services/fuse/arvados_fuse/__init__.py

   1 #
   2 # FUSE driver for Arvados Keep
   3 #
   4
   5 import os
   6 import sys
   7 import llfuse
   8 import errno
   9 import stat
  10 import threading
  11 import arvados
  12 import pprint
  13 import arvados.events
  14 import re
  15 import apiclient
  16 import json
  17 import logging
  18 import time
  19 import _strptime
  20 import calendar
  21 import threading
  22 import itertools
  23
  24 from arvados.util import portable_data_hash_pattern, uuid_pattern, collection_uuid_pattern, group_uuid_pattern, user_uuid_pattern, link_uuid_pattern
  25
  26 _logger = logging.getLogger('arvados.arvados_fuse')
  27
  28 # Match any character which FUSE or Linux cannot accommodate as part
  29 # of a filename. (If present in a collection filename, they will
  30 # appear as underscores in the fuse mount.)
  31 _disallowed_filename_characters = re.compile('[\x00/]')
  32
  33 class SafeApi(object):
  34     """Threadsafe wrapper for API object.
  35
  36     This stores and returns a different api object per thread, because
  37     httplib2 which underlies apiclient is not threadsafe.
  38     """
  39
  40     def __init__(self, config):
  41         self.host = config.get('ARVADOS_API_HOST')
  42         self.api_token = config.get('ARVADOS_API_TOKEN')
  43         self.insecure = config.flag_is_true('ARVADOS_API_HOST_INSECURE')
  44         self.local = threading.local()
  45         self.block_cache = arvados.KeepBlockCache()
  46
  47     def localapi(self):
  48         if 'api' not in self.local.__dict__:
  49             self.local.api = arvados.api(
  50                 version='v1',
  51                 host=self.host, token=self.api_token, insecure=self.insecure)
  52         return self.local.api
  53
  54     def localkeep(self):
  55         if 'keep' not in self.local.__dict__:
  56             self.local.keep = arvados.KeepClient(api_client=self.localapi(), block_cache=self.block_cache)
  57         return self.local.keep
  58
  59     def __getattr__(self, name):
  60         # Proxy nonexistent attributes to the local API client.
  61         try:
  62             return getattr(self.localapi(), name)
  63         except AttributeError:
  64             return super(SafeApi, self).__getattr__(name)
  65
  66
  67 def convertTime(t):
  68     '''Parse Arvados timestamp to unix time.'''
  69     try:
  70         return calendar.timegm(time.strptime(t, "%Y-%m-%dT%H:%M:%SZ"))
  71     except (TypeError, ValueError):
  72         return 0
  73
  74 def sanitize_filename(dirty):
  75     '''Replace disallowed filename characters with harmless "_".'''
  76     if dirty is None:
  77         return None
  78     elif dirty == '':
  79         return '_'
  80     elif dirty == '.':
  81         return '_'
  82     elif dirty == '..':
  83         return '__'
  84     else:
  85         return _disallowed_filename_characters.sub('_', dirty)
  86
  87
  88 class FreshBase(object):
  89     '''Base class for maintaining fresh/stale state to determine when to update.'''
  90     def __init__(self):
  91         self._stale = True
  92         self._poll = False
  93         self._last_update = time.time()
  94         self._atime = time.time()
  95         self._poll_time = 60
  96
  97     # Mark the value as stale
  98     def invalidate(self):
  99         self._stale = True
 100
 101     # Test if the entries dict is stale.
 102     def stale(self):
 103         if self._stale:
 104             return True
 105         if self._poll:
 106             return (self._last_update + self._poll_time) < self._atime
 107         return False
 108
 109     def fresh(self):
 110         self._stale = False
 111         self._last_update = time.time()
 112
 113     def atime(self):
 114         return self._atime
 115
 116 class File(FreshBase):
 117     '''Base for file objects.'''
 118
 119     def __init__(self, parent_inode, _mtime=0):
 120         super(File, self).__init__()
 121         self.inode = None
 122         self.parent_inode = parent_inode
 123         self._mtime = _mtime
 124
 125     def size(self):
 126         return 0
 127
 128     def readfrom(self, off, size):
 129         return ''
 130
 131     def mtime(self):
 132         return self._mtime
 133
 134
 135 class StreamReaderFile(File):
 136     '''Wraps a StreamFileReader as a file.'''
