apps/workbench/app/helpers/provenance_helper.rb

   1 module ProvenanceHelper
   2
   3   class GenerateGraph
   4     def initialize(pdata, opts)
   5       @pdata = pdata
   6       @opts = opts
   7       @visited = {}
   8       @jobs = {}
   9       @node_extra = {}
  10     end
  11
  12     def self.collection_uuid(uuid)
  13       Keep::Locator.parse(uuid).andand.strip_hints.andand.to_s
  14     end
  15
  16     def url_for u
  17       p = { :host => @opts[:request].host,
  18         :port => @opts[:request].port,
  19         :protocol => @opts[:request].protocol }
  20       p.merge! u
  21       Rails.application.routes.url_helpers.url_for (p)
  22     end
  23
  24     def determine_fillcolor(n)
  25       fillcolor = %w(666666 669966 666699 666666 996666)[n || 0] || '666666'
  26       "style=\"filled\",color=\"#ffffff\",fillcolor=\"##{fillcolor}\",fontcolor=\"#ffffff\""
  27     end
  28
  29     def describe_node(uuid, describe_opts={})
  30       bgcolor = determine_fillcolor (describe_opts[:pip] || @opts[:pips].andand[uuid])
  31
  32       rsc = ArvadosBase::resource_class_for_uuid uuid
  33
  34       if GenerateGraph::collection_uuid(uuid) || rsc == Collection
  35         if Collection.is_empty_blob_locator? uuid.to_s
  36           # special case
  37           return "\"#{uuid}\" [label=\"(empty collection)\"];\n"
  38         end
  39
  40         href = url_for ({:controller => Collection.to_s.tableize,
  41                           :action => :show,
  42                           :id => uuid.to_s })
  43
  44         return "\"#{uuid}\" [label=\"#{encode_quotes(describe_opts[:label] || (@pdata[uuid] and @pdata[uuid][:name]) || uuid)}\",shape=box,href=\"#{href}\",#{bgcolor}];\n"
  45       else
  46         href = ""
  47         if describe_opts[:href]
  48           href = ",href=\"#{url_for ({:controller => describe_opts[:href][:controller],
  49                             :action => :show,
  50                             :id => describe_opts[:href][:id] })}\""
  51         end
  52         return "\"#{uuid}\" [label=\"#{encode_quotes(describe_opts[:label] || uuid)}\",#{bgcolor},shape=#{describe_opts[:shape] || 'box'}#{href}];\n"
  53       end
  54     end
  55
  56     def job_uuid(job)
  57       d = Digest::MD5.hexdigest(job[:script_parameters].to_json)
  58       if @opts[:combine_jobs] == :script_only
  59         uuid = "#{job[:script]}_#{d}"
  60       elsif @opts[:combine_jobs] == :script_and_version
  61         uuid = "#{job[:script]}_#{job[:script_version]}_#{d}"
  62       else
  63         uuid = "#{job[:uuid]}"
  64       end
  65
  66       @jobs[uuid] = [] unless @jobs[uuid]
  67       @jobs[uuid] << job unless @jobs[uuid].include? job
  68
  69       uuid
  70     end
  71
  72     def edge(tail, head, extra)
  73       if @opts[:direction] == :bottom_up
  74         gr = "\"#{encode_quotes head}\" -> \"#{encode_quotes tail}\""
  75       else
  76         gr = "\"#{encode_quotes tail}\" -> \"#{encode_quotes head}\""
  77       end
  78
  79       if extra.length > 0
  80         gr += " ["
  81         extra.each do |k, v|
  82           gr += "#{k}=\"#{encode_quotes v}\","
  83         end
  84         gr += "]"
  85       end
  86       gr += ";\n"
  87       gr
  88     end
  89
  90     def script_param_edges(uuid, sp)
  91       gr = ""
  92
  93       sp.each do |k, v|
  94         if @opts[:all_script_parameters]
  95           if v.is_a? Array or v.is_a? Hash
  96             encv = JSON.pretty_generate(v).gsub("\n", "\\l") + "\\l"
  97           else
  98             encv = v.to_json
  99           end
 100           gr += "\"#{encode_quotes encv}\" [shape=box];\n"
 101           gr += edge(encv, uuid, {:label => k})
 102         end
 103       end
 104       gr
 105     end
 106
 107     def job_edges job, edge_opts={}
