sdk/cli/bin/crunch-job

   1 #!/usr/bin/perl
   2 # -*- mode: perl; perl-indent-level: 2; indent-tabs-mode: nil; -*-
   3
   4 =head1 NAME
   5
   6 crunch-job: Execute job steps, save snapshots as requested, collate output.
   7
   8 =head1 SYNOPSIS
   9
  10 Obtain job details from Arvados, run tasks on compute nodes (typically
  11 invoked by scheduler on controller):
  12
  13  crunch-job --job x-y-z --git-dir /path/to/repo/.git
  14
  15 Obtain job details from command line, run tasks on local machine
  16 (typically invoked by application or developer on VM):
  17
  18  crunch-job --job '{"script_version":"/path/to/working/tree","script":"scriptname",...}'
  19
  20  crunch-job --job '{"repository":"https://github.com/curoverse/arvados.git","script_version":"master","script":"scriptname",...}'
  21
  22 =head1 OPTIONS
  23
  24 =over
  25
  26 =item --force-unlock
  27
  28 If the job is already locked, steal the lock and run it anyway.
  29
  30 =item --git-dir
  31
  32 Path to a .git directory (or a git URL) where the commit given in the
  33 job's C<script_version> attribute is to be found. If this is I<not>
  34 given, the job's C<repository> attribute will be used.
  35
  36 =item --job-api-token
  37
  38 Arvados API authorization token to use during the course of the job.
  39
  40 =item --no-clear-tmp
  41
  42 Do not clear per-job/task temporary directories during initial job
  43 setup. This can speed up development and debugging when running jobs
  44 locally.
  45
  46 =item --job
  47
  48 UUID of the job to run, or a JSON-encoded job resource without a
  49 UUID. If the latter is given, a new job object will be created.
  50
  51 =back
  52
  53 =head1 RUNNING JOBS LOCALLY
  54
  55 crunch-job's log messages appear on stderr along with the job tasks'
  56 stderr streams. The log is saved in Keep at each checkpoint and when
  57 the job finishes.
  58
  59 If the job succeeds, the job's output locator is printed on stdout.
  60
  61 While the job is running, the following signals are accepted:
  62
  63 =over
  64
  65 =item control-C, SIGINT, SIGQUIT
  66
  67 Save a checkpoint, terminate any job tasks that are running, and stop.
  68
  69 =item SIGALRM
  70
  71 Save a checkpoint and continue.
  72
  73 =item SIGHUP
  74
  75 Refresh node allocation (i.e., check whether any nodes have been added
  76 or unallocated) and attributes of the Job record that should affect
  77 behavior (e.g., cancel job if cancelled_at becomes non-nil).
  78
  79 =back
  80
  81 =cut
  82
  83
  84 use strict;
  85 use POSIX ':sys_wait_h';
  86 use POSIX qw(strftime);
  87 use Fcntl qw(F_GETFL F_SETFL O_NONBLOCK);
  88 use Arvados;
  89 use Cwd qw(realpath);
  90 use Data::Dumper;
  91 use Digest::MD5 qw(md5_hex);
  92 use Getopt::Long;
  93 use IPC::Open2;
  94 use IO::Select;
  95 use File::Temp;
  96 use Fcntl ':flock';
  97 use File::Path qw( make_path remove_tree );
  98
  99 use constant EX_TEMPFAIL => 75;
 100
 101 $ENV{"TMPDIR"} ||= "/tmp";
 102 unless (defined $ENV{"CRUNCH_TMP"}) {
 103   $ENV{"CRUNCH_TMP"} = $ENV{"TMPDIR"} . "/crunch-job";
 104   if ($ENV{"USER"} ne "crunch" && $< != 0) {
 105     # use a tmp dir unique for my uid
