services/crunch-run/crunchrun.go

   1 // Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
   2 //
   3 // SPDX-License-Identifier: AGPL-3.0
   4
   5 package main
   6
   7 import (
   8         "bytes"
   9         "context"
  10         "encoding/json"
  11         "errors"
  12         "flag"
  13         "fmt"
  14         "io"
  15         "io/ioutil"
  16         "log"
  17         "os"
  18         "os/exec"
  19         "os/signal"
  20         "path"
  21         "path/filepath"
  22         "runtime"
  23         "runtime/pprof"
  24         "sort"
  25         "strings"
  26         "sync"
  27         "syscall"
  28         "time"
  29
  30         "git.curoverse.com/arvados.git/lib/crunchstat"
  31         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/arvados"
  32         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/arvadosclient"
  33         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/keepclient"
  34         "git.curoverse.com/arvados.git/sdk/go/manifest"
  35
  36         dockertypes "github.com/docker/docker/api/types"
  37         dockercontainer "github.com/docker/docker/api/types/container"
  38         dockernetwork "github.com/docker/docker/api/types/network"
  39         dockerclient "github.com/docker/docker/client"
  40 )
  41
  42 // IArvadosClient is the minimal Arvados API methods used by crunch-run.
  43 type IArvadosClient interface {
  44         Create(resourceType string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) error
  45         Get(resourceType string, uuid string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) error
  46         Update(resourceType string, uuid string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) error
  47         Call(method, resourceType, uuid, action string, parameters arvadosclient.Dict, output interface{}) error
  48         CallRaw(method string, resourceType string, uuid string, action string, parameters arvadosclient.Dict) (reader io.ReadCloser, err error)
  49         Discovery(key string) (interface{}, error)
  50 }
  51
  52 // ErrCancelled is the error returned when the container is cancelled.
  53 var ErrCancelled = errors.New("Cancelled")
  54
  55 // IKeepClient is the minimal Keep API methods used by crunch-run.
  56 type IKeepClient interface {
  57         PutHB(hash string, buf []byte) (string, int, error)
  58         ManifestFileReader(m manifest.Manifest, filename string) (arvados.File, error)
  59         ClearBlockCache()
  60 }
  61
  62 // NewLogWriter is a factory function to create a new log writer.
  63 type NewLogWriter func(name string) io.WriteCloser
  64
  65 type RunArvMount func(args []string, tok string) (*exec.Cmd, error)
  66
  67 type MkTempDir func(string, string) (string, error)
  68
  69 // ThinDockerClient is the minimal Docker client interface used by crunch-run.
  70 type ThinDockerClient interface {
  71         ContainerAttach(ctx context.Context, container string, options dockertypes.ContainerAttachOptions) (dockertypes.HijackedResponse, error)
  72         ContainerCreate(ctx context.Context, config *dockercontainer.Config, hostConfig *dockercontainer.HostConfig,
  73                 networkingConfig *dockernetwork.NetworkingConfig, containerName string) (dockercontainer.ContainerCreateCreatedBody, error)
  74         ContainerStart(ctx context.Context, container string, options dockertypes.ContainerStartOptions) error
  75         ContainerStop(ctx context.Context, container string, timeout *time.Duration) error
  76         ContainerWait(ctx context.Context, container string, condition dockercontainer.WaitCondition) (<-chan dockercontainer.ContainerWaitOKBody, <-chan error)
  77         ImageInspectWithRaw(ctx context.Context, image string) (dockertypes.ImageInspect, []byte, error)
  78         ImageLoad(ctx context.Context, input io.Reader, quiet bool) (dockertypes.ImageLoadResponse, error)
  79         ImageRemove(ctx context.Context, image string, options dockertypes.ImageRemoveOptions) ([]dockertypes.ImageDeleteResponseItem, error)
  80 }
  81
  82 // ThinDockerClientProxy is a proxy implementation of ThinDockerClient
  83 // that executes the docker requests on dockerclient.Client
  84 type ThinDockerClientProxy struct {
  85         Docker *dockerclient.Client
  86 }
  87
  88 // ContainerAttach invokes dockerclient.Client.ContainerAttach
  89 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerAttach(ctx context.Context, container string, options dockertypes.ContainerAttachOptions) (dockertypes.HijackedResponse, error) {
  90         return proxy.Docker.ContainerAttach(ctx, container, options)
  91 }
  92
  93 // ContainerCreate invokes dockerclient.Client.ContainerCreate
  94 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerCreate(ctx context.Context, config *dockercontainer.Config, hostConfig *dockercontainer.HostConfig,
  95         networkingConfig *dockernetwork.NetworkingConfig, containerName string) (dockercontainer.ContainerCreateCreatedBody, error) {
  96         return proxy.Docker.ContainerCreate(ctx, config, hostConfig, networkingConfig, containerName)
  97 }
  98
  99 // ContainerStart invokes dockerclient.Client.ContainerStart
 100 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerStart(ctx context.Context, container string, options dockertypes.ContainerStartOptions) error {
 101         return proxy.Docker.ContainerStart(ctx, container, options)
 102 }
 103
 104 // ContainerStop invokes dockerclient.Client.ContainerStop
 105 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerStop(ctx context.Context, container string, timeout *time.Duration) error {
 106         return proxy.Docker.ContainerStop(ctx, container, timeout)
 107 }
 108
 109 // ContainerWait invokes dockerclient.Client.ContainerWait
 110 func (proxy ThinDockerClientProxy) ContainerWait(ctx context.Context, container string, condition dockercontainer.WaitCondition) (<-chan dockercontainer.ContainerWaitOKBody, <-chan error) {
 111         return proxy.Docker.ContainerWait(ctx, container, condition)
 112 }
 113
 114 // ImageInspectWithRaw invokes dockerclient.Client.ImageInspectWithRaw
 115 func (proxy ThinDockerClientProxy) ImageInspectWithRaw(ctx context.Context, image string) (dockertypes.ImageInspect, []byte, error) {
 116         return proxy.Docker.ImageInspectWithRaw(ctx, image)
 117 }
 118
 119 // ImageLoad invokes dockerclient.Client.ImageLoad
 120 func (proxy ThinDockerClientProxy) ImageLoad(ctx context.Context, input io.Reader, quiet bool) (dockertypes.ImageLoadResponse, error) {
 121         return proxy.Docker.ImageLoad(ctx, input, quiet)
 122 }
 123
 124 // ImageRemove invokes dockerclient.Client.ImageRemove
 125 func (proxy ThinDockerClientProxy) ImageRemove(ctx context.Context, image string, options dockertypes.ImageRemoveOptions) ([]dockertypes.ImageDeleteResponseItem, error) {
 126         return proxy.Docker.ImageRemove(ctx, image, options)
 127 }
 128
 129 // ContainerRunner is the main stateful struct used for a single execution of a
 130 // container.
 131 type ContainerRunner struct {
 132         Docker    ThinDockerClient
 133         ArvClient IArvadosClient
 134         Kc        IKeepClient
 135         arvados.Container
 136         ContainerConfig dockercontainer.Config
 137         dockercontainer.HostConfig
 138         token       string
 139         ContainerID string
 140         ExitCode    *int
 141         NewLogWriter
 142         loggingDone   chan bool
 143         CrunchLog     *ThrottledLogger
 144         Stdout        io.WriteCloser
 145         Stderr        io.WriteCloser
 146         LogCollection *CollectionWriter
 147         LogsPDH       *string
 148         RunArvMount
 149         MkTempDir
 150         ArvMount       *exec.Cmd
 151         ArvMountPoint  string
 152         HostOutputDir  string
 153         CleanupTempDir []string
 154         Binds          []string
 155         Volumes        map[string]struct{}
 156         OutputPDH      *string
 157         SigChan        chan os.Signal
 158         ArvMountExit   chan error
 159         finalState     string
 160
 161         statLogger   io.WriteCloser
 162         statReporter *crunchstat.Reporter
 163         statInterval time.Duration
 164         cgroupRoot   string
 165         // What we expect the container's cgroup parent to be.