 108       uuid = job_uuid(job)
 109       gr = ""
 110
 111       ProvenanceHelper::find_collections job[:script_parameters] do |collection_hash, collection_uuid, key|
 112         if collection_uuid
 113           gr += describe_node(collection_uuid)
 114           gr += edge(collection_uuid, uuid, {:label => key})
 115         else
 116           gr += describe_node(collection_hash)
 117           gr += edge(collection_hash, uuid, {:label => key})
 118         end
 119       end
 120
 121       if job[:docker_image_locator] and !@opts[:no_docker]
 122         gr += describe_node(job[:docker_image_locator], {label: (job[:runtime_constraints].andand[:docker_image] || job[:docker_image_locator])})
 123         gr += edge(job[:docker_image_locator], uuid, {label: "docker_image"})
 124       end
 125
 126       if @opts[:script_version_nodes]
 127         gr += describe_node(job[:script_version], {:label => "git:#{job[:script_version]}"})
 128         gr += edge(job[:script_version], uuid, {:label => "script_version"})
 129       end
 130
 131       if job[:output] and !edge_opts[:no_output]
 132         gr += describe_node(job[:output])
 133         gr += edge(uuid, job[:output], {label: "output" })
 134       end
 135
 136       gr += edge(uuid, job[:log], {label: "log"}) if job[:log] and !edge_opts[:no_log]
 137
 138       gr
 139     end
 140
 141     def generate_provenance_edges(uuid)
 142       gr = ""
 143       m = GenerateGraph::collection_uuid(uuid)
 144       uuid = m if m
 145
 146       if uuid.nil? or uuid.empty? or @visited[uuid]
 147         return ""
 148       end
 149
 150       if @pdata[uuid].nil?
 151         return ""
 152       else
 153         @visited[uuid] = true
 154       end
 155
 156       if uuid.start_with? "component_"
 157         # Pipeline component inputs
 158         job = @pdata[@pdata[uuid][:job].andand[:uuid]]
 159
 160         if job
 161           gr += describe_node(job_uuid(job), {label: uuid[38..-1], pip: @opts[:pips].andand[job[:uuid]], shape: "oval",
 162                                 href: {controller: 'jobs', id: job[:uuid]}})
 163           gr += job_edges job, {no_output: true, no_log: true}
 164         end
 165
 166         # Pipeline component output
 167         outuuid = @pdata[uuid][:output_uuid]
 168         if outuuid
 169           outcollection = @pdata[outuuid]
 170           if outcollection
 171             gr += edge(job_uuid(job), outcollection[:portable_data_hash], {label: "output"})
 172             gr += describe_node(outcollection[:portable_data_hash], {label: outcollection[:name]})
 173           end
 174         elsif job and job[:output]
 175           gr += describe_node(job[:output])
 176           gr += edge(job_uuid(job), job[:output], {label: "output" })
 177         end
 178       else
 179         rsc = ArvadosBase::resource_class_for_uuid uuid
 180
 181         if rsc == Job
 182           job = @pdata[uuid]
 183           gr += job_edges job if job
 184         end
 185       end
 186
 187       @pdata.each do |k, link|
 188         if link[:head_uuid] == uuid.to_s and link[:link_class] == "provenance"
 189           href = url_for ({:controller => Link.to_s.tableize,
 190                             :action => :show,
 191                             :id => link[:uuid] })
 192
 193           gr += describe_node(link[:tail_uuid])
 194           gr += edge(link[:head_uuid], link[:tail_uuid], {:label => link[:name], :href => href})
 195           gr += generate_provenance_edges(link[:tail_uuid])
 196         end
 197       end
 198
 199       gr
 200     end
 201
 202     def describe_jobs
 203       gr = ""
 204       @jobs.each do |k, v|
 205         href = url_for ({:controller => Job.to_s.tableize,
 206                           :action => :index })
 207
 208         gr += "\"#{k}\" [href=\"#{href}?"