 137
 138     def __init__(self, parent_inode, reader, _mtime):
 139         super(StreamReaderFile, self).__init__(parent_inode, _mtime)
 140         self.reader = reader
 141
 142     def size(self):
 143         return self.reader.size()
 144
 145     def readfrom(self, off, size):
 146         return self.reader.readfrom(off, size)
 147
 148     def stale(self):
 149         return False
 150
 151
 152 class StringFile(File):
 153     '''Wrap a simple string as a file'''
 154     def __init__(self, parent_inode, contents, _mtime):
 155         super(StringFile, self).__init__(parent_inode, _mtime)
 156         self.contents = contents
 157
 158     def size(self):
 159         return len(self.contents)
 160
 161     def readfrom(self, off, size):
 162         return self.contents[off:(off+size)]
 163
 164
 165 class ObjectFile(StringFile):
 166     '''Wrap a dict as a serialized json object.'''
 167
 168     def __init__(self, parent_inode, obj):
 169         super(ObjectFile, self).__init__(parent_inode, "", 0)
 170         self.uuid = obj['uuid']
 171         self.update(obj)
 172
 173     def update(self, obj):
 174         self._mtime = convertTime(obj['modified_at']) if 'modified_at' in obj else 0
 175         self.contents = json.dumps(obj, indent=4, sort_keys=True) + "\n"
 176
 177
 178 class Directory(FreshBase):
 179     '''Generic directory object, backed by a dict.
 180     Consists of a set of entries with the key representing the filename
 181     and the value referencing a File or Directory object.
 182     '''
 183
 184     def __init__(self, parent_inode):
 185         super(Directory, self).__init__()
 186
 187         '''parent_inode is the integer inode number'''
 188         self.inode = None
 189         if not isinstance(parent_inode, int):
 190             raise Exception("parent_inode should be an int")
 191         self.parent_inode = parent_inode
 192         self._entries = {}
 193         self._mtime = time.time()
 194
 195     #  Overriden by subclasses to implement logic to update the entries dict
 196     #  when the directory is stale
 197     def update(self):
 198         pass
 199
 200     # Only used when computing the size of the disk footprint of the directory
 201     # (stub)
 202     def size(self):
 203         return 0
 204
 205     def checkupdate(self):
 206         if self.stale():
 207             try:
 208                 self.update()
 209             except apiclient.errors.HttpError as e:
 210                 _logger.debug(e)
 211
 212     def __getitem__(self, item):
 213         self.checkupdate()
 214         return self._entries[item]
 215
 216     def items(self):
 217         self.checkupdate()
 218         return self._entries.items()
 219
 220     def __iter__(self):
 221         self.checkupdate()
 222         return self._entries.iterkeys()
 223
 224     def __contains__(self, k):
 225         self.checkupdate()
 226         return k in self._entries
 227
 228     def merge(self, items, fn, same, new_entry):
 229         '''Helper method for updating the contents of the directory.  Takes a list
 230         describing the new contents of the directory, reuse entries that are
 231         the same in both the old and new lists, create new entries, and delete
 232         old entries missing from the new list.
 233
 234         items: iterable with new directory contents
 235
 236         fn: function to take an entry in 'items' and return the desired file or
 237         directory name, or None if this entry should be skipped
 238
 239         same: function to compare an existing entry (a File or Directory
 240         object) with an entry in the items list to determine whether to keep
 241         the existing entry.
 242
 243         new_entry: function to create a new directory entry (File or Directory
 244         object) from an entry in the items list.