 166         expectCgroupParent string
 167         // What we tell docker to use as the container's cgroup
 168         // parent. Note: Ideally we would use the same field for both
 169         // expectCgroupParent and setCgroupParent, and just make it
 170         // default to "docker". However, when using docker < 1.10 with
 171         // systemd, specifying a non-empty cgroup parent (even the
 172         // default value "docker") hits a docker bug
 173         // (https://github.com/docker/docker/issues/17126). Using two
 174         // separate fields makes it possible to use the "expect cgroup
 175         // parent to be X" feature even on sites where the "specify
 176         // cgroup parent" feature breaks.
 177         setCgroupParent string
 178
 179         cStateLock sync.Mutex
 180         cStarted   bool // StartContainer() succeeded
 181         cCancelled bool // StopContainer() invoked
 182
 183         enableNetwork string // one of "default" or "always"
 184         networkMode   string // passed through to HostConfig.NetworkMode
 185 }
 186
 187 // setupSignals sets up signal handling to gracefully terminate the underlying
 188 // Docker container and update state when receiving a TERM, INT or QUIT signal.
 189 func (runner *ContainerRunner) setupSignals() {
 190         runner.SigChan = make(chan os.Signal, 1)
 191         signal.Notify(runner.SigChan, syscall.SIGTERM)
 192         signal.Notify(runner.SigChan, syscall.SIGINT)
 193         signal.Notify(runner.SigChan, syscall.SIGQUIT)
 194
 195         go func(sig chan os.Signal) {
 196                 <-sig
 197                 runner.stop()
 198         }(runner.SigChan)
 199 }
 200
 201 // stop the underlying Docker container.
 202 func (runner *ContainerRunner) stop() {
 203         runner.cStateLock.Lock()
 204         defer runner.cStateLock.Unlock()
 205         if runner.cCancelled {
 206                 return
 207         }
 208         runner.cCancelled = true
 209         if runner.cStarted {
 210                 timeout := time.Duration(10)
 211                 err := runner.Docker.ContainerStop(context.TODO(), runner.ContainerID, &(timeout))
 212                 if err != nil {
 213                         log.Printf("StopContainer failed: %s", err)
 214                 }
 215         }
 216 }
 217
 218 func (runner *ContainerRunner) teardown() {
 219         if runner.SigChan != nil {
 220                 signal.Stop(runner.SigChan)
 221                 close(runner.SigChan)
 222         }
 223 }
 224
 225 // LoadImage determines the docker image id from the container record and
 226 // checks if it is available in the local Docker image store.  If not, it loads
 227 // the image from Keep.
 228 func (runner *ContainerRunner) LoadImage() (err error) {
 229
 230         runner.CrunchLog.Printf("Fetching Docker image from collection '%s'", runner.Container.ContainerImage)
 231
 232         var collection arvados.Collection
 233         err = runner.ArvClient.Get("collections", runner.Container.ContainerImage, nil, &collection)
 234         if err != nil {
 235                 return fmt.Errorf("While getting container image collection: %v", err)
 236         }
 237         manifest := manifest.Manifest{Text: collection.ManifestText}
 238         var img, imageID string
 239         for ms := range manifest.StreamIter() {
 240                 img = ms.FileStreamSegments[0].Name
 241                 if !strings.HasSuffix(img, ".tar") {
 242                         return fmt.Errorf("First file in the container image collection does not end in .tar")
 243                 }
 244                 imageID = img[:len(img)-4]
 245         }
 246
 247         runner.CrunchLog.Printf("Using Docker image id '%s'", imageID)
 248
 249         _, _, err = runner.Docker.ImageInspectWithRaw(context.TODO(), imageID)
 250         if err != nil {
 251                 runner.CrunchLog.Print("Loading Docker image from keep")
 252
 253                 var readCloser io.ReadCloser
 254                 readCloser, err = runner.Kc.ManifestFileReader(manifest, img)
 255                 if err != nil {
 256                         return fmt.Errorf("While creating ManifestFileReader for container image: %v", err)
 257                 }
 258
 259                 response, err := runner.Docker.ImageLoad(context.TODO(), readCloser, true)
 260                 if err != nil {
 261                         return fmt.Errorf("While loading container image into Docker: %v", err)
 262                 }
 263
 264                 defer response.Body.Close()
 265                 rbody, err := ioutil.ReadAll(response.Body)
 266                 if err != nil {
 267                         return fmt.Errorf("Reading response to image load: %v", err)
 268                 }
 269                 runner.CrunchLog.Printf("Docker response: %s", rbody)
 270         } else {
 271                 runner.CrunchLog.Print("Docker image is available")
 272         }
 273
 274         runner.ContainerConfig.Image = imageID
 275
 276         runner.Kc.ClearBlockCache()
 277
 278         return nil
 279 }
 280
 281 func (runner *ContainerRunner) ArvMountCmd(arvMountCmd []string, token string) (c *exec.Cmd, err error) {
 282         c = exec.Command("arv-mount", arvMountCmd...)
 283
 284         // Copy our environment, but override ARVADOS_API_TOKEN with
 285         // the container auth token.
 286         c.Env = nil
 287         for _, s := range os.Environ() {
 288                 if !strings.HasPrefix(s, "ARVADOS_API_TOKEN=") {
 289                         c.Env = append(c.Env, s)
 290                 }
 291         }
 292         c.Env = append(c.Env, "ARVADOS_API_TOKEN="+token)
 293
 294         nt := NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("arv-mount"))
 295         c.Stdout = nt
 296         c.Stderr = nt
 297
 298         err = c.Start()
 299         if err != nil {
 300                 return nil, err
 301         }
 302
 303         statReadme := make(chan bool)
 304         runner.ArvMountExit = make(chan error)
 305
 306         keepStatting := true
 307         go func() {
 308                 for keepStatting {
 309                         time.Sleep(100 * time.Millisecond)
 310                         _, err = os.Stat(fmt.Sprintf("%s/by_id/README", runner.ArvMountPoint))
 311                         if err == nil {
 312                                 keepStatting = false
 313                                 statReadme <- true
 314                         }
 315                 }
 316                 close(statReadme)
 317         }()
 318
 319         go func() {
 320                 runner.ArvMountExit <- c.Wait()
 321                 close(runner.ArvMountExit)
 322         }()
 323
 324         select {
 325         case <-statReadme:
 326                 break
 327         case err := <-runner.ArvMountExit:
 328                 runner.ArvMount = nil
 329                 keepStatting = false
 330                 return nil, err
 331         }
 332
 333         return c, nil
 334 }
 335
 336 func (runner *ContainerRunner) SetupArvMountPoint(prefix string) (err error) {
 337         if runner.ArvMountPoint == "" {
 338                 runner.ArvMountPoint, err = runner.MkTempDir("", prefix)
 339         }
 340         return
 341 }
 342
 343 func (runner *ContainerRunner) SetupMounts() (err error) {
 344         err = runner.SetupArvMountPoint("keep")
 345         if err != nil {
 346                 return fmt.Errorf("While creating keep mount temp dir: %v", err)
 347         }
 348
 349         runner.CleanupTempDir = append(runner.CleanupTempDir, runner.ArvMountPoint)
 350
 351         pdhOnly := true
 352         tmpcount := 0
 353         arvMountCmd := []string{"--foreground", "--allow-other", "--read-write"}
 354
 355         if runner.Container.RuntimeConstraints.KeepCacheRAM > 0 {
 356                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--file-cache", fmt.Sprintf("%d", runner.Container.RuntimeConstraints.KeepCacheRAM))
 357         }
 358
 359         collectionPaths := []string{}
 360         runner.Binds = nil
 361         runner.Volumes = make(map[string]struct{})
 362         needCertMount := true
 363
 364         var binds []string
 365         for bind := range runner.Container.Mounts {
 366                 binds = append(binds, bind)
 367         }
 368         sort.Strings(binds)
 369
 370         for _, bind := range binds {
 371                 mnt := runner.Container.Mounts[bind]
 372                 if bind == "stdout" || bind == "stderr" {
 373                         // Is it a "file" mount kind?
 374                         if mnt.Kind != "file" {
 375                                 return fmt.Errorf("Unsupported mount kind '%s' for %s. Only 'file' is supported.", mnt.Kind, bind)
 376                         }
 377
 378                         // Does path start with OutputPath?
 379                         prefix := runner.Container.OutputPath
 380                         if !strings.HasSuffix(prefix, "/") {
 381                                 prefix += "/"
 382                         }
 383                         if !strings.HasPrefix(mnt.Path, prefix) {
 384                                 return fmt.Errorf("%s path does not start with OutputPath: %s, %s", strings.Title(bind), mnt.Path, prefix)
 385                         }
 386                 }
 387
 388                 if bind == "stdin" {
 389                         // Is it a "collection" mount kind?
