crunch_scripts/rtg-snp

   1 #!/usr/bin/env python
   2 # Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   3 #
   4 # SPDX-License-Identifier: Apache-2.0
   5
   6 import arvados
   7 import os
   8 import re
   9 import sys
  10 import pyrtg
  11
  12 this_job = arvados.current_job()
  13 this_task = arvados.current_task()
  14 ref_dir = arvados.util.collection_extract(
  15     collection = this_job['script_parameters']['reference'],
  16     path = 'reference',
  17     decompress = False)
  18 input_dir = arvados.util.collection_extract(
  19     collection = this_job['script_parameters']['input'],
  20     path = 'input')
  21 bam_files = map(lambda f: os.path.join(input_dir, f),
  22                 filter(lambda f: re.search(r'^(.*/)?alignments.bam$', f),
  23                        arvados.util.listdir_recursive(input_dir)))
  24 out_dir = os.path.join(arvados.current_task().tmpdir, 'out')
  25 arvados.util.run_command(['rm', '-rf', out_dir], stderr=sys.stderr)
  26
  27 # call sequence variants
  28 pyrtg.run_rtg('snp', out_dir,
  29               ['-t', ref_dir] + bam_files)
  30
  31 # store output
  32 out = arvados.CollectionWriter()
  33 out.write_directory_tree(out_dir, max_manifest_depth=0)
  34 this_task.set_output(out.finish())