 106     $ENV{"CRUNCH_TMP"} .= "-$<";
 107   }
 108 }
 109
 110 # Create the tmp directory if it does not exist
 111 if ( ! -d $ENV{"CRUNCH_TMP"} ) {
 112   make_path $ENV{"CRUNCH_TMP"} or die "Failed to create temporary working directory: " . $ENV{"CRUNCH_TMP"};
 113 }
 114
 115 $ENV{"JOB_WORK"} = $ENV{"CRUNCH_TMP"} . "/work";
 116 $ENV{"CRUNCH_INSTALL"} = "$ENV{CRUNCH_TMP}/opt";
 117 $ENV{"CRUNCH_WORK"} = $ENV{"JOB_WORK"}; # deprecated
 118 mkdir ($ENV{"JOB_WORK"});
 119
 120 my $force_unlock;
 121 my $git_dir;
 122 my $jobspec;
 123 my $job_api_token;
 124 my $no_clear_tmp;
 125 my $resume_stash;
 126 GetOptions('force-unlock' => \$force_unlock,
 127            'git-dir=s' => \$git_dir,
 128            'job=s' => \$jobspec,
 129            'job-api-token=s' => \$job_api_token,
 130            'no-clear-tmp' => \$no_clear_tmp,
 131            'resume-stash=s' => \$resume_stash,
 132     );
 133
 134 if (defined $job_api_token) {
 135   $ENV{ARVADOS_API_TOKEN} = $job_api_token;
 136 }
 137
 138 my $have_slurm = exists $ENV{SLURM_JOBID} && exists $ENV{SLURM_NODELIST};
 139 my $local_job = 0;
 140
 141
 142 $SIG{'USR1'} = sub
 143 {
 144   $main::ENV{CRUNCH_DEBUG} = 1;
 145 };
 146 $SIG{'USR2'} = sub
 147 {
 148   $main::ENV{CRUNCH_DEBUG} = 0;
 149 };
 150
 151
 152
 153 my $arv = Arvados->new('apiVersion' => 'v1');
 154
 155 my $Job;
 156 my $job_id;
 157 my $dbh;
 158 my $sth;
 159 my @jobstep;
 160
 161 my $User = api_call("users/current");
 162
 163 if ($jobspec =~ /^[-a-z\d]+$/)
 164 {
 165   # $jobspec is an Arvados UUID, not a JSON job specification
 166   $Job = api_call("jobs/get", uuid => $jobspec);
 167   if (!$force_unlock) {
 168     # Claim this job, and make sure nobody else does
 169     eval { api_call("jobs/lock", uuid => $Job->{uuid}); };
 170     if ($@) {
 171       Log(undef, "Error while locking job, exiting ".EX_TEMPFAIL);
 172       exit EX_TEMPFAIL;
 173     };
 174   }
 175 }
 176 else
 177 {
 178   $Job = JSON::decode_json($jobspec);
 179
 180   if (!$resume_stash)
 181   {
 182     map { croak ("No $_ specified") unless $Job->{$_} }
 183     qw(script script_version script_parameters);
 184   }
 185
 186   $Job->{'is_locked_by_uuid'} = $User->{'uuid'};
 187   $Job->{'started_at'} = gmtime;
 188   $Job->{'state'} = 'Running';
 189
 190   $Job = api_call("jobs/create", job => $Job);
 191 }
 192 $job_id = $Job->{'uuid'};
 193
 194 my $keep_logfile = $job_id . '.log.txt';
 195 log_writer_start($keep_logfile);
 196
 197 $Job->{'runtime_constraints'} ||= {};
 198 $Job->{'runtime_constraints'}->{'max_tasks_per_node'} ||= 0;
 199 my $max_ncpus = $Job->{'runtime_constraints'}->{'max_tasks_per_node'};
 200
 201 my $gem_versions = `gem list --quiet arvados-cli 2>/dev/null`;
 202 if ($? == 0) {
 203   $gem_versions =~ s/^arvados-cli \(/ with arvados-cli Gem version(s) /;
 204   chomp($gem_versions);
 205   chop($gem_versions);  # Closing parentheses
 206 } else {
 207   $gem_versions = "";
 208 }
 209 Log(undef,
 210     "running from " . ((-e $0) ? realpath($0) : "stdin") . $gem_versions);
 211
 212 Log (undef, "check slurm allocation");
 213 my @slot;
 214 my @node;
