doc/install/install-crunch-dispatch.textile

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   2 layout: default
   3 navsection: installguide
   4 title: Install the Crunch dispatcher
   5 navorder: 3
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   8 h1. Crunch setup
   9
  10 h4. Perl SDK dependencies
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  12 * @apt-get install libjson-perl libwww-perl libio-socket-ssl-perl libipc-system-simple-perl@
  13
  14 h4. Python SDK dependencies
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  16 On controller and all compute nodes:
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  18 * @apt-get install python-pip@
  19 * @pip install --upgrade google-api-python-client@
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  21 h4. Likely crunch job dependencies
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  23 On compute nodes:
  24
  25 * @pip install --upgrade pyvcf@
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  27 h4. Repositories
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  29 Crunch scripts must be in git repositories in @/var/cache/git/*/.git@ (or whatever is configured in @services/api/config/environments/production.rb@).
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  31 h4. Importing commits
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  33 @services/api/script/import_commits.rb production@ must run periodically. Example @/var/service/arvados_import_commits/run@ script for daemontools or runit:
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  35 <pre>
  36 #!/bin/sh
  37 set -e
  38 while sleep 60
  39 do
  40   cd /path/to/arvados/services/api
  41   setuidgid www-data env RAILS_ENV=production /usr/local/rvm/bin/rvm 2.0.0 do bundle exec ./script/import_commits.rb 2>&1
  42 done
  43 </pre>
  44
  45 Once you have imported some commits, you should be able to create a new job:
  46
  47 <pre>
  48 read -rd "\000" newjob <<EOF; arv job create --job "$newjob"
  49 {"script_parameters":{"input":"f815ec01d5d2f11cb12874ab2ed50daa"},
  50  "script_version":"master",
  51  "script":"hash"}
  52 EOF
  53 </pre>
  54
  55 Without getting this error:
  56
  57 <pre>
  58 ArgumentError: Specified script_version does not resolve to a commit
  59 </pre>
  60
  61 h4. Running jobs
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  63 * @services/api/script/crunch-dispatch.rb@ must be running.
  64 * @crunch-dispatch.rb@ needs @services/crunch/crunch-job@ in its @PATH@.
  65 * @crunch-job@ needs @sdk/perl/lib@ and @warehouse-apps/libwarehouse-perl/lib@ in its @PERLLIB@
  66 * @crunch-job@ needs @ARVADOS_API_HOST@ (and, if necessary in a development environment, @ARVADOS_API_HOST_INSECURE@)
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  68 Example @/var/service/arvados_crunch_dispatch/run@ script:
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  70 <pre>
  71 #!/bin/sh
  72 set -e
  73 export PATH="$PATH":/path/to/arvados/services/crunch
  74 export PERLLIB=/path/to/arvados/sdk/perl/lib:/path/to/warehouse-apps/libwarehouse-perl/lib
  75 export ARVADOS_API_HOST=xyzzy.arvadosapi.com
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  77 ## Only if your SSL cert is unverifiable:
  78 # export ARVADOS_API_HOST_INSECURE=yes
  79
  80 cd /path/to/arvados/services/api
  81 RAILS_ENV=production /usr/local/rvm/bin/rvm 2.0.0 do bundle exec ./script/crunch-dispatch.rb 2>&1
  82 </pre>