 245
 246         '''
 247
 248         oldentries = self._entries
 249         self._entries = {}
 250         changed = False
 251         for i in items:
 252             name = sanitize_filename(fn(i))
 253             if name:
 254                 if name in oldentries and same(oldentries[name], i):
 255                     # move existing directory entry over
 256                     self._entries[name] = oldentries[name]
 257                     del oldentries[name]
 258                 else:
 259                     # create new directory entry
 260                     ent = new_entry(i)
 261                     if ent is not None:
 262                         self._entries[name] = self.inodes.add_entry(ent)
 263                         changed = True
 264
 265         # delete any other directory entries that were not in found in 'items'
 266         for i in oldentries:
 267             llfuse.invalidate_entry(self.inode, str(i))
 268             self.inodes.del_entry(oldentries[i])
 269             changed = True
 270
 271         if changed:
 272             self._mtime = time.time()
 273
 274         self.fresh()
 275
 276     def clear(self):
 277         '''Delete all entries'''
 278         oldentries = self._entries
 279         self._entries = {}
 280         for n in oldentries:
 281             if isinstance(n, Directory):
 282                 n.clear()
 283             llfuse.invalidate_entry(self.inode, str(n))
 284             self.inodes.del_entry(oldentries[n])
 285         llfuse.invalidate_inode(self.inode)
 286         self.invalidate()
 287
 288     def mtime(self):
 289         return self._mtime
 290
 291
 292 class CollectionDirectory(Directory):
 293     '''Represents the root of a directory tree holding a collection.'''
 294
 295     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, collection):
 296         super(CollectionDirectory, self).__init__(parent_inode)
 297         self.inodes = inodes
 298         self.api = api
 299         self.num_retries = num_retries
 300         self.collection_object_file = None
 301         self.collection_object = None
 302         if isinstance(collection, dict):
 303             self.collection_locator = collection['uuid']
 304         else:
 305             self.collection_locator = collection
 306
 307     def same(self, i):
 308         return i['uuid'] == self.collection_locator or i['portable_data_hash'] == self.collection_locator
 309
 310     # Used by arv-web.py to switch the contents of the CollectionDirectory
 311     def change_collection(self, new_locator):
 312         """Switch the contents of the CollectionDirectory.  Must be called with llfuse.lock held."""
 313         self.collection_locator = new_locator
 314         self.collection_object = None
 315         self.update()
 316
 317     def new_collection(self, new_collection_object, coll_reader):
 318         self.collection_object = new_collection_object
 319
 320         if self.collection_object_file is not None:
 321             self.collection_object_file.update(self.collection_object)
 322
 323         self.clear()
 324         for s in coll_reader.all_streams():
 325             cwd = self
 326             for part in s.name().split('/'):
 327                 if part != '' and part != '.':
 328                     partname = sanitize_filename(part)
 329                     if partname not in cwd._entries:
 330                         cwd._entries[partname] = self.inodes.add_entry(Directory(cwd.inode))
 331                     cwd = cwd._entries[partname]
 332             for k, v in s.files().items():
 333                 cwd._entries[sanitize_filename(k)] = self.inodes.add_entry(StreamReaderFile(cwd.inode, v, self.mtime()))
 334
 335     def update(self):
 336         try:
 337             if self.collection_object is not None and portable_data_hash_pattern.match(self.collection_locator):
 338                 return True
 339
 340             if self.collection_locator is None:
 341                 self.fresh()
 342                 return True
 343
 344             with llfuse.lock_released:
 345                 coll_reader = arvados.CollectionReader(
 346                     self.collection_locator, self.api, self.api.localkeep(),
 347                     num_retries=self.num_retries)
 348                 new_collection_object = coll_reader.api_response() or {}
 349                 # If the Collection only exists in Keep, there will be no API
 350                 # response.  Fill in the fields we need.
