -q ; then
 158         if [[ $(running_config) != "$CONFIG" ]] ; then
 159             echo "Container $ARVBOX_CONTAINER is '$(running_config)' config but requested '$CONFIG'; use restart or reboot"
 160             return 1
 161         fi
 162         if test "$CONFIG" = test -o "$CONFIG" = devenv ; then
 163             need_setup=0
 164         else
 165             echo "Container $ARVBOX_CONTAINER is already running"
 166             return 0
 167         fi
 168     fi
 169
 170     if test $need_setup = 1 ; then
 171         if docker ps -a | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER$" -q ; then
 172             echo "Container $ARVBOX_CONTAINER already exists but is not running; use restart or reboot"
 173             return 1
 174         fi
 175     fi
 176
 177     if test -n "$TAG"
 178     then
 179         if test $(echo $TAG | cut -c1-1) != '-' ; then
 180             TAG=":$TAG"
 181             shift
 182         else
 183             if [[ $TAG = '-' ]] ; then
 184                 shift
 185             fi
 186             unset TAG
 187         fi
 188     fi
 189
 190     if [[ "$CONFIG" =~ ^public ]] ; then
 191         if test -n "$ARVBOX_PUBLISH_IP" ; then
 192             localip=$ARVBOX_PUBLISH_IP
 193         else
 194             defaultdev=$(/sbin/ip route|awk '/default/ { print $5 }')
 195             localip=$(ip addr show $defaultdev | grep 'inet ' | sed 's/ *inet \(.*\)\/.*/\1/')
 196         fi
 197         echo "Public arvbox will use address $localip"
 198         iptemp=$(mktemp)
 199         echo $localip > $iptemp
 200         chmod og+r $iptemp
 201         PUBLIC="--volume=$iptemp:/var/run/localip_override
 202               --publish=443:443
 203               --publish=3001:3001
 204               --publish=8000:8000
 205               --publish=8900:8900
 206               --publish=9000:9000
 207               --publish=9002:9002
 208               --publish=25101:25101
 209               --publish=8001:8001
 210               --publish=8002:8002
 211               --publish=4202:4202
 212               --publish=45000-45020:45000-45020"
 213     else
 214         PUBLIC=""
 215     fi
 216
 217     if [[ "$CONFIG" =~ demo$ ]] ; then
 218         if test -d "$ARVBOX_DATA" ; then
 219             echo "It looks like you already have a development container named $ARVBOX_CONTAINER."
 220             echo "Set environment variable ARVBOX_CONTAINER to set a different name for your demo container"
 221             exit 1
 222         fi
 223
 224         if ! (docker ps -a | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER-data$" -q) ; then
 225             docker create -v /var/lib/postgresql -v $ARVADOS_CONTAINER_PATH --name $ARVBOX_CONTAINER-data arvados/arvbox-demo /bin/true
 226         fi
 227
 228         docker run \
 229                --detach \
 230                --name=$ARVBOX_CONTAINER \
 231                --privileged \
 232                --volumes-from $ARVBOX_CONTAINER-data \
 233                --label "org.arvados.arvbox_config=$CONFIG" \
 234                $PUBLIC \
 235                arvados/arvbox-demo$TAG
 236         updateconf
 237         wait_for_arvbox
 238     else
 239         mkdir -p "$PG_DATA" "$VAR_DATA" "$PASSENGER" "$GEMS" "$PIPCACHE" "$NPMCACHE" "$GOSTUFF" "$RLIBS"
 240
 241         if ! test -d "$ARVADOS_ROOT" ; then
 242             git clone https://git.arvados.org/arvados.git "$ARVADOS_ROOT"
 243         fi
 244         if ! test -d "$COMPOSER_ROOT" ; then
 245             git clone https://github.com/arvados/composer.git "$COMPOSER_ROOT"
 246             git -C "$COMPOSER_ROOT" checkout arvados-fork
 247             git -C "$COMPOSER_ROOT" pull
 248         fi
 249         if ! test -d "$WORKBENCH2_ROOT" ; then
 250             git clone https://git.arvados.org/arvados-workbench2.git "$WORKBENCH2_ROOT"
 251         fi
 252
 253         if [[ "$CONFIG" = test ]] ; then
 254
 255             mkdir -p $VAR_DATA/test
 256
 257             if test "$need_setup" = 1 ; then
 258                 docker_run_dev \
 259                        --detach \
 260                        --name=$ARVBOX_CONTAINER \
 261                        --privileged \