 390                         if mnt.Kind != "collection" && mnt.Kind != "json" {
 391                                 return fmt.Errorf("Unsupported mount kind '%s' for stdin. Only 'collection' or 'json' are supported.", mnt.Kind)
 392                         }
 393                 }
 394
 395                 if bind == "/etc/arvados/ca-certificates.crt" {
 396                         needCertMount = false
 397                 }
 398
 399                 if strings.HasPrefix(bind, runner.Container.OutputPath+"/") && bind != runner.Container.OutputPath+"/" {
 400                         if mnt.Kind != "collection" {
 401                                 return fmt.Errorf("Only mount points of kind 'collection' are supported underneath the output_path: %v", bind)
 402                         }
 403                 }
 404
 405                 switch {
 406                 case mnt.Kind == "collection" && bind != "stdin":
 407                         var src string
 408                         if mnt.UUID != "" && mnt.PortableDataHash != "" {
 409                                 return fmt.Errorf("Cannot specify both 'uuid' and 'portable_data_hash' for a collection mount")
 410                         }
 411                         if mnt.UUID != "" {
 412                                 if mnt.Writable {
 413                                         return fmt.Errorf("Writing to existing collections currently not permitted.")
 414                                 }
 415                                 pdhOnly = false
 416                                 src = fmt.Sprintf("%s/by_id/%s", runner.ArvMountPoint, mnt.UUID)
 417                         } else if mnt.PortableDataHash != "" {
 418                                 if mnt.Writable {
 419                                         return fmt.Errorf("Can never write to a collection specified by portable data hash")
 420                                 }
 421                                 idx := strings.Index(mnt.PortableDataHash, "/")
 422                                 if idx > 0 {
 423                                         mnt.Path = path.Clean(mnt.PortableDataHash[idx:])
 424                                         mnt.PortableDataHash = mnt.PortableDataHash[0:idx]
 425                                         runner.Container.Mounts[bind] = mnt
 426                                 }
 427                                 src = fmt.Sprintf("%s/by_id/%s", runner.ArvMountPoint, mnt.PortableDataHash)
 428                                 if mnt.Path != "" && mnt.Path != "." {
 429                                         if strings.HasPrefix(mnt.Path, "./") {
 430                                                 mnt.Path = mnt.Path[2:]
 431                                         } else if strings.HasPrefix(mnt.Path, "/") {
 432                                                 mnt.Path = mnt.Path[1:]
 433                                         }
 434                                         src += "/" + mnt.Path
 435                                 }
 436                         } else {
 437                                 src = fmt.Sprintf("%s/tmp%d", runner.ArvMountPoint, tmpcount)
 438                                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--mount-tmp")
 439                                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, fmt.Sprintf("tmp%d", tmpcount))
 440                                 tmpcount += 1
 441                         }
 442                         if mnt.Writable {
 443                                 if bind == runner.Container.OutputPath {
 444                                         runner.HostOutputDir = src
 445                                 } else if strings.HasPrefix(bind, runner.Container.OutputPath+"/") {
 446                                         return fmt.Errorf("Writable mount points are not permitted underneath the output_path: %v", bind)
 447                                 }
 448                                 runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s", src, bind))
 449                         } else {
 450                                 runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s:ro", src, bind))
 451                         }
 452                         collectionPaths = append(collectionPaths, src)
 453
 454                 case mnt.Kind == "tmp":
 455                         var tmpdir string
 456                         tmpdir, err = runner.MkTempDir("", "")
 457                         if err != nil {
 458                                 return fmt.Errorf("While creating mount temp dir: %v", err)
 459                         }
 460                         st, staterr := os.Stat(tmpdir)
 461                         if staterr != nil {
 462                                 return fmt.Errorf("While Stat on temp dir: %v", staterr)
 463                         }
 464                         err = os.Chmod(tmpdir, st.Mode()|os.ModeSetgid|0777)
 465                         if staterr != nil {
 466                                 return fmt.Errorf("While Chmod temp dir: %v", err)
 467                         }
 468                         runner.CleanupTempDir = append(runner.CleanupTempDir, tmpdir)
 469                         runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s", tmpdir, bind))
 470                         if bind == runner.Container.OutputPath {
 471                                 runner.HostOutputDir = tmpdir
 472                         }
 473
 474                 case mnt.Kind == "json":
 475                         jsondata, err := json.Marshal(mnt.Content)
 476                         if err != nil {
 477                                 return fmt.Errorf("encoding json data: %v", err)
 478                         }
 479                         // Create a tempdir with a single file
 480                         // (instead of just a tempfile): this way we
 481                         // can ensure the file is world-readable
 482                         // inside the container, without having to
 483                         // make it world-readable on the docker host.
 484                         tmpdir, err := runner.MkTempDir("", "")
 485                         if err != nil {
 486                                 return fmt.Errorf("creating temp dir: %v", err)
 487                         }
 488                         runner.CleanupTempDir = append(runner.CleanupTempDir, tmpdir)
 489                         tmpfn := filepath.Join(tmpdir, "mountdata.json")
 490                         err = ioutil.WriteFile(tmpfn, jsondata, 0644)
 491                         if err != nil {
 492                                 return fmt.Errorf("writing temp file: %v", err)
 493                         }
 494                         runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:%s:ro", tmpfn, bind))
 495                 }
 496         }
 497
 498         if runner.HostOutputDir == "" {
 499                 return fmt.Errorf("Output path does not correspond to a writable mount point")
 500         }
 501
 502         if wantAPI := runner.Container.RuntimeConstraints.API; needCertMount && wantAPI != nil && *wantAPI {
 503                 for _, certfile := range arvadosclient.CertFiles {
 504                         _, err := os.Stat(certfile)
 505                         if err == nil {
 506                                 runner.Binds = append(runner.Binds, fmt.Sprintf("%s:/etc/arvados/ca-certificates.crt:ro", certfile))
 507                                 break
 508                         }
 509                 }
 510         }
 511
 512         if pdhOnly {
 513                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--mount-by-pdh", "by_id")
 514         } else {
 515                 arvMountCmd = append(arvMountCmd, "--mount-by-id", "by_id")
 516         }
 517         arvMountCmd = append(arvMountCmd, runner.ArvMountPoint)
 518
 519         token, err := runner.ContainerToken()
 520         if err != nil {
 521                 return fmt.Errorf("could not get container token: %s", err)
 522         }
 523
 524         runner.ArvMount, err = runner.RunArvMount(arvMountCmd, token)
 525         if err != nil {
 526                 return fmt.Errorf("While trying to start arv-mount: %v", err)
 527         }
 528
 529         for _, p := range collectionPaths {
 530                 _, err = os.Stat(p)
 531                 if err != nil {
 532                         return fmt.Errorf("While checking that input files exist: %v", err)
 533                 }
 534         }
 535
 536         return nil
 537 }
 538
 539 func (runner *ContainerRunner) ProcessDockerAttach(containerReader io.Reader) {
 540         // Handle docker log protocol
 541         // https://docs.docker.com/engine/reference/api/docker_remote_api_v1.15/#attach-to-a-container
 542
 543         header := make([]byte, 8)
 544         for {
 545                 _, readerr := io.ReadAtLeast(containerReader, header, 8)
 546
 547                 if readerr == nil {
 548                         readsize := int64(header[7]) | (int64(header[6]) << 8) | (int64(header[5]) << 16) | (int64(header[4]) << 24)
 549                         if header[0] == 1 {
 550                                 // stdout
 551                                 _, readerr = io.CopyN(runner.Stdout, containerReader, readsize)
 552                         } else {
 553                                 // stderr
 554                                 _, readerr = io.CopyN(runner.Stderr, containerReader, readsize)
 555                         }
 556                 }
 557
 558                 if readerr != nil {
 559                         if readerr != io.EOF {
 560                                 runner.CrunchLog.Printf("While reading docker logs: %v", readerr)
 561                         }
 562
 563                         closeerr := runner.Stdout.Close()
 564                         if closeerr != nil {
 565                                 runner.CrunchLog.Printf("While closing stdout logs: %v", closeerr)
 566                         }
 567
 568                         closeerr = runner.Stderr.Close()
 569                         if closeerr != nil {
 570                                 runner.CrunchLog.Printf("While closing stderr logs: %v", closeerr)
 571                         }
 572
 573                         if runner.statReporter != nil {
 574                                 runner.statReporter.Stop()
 575                                 closeerr = runner.statLogger.Close()
 576                                 if closeerr != nil {
 577                                         runner.CrunchLog.Printf("While closing crunchstat logs: %v", closeerr)
 578                                 }
 579                         }
 580
 581                         runner.loggingDone <- true
 582                         close(runner.loggingDone)
 583                         return
 584                 }
 585         }
 586 }
 587
 588 func (runner *ContainerRunner) StartCrunchstat() {
 589         runner.statLogger = NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("crunchstat"))
 590         runner.statReporter = &crunchstat.Reporter{
 591                 CID:          runner.ContainerID,
 592                 Logger:       log.New(runner.statLogger, "", 0),
 593                 CgroupParent: runner.expectCgroupParent,
 594                 CgroupRoot:   runner.cgroupRoot,
 595                 PollPeriod:   runner.statInterval,
 596         }
 597         runner.statReporter.Start()
 598 }
 599
 600 type infoCommand struct {
 601         label string
 602         cmd   []string
 603 }
 604
 605 // Gather node information and store it on the log for debugging
 606 // purposes.