 351                 if 'uuid' not in new_collection_object:
 352                     new_collection_object['uuid'] = self.collection_locator
 353                 if "portable_data_hash" not in new_collection_object:
 354                     new_collection_object["portable_data_hash"] = new_collection_object["uuid"]
 355                 if 'manifest_text' not in new_collection_object:
 356                     new_collection_object['manifest_text'] = coll_reader.manifest_text()
 357                 coll_reader.normalize()
 358             # end with llfuse.lock_released, re-acquire lock
 359
 360             if self.collection_object is None or self.collection_object["portable_data_hash"] != new_collection_object["portable_data_hash"]:
 361                 self.new_collection(new_collection_object, coll_reader)
 362
 363             self.fresh()
 364             return True
 365         except arvados.errors.NotFoundError:
 366             _logger.exception("arv-mount %s: error", self.collection_locator)
 367         except arvados.errors.ArgumentError as detail:
 368             _logger.warning("arv-mount %s: error %s", self.collection_locator, detail)
 369             if self.collection_object is not None and "manifest_text" in self.collection_object:
 370                 _logger.warning("arv-mount manifest_text is: %s", self.collection_object["manifest_text"])
 371         except Exception:
 372             _logger.exception("arv-mount %s: error", self.collection_locator)
 373             if self.collection_object is not None and "manifest_text" in self.collection_object:
 374                 _logger.error("arv-mount manifest_text is: %s", self.collection_object["manifest_text"])
 375         return False
 376
 377     def __getitem__(self, item):
 378         self.checkupdate()
 379         if item == '.arvados#collection':
 380             if self.collection_object_file is None:
 381                 self.collection_object_file = ObjectFile(self.inode, self.collection_object)
 382                 self.inodes.add_entry(self.collection_object_file)
 383             return self.collection_object_file
 384         else:
 385             return super(CollectionDirectory, self).__getitem__(item)
 386
 387     def __contains__(self, k):
 388         if k == '.arvados#collection':
 389             return True
 390         else:
 391             return super(CollectionDirectory, self).__contains__(k)
 392
 393     def mtime(self):
 394         self.checkupdate()
 395         return convertTime(self.collection_object["modified_at"]) if self.collection_object is not None and 'modified_at' in self.collection_object else 0
 396
 397
 398 class MagicDirectory(Directory):
 399     '''A special directory that logically contains the set of all extant keep
 400     locators.  When a file is referenced by lookup(), it is tested to see if it
 401     is a valid keep locator to a manifest, and if so, loads the manifest
 402     contents as a subdirectory of this directory with the locator as the
 403     directory name.  Since querying a list of all extant keep locators is
 404     impractical, only collections that have already been accessed are visible
 405     to readdir().
 406     '''
 407
 408     README_TEXT = '''
 409 This directory provides access to Arvados collections as subdirectories listed
 410 by uuid (in the form 'zzzzz-4zz18-1234567890abcde') or portable data hash (in
 411 the form '1234567890abcdefghijklmnopqrstuv+123').
 412
 413 Note that this directory will appear empty until you attempt to access a
 414 specific collection subdirectory (such as trying to 'cd' into it), at which
 415 point the collection will actually be looked up on the server and the directory
 416 will appear if it exists.
 417 '''.lstrip()
 418
 419     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries):
 420         super(MagicDirectory, self).__init__(parent_inode)
 421         self.inodes = inodes
 422         self.api = api
 423         self.num_retries = num_retries
 424
 425     def __setattr__(self, name, value):
 426         super(MagicDirectory, self).__setattr__(name, value)
 427         # When we're assigned an inode, add a README.
 428         if ((name == 'inode') and (self.inode is not None) and
 429               (not self._entries)):
 430             self._entries['README'] = self.inodes.add_entry(
 431                 StringFile(self.inode, self.README_TEXT, time.time()))
 432             # If we're the root directory, add an identical by_id subdirectory.
 433             if self.inode == llfuse.ROOT_INODE:
 434                 self._entries['by_id'] = self.inodes.add_entry(MagicDirectory(
 435                         self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries))
 436
 437     def __contains__(self, k):
 438         if k in self._entries:
 439             return True
 440
 441         if not portable_data_hash_pattern.match(k) and not uuid_pattern.match(k):
 442             return False
 443
 444         try:
 445             e = self.inodes.add_entry(CollectionDirectory(
 446                     self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, k))
 447             if e.update():
 448                 self._entries[k] = e
 449                 return True
 450             else:
 451                 return False
 452         except Exception as e:
 453             _logger.debug('arv-mount exception keep %s', e)
 454             return False
 455
 456     def __getitem__(self, item):
 457         if item in self:
 458             return self._entries[item]
 459         else:
 460             raise KeyError("No collection with id " + item)
 461
 462
 463 class RecursiveInvalidateDirectory(Directory):
 464     def invalidate(self):
 465         if self.inode == llfuse.ROOT_INODE:
 466             llfuse.lock.acquire()
 467         try:
 468             super(RecursiveInvalidateDirectory, self).invalidate()
 469             for a in self._entries:
 470                 self._entries[a].invalidate()
 471         except Exception:
 472             _logger.exception()
 473         finally:
 474             if self.inode == llfuse.ROOT_INODE:
 475                 llfuse.lock.release()
 476
 477
 478 class TagsDirectory(RecursiveInvalidateDirectory):
 479     '''A special directory that contains as subdirectories all tags visible to the user.'''