 209
 210         n = 0
 211         v.each do |u|
 212           gr += ";" unless gr.end_with? "?"
 213           gr += "uuid%5b%5d=#{u[:uuid]}"
 214           n |= @opts[:pips][u[:uuid]] if @opts[:pips] and @opts[:pips][u[:uuid]]
 215         end
 216
 217         gr += "\",label=\""
 218
 219         label = "#{v[0][:script]}"
 220
 221         if label == "run-command" and v[0][:script_parameters][:command].is_a? Array
 222           label = v[0][:script_parameters][:command].join(' ')
 223         end
 224
 225         if not @opts[:combine_jobs]
 226           label += "\\n#{v[0][:finished_at]}"
 227         end
 228
 229         gr += encode_quotes label
 230
 231         gr += "\",#{determine_fillcolor n}];\n"
 232       end
 233       gr
 234     end
 235
 236     def encode_quotes value
 237       value.to_s.gsub("\"", "\\\"").gsub("\n", "\\n")
 238     end
 239   end
 240
 241   def self.create_provenance_graph(pdata, svgId, opts={})
 242     if pdata.is_a? Array or pdata.is_a? ArvadosResourceList
 243       p2 = {}
 244       pdata.each do |k|
 245         p2[k[:uuid]] = k if k[:uuid]
 246       end
 247       pdata = p2
 248     end
 249
 250     unless pdata.is_a? Hash
 251       raise "create_provenance_graph accepts Array or Hash for pdata only, pdata is #{pdata.class}"
 252     end
 253
 254     gr = """strict digraph {
 255 node [fontsize=10,fontname=\"Helvetica,Arial,sans-serif\"];
 256 edge [fontsize=10,fontname=\"Helvetica,Arial,sans-serif\"];
 257 """
 258
 259     if opts[:direction] == :bottom_up
 260       gr += "edge [dir=back];"
 261     end
 262
 263     begin
 264       pdata = pdata.stringify_keys
 265
 266       g = GenerateGraph.new(pdata, opts)
 267
 268       pdata.each do |k, v|
 269         if !opts[:only_components] or k.start_with? "component_"
 270           gr += g.generate_provenance_edges(k)
 271         else
 272           #gr += describe_node(k)
 273         end
 274       end
 275
 276       if !opts[:only_components]
 277         gr += g.describe_jobs
 278       end
 279
 280     rescue => e
 281       Rails.logger.warn "#{e.inspect}"
 282       Rails.logger.warn "#{e.backtrace.join("\n\t")}"
 283       raise
 284     end
 285
 286     gr += "}"
 287     svg = ""
 288
 289     require 'open3'
 290
 291     Open3.popen2("dot", "-Tsvg") do |stdin, stdout, wait_thr|
 292       stdin.print(gr)
 293       stdin.close
 294       svg = stdout.read()
 295       wait_thr.value
 296       stdout.close()
 297     end
 298
 299     svg = svg.sub(/<\?xml.*?\?>/m, "")
 300     svg = svg.sub(/<!DOCTYPE.*?>/m, "")
 301     svg = svg.sub(/<svg /, "<svg id=\"#{svgId}\" ")
 302   end
 303
 304   # yields hash, uuid
 305   # Position indicates whether it is a content hash or arvados uuid.
 306   # One will hold a value, the other will always be nil.
 307   def self.find_collections(sp, key=nil, &b)
 308     case sp
 309     when ArvadosBase
 310       sp.class.columns.each do |c|
 311         find_collections(sp[c.name.to_sym], nil, &b)
 312       end
 313     when Hash
 314       sp.each do |k, v|
 315         find_collections(v, key || k, &b)
 316       end
 317     when Array
 318       sp.each do |v|
 319         find_collections(v, key, &b)
 320       end
 321     when String
 322       if m = /[a-f0-9]{32}\+\d+/.match(sp)
 323         yield m[0], nil, key
 324       elsif m = /[0-9a-z]{5}-4zz18-[0-9a-z]{15}/.match(sp)
 325         yield nil, m[0], key
 326       end
 327     end
 328   end
 329 end