 262                        "--env=SVDIR=/etc/test-service" \
 263                        arvados/arvbox-dev$TAG
 264
 265                 docker exec -ti \
 266                        $ARVBOX_CONTAINER \
 267                        /usr/local/lib/arvbox/runsu.sh \
 268                        /usr/local/lib/arvbox/waitforpostgres.sh
 269             fi
 270
 271             interactive=""
 272             if [[ -z "$@" ]] ; then
 273                 interactive=--interactive
 274             fi
 275
 276             docker exec -ti \
 277                    -e LINES=$(tput lines) \
 278                    -e COLUMNS=$(tput cols) \
 279                    -e TERM=$TERM \
 280                    -e WORKSPACE=/usr/src/arvados \
 281                    -e GEM_HOME=$GEM_HOME \
 282                    -e CONFIGSRC=$ARVADOS_CONTAINER_PATH/run_tests \
 283                    $ARVBOX_CONTAINER \
 284                    /usr/local/lib/arvbox/runsu.sh \
 285                    /usr/src/arvados/build/run-tests.sh \
 286                    --temp $ARVADOS_CONTAINER_PATH/test \
 287                    $interactive \
 288                    "$@"
 289         elif [[ "$CONFIG" = devenv ]] ; then
 290             if [[ $need_setup = 1 ]] ; then
 291                     docker_run_dev \
 292                     --detach \
 293                     --name=${ARVBOX_CONTAINER} \
 294                     "--env=SVDIR=/etc/devenv-service" \
 295                         "--volume=$HOME:$HOME:rw" \
 296                     --volume=/tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix:rw \
 297                         arvados/arvbox-dev$TAG
 298             fi
 299             exec docker exec --interactive --tty \
 300                  -e LINES=$(tput lines) \
 301                  -e COLUMNS=$(tput cols) \
 302                  -e TERM=$TERM \
 303                  -e "ARVBOX_HOME=$HOME" \
 304                  -e "DISPLAY=$DISPLAY" \
 305                  --workdir=$PWD \
 306                  ${ARVBOX_CONTAINER} \
 307                  /usr/local/lib/arvbox/devenv.sh "$@"
 308         elif [[ "$CONFIG" =~ dev$ ]] ; then
 309             docker_run_dev \
 310                    --detach \
 311                    --name=$ARVBOX_CONTAINER \
 312                    --privileged \
 313                    $PUBLIC \
 314                    arvados/arvbox-dev$TAG
 315             updateconf
 316             wait_for_arvbox
 317             echo "The Arvados source code is checked out at: $ARVADOS_ROOT"
 318             echo "The Arvados testing root certificate is $VAR_DATA/root-cert.pem"
 319             if [[ "$(listusers)" =~ ^\{\} ]] ; then
 320                 echo "No users defined, use 'arvbox adduser' to add user logins"
 321             else
 322                 echo "Use 'arvbox listusers' to see user logins"
 323             fi
 324         else
 325             echo "Unknown configuration '$CONFIG'"
 326         fi
 327     fi
 328 }
 329
 330 update() {
 331     CONFIG=$1
 332     TAG=$2
 333
 334     if test -n "$TAG"
 335     then
 336         if test $(echo $TAG | cut -c1-1) != '-' ; then
 337             TAG=":$TAG"
 338             shift
 339         else
 340             unset TAG
 341         fi
 342     fi
 343
 344     if echo "$CONFIG" | grep 'demo$' ; then
 345         docker pull arvados/arvbox-demo$TAG
 346     else
 347         docker pull arvados/arvbox-dev$TAG
 348     fi
 349 }
 350
 351 stop() {
 352     if docker ps -a --filter "status=running" | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER$" -q ; then
 353         docker stop $ARVBOX_CONTAINER
 354     fi
 355
 356     VOLUMES=--volumes=true
 357     if docker ps -a --filter "status=created" | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER$" -q ; then
 358         docker rm $VOLUMES $ARVBOX_CONTAINER
 359     fi
 360     if docker ps -a --filter "status=exited" | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER$" -q ; then
 361         docker rm $VOLUMES $ARVBOX_CONTAINER
 362     fi
 363 }
 364
 365 build() {
 366     if ! test -f "$ARVBOX_DOCKER/Dockerfile.base" ;  then
 367         echo "Could not find Dockerfile (expected it at $ARVBOX_DOCKER/Dockerfile.base)"