 480
 481     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, poll_time=60):
 482         super(TagsDirectory, self).__init__(parent_inode)
 483         self.inodes = inodes
 484         self.api = api
 485         self.num_retries = num_retries
 486         self._poll = True
 487         self._poll_time = poll_time
 488
 489     def update(self):
 490         with llfuse.lock_released:
 491             tags = self.api.links().list(
 492                 filters=[['link_class', '=', 'tag']],
 493                 select=['name'], distinct=True
 494                 ).execute(num_retries=self.num_retries)
 495         if "items" in tags:
 496             self.merge(tags['items'],
 497                        lambda i: i['name'],
 498                        lambda a, i: a.tag == i['name'],
 499                        lambda i: TagDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i['name'], poll=self._poll, poll_time=self._poll_time))
 500
 501
 502 class TagDirectory(Directory):
 503     '''A special directory that contains as subdirectories all collections visible
 504     to the user that are tagged with a particular tag.
 505     '''
 506
 507     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, tag,
 508                  poll=False, poll_time=60):
 509         super(TagDirectory, self).__init__(parent_inode)
 510         self.inodes = inodes
 511         self.api = api
 512         self.num_retries = num_retries
 513         self.tag = tag
 514         self._poll = poll
 515         self._poll_time = poll_time
 516
 517     def update(self):
 518         with llfuse.lock_released:
 519             taggedcollections = self.api.links().list(
 520                 filters=[['link_class', '=', 'tag'],
 521                          ['name', '=', self.tag],
 522                          ['head_uuid', 'is_a', 'arvados#collection']],
 523                 select=['head_uuid']
 524                 ).execute(num_retries=self.num_retries)
 525         self.merge(taggedcollections['items'],
 526                    lambda i: i['head_uuid'],
 527                    lambda a, i: a.collection_locator == i['head_uuid'],
 528                    lambda i: CollectionDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i['head_uuid']))
 529
 530
 531 class ProjectDirectory(Directory):
 532     '''A special directory that contains the contents of a project.'''
 533
 534     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, project_object,
 535                  poll=False, poll_time=60):
 536         super(ProjectDirectory, self).__init__(parent_inode)
 537         self.inodes = inodes
 538         self.api = api
 539         self.num_retries = num_retries
 540         self.project_object = project_object
 541         self.project_object_file = None
 542         self.uuid = project_object['uuid']
 543         self._poll = poll
 544         self._poll_time = poll_time
 545
 546     def createDirectory(self, i):
 547         if collection_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 548             return CollectionDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i)
 549         elif group_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 550             return ProjectDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i, self._poll, self._poll_time)
 551         elif link_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 552             if i['head_kind'] == 'arvados#collection' or portable_data_hash_pattern.match(i['head_uuid']):
 553                 return CollectionDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i['head_uuid'])
 554             else:
 555                 return None
 556         elif uuid_pattern.match(i['uuid']):
 557             return ObjectFile(self.parent_inode, i)
 558         else:
 559             return None
 560
 561     def update(self):
 562         if self.project_object_file == None:
 563             self.project_object_file = ObjectFile(self.inode, self.project_object)
 564             self.inodes.add_entry(self.project_object_file)
 565
 566         def namefn(i):
 567             if 'name' in i:
 568                 if i['name'] is None or len(i['name']) == 0:
 569                     return None
 570                 elif collection_uuid_pattern.match(i['uuid']) or group_uuid_pattern.match(i['uuid']):
 571                     # collection or subproject
 572                     return i['name']
 573                 elif link_uuid_pattern.match(i['uuid']) and i['head_kind'] == 'arvados#collection':
 574                     # name link
 575                     return i['name']
 576                 elif 'kind' in i and i['kind'].startswith('arvados#'):
 577                     # something else
 578                     return "{}.{}".format(i['name'], i['kind'][8:])
 579             else:
 580                 return None
 581
 582         def samefn(a, i):
 583             if isinstance(a, CollectionDirectory):
 584                 return a.collection_locator == i['uuid']
 585             elif isinstance(a, ProjectDirectory):
 586                 return a.uuid == i['uuid']
 587             elif isinstance(a, ObjectFile):
 588                 return a.uuid == i['uuid'] and not a.stale()
 589             return False
 590
 591         with llfuse.lock_released:
 592             if group_uuid_pattern.match(self.uuid):
 593                 self.project_object = self.api.groups().get(
 594                     uuid=self.uuid).execute(num_retries=self.num_retries)
 595             elif user_uuid_pattern.match(self.uuid):
 596                 self.project_object = self.api.users().get(
 597                     uuid=self.uuid).execute(num_retries=self.num_retries)
 598
 599             contents = arvados.util.list_all(self.api.groups().contents,
 600                                              self.num_retries, uuid=self.uuid)
 601             # Name links will be obsolete soon, take this out when there are no more pre-#3036 in use.