 607 func (runner *ContainerRunner) LogNodeInfo() (err error) {
 608         w := runner.NewLogWriter("node-info")
 609         logger := log.New(w, "node-info", 0)
 610
 611         commands := []infoCommand{
 612                 {
 613                         label: "Host Information",
 614                         cmd:   []string{"uname", "-a"},
 615                 },
 616                 {
 617                         label: "CPU Information",
 618                         cmd:   []string{"cat", "/proc/cpuinfo"},
 619                 },
 620                 {
 621                         label: "Memory Information",
 622                         cmd:   []string{"cat", "/proc/meminfo"},
 623                 },
 624                 {
 625                         label: "Disk Space",
 626                         cmd:   []string{"df", "-m", "/", os.TempDir()},
 627                 },
 628                 {
 629                         label: "Disk INodes",
 630                         cmd:   []string{"df", "-i", "/", os.TempDir()},
 631                 },
 632         }
 633
 634         // Run commands with informational output to be logged.
 635         var out []byte
 636         for _, command := range commands {
 637                 out, err = exec.Command(command.cmd[0], command.cmd[1:]...).CombinedOutput()
 638                 if err != nil {
 639                         return fmt.Errorf("While running command %q: %v",
 640                                 command.cmd, err)
 641                 }
 642                 logger.Println(command.label)
 643                 for _, line := range strings.Split(string(out), "\n") {
 644                         logger.Println(" ", line)
 645                 }
 646         }
 647
 648         err = w.Close()
 649         if err != nil {
 650                 return fmt.Errorf("While closing node-info logs: %v", err)
 651         }
 652         return nil
 653 }
 654
 655 // Get and save the raw JSON container record from the API server
 656 func (runner *ContainerRunner) LogContainerRecord() (err error) {
 657         w := &ArvLogWriter{
 658                 ArvClient:     runner.ArvClient,
 659                 UUID:          runner.Container.UUID,
 660                 loggingStream: "container",
 661                 writeCloser:   runner.LogCollection.Open("container.json"),
 662         }
 663
 664         // Get Container record JSON from the API Server
 665         reader, err := runner.ArvClient.CallRaw("GET", "containers", runner.Container.UUID, "", nil)
 666         if err != nil {
 667                 return fmt.Errorf("While retrieving container record from the API server: %v", err)
 668         }
 669         defer reader.Close()
 670
 671         dec := json.NewDecoder(reader)
 672         dec.UseNumber()
 673         var cr map[string]interface{}
 674         if err = dec.Decode(&cr); err != nil {
 675                 return fmt.Errorf("While decoding the container record JSON response: %v", err)
 676         }
 677         // Re-encode it using indentation to improve readability
 678         enc := json.NewEncoder(w)
 679         enc.SetIndent("", "    ")
 680         if err = enc.Encode(cr); err != nil {
 681                 return fmt.Errorf("While logging the JSON container record: %v", err)
 682         }
 683         err = w.Close()
 684         if err != nil {
 685                 return fmt.Errorf("While closing container.json log: %v", err)
 686         }
 687         return nil
 688 }
 689
 690 // AttachStreams connects the docker container stdin, stdout and stderr logs
 691 // to the Arvados logger which logs to Keep and the API server logs table.
 692 func (runner *ContainerRunner) AttachStreams() (err error) {
 693
 694         runner.CrunchLog.Print("Attaching container streams")
 695
 696         // If stdin mount is provided, attach it to the docker container
 697         var stdinRdr arvados.File
 698         var stdinJson []byte
 699         if stdinMnt, ok := runner.Container.Mounts["stdin"]; ok {
 700                 if stdinMnt.Kind == "collection" {
 701                         var stdinColl arvados.Collection
 702                         collId := stdinMnt.UUID
 703                         if collId == "" {
 704                                 collId = stdinMnt.PortableDataHash
 705                         }
 706                         err = runner.ArvClient.Get("collections", collId, nil, &stdinColl)
 707                         if err != nil {
 708                                 return fmt.Errorf("While getting stding collection: %v", err)
 709                         }
 710
 711                         stdinRdr, err = runner.Kc.ManifestFileReader(manifest.Manifest{Text: stdinColl.ManifestText}, stdinMnt.Path)
 712                         if os.IsNotExist(err) {
 713                                 return fmt.Errorf("stdin collection path not found: %v", stdinMnt.Path)
 714                         } else if err != nil {
 715                                 return fmt.Errorf("While getting stdin collection path %v: %v", stdinMnt.Path, err)
 716                         }
 717                 } else if stdinMnt.Kind == "json" {
 718                         stdinJson, err = json.Marshal(stdinMnt.Content)
 719                         if err != nil {
 720                                 return fmt.Errorf("While encoding stdin json data: %v", err)
 721                         }
 722                 }
 723         }
 724
 725         stdinUsed := stdinRdr != nil || len(stdinJson) != 0
 726         response, err := runner.Docker.ContainerAttach(context.TODO(), runner.ContainerID,
 727                 dockertypes.ContainerAttachOptions{Stream: true, Stdin: stdinUsed, Stdout: true, Stderr: true})
 728         if err != nil {
 729                 return fmt.Errorf("While attaching container stdout/stderr streams: %v", err)
 730         }
 731
 732         runner.loggingDone = make(chan bool)
 733
 734         if stdoutMnt, ok := runner.Container.Mounts["stdout"]; ok {
 735                 stdoutFile, err := runner.getStdoutFile(stdoutMnt.Path)
 736                 if err != nil {
 737                         return err
 738                 }
 739                 runner.Stdout = stdoutFile
 740         } else {
 741                 runner.Stdout = NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("stdout"))
 742         }
 743
 744         if stderrMnt, ok := runner.Container.Mounts["stderr"]; ok {
 745                 stderrFile, err := runner.getStdoutFile(stderrMnt.Path)
 746                 if err != nil {
 747                         return err
 748                 }
 749                 runner.Stderr = stderrFile
 750         } else {
 751                 runner.Stderr = NewThrottledLogger(runner.NewLogWriter("stderr"))
 752         }
 753
 754         if stdinRdr != nil {
 755                 go func() {
 756                         _, err := io.Copy(response.Conn, stdinRdr)
 757                         if err != nil {
 758                                 runner.CrunchLog.Print("While writing stdin collection to docker container %q", err)
 759                                 runner.stop()
 760                         }
 761                         stdinRdr.Close()
 762                         response.CloseWrite()
 763                 }()
 764         } else if len(stdinJson) != 0 {
 765                 go func() {
 766                         _, err := io.Copy(response.Conn, bytes.NewReader(stdinJson))
 767                         if err != nil {
 768                                 runner.CrunchLog.Print("While writing stdin json to docker container %q", err)
 769                                 runner.stop()
 770                         }
 771                         response.CloseWrite()
 772                 }()
 773         }
 774
 775         go runner.ProcessDockerAttach(response.Reader)
 776
 777         return nil
 778 }
 779
 780 func (runner *ContainerRunner) getStdoutFile(mntPath string) (*os.File, error) {
 781         stdoutPath := mntPath[len(runner.Container.OutputPath):]
 782         index := strings.LastIndex(stdoutPath, "/")
 783         if index > 0 {
 784                 subdirs := stdoutPath[:index]
 785                 if subdirs != "" {
 786                         st, err := os.Stat(runner.HostOutputDir)
 787                         if err != nil {
 788                                 return nil, fmt.Errorf("While Stat on temp dir: %v", err)
 789                         }
 790                         stdoutPath := filepath.Join(runner.HostOutputDir, subdirs)
 791                         err = os.MkdirAll(stdoutPath, st.Mode()|os.ModeSetgid|0777)
 792                         if err != nil {
 793                                 return nil, fmt.Errorf("While MkdirAll %q: %v", stdoutPath, err)
 794                         }
 795                 }
 796         }
 797         stdoutFile, err := os.Create(filepath.Join(runner.HostOutputDir, stdoutPath))
 798         if err != nil {
 799                 return nil, fmt.Errorf("While creating file %q: %v", stdoutPath, err)
 800         }
 801
 802         return stdoutFile, nil
 803 }
 804
 805 // CreateContainer creates the docker container.