 215 # Should use $ENV{SLURM_TASKS_PER_NODE} instead of sinfo? (eg. "4(x3),2,4(x2)")
 216 my @sinfo;
 217 if (!$have_slurm)
 218 {
 219   my $localcpus = 0 + `grep -cw ^processor /proc/cpuinfo` || 1;
 220   push @sinfo, "$localcpus localhost";
 221 }
 222 if (exists $ENV{SLURM_NODELIST})
 223 {
 224   push @sinfo, `sinfo -h --format='%c %N' --nodes=\Q$ENV{SLURM_NODELIST}\E`;
 225 }
 226 foreach (@sinfo)
 227 {
 228   my ($ncpus, $slurm_nodelist) = split;
 229   $ncpus = $max_ncpus if $max_ncpus && $ncpus > $max_ncpus;
 230
 231   my @nodelist;
 232   while ($slurm_nodelist =~ s/^([^\[,]+?(\[.*?\])?)(,|$)//)
 233   {
 234     my $nodelist = $1;
 235     if ($nodelist =~ /\[((\d+)(-(\d+))?(,(\d+)(-(\d+))?)*)\]/)
 236     {
 237       my $ranges = $1;
 238       foreach (split (",", $ranges))
 239       {
 240         my ($a, $b);
 241         if (/(\d+)-(\d+)/)
 242         {
 243           $a = $1;
 244           $b = $2;
 245         }
 246         else
 247         {
 248           $a = $_;
 249           $b = $_;
 250         }
 251         push @nodelist, map {
 252           my $n = $nodelist;
 253           $n =~ s/\[[-,\d]+\]/$_/;
 254           $n;
 255         } ($a..$b);
 256       }
 257     }
 258     else
 259     {
 260       push @nodelist, $nodelist;
 261     }
 262   }
 263   foreach my $nodename (@nodelist)
 264   {
 265     Log (undef, "node $nodename - $ncpus slots");
 266     my $node = { name => $nodename,
 267                  ncpus => $ncpus,
 268                  losing_streak => 0,
 269                  hold_until => 0 };
 270     foreach my $cpu (1..$ncpus)
 271     {
 272       push @slot, { node => $node,
 273                     cpu => $cpu };
 274     }
 275   }
 276   push @node, @nodelist;
 277 }
 278
 279
 280
 281 # Ensure that we get one jobstep running on each allocated node before
 282 # we start overloading nodes with concurrent steps
 283
 284 @slot = sort { $a->{cpu} <=> $b->{cpu} } @slot;
 285
 286
 287 $Job->update_attributes(
 288   'tasks_summary' => { 'failed' => 0,
 289                        'todo' => 1,
 290                        'running' => 0,
 291                        'done' => 0 });
 292
 293 Log (undef, "start");
 294 $SIG{'INT'} = sub { $main::please_freeze = 1; };
 295 $SIG{'QUIT'} = sub { $main::please_freeze = 1; };
 296 $SIG{'TERM'} = \&croak;
 297 $SIG{'TSTP'} = sub { $main::please_freeze = 1; };
 298 $SIG{'ALRM'} = sub { $main::please_info = 1; };
 299 $SIG{'CONT'} = sub { $main::please_continue = 1; };
 300 $SIG{'HUP'} = sub { $main::please_refresh = 1; };
 301
 302 $main::please_freeze = 0;
 303 $main::please_info = 0;
 304 $main::please_continue = 0;
 305 $main::please_refresh = 0;
 306 my $jobsteps_must_output_keys = 0;      # becomes 1 when any task outputs a key
 307
 308 grep { $ENV{$1} = $2 if /^(NOCACHE.*?)=(.*)/ } split ("\n", $$Job{knobs});
 309 $ENV{"CRUNCH_JOB_UUID"} = $job_id;
 310 $ENV{"JOB_UUID"} = $job_id;
 311
 312
 313 my @jobstep_todo = ();
 314 my @jobstep_done = ();
 315 my @jobstep_tomerge = ();
 316 my $jobstep_tomerge_level = 0;
 317 my $squeue_checked;
 318 my $squeue_kill_checked;
 319 my $latest_refresh = scalar time;
 320
 321
 322
 323 if (defined $Job->{thawedfromkey})