 602             contents += arvados.util.list_all(
 603                 self.api.links().list, self.num_retries,
 604                 filters=[['tail_uuid', '=', self.uuid],
 605                          ['link_class', '=', 'name']])
 606
 607         # end with llfuse.lock_released, re-acquire lock
 608
 609         self.merge(contents,
 610                    namefn,
 611                    samefn,
 612                    self.createDirectory)
 613
 614     def __getitem__(self, item):
 615         self.checkupdate()
 616         if item == '.arvados#project':
 617             return self.project_object_file
 618         else:
 619             return super(ProjectDirectory, self).__getitem__(item)
 620
 621     def __contains__(self, k):
 622         if k == '.arvados#project':
 623             return True
 624         else:
 625             return super(ProjectDirectory, self).__contains__(k)
 626
 627
 628 class SharedDirectory(Directory):
 629     '''A special directory that represents users or groups who have shared projects with me.'''
 630
 631     def __init__(self, parent_inode, inodes, api, num_retries, exclude,
 632                  poll=False, poll_time=60):
 633         super(SharedDirectory, self).__init__(parent_inode)
 634         self.inodes = inodes
 635         self.api = api
 636         self.num_retries = num_retries
 637         self.current_user = api.users().current().execute(num_retries=num_retries)
 638         self._poll = True
 639         self._poll_time = poll_time
 640
 641     def update(self):
 642         with llfuse.lock_released:
 643             all_projects = arvados.util.list_all(
 644                 self.api.groups().list, self.num_retries,
 645                 filters=[['group_class','=','project']])
 646             objects = {}
 647             for ob in all_projects:
 648                 objects[ob['uuid']] = ob
 649
 650             roots = []
 651             root_owners = {}
 652             for ob in all_projects:
 653                 if ob['owner_uuid'] != self.current_user['uuid'] and ob['owner_uuid'] not in objects:
 654                     roots.append(ob)
 655                     root_owners[ob['owner_uuid']] = True
 656
 657             lusers = arvados.util.list_all(
 658                 self.api.users().list, self.num_retries,
 659                 filters=[['uuid','in', list(root_owners)]])
 660             lgroups = arvados.util.list_all(
 661                 self.api.groups().list, self.num_retries,
 662                 filters=[['uuid','in', list(root_owners)]])
 663
 664             users = {}
 665             groups = {}
 666
 667             for l in lusers:
 668                 objects[l["uuid"]] = l
 669             for l in lgroups:
 670                 objects[l["uuid"]] = l
 671
 672             contents = {}
 673             for r in root_owners:
 674                 if r in objects:
 675                     obr = objects[r]
 676                     if "name" in obr:
 677                         contents[obr["name"]] = obr
 678                     if "first_name" in obr:
 679                         contents[u"{} {}".format(obr["first_name"], obr["last_name"])] = obr
 680
 681             for r in roots:
 682                 if r['owner_uuid'] not in objects:
 683                     contents[r['name']] = r
 684
 685         # end with llfuse.lock_released, re-acquire lock
 686
 687         try:
 688             self.merge(contents.items(),
 689                        lambda i: i[0],
 690                        lambda a, i: a.uuid == i[1]['uuid'],
 691                        lambda i: ProjectDirectory(self.inode, self.inodes, self.api, self.num_retries, i[1], poll=self._poll, poll_time=self._poll_time))
 692         except Exception:
 693             _logger.exception()
 694
 695
 696 class FileHandle(object):
 697     '''Connects a numeric file handle to a File or Directory object that has
 698     been opened by the client.'''
