doc/start/getting_started/firstpipeline.html.textile.liquid

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   2 layout: default
   3 navsection: start
   4 title: Run your first pipeline in minutes
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   6 {% comment %}
   7 Copyright (C) The Arvados Authors. All rights reserved.
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   9 SPDX-License-Identifier: CC-BY-SA-3.0
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  12 h2. LobSTR v3
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  14 In this quickstart guide, we'll run an existing pipeline with pre-existing data. Step-by-step instructions are shown below. You can follow along using your own local install or by using Curoverse's <a href="http://lp.curoverse.com/beta-signup/">hosted version of Arvados</a> (in public beta, any Google account can be used to login).
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  16 (For more information about this pipeline, see our <a href="https://dev.arvados.org/projects/arvados/wiki/LobSTR_tutorial">detailed lobSTR guide</a>).
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  18 <div id="carousel-firstpipe" class="carousel slide" data-interval="false">
  19   <!-- Indicators -->
  20   <ol class="carousel-indicators">
  21     <li data-target="#carousel-firstpipe" data-slide-to="0" class="active"></li>
  22     <li data-target="#carousel-firstpipe" data-slide-to="1"></li>
  23     <li data-target="#carousel-firstpipe" data-slide-to="2"></li>
  24     <li data-target="#carousel-firstpipe" data-slide-to="3"></li>
  25     <li data-target="#carousel-firstpipe" data-slide-to="4"></li>
  26     <li data-target="#carousel-firstpipe" data-slide-to="5"></li>
  27     <li data-target="#carousel-firstpipe" data-slide-to="6"></li>
  28   </ol>
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  30   <!-- Wrapper for slides -->
  31   <div class="carousel-inner" role="listbox">
  32     <div class="item active">
  33       <img src="{{ site.baseurl }}/images/quickstart/1.png" alt="Step 1. At the dashboard, click 'Run a pipeline...'.">
  34       <div class="carousel-caption">
  35         Step 1. At the dashboard, click 'Run a pipeline...'.
  36       </div>
  37     </div>
  38
  39     <div class="item">
  40       <img src="{{ site.baseurl }}/images/quickstart/2.png" alt="Choose 'lobstr v.3' and hit 'Next'.">
  41       <div class="carousel-caption">
  42         Choose 'lobstr v.3' and hit 'Next'.
  43       </div>
  44     </div>
  45
  46     <div class="item">
  47       <img src="{{ site.baseurl }}/images/quickstart/3.png" alt="Rename the pipeline instance, then click 'Run'. Click 'Choose' to change the default inputs.">
  48       <div class="carousel-caption">
  49         Rename the pipeline instance, then click 'Run'. Click 'Choose' to change the default inputs.
  50       </div>
  51     </div>
  52
  53     <div class="item">
  54       <img src="{{ site.baseurl }}/images/quickstart/4.png" alt="Here we search for and choose new inputs.">
  55       <div class="carousel-caption">
  56         Here we search for and choose new inputs.
  57       </div>
  58     </div>
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  60     <div class="item">
  61       <img src="{{ site.baseurl }}/images/quickstart/5.png" alt="After the job completes, you can re-run it with one click.">
  62       <div class="carousel-caption">
  63         After the job completes, you can re-run it with one click.
  64       </div>
  65     </div>
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  67     <div class="item">
  68       <img src="{{ site.baseurl }}/images/quickstart/6.png" alt="You can inspect details about the pipeline which are automatically logged.">
  69       <div class="carousel-caption">
  70         You can inspect automatically-logged details about the pipeline.
  71       </div>
  72     </div>
  73
  74     <div class="item">
  75       <img src="{{ site.baseurl }}/images/quickstart/7.png" alt="Click 'Create sharing link' to share the output files with people outside Arvados. [END]">
  76       <div class="carousel-caption">
  77         Click 'Create sharing link' to share the output files with people outside Arvados. [END]
  78       </div>
  79     </div>
  80
  81   </div>
  82
  83   <!-- Controls -->
  84   <a class="left carousel-control" href="#carousel-firstpipe" role="button" data-slide="prev">
  85     <span class="glyphicon glyphicon-chevron-left" aria-hidden="true"></span>
  86     <span class="sr-only">Previous</span>
  87   </a>
  88   <a class="right carousel-control" href="#carousel-firstpipe" role="button" data-slide="next">
  89     <span class="glyphicon glyphicon-chevron-right" aria-hidden="true"></span>
  90     <span class="sr-only">Next</span>
  91   </a>
  92 </div>
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  94 Tip: You may need to make your browser window bigger to see full-size images in the gallery above.