 806 func (runner *ContainerRunner) CreateContainer() error {
 807         runner.CrunchLog.Print("Creating Docker container")
 808
 809         runner.ContainerConfig.Cmd = runner.Container.Command
 810         if runner.Container.Cwd != "." {
 811                 runner.ContainerConfig.WorkingDir = runner.Container.Cwd
 812         }
 813
 814         for k, v := range runner.Container.Environment {
 815                 runner.ContainerConfig.Env = append(runner.ContainerConfig.Env, k+"="+v)
 816         }
 817
 818         runner.ContainerConfig.Volumes = runner.Volumes
 819
 820         runner.HostConfig = dockercontainer.HostConfig{
 821                 Binds: runner.Binds,
 822                 LogConfig: dockercontainer.LogConfig{
 823                         Type: "none",
 824                 },
 825                 Resources: dockercontainer.Resources{
 826                         CgroupParent: runner.setCgroupParent,
 827                 },
 828         }
 829
 830         if wantAPI := runner.Container.RuntimeConstraints.API; wantAPI != nil && *wantAPI {
 831                 tok, err := runner.ContainerToken()
 832                 if err != nil {
 833                         return err
 834                 }
 835                 runner.ContainerConfig.Env = append(runner.ContainerConfig.Env,
 836                         "ARVADOS_API_TOKEN="+tok,
 837                         "ARVADOS_API_HOST="+os.Getenv("ARVADOS_API_HOST"),
 838                         "ARVADOS_API_HOST_INSECURE="+os.Getenv("ARVADOS_API_HOST_INSECURE"),
 839                 )
 840                 runner.HostConfig.NetworkMode = dockercontainer.NetworkMode(runner.networkMode)
 841         } else {
 842                 if runner.enableNetwork == "always" {
 843                         runner.HostConfig.NetworkMode = dockercontainer.NetworkMode(runner.networkMode)
 844                 } else {
 845                         runner.HostConfig.NetworkMode = dockercontainer.NetworkMode("none")
 846                 }
 847         }
 848
 849         _, stdinUsed := runner.Container.Mounts["stdin"]
 850         runner.ContainerConfig.OpenStdin = stdinUsed
 851         runner.ContainerConfig.StdinOnce = stdinUsed
 852         runner.ContainerConfig.AttachStdin = stdinUsed
 853         runner.ContainerConfig.AttachStdout = true
 854         runner.ContainerConfig.AttachStderr = true
 855
 856         createdBody, err := runner.Docker.ContainerCreate(context.TODO(), &runner.ContainerConfig, &runner.HostConfig, nil, runner.Container.UUID)
 857         if err != nil {
 858                 return fmt.Errorf("While creating container: %v", err)
 859         }
 860
 861         runner.ContainerID = createdBody.ID
 862
 863         return runner.AttachStreams()
 864 }
 865
 866 // StartContainer starts the docker container created by CreateContainer.
 867 func (runner *ContainerRunner) StartContainer() error {
 868         runner.CrunchLog.Printf("Starting Docker container id '%s'", runner.ContainerID)
 869         runner.cStateLock.Lock()
 870         defer runner.cStateLock.Unlock()
 871         if runner.cCancelled {
 872                 return ErrCancelled
 873         }
 874         err := runner.Docker.ContainerStart(context.TODO(), runner.ContainerID,
 875                 dockertypes.ContainerStartOptions{})
 876         if err != nil {
 877                 var advice string
 878                 if strings.Contains(err.Error(), "no such file or directory") {
 879                         advice = fmt.Sprintf("\nPossible causes: command %q is missing, the interpreter given in #! is missing, or script has Windows line endings.", runner.Container.Command[0])
 880                 }
 881                 return fmt.Errorf("could not start container: %v%s", err, advice)
 882         }
 883         runner.cStarted = true
 884         return nil
 885 }
 886
 887 // WaitFinish waits for the container to terminate, capture the exit code, and
 888 // close the stdout/stderr logging.
 889 func (runner *ContainerRunner) WaitFinish() (err error) {
 890         runner.CrunchLog.Print("Waiting for container to finish")
 891
 892         waitOk, waitErr := runner.Docker.ContainerWait(context.TODO(), runner.ContainerID, "not-running")
 893
 894         var waitBody dockercontainer.ContainerWaitOKBody
 895         select {
 896         case waitBody = <-waitOk:
 897         case err = <-waitErr:
 898         }
 899
 900         if err != nil {
 901                 return fmt.Errorf("container wait: %v", err)
 902         }
 903
 904         runner.CrunchLog.Printf("Container exited with code: %v", waitBody.StatusCode)
 905         code := int(waitBody.StatusCode)
 906         runner.ExitCode = &code
 907
 908         waitMount := runner.ArvMountExit
 909         select {
 910         case err = <-waitMount:
 911                 runner.CrunchLog.Printf("arv-mount exited before container finished: %v", err)
 912                 waitMount = nil
 913                 runner.stop()
 914         default:
 915         }
 916
 917         // wait for stdout/stderr to complete
 918         <-runner.loggingDone
 919
 920         return nil
 921 }
 922
 923 var ErrNotInOutputDir = fmt.Errorf("Must point to path within the output directory")
 924
 925 func (runner *ContainerRunner) derefOutputSymlink(path string, startinfo os.FileInfo) (tgt string, readlinktgt string, info os.FileInfo, err error) {
 926         // Follow symlinks if necessary
 927         info = startinfo
 928         tgt = path
 929         readlinktgt = ""
 930         nextlink := path
 931         for followed := 0; info.Mode()&os.ModeSymlink != 0; followed++ {
 932                 if followed >= limitFollowSymlinks {
 933                         // Got stuck in a loop or just a pathological number of links, give up.
 934                         err = fmt.Errorf("Followed more than %v symlinks from path %q", limitFollowSymlinks, path)
 935                         return
 936                 }
 937
 938                 readlinktgt, err = os.Readlink(nextlink)
 939                 if err != nil {
 940                         return
 941                 }
 942
 943                 tgt = readlinktgt
 944                 if !strings.HasPrefix(tgt, "/") {
 945                         // Relative symlink, resolve it to host path
 946                         tgt = filepath.Join(filepath.Dir(path), tgt)
 947                 }
 948                 if strings.HasPrefix(tgt, runner.Container.OutputPath+"/") && !strings.HasPrefix(tgt, runner.HostOutputDir+"/") {
 949                         // Absolute symlink to container output path, adjust it to host output path.
 950                         tgt = filepath.Join(runner.HostOutputDir, tgt[len(runner.Container.OutputPath):])
 951                 }
 952                 if !strings.HasPrefix(tgt, runner.HostOutputDir+"/") {
 953                         // After dereferencing, symlink target must either be
 954                         // within output directory, or must point to a
 955                         // collection mount.