 324 {
 325   thaw ($Job->{thawedfromkey});
 326 }
 327 else
 328 {
 329   my $first_task = api_call("job_tasks/create", job_task => {
 330     'job_uuid' => $Job->{'uuid'},
 331     'sequence' => 0,
 332     'qsequence' => 0,
 333     'parameters' => {},
 334   });
 335   push @jobstep, { 'level' => 0,
 336                    'failures' => 0,
 337                    'arvados_task' => $first_task,
 338                  };
 339   push @jobstep_todo, 0;
 340 }
 341
 342
 343 if (!$have_slurm)
 344 {
 345   must_lock_now("$ENV{CRUNCH_TMP}/.lock", "a job is already running here.");
 346 }
 347
 348 my $build_script = handle_readall(\*DATA);
 349 my $nodelist = join(",", @node);
 350 my $git_tar_count = 0;
 351
 352 if (!defined $no_clear_tmp) {
 353   # Clean out crunch_tmp/work, crunch_tmp/opt, crunch_tmp/src*
 354   Log (undef, "Clean work dirs");
 355
 356   my $cleanpid = fork();
 357   if ($cleanpid == 0)
 358   {
 359     # Find FUSE mounts that look like Keep mounts (the mount path has the
 360     # word "keep") and unmount them.  Then clean up work directories.
 361     # TODO: When #5036 is done and widely deployed, we can get rid of the
 362     # regular expression and just unmount everything with type fuse.keep.
 363     srun (["srun", "--nodelist=$nodelist", "-D", $ENV{'TMPDIR'}],
 364           ['bash', '-ec', 'mount -t fuse,fuse.keep | awk \'($3 ~ /\ykeep\y/){print $3}\' | xargs -r -n 1 fusermount -u -z; sleep 1; rm -rf $JOB_WORK $CRUNCH_INSTALL $CRUNCH_TMP/task $CRUNCH_TMP/src*']);
 365     exit (1);
 366   }
 367   while (1)
 368   {
 369     last if $cleanpid == waitpid (-1, WNOHANG);
 370     freeze_if_want_freeze ($cleanpid);
 371     select (undef, undef, undef, 0.1);
 372   }
 373   Log (undef, "Cleanup command exited ".exit_status_s($?));
 374 }
 375
 376 # If this job requires a Docker image, install that.
 377 my $docker_bin = "/usr/bin/docker.io";
 378 my ($docker_locator, $docker_stream, $docker_hash);
 379 if ($docker_locator = $Job->{docker_image_locator}) {
 380   ($docker_stream, $docker_hash) = find_docker_image($docker_locator);
 381   if (!$docker_hash)
 382   {
 383     croak("No Docker image hash found from locator $docker_locator");
 384   }
 385   $docker_stream =~ s/^\.//;
 386   my $docker_install_script = qq{
 387 if ! $docker_bin images -q --no-trunc | grep -qxF \Q$docker_hash\E; then
 388     arv-get \Q$docker_locator$docker_stream/$docker_hash.tar\E | $docker_bin load
 389 fi
 390 };
 391   my $docker_pid = fork();
 392   if ($docker_pid == 0)
 393   {
 394     srun (["srun", "--nodelist=" . join(',', @node)],
 395           ["/bin/sh", "-ec", $docker_install_script]);
 396     exit ($?);
 397   }
 398   while (1)
 399   {
 400     last if $docker_pid == waitpid (-1, WNOHANG);
 401     freeze_if_want_freeze ($docker_pid);
 402     select (undef, undef, undef, 0.1);
 403   }
 404   if ($? != 0)
 405   {
 406     croak("Installing Docker image from $docker_locator exited "
 407           .exit_status_s($?));
 408   }
 409
 410   if ($Job->{arvados_sdk_version}) {
 411     # The job also specifies an Arvados SDK version.  Add the SDKs to the
 412     # tar file for the build script to install.