 699
 700     def __init__(self, fh, entry):
 701         self.fh = fh
 702         self.entry = entry
 703
 704
 705 class Inodes(object):
 706     '''Manage the set of inodes.  This is the mapping from a numeric id
 707     to a concrete File or Directory object'''
 708
 709     def __init__(self):
 710         self._entries = {}
 711         self._counter = itertools.count(llfuse.ROOT_INODE)
 712
 713     def __getitem__(self, item):
 714         return self._entries[item]
 715
 716     def __setitem__(self, key, item):
 717         self._entries[key] = item
 718
 719     def __iter__(self):
 720         return self._entries.iterkeys()
 721
 722     def items(self):
 723         return self._entries.items()
 724
 725     def __contains__(self, k):
 726         return k in self._entries
 727
 728     def add_entry(self, entry):
 729         entry.inode = next(self._counter)
 730         self._entries[entry.inode] = entry
 731         return entry
 732
 733     def del_entry(self, entry):
 734         llfuse.invalidate_inode(entry.inode)
 735         del self._entries[entry.inode]
 736
 737 class Operations(llfuse.Operations):
 738     '''This is the main interface with llfuse.  The methods on this object are
 739     called by llfuse threads to service FUSE events to query and read from
 740     the file system.
 741
 742     llfuse has its own global lock which is acquired before calling a request handler,
 743     so request handlers do not run concurrently unless the lock is explicitly released
 744     using "with llfuse.lock_released:"'''
 745
 746     def __init__(self, uid, gid, encoding="utf-8"):
 747         super(Operations, self).__init__()
 748
 749         self.inodes = Inodes()
 750         self.uid = uid
 751         self.gid = gid
 752         self.encoding = encoding
 753
 754         # dict of inode to filehandle
 755         self._filehandles = {}
 756         self._filehandles_counter = 1
 757
 758         # Other threads that need to wait until the fuse driver
 759         # is fully initialized should wait() on this event object.
 760         self.initlock = threading.Event()
 761
 762     def init(self):
 763         # Allow threads that are waiting for the driver to be finished
 764         # initializing to continue
 765         self.initlock.set()
 766
 767     def access(self, inode, mode, ctx):
 768         return True
 769
 770     def getattr(self, inode):
 771         if inode not in self.inodes:
 772             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 773
 774         e = self.inodes[inode]
 775
 776         entry = llfuse.EntryAttributes()
 777         entry.st_ino = inode
 778         entry.generation = 0
 779         entry.entry_timeout = 300
 780         entry.attr_timeout = 300
 781
 782         entry.st_mode = stat.S_IRUSR | stat.S_IRGRP | stat.S_IROTH
 783         if isinstance(e, Directory):
 784             entry.st_mode |= stat.S_IXUSR | stat.S_IXGRP | stat.S_IXOTH | stat.S_IFDIR
 785         elif isinstance(e, StreamReaderFile):
 786             entry.st_mode |= stat.S_IXUSR | stat.S_IXGRP | stat.S_IXOTH | stat.S_IFREG
 787         else:
 788             entry.st_mode |= stat.S_IFREG
 789
 790         entry.st_nlink = 1
 791         entry.st_uid = self.uid
 792         entry.st_gid = self.gid
 793         entry.st_rdev = 0
 794
 795         entry.st_size = e.size()
 796
 797         entry.st_blksize = 512
 798         entry.st_blocks = (e.size()/512)+1
 799         entry.st_atime = int(e.atime())
 800         entry.st_mtime = int(e.mtime())
 801         entry.st_ctime = int(e.mtime())
 802
 803         return entry
 804
 805     def lookup(self, parent_inode, name):
 806         name = unicode(name, self.encoding)
 807         _logger.debug("arv-mount lookup: parent_inode %i name %s",
 808                       parent_inode, name)
 809         inode = None
 810
 811         if name == '.':
 812             inode = parent_inode
 813         else:
 814             if parent_inode in self.inodes:
 815                 p = self.inodes[parent_inode]
 816                 if name == '..':
 817                     inode = p.parent_inode
 818                 elif isinstance(p, Directory) and name in p:
 819                     inode = p[name].inode