 368         exit 1
 369     fi
 370     if docker --version |grep " 1\.[0-9]\." ; then
 371         # Docker version prior 1.10 require -f flag
 372         # -f flag removed in Docker 1.12
 373         FORCE=-f
 374     fi
 375     GITHEAD=$(cd $ARVBOX_DOCKER && git log --format=%H -n1 HEAD)
 376     docker build --build-arg=arvados_version=$GITHEAD $NO_CACHE -t arvados/arvbox-base:$GITHEAD -f "$ARVBOX_DOCKER/Dockerfile.base" "$ARVBOX_DOCKER"
 377     docker tag $FORCE arvados/arvbox-base:$GITHEAD arvados/arvbox-base:latest
 378     if test "$1" = localdemo -o "$1" = publicdemo ; then
 379         docker build $NO_CACHE -t arvados/arvbox-demo:$GITHEAD -f "$ARVBOX_DOCKER/Dockerfile.demo" "$ARVBOX_DOCKER"
 380         docker tag $FORCE arvados/arvbox-demo:$GITHEAD arvados/arvbox-demo:latest
 381     else
 382         docker build $NO_CACHE -t arvados/arvbox-dev:$GITHEAD -f "$ARVBOX_DOCKER/Dockerfile.dev" "$ARVBOX_DOCKER"
 383         docker tag $FORCE arvados/arvbox-dev:$GITHEAD arvados/arvbox-dev:latest
 384     fi
 385 }
 386
 387 check() {
 388     case "$1" in
 389         localdemo|publicdemo|dev|publicdev|test|devenv)
 390             true
 391             ;;
 392         *)
 393             echo "Argument to $subcmd must be one of localdemo, publicdemo, dev, publicdev, test, devenv"
 394             exit 1
 395         ;;
 396     esac
 397 }
 398
 399 subcmd="$1"
 400 if test -n "$subcmd" ; then
 401     shift
 402 fi
 403 case "$subcmd" in
 404     build)
 405         check $@
 406         build $@
 407         ;;
 408
 409     rebuild)
 410         check $@
 411         NO_CACHE=--no-cache build $@
 412         ;;
 413
 414     start|run)
 415         check $@
 416         run $@
 417         ;;
 418
 419     sh*)
 420         exec docker exec --interactive --tty \
 421                -e LINES=$(tput lines) \
 422                -e COLUMNS=$(tput cols) \
 423                -e TERM=$TERM \
 424                -e GEM_HOME=$GEM_HOME \
 425                $ARVBOX_CONTAINER /bin/bash
 426         ;;
 427
 428     ash*)
 429         exec docker exec --interactive --tty \
 430                -e LINES=$(tput lines) \
 431                -e COLUMNS=$(tput cols) \
 432                -e TERM=$TERM \
 433                -e GEM_HOME=$GEM_HOME \
 434                -u arvbox \
 435                -w /usr/src/arvados \
 436                $ARVBOX_CONTAINER /bin/bash --login
 437         ;;
 438
 439     pipe)
 440         exec docker exec -i $ARVBOX_CONTAINER /usr/bin/env GEM_HOME=$GEM_HOME /bin/bash -
 441         ;;
 442
 443     stop)
 444         stop
 445         ;;
 446
 447     restart)
 448         check $@
 449         stop
 450         run $@
 451         ;;
 452
 453     reboot)
 454         check $@
 455         stop
 456         build $@
 457         run $@
 458         ;;
 459
 460     update)
 461         check $@
 462         stop
 463         update $@
 464         run $@
 465         ;;
 466
 467     ip)
 468         getip
 469         ;;
 470
 471     host)
 472         gethost
 473         ;;
 474
 475     open)
 476         exec xdg-open http://$(gethost)
 477         ;;
 478
 479     status)
 480         echo "Container: $ARVBOX_CONTAINER"
 481         if docker ps -a --filter "status=running" | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER$" -q ; then
 482             echo "Cluster id: $(getclusterid)"
 483             echo "Status: running"
 484             echo "Container IP: $(getip)"
 485             echo "Published host: $(gethost)"
 486         else
 487             echo "Status: not running"
 488         fi
 489         if test -d "$ARVBOX_DATA" ; then
 490             echo "Data: $ARVBOX_DATA"
 491         elif docker ps -a | grep -E "$ARVBOX_CONTAINER-data$" -q ; then
 492             echo "Data: $ARVBOX_CONTAINER-data"
 493         else
 494             echo "Data: none"
 495         fi
 496         ;;
 497
 498     reset|destroy)
 499         stop
 500         if test -d "$ARVBOX_DATA" ; then
 501             if test "$subcmd" = destroy ; then
 502                 if test "$1" != -f ; then
 503                     echo "WARNING!  This will delete your entire arvbox ($ARVBOX_DATA)."