 956                         err = ErrNotInOutputDir
 957                         return
 958                 }
 959
 960                 info, err = os.Lstat(tgt)
 961                 if err != nil {
 962                         // tgt
 963                         err = fmt.Errorf("Symlink in output %q points to invalid location %q: %v",
 964                                 path[len(runner.HostOutputDir):], readlinktgt, err)
 965                         return
 966                 }
 967
 968                 nextlink = tgt
 969         }
 970
 971         return
 972 }
 973
 974 var limitFollowSymlinks = 10
 975
 976 // UploadFile uploads files within the output directory, with special handling
 977 // for symlinks. If the symlink leads to a keep mount, copy the manifest text
 978 // from the keep mount into the output manifestText.  Ensure that whether
 979 // symlinks are relative or absolute, every symlink target (even targets that
 980 // are symlinks themselves) must either remain in the output directory or point
 981 // to a collection mount.
 982 //
 983 // Assumes initial value of "path" is absolute, and located within runner.HostOutputDir.
 984 func (runner *ContainerRunner) UploadOutputFile(
 985         path string,
 986         info os.FileInfo,
 987         infoerr error,
 988         binds []string,
 989         walkUpload *WalkUpload,
 990         relocateFrom string,
 991         relocateTo string,
 992         followed int) (manifestText string, err error) {
 993
 994         if info.Mode().IsDir() {
 995                 return
 996         }
 997
 998         if infoerr != nil {
 999                 return "", infoerr
1000         }
1001
1002         if followed >= limitFollowSymlinks {
1003                 // Got stuck in a loop or just a pathological number of
1004                 // directory links, give up.
1005                 err = fmt.Errorf("Followed more than %v symlinks from path %q", limitFollowSymlinks, path)
1006                 return
1007         }
1008
1009         // When following symlinks, the source path may need to be logically
1010         // relocated to some other path within the output collection.  Remove
1011         // the relocateFrom prefix and replace it with relocateTo.
1012         relocated := relocateTo + path[len(relocateFrom):]
1013
1014         tgt, readlinktgt, info, derefErr := runner.derefOutputSymlink(path, info)
1015         if derefErr != nil && derefErr != NotInOutputDirError {
1016                 return "", derefErr
1017         }
1018
1019         // go through mounts and try reverse map to collection reference
1020         for _, bind := range binds {
1021                 mnt := runner.Container.Mounts[bind]
1022                 if tgt == bind || strings.HasPrefix(tgt, bind+"/") {
1023                         // get path relative to bind
1024                         targetSuffix := tgt[len(bind):]
1025
1026                         // Copy mount and adjust the path to add path relative to the bind
1027                         adjustedMount := mnt
1028                         adjustedMount.Path = filepath.Join(adjustedMount.Path, targetSuffix)
1029
1030                         // Terminates in this keep mount, so add the
1031                         // manifest text at appropriate location.
1032                         outputSuffix := path[len(runner.HostOutputDir):]
1033                         manifestText, err = runner.getCollectionManifestForPath(adjustedMount, outputSuffix)
1034                         return
1035                 }
1036         }
1037
1038         // If target is not a collection mount, it must be located within the
1039         // output directory, otherwise it is an error.
1040         if derefErr == NotInOutputDirError {
1041                 err = fmt.Errorf("Symlink in output %q points to invalid location %q, must point to path within the output directory.",
1042                         path[len(runner.HostOutputDir):], readlinktgt)
1043                 return
1044         }
1045
1046         if info.Mode().IsRegular() {
1047                 return "", walkUpload.UploadFile(relocated, tgt)
1048         }
1049
1050         if info.Mode().IsDir() {
1051                 // Symlink leads to directory.  Walk() doesn't follow
1052                 // directory symlinks, so we walk the target directory
1053                 // instead.  Within the walk, file paths are relocated
1054                 // so they appear under the original symlink path.
1055                 err = filepath.Walk(tgt, func(walkpath string, walkinfo os.FileInfo, walkerr error) error {
1056                         var m string
1057                         m, walkerr = runner.UploadOutputFile(walkpath, walkinfo, walkerr,
1058                                 binds, walkUpload, tgt, relocated, followed+1)
1059                         if walkerr == nil {
1060                                 manifestText = manifestText + m
1061                         }
1062                         return walkerr
1063                 })
1064                 return
1065         }
1066
1067         return
1068 }
1069
1070 // HandleOutput sets the output, unmounts the FUSE mount, and deletes temporary directories
1071 func (runner *ContainerRunner) CaptureOutput() error {
1072         if runner.finalState != "Complete" {
1073                 return nil
1074         }
1075
1076         if wantAPI := runner.Container.RuntimeConstraints.API; wantAPI != nil && *wantAPI {
1077                 // Output may have been set directly by the container, so
1078                 // refresh the container record to check.
1079                 err := runner.ArvClient.Get("containers", runner.Container.UUID,
1080                         nil, &runner.Container)
1081                 if err != nil {
1082                         return err
1083                 }
1084                 if runner.Container.Output != "" {
1085                         // Container output is already set.
1086                         runner.OutputPDH = &runner.Container.Output
1087                         return nil
1088                 }
1089         }
1090
1091         if runner.HostOutputDir == "" {
1092                 return nil
1093         }
1094
1095         _, err := os.Stat(runner.HostOutputDir)
1096         if err != nil {
1097                 return fmt.Errorf("While checking host output path: %v", err)
1098         }
1099
1100         // Pre-populate output from the configured mount points
1101         var binds []string
1102         for bind, mnt := range runner.Container.Mounts {
1103                 if mnt.Kind == "collection" {
1104                         binds = append(binds, bind)
1105                 }
1106         }
1107         sort.Strings(binds)
1108
1109         var manifestText string
1110
1111         collectionMetafile := fmt.Sprintf("%s/.arvados#collection", runner.HostOutputDir)
1112         _, err = os.Stat(collectionMetafile)
1113         if err != nil {
1114                 // Regular directory
1115
1116                 cw := CollectionWriter{0, runner.Kc, nil, nil, sync.Mutex{}}
1117                 walkUpload := cw.BeginUpload(runner.HostOutputDir, runner.CrunchLog.Logger)
1118
1119                 var m string
1120                 err = filepath.Walk(runner.HostOutputDir, func(path string, info os.FileInfo, err error) error {
1121                         m, err = runner.UploadOutputFile(path, info, err, binds, walkUpload, "", "", 0)
1122                         if err == nil {
1123                                 manifestText = manifestText + m
1124                         }
1125                         return err
1126                 })
1127
1128                 cw.EndUpload(walkUpload)
1129
1130                 if err != nil {
1131                         return fmt.Errorf("While uploading output files: %v", err)
1132                 }
1133
1134                 m, err = cw.ManifestText()
1135                 manifestText = manifestText + m
1136                 if err != nil {
1137                         return fmt.Errorf("While uploading output files: %v", err)
1138                 }
1139         } else {
1140                 // FUSE mount directory
1141                 file, openerr := os.Open(collectionMetafile)
1142                 if openerr != nil {
1143                         return fmt.Errorf("While opening FUSE metafile: %v", err)
1144                 }
1145                 defer file.Close()
1146
1147                 var rec arvados.Collection
1148                 err = json.NewDecoder(file).Decode(&rec)
1149                 if err != nil {
1150                         return fmt.Errorf("While reading FUSE metafile: %v", err)
1151                 }
1152                 manifestText = rec.ManifestText
1153         }
1154
1155         for _, bind := range binds {
1156                 mnt := runner.Container.Mounts[bind]
1157
1158                 bindSuffix := strings.TrimPrefix(bind, runner.Container.OutputPath)
1159
1160                 if bindSuffix == bind || len(bindSuffix) <= 0 {
1161                         // either does not start with OutputPath or is OutputPath itself
1162                         continue
1163                 }
1164
1165                 if mnt.ExcludeFromOutput == true {
1166                         continue
1167                 }
1168
1169                 // append to manifest_text
1170                 m, err := runner.getCollectionManifestForPath(mnt, bindSuffix)
1171                 if err != nil {
1172                         return err
1173                 }
1174
1175                 manifestText = manifestText + m
1176         }
1177
1178         // Save output
1179         var response arvados.Collection
1180         manifest := manifest.Manifest{Text: manifestText}
1181         manifestText = manifest.Extract(".", ".").Text
1182         err = runner.ArvClient.Create("collections",
1183                 arvadosclient.Dict{
1184                         "ensure_unique_name": true,
1185                         "collection": arvadosclient.Dict{
1186                                 "is_trashed":    true,
1187                                 "name":          "output for " + runner.Container.UUID,
1188                                 "manifest_text": manifestText}},
1189                 &response)
1190         if err != nil {
1191                 return fmt.Errorf("While creating output collection: %v", err)
1192         }
1193         runner.OutputPDH = &response.PortableDataHash
1194         return nil
1195 }
1196
1197 var outputCollections = make(map[string]arvados.Collection)
1198
1199 // Fetch the collection for the mnt.PortableDataHash
1200 // Return the manifest_text fragment corresponding to the specified mnt.Path
1201 //  after making any required updates.