 820
 821         if inode != None:
 822             return self.getattr(inode)
 823         else:
 824             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 825
 826     def open(self, inode, flags):
 827         if inode in self.inodes:
 828             p = self.inodes[inode]
 829         else:
 830             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 831
 832         if (flags & os.O_WRONLY) or (flags & os.O_RDWR):
 833             raise llfuse.FUSEError(errno.EROFS)
 834
 835         if isinstance(p, Directory):
 836             raise llfuse.FUSEError(errno.EISDIR)
 837
 838         fh = self._filehandles_counter
 839         self._filehandles_counter += 1
 840         self._filehandles[fh] = FileHandle(fh, p)
 841         return fh
 842
 843     def read(self, fh, off, size):
 844         _logger.debug("arv-mount read %i %i %i", fh, off, size)
 845         if fh in self._filehandles:
 846             handle = self._filehandles[fh]
 847         else:
 848             raise llfuse.FUSEError(errno.EBADF)
 849
 850         # update atime
 851         handle.entry._atime = time.time()
 852
 853         try:
 854             with llfuse.lock_released:
 855                 return handle.entry.readfrom(off, size)
 856         except arvados.errors.NotFoundError as e:
 857             _logger.warning("Block not found: " + str(e))
 858             raise llfuse.FUSEError(errno.EIO)
 859         except Exception:
 860             _logger.exception()
 861             raise llfuse.FUSEError(errno.EIO)
 862
 863     def release(self, fh):
 864         if fh in self._filehandles:
 865             del self._filehandles[fh]
 866
 867     def opendir(self, inode):
 868         _logger.debug("arv-mount opendir: inode %i", inode)
 869
 870         if inode in self.inodes:
 871             p = self.inodes[inode]
 872         else:
 873             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOENT)
 874
 875         if not isinstance(p, Directory):
 876             raise llfuse.FUSEError(errno.ENOTDIR)
 877
 878         fh = self._filehandles_counter
 879         self._filehandles_counter += 1
 880         if p.parent_inode in self.inodes:
 881             parent = self.inodes[p.parent_inode]
 882         else:
 883             raise llfuse.FUSEError(errno.EIO)
 884
 885         # update atime
 886         p._atime = time.time()
 887
 888         self._filehandles[fh] = FileHandle(fh, [('.', p), ('..', parent)] + list(p.items()))
 889         return fh
 890
 891     def readdir(self, fh, off):
 892         _logger.debug("arv-mount readdir: fh %i off %i", fh, off)
 893
 894         if fh in self._filehandles:
 895             handle = self._filehandles[fh]
 896         else:
 897             raise llfuse.FUSEError(errno.EBADF)
 898
 899         _logger.debug("arv-mount handle.entry %s", handle.entry)
 900
 901         e = off
 902         while e < len(handle.entry):
 903             if handle.entry[e][1].inode in self.inodes:
 904                 try:
 905                     yield (handle.entry[e][0].encode(self.encoding), self.getattr(handle.entry[e][1].inode), e+1)
 906                 except UnicodeEncodeError:
 907                     pass
 908             e += 1
 909
 910     def releasedir(self, fh):
 911         del self._filehandles[fh]
 912
 913     def statfs(self):
 914         st = llfuse.StatvfsData()
 915         st.f_bsize = 64 * 1024
 916         st.f_blocks = 0
 917         st.f_files = 0
 918
 919         st.f_bfree = 0
 920         st.f_bavail = 0
 921
 922         st.f_ffree = 0
 923         st.f_favail = 0
 924
 925         st.f_frsize = 0
 926         return st
 927
 928     # The llfuse documentation recommends only overloading functions that
 929     # are actually implemented, as the default implementation will raise ENOSYS.
 930     # However, there is a bug in the llfuse default implementation of create()
 931     # "create() takes exactly 5 positional arguments (6 given)" which will crash
 932     # arv-mount.
 933     # The workaround is to implement it with the proper number of parameters,
 934     # and then everything works out.
 935     def create(self, p1, p2, p3, p4, p5):
 936         raise llfuse.FUSEError(errno.EROFS)