 504                     echo "Use destroy -f if you really mean it."
 505                     exit 1
 506                 fi
 507                 set -x
 508                 chmod -R u+w "$ARVBOX_DATA"
 509                 rm -rf "$ARVBOX_DATA"
 510             else
 511                 if test "$1" != -f ; then
 512                     echo "WARNING!  This will delete your arvbox data ($ARVBOX_DATA)."
 513                     echo "Code and downloaded packages will be preserved."
 514                     echo "Use reset -f if you really mean it."
 515                     exit 1
 516                 fi
 517                 set -x
 518                 rm -rf "$ARVBOX_DATA/postgres"
 519                 rm -rf "$ARVBOX_DATA/var"
 520             fi
 521         else
 522             if test "$1" != -f ; then
 523                 echo "WARNING!  This will delete your data container $ARVBOX_CONTAINER-data.  Use -f if you really mean it."
 524                 exit 1
 525             fi
 526             set -x
 527             docker rm "$ARVBOX_CONTAINER-data"
 528         fi
 529         ;;
 530
 531     log)
 532         if test -n "$1" ; then
 533             exec docker exec -ti -e LINES=$(tput lines) -e COLUMNS=$(tput cols) -e TERM=$TERM $ARVBOX_CONTAINER less --follow-name -R +GF "/etc/service/$1/log/main/current"
 534         else
 535             exec docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER tail $(docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER find -L /etc -path '/etc/service/*/log/main/current' -printf " %p")
 536         fi
 537         ;;
 538
 539     cat)
 540         if test -n "$1" ; then
 541             exec docker exec $ARVBOX_CONTAINER cat "$@"
 542         else
 543             echo "Usage: $0 $subcmd <files>"
 544         fi
 545         ;;
 546
 547     ls)
 548         exec docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER /usr/bin/env TERM=$TERM ls "$@"
 549         ;;
 550
 551     sv)
 552         if test -n "$1" -a -n "$2" ; then
 553             exec docker exec $ARVBOX_CONTAINER sv "$@"
 554         else
 555             echo "Usage: $0 $subcmd <start|stop|restart> <service>"
 556             echo "Available services:"
 557             exec docker execa $ARVBOX_CONTAINER ls /etc/service
 558         fi
 559         ;;
 560
 561     clone)
 562         if test -n "$2" ; then
 563             mkdir -p "$ARVBOX_BASE/$2"
 564             cp -a "$ARVBOX_BASE/$1/passenger" \
 565                "$ARVBOX_BASE/$1/gems" \
 566                "$ARVBOX_BASE/$1/pip" \
 567                "$ARVBOX_BASE/$1/npm" \
 568                "$ARVBOX_BASE/$1/gopath" \
 569                "$ARVBOX_BASE/$1/Rlibs" \
 570                "$ARVBOX_BASE/$1/arvados" \
 571                "$ARVBOX_BASE/$1/composer" \
 572                "$ARVBOX_BASE/$1/workbench2" \
 573                "$ARVBOX_BASE/$2"
 574             echo "Created new arvbox $2"
 575             echo "export ARVBOX_CONTAINER=$2"
 576         else
 577             echo "clone <from> <to>   clone an arvbox"
 578             echo "available arvboxes: $(ls $ARVBOX_BASE)"
 579         fi
 580         ;;
 581
 582     root-cert)
 583         CERT=$PWD/${ARVBOX_CONTAINER}-root-cert.crt
 584         if test -n "$1" ; then
 585             CERT="$1"
 586         fi
 587         docker exec $ARVBOX_CONTAINER cat $ARVADOS_CONTAINER_PATH/root-cert.pem > "$CERT"
 588         echo "Certificate copied to $CERT"
 589         ;;
 590
 591     psql)
 592         exec docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER bash -c 'PGPASSWORD=$(cat $ARVADOS_CONTAINER_PATH/api_database_pw) exec psql --dbname=arvados_development --host=localhost --username=arvados'
 593         ;;
 594
 595     checkpoint)
 596         exec docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER bash -c 'PGPASSWORD=$(cat $ARVADOS_CONTAINER_PATH/api_database_pw) exec pg_dump --host=localhost --username=arvados --clean arvados_development > $ARVADOS_CONTAINER_PATH/checkpoint.sql'
 597         ;;
 598
 599     restore)