1202 //  Ex:
1203 //    If mnt.Path is not specified,
1204 //      return the entire manifest_text after replacing any "." with bindSuffix
1205 //    If mnt.Path corresponds to one stream,
1206 //      return the manifest_text for that stream after replacing that stream name with bindSuffix
1207 //    Otherwise, check if a filename in any one stream is being sought. Return the manifest_text
1208 //      for that stream after replacing stream name with bindSuffix minus the last word
1209 //      and the file name with last word of the bindSuffix
1210 //  Allowed path examples:
1211 //    "path":"/"
1212 //    "path":"/subdir1"
1213 //    "path":"/subdir1/subdir2"
1214 //    "path":"/subdir/filename" etc
1215 func (runner *ContainerRunner) getCollectionManifestForPath(mnt arvados.Mount, bindSuffix string) (string, error) {
1216         collection := outputCollections[mnt.PortableDataHash]
1217         if collection.PortableDataHash == "" {
1218                 err := runner.ArvClient.Get("collections", mnt.PortableDataHash, nil, &collection)
1219                 if err != nil {
1220                         return "", fmt.Errorf("While getting collection for %v: %v", mnt.PortableDataHash, err)
1221                 }
1222                 outputCollections[mnt.PortableDataHash] = collection
1223         }
1224
1225         if collection.ManifestText == "" {
1226                 runner.CrunchLog.Printf("No manifest text for collection %v", collection.PortableDataHash)
1227                 return "", nil
1228         }
1229
1230         mft := manifest.Manifest{Text: collection.ManifestText}
1231         extracted := mft.Extract(mnt.Path, bindSuffix)
1232         if extracted.Err != nil {
1233                 return "", fmt.Errorf("Error parsing manifest for %v: %v", mnt.PortableDataHash, extracted.Err.Error())
1234         }
1235         return extracted.Text, nil
1236 }
1237
1238 func (runner *ContainerRunner) CleanupDirs() {
1239         if runner.ArvMount != nil {
1240                 umount := exec.Command("fusermount", "-z", "-u", runner.ArvMountPoint)
1241                 umnterr := umount.Run()
1242                 if umnterr != nil {
1243                         runner.CrunchLog.Printf("While running fusermount: %v", umnterr)
1244                 }
1245
1246                 mnterr := <-runner.ArvMountExit
1247                 if mnterr != nil {
1248                         runner.CrunchLog.Printf("Arv-mount exit error: %v", mnterr)
1249                 }
1250         }
1251
1252         for _, tmpdir := range runner.CleanupTempDir {
1253                 rmerr := os.RemoveAll(tmpdir)
1254                 if rmerr != nil {
1255                         runner.CrunchLog.Printf("While cleaning up temporary directory %s: %v", tmpdir, rmerr)
1256                 }
1257         }
1258 }
1259
1260 // CommitLogs posts the collection containing the final container logs.
1261 func (runner *ContainerRunner) CommitLogs() error {
1262         runner.CrunchLog.Print(runner.finalState)
1263         runner.CrunchLog.Close()
1264
1265         // Closing CrunchLog above allows it to be committed to Keep at this
1266         // point, but re-open crunch log with ArvClient in case there are any
1267         // other further (such as failing to write the log to Keep!) while
1268         // shutting down
1269         runner.CrunchLog = NewThrottledLogger(&ArvLogWriter{ArvClient: runner.ArvClient,
1270                 UUID: runner.Container.UUID, loggingStream: "crunch-run", writeCloser: nil})
1271
1272         if runner.LogsPDH != nil {
1273                 // If we have already assigned something to LogsPDH,
1274                 // we must be closing the re-opened log, which won't
1275                 // end up getting attached to the container record and
1276                 // therefore doesn't need to be saved as a collection
1277                 // -- it exists only to send logs to other channels.
1278                 return nil
1279         }
1280
1281         mt, err := runner.LogCollection.ManifestText()
1282         if err != nil {
1283                 return fmt.Errorf("While creating log manifest: %v", err)
1284         }
1285
1286         var response arvados.Collection
1287         err = runner.ArvClient.Create("collections",
1288                 arvadosclient.Dict{
1289                         "ensure_unique_name": true,
1290                         "collection": arvadosclient.Dict{
1291                                 "is_trashed":    true,
1292                                 "name":          "logs for " + runner.Container.UUID,
1293                                 "manifest_text": mt}},
1294                 &response)
1295         if err != nil {
1296                 return fmt.Errorf("While creating log collection: %v", err)
1297         }
1298         runner.LogsPDH = &response.PortableDataHash
1299         return nil
1300 }
1301
1302 // UpdateContainerRunning updates the container state to "Running"
1303 func (runner *ContainerRunner) UpdateContainerRunning() error {
1304         runner.cStateLock.Lock()
1305         defer runner.cStateLock.Unlock()
1306         if runner.cCancelled {
1307                 return ErrCancelled
1308         }
1309         return runner.ArvClient.Update("containers", runner.Container.UUID,
1310                 arvadosclient.Dict{"container": arvadosclient.Dict{"state": "Running"}}, nil)
1311 }
1312
1313 // ContainerToken returns the api_token the container (and any
1314 // arv-mount processes) are allowed to use.
1315 func (runner *ContainerRunner) ContainerToken() (string, error) {
1316         if runner.token != "" {
1317                 return runner.token, nil
1318         }
1319
1320         var auth arvados.APIClientAuthorization
1321         err := runner.ArvClient.Call("GET", "containers", runner.Container.UUID, "auth", nil, &auth)
1322         if err != nil {
1323                 return "", err
1324         }
1325         runner.token = auth.APIToken
1326         return runner.token, nil
1327 }
1328
1329 // UpdateContainerComplete updates the container record state on API
1330 // server to "Complete" or "Cancelled"
1331 func (runner *ContainerRunner) UpdateContainerFinal() error {
1332         update := arvadosclient.Dict{}
1333         update["state"] = runner.finalState
1334         if runner.LogsPDH != nil {
1335                 update["log"] = *runner.LogsPDH
1336         }
1337         if runner.finalState == "Complete" {
1338                 if runner.ExitCode != nil {
1339                         update["exit_code"] = *runner.ExitCode
1340                 }
1341                 if runner.OutputPDH != nil {
1342                         update["output"] = *runner.OutputPDH
1343                 }
1344         }
1345         return runner.ArvClient.Update("containers", runner.Container.UUID, arvadosclient.Dict{"container": update}, nil)
1346 }
1347
1348 // IsCancelled returns the value of Cancelled, with goroutine safety.
1349 func (runner *ContainerRunner) IsCancelled() bool {
1350         runner.cStateLock.Lock()
1351         defer runner.cStateLock.Unlock()
1352         return runner.cCancelled
1353 }
1354
1355 // NewArvLogWriter creates an ArvLogWriter
1356 func (runner *ContainerRunner) NewArvLogWriter(name string) io.WriteCloser {
1357         return &ArvLogWriter{ArvClient: runner.ArvClient, UUID: runner.Container.UUID, loggingStream: name,
1358                 writeCloser: runner.LogCollection.Open(name + ".txt")}
1359 }
1360
1361 // Run the full container lifecycle.
1362 func (runner *ContainerRunner) Run() (err error) {
1363         runner.CrunchLog.Printf("Executing container '%s'", runner.Container.UUID)
1364
1365         hostname, hosterr := os.Hostname()
1366         if hosterr != nil {
1367                 runner.CrunchLog.Printf("Error getting hostname '%v'", hosterr)
1368         } else {
1369                 runner.CrunchLog.Printf("Executing on host '%s'", hostname)
1370         }
1371
1372         // Clean up temporary directories _after_ finalizing
1373         // everything (if we've made any by then)
1374         defer runner.CleanupDirs()
1375
1376         runner.finalState = "Queued"
1377
1378         defer func() {
1379                 // checkErr prints e (unless it's nil) and sets err to
1380                 // e (unless err is already non-nil). Thus, if err
1381                 // hasn't already been assigned when Run() returns,
1382                 // this cleanup func will cause Run() to return the
1383                 // first non-nil error that is passed to checkErr().
1384                 checkErr := func(e error) {
1385                         if e == nil {
1386                                 return
1387                         }
1388                         runner.CrunchLog.Print(e)
1389                         if err == nil {
1390                                 err = e
1391                         }
1392                         if runner.finalState == "Complete" {
1393                                 // There was an error in the finalization.
1394                                 runner.finalState = "Cancelled"
1395                         }
1396                 }
1397
1398                 // Log the error encountered in Run(), if any
1399                 checkErr(err)
1400
1401                 if runner.finalState == "Queued" {
1402                         runner.CrunchLog.Close()
1403                         runner.UpdateContainerFinal()
1404                         return
1405                 }
1406
1407                 if runner.IsCancelled() {
1408                         runner.finalState = "Cancelled"
1409                         // but don't return yet -- we still want to
1410                         // capture partial output and write logs
1411                 }
1412
1413                 checkErr(runner.CaptureOutput())
1414                 checkErr(runner.CommitLogs())
1415                 checkErr(runner.UpdateContainerFinal())
1416
1417                 // The real log is already closed, but then we opened
1418                 // a new one in case we needed to log anything while
1419                 // finalizing.
1420                 runner.CrunchLog.Close()
1421
1422                 runner.teardown()
1423         }()
1424
1425         err = runner.fetchContainerRecord()
1426         if err != nil {
1427                 return
1428         }
1429
1430         // setup signal handling
1431         runner.setupSignals()
1432
1433         // check for and/or load image
1434         err = runner.LoadImage()
1435         if err != nil {
1436                 runner.finalState = "Cancelled"
1437                 err = fmt.Errorf("While loading container image: %v", err)
1438                 return
1439         }
1440
1441         // set up FUSE mount and binds
1442         err = runner.SetupMounts()
1443         if err != nil {
1444                 runner.finalState = "Cancelled"
1445                 err = fmt.Errorf("While setting up mounts: %v", err)
1446                 return
1447         }
1448
1449         err = runner.CreateContainer()
1450         if err != nil {
1451                 return
1452         }
1453
1454         // Gather and record node information
1455         err = runner.LogNodeInfo()
1456         if err != nil {
1457                 return
1458         }
1459         // Save container.json record on log collection
1460         err = runner.LogContainerRecord()
1461         if err != nil {
1462                 return
1463         }
1464
1465         runner.StartCrunchstat()
1466
1467         if runner.IsCancelled() {
1468                 return
1469         }
1470
1471         err = runner.UpdateContainerRunning()
1472         if err != nil {
1473                 return
1474         }
1475         runner.finalState = "Cancelled"
1476
1477         err = runner.StartContainer()
1478         if err != nil {
1479                 return
1480         }
1481
1482         err = runner.WaitFinish()
1483         if err == nil {
1484                 runner.finalState = "Complete"
1485         }
1486         return
1487 }
1488
1489 // Fetch the current container record (uuid = runner.Container.UUID)
1490 // into runner.Container.
1491 func (runner *ContainerRunner) fetchContainerRecord() error {
1492         reader, err := runner.ArvClient.CallRaw("GET", "containers", runner.Container.UUID, "", nil)
1493         if err != nil {
1494                 return fmt.Errorf("error fetching container record: %v", err)
1495         }
1496         defer reader.Close()
1497
1498         dec := json.NewDecoder(reader)
1499         dec.UseNumber()
1500         err = dec.Decode(&runner.Container)
1501         if err != nil {
1502                 return fmt.Errorf("error decoding container record: %v", err)
1503         }
1504         return nil
1505 }
1506
1507 // NewContainerRunner creates a new container runner.
1508 func NewContainerRunner(api IArvadosClient,
1509         kc IKeepClient,
1510         docker ThinDockerClient,
1511         containerUUID string) *ContainerRunner {
1512
1513         cr := &ContainerRunner{ArvClient: api, Kc: kc, Docker: docker}
1514         cr.NewLogWriter = cr.NewArvLogWriter
1515         cr.RunArvMount = cr.ArvMountCmd
1516         cr.MkTempDir = ioutil.TempDir
1517         cr.LogCollection = &CollectionWriter{0, kc, nil, nil, sync.Mutex{}}
1518         cr.Container.UUID = containerUUID
1519         cr.CrunchLog = NewThrottledLogger(cr.NewLogWriter("crunch-run"))
1520         cr.CrunchLog.Immediate = log.New(os.Stderr, containerUUID+" ", 0)
1521
1522         loadLogThrottleParams(api)
1523
1524         return cr
1525 }
1526
1527 func main() {
1528         statInterval := flag.Duration("crunchstat-interval", 10*time.Second, "sampling period for periodic resource usage reporting")
1529         cgroupRoot := flag.String("cgroup-root", "/sys/fs/cgroup", "path to sysfs cgroup tree")
1530         cgroupParent := flag.String("cgroup-parent", "docker", "name of container's parent cgroup (ignored if -cgroup-parent-subsystem is used)")
1531         cgroupParentSubsystem := flag.String("cgroup-parent-subsystem", "", "use current cgroup for given subsystem as parent cgroup for container")
1532         caCertsPath := flag.String("ca-certs", "", "Path to TLS root certificates")
1533         enableNetwork := flag.String("container-enable-networking", "default",
1534                 `Specify if networking should be enabled for container.  One of 'default', 'always':
1535         default: only enable networking if container requests it.
1536         always:  containers always have networking enabled
1537         `)
1538         networkMode := flag.String("container-network-mode", "default",
1539                 `Set networking mode for container.  Corresponds to Docker network mode (--net).
1540         `)
1541         memprofile := flag.String("memprofile", "", "write memory profile to `file` after running container")
1542         flag.Parse()
1543
1544         containerId := flag.Arg(0)
1545
1546         if *caCertsPath != "" {
1547                 arvadosclient.CertFiles = []string{*caCertsPath}
1548         }
1549
1550         api, err := arvadosclient.MakeArvadosClient()
1551         if err != nil {
1552                 log.Fatalf("%s: %v", containerId, err)
1553         }
1554         api.Retries = 8
1555
1556         var kc *keepclient.KeepClient
1557         kc, err = keepclient.MakeKeepClient(api)
1558         if err != nil {
1559                 log.Fatalf("%s: %v", containerId, err)
1560         }
1561         kc.BlockCache = &keepclient.BlockCache{MaxBlocks: 2}
1562         kc.Retries = 4
1563
1564         var docker *dockerclient.Client
1565         // API version 1.21 corresponds to Docker 1.9, which is currently the
1566         // minimum version we want to support.
1567         docker, err = dockerclient.NewClient(dockerclient.DefaultDockerHost, "1.21", nil, nil)
1568         if err != nil {
1569                 log.Fatalf("%s: %v", containerId, err)
1570         }
1571
1572         dockerClientProxy := ThinDockerClientProxy{Docker: docker}
1573
1574         cr := NewContainerRunner(api, kc, dockerClientProxy, containerId)
1575         cr.statInterval = *statInterval
1576         cr.cgroupRoot = *cgroupRoot
1577         cr.expectCgroupParent = *cgroupParent
1578         cr.enableNetwork = *enableNetwork
1579         cr.networkMode = *networkMode
1580         if *cgroupParentSubsystem != "" {
1581                 p := findCgroup(*cgroupParentSubsystem)
1582                 cr.setCgroupParent = p
1583                 cr.expectCgroupParent = p
1584         }
1585
1586         runerr := cr.Run()
1587
1588         if *memprofile != "" {
1589                 f, err := os.Create(*memprofile)
1590                 if err != nil {
1591                         log.Printf("could not create memory profile: ", err)
1592                 }
1593                 runtime.GC() // get up-to-date statistics
1594                 if err := pprof.WriteHeapProfile(f); err != nil {
1595                         log.Printf("could not write memory profile: ", err)
1596                 }
1597                 closeerr := f.Close()
1598                 if closeerr != nil {
1599                         log.Printf("closing memprofile file: ", err)
1600                 }
1601         }
1602
1603         if runerr != nil {
1604                 log.Fatalf("%s: %v", containerId, runerr)
1605         }
1606 }