 600         exec docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER bash -c 'PGPASSWORD=$(cat $ARVADOS_CONTAINER_PATH/api_database_pw) exec psql --dbname=arvados_development --host=localhost --username=arvados --quiet --file=$ARVADOS_CONTAINER_PATH/checkpoint.sql'
 601         ;;
 602
 603     hotreset)
 604         exec docker exec -i $ARVBOX_CONTAINER /usr/bin/env GEM_HOME=$GEM_HOME /bin/bash - <<EOF
 605 sv stop api
 606 sv stop controller
 607 sv stop websockets
 608 sv stop keepstore0
 609 sv stop keepstore1
 610 sv stop keepproxy
 611 cd /usr/src/arvados/services/api
 612 export DISABLE_DATABASE_ENVIRONMENT_CHECK=1
 613 export RAILS_ENV=development
 614 bundle exec rake db:drop
 615 rm $ARVADOS_CONTAINER_PATH/api_database_setup
 616 rm $ARVADOS_CONTAINER_PATH/superuser_token
 617 rm $ARVADOS_CONTAINER_PATH/keep0-uuid
 618 rm $ARVADOS_CONTAINER_PATH/keep1-uuid
 619 rm $ARVADOS_CONTAINER_PATH/keepproxy-uuid
 620 sv start api
 621 sv start controller
 622 sv start websockets
 623 sv restart keepstore0
 624 sv restart keepstore1
 625 sv restart keepproxy
 626 EOF
 627         ;;
 628
 629     adduser)
 630         docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER /usr/local/lib/arvbox/edit_users.py $ARVADOS_CONTAINER_PATH/cluster_config.yml.override $(getclusterid) add $@
 631         docker exec $ARVBOX_CONTAINER sv restart controller
 632         ;;
 633
 634     removeuser)
 635         docker exec -ti $ARVBOX_CONTAINER /usr/local/lib/arvbox/edit_users.py $ARVADOS_CONTAINER_PATH/cluster_config.yml.override $(getclusterid) remove $@
 636         docker exec $ARVBOX_CONTAINER sv restart controller
 637         ;;
 638
 639     listusers)
 640         listusers
 641         ;;
 642
 643     *)
 644         echo "Arvados-in-a-box             https://doc.arvados.org/install/arvbox.html"
 645         echo
 646         echo "start|run <config> [tag]   start $ARVBOX_CONTAINER container"
 647         echo "stop               stop arvbox container"
 648         echo "restart <config>   stop, then run again"
 649         echo "status             print some information about current arvbox"
 650         echo "ip                 print arvbox docker container ip address"
 651         echo "host               print arvbox published host"
 652         echo "shell              enter shell as root"
 653         echo "ashell             enter shell as 'arvbox'"
 654         echo "psql               enter postgres console"
 655         echo "open               open arvbox workbench in a web browser"
 656         echo "root-cert          get copy of root certificate"
 657         echo "update  <config>   stop, pull latest image, run"
 658         echo "build   <config>   build arvbox Docker image"
 659         echo "reboot  <config>   stop, build arvbox Docker image, run"
 660         echo "rebuild <config>   build arvbox Docker image, no layer cache"
 661         echo "checkpoint         create database backup"
 662         echo "restore            restore checkpoint"
 663         echo "hotreset           reset database and restart API without restarting container"
 664         echo "reset              delete arvbox arvados data (be careful!)"
 665         echo "destroy            delete all arvbox code and data (be careful!)"
 666         echo "log <service>      tail log of specified service"
 667         echo "ls <options>       list directories inside arvbox"
 668         echo "cat <files>        get contents of files inside arvbox"
 669         echo "pipe               run a bash script piped in from stdin"
 670         echo "sv <start|stop|restart> <service> "
 671         echo "                   change state of service inside arvbox"
 672         echo "clone <from> <to>  clone dev arvbox"
 673         echo "adduser <username> <email>"
 674         echo "                   add a user login"
 675         echo "removeuser <username>"
 676         echo "                   remove user login"
 677         echo "listusers          list user logins"
 678         ;;
 679 esac