 413     Log(undef, sprintf("Packing Arvados SDK version %s for installation",
 414                        $Job->{arvados_sdk_version}));
 415     add_git_archive("git", "--git-dir=$git_dir", "archive",
 416                     "--prefix=.arvados.sdk/",
 417                     $Job->{arvados_sdk_version}, "sdk");
 418   }
 419 }
 420
 421 if (!defined $git_dir && $Job->{'script_version'} =~ m{^/}) {
 422   # If script_version looks like an absolute path, *and* the --git-dir
 423   # argument was not given -- which implies we were not invoked by
 424   # crunch-dispatch -- we will use the given path as a working
 425   # directory instead of resolving script_version to a git commit (or
 426   # doing anything else with git).
 427   $ENV{"CRUNCH_SRC_COMMIT"} = $Job->{'script_version'};
 428   $ENV{"CRUNCH_SRC"} = $Job->{'script_version'};
 429 }
 430 else {
 431   # Resolve the given script_version to a git commit sha1. Also, if
 432   # the repository is remote, clone it into our local filesystem: this
 433   # ensures "git archive" will work, and is necessary to reliably
 434   # resolve a symbolic script_version like "master^".
 435   $ENV{"CRUNCH_SRC"} = "$ENV{CRUNCH_TMP}/src";
 436
 437   Log (undef, "Looking for version ".$Job->{script_version}." from repository ".$Job->{repository});
 438
 439   $ENV{"CRUNCH_SRC_COMMIT"} = $Job->{script_version};
 440
 441   # If we're running under crunch-dispatch, it will have already
 442   # pulled the appropriate source tree into its own repository, and
 443   # given us that repo's path as $git_dir.
 444   #
 445   # If we're running a "local" job, we might have to fetch content
 446   # from a remote repository.
 447   #
 448   # (Currently crunch-dispatch gives a local path with --git-dir, but
 449   # we might as well accept URLs there too in case it changes its
 450   # mind.)
 451   my $repo = $git_dir || $Job->{'repository'};
 452
 453   # Repository can be remote or local. If remote, we'll need to fetch it
 454   # to a local dir before doing `git log` et al.
 455   my $repo_location;
 456
 457   if ($repo =~ m{://|^[^/]*:}) {
 458     # $repo is a git url we can clone, like git:// or https:// or
 459     # file:/// or [user@]host:repo.git. Note "user/name@host:foo" is
 460     # not recognized here because distinguishing that from a local
 461     # path is too fragile. If you really need something strange here,
 462     # use the ssh:// form.
 463     $repo_location = 'remote';
 464   } elsif ($repo =~ m{^\.*/}) {
 465     # $repo is a local path to a git index. We'll also resolve ../foo
 466     # to ../foo/.git if the latter is a directory. To help
 467     # disambiguate local paths from named hosted repositories, this
 468     # form must be given as ./ or ../ if it's a relative path.
 469     if (-d "$repo/.git") {
 470       $repo = "$repo/.git";
 471     }
 472     $repo_location = 'local';
 473   } else {
 474     # $repo is none of the above. It must be the name of a hosted
 475     # repository.
 476     my $arv_repo_list = api_call("repositories/list",
 477                                  'filters' => [['name','=',$repo]]);
 478     my @repos_found = @{$arv_repo_list->{'items'}};
 479     my $n_found = $arv_repo_list->{'serverResponse'}->{'items_available'};
 480     if ($n_found > 0) {
 481       Log(undef, "Repository '$repo' -> "
 482           . join(", ", map { $_->{'uuid'} } @repos_found));
 483     }
 484     if ($n_found != 1) {
 485       croak("Error: Found $n_found repositories with name '$repo'.");
 486     }
 487     $repo = $repos_found[0]->{'fetch_url'};
 488     $repo_location = 'remote';
 489   }
 490   Log(undef, "Using $repo_location repository '$repo'");
 491   $ENV{"CRUNCH_SRC_URL"} = $repo;
 492
 493   # Resolve given script_version (we'll call that $treeish here) to a
 494   # commit sha1 ($commit).
 495   my $treeish = $Job->{'script_version'};
 496   my $commit;
 497   if ($repo_location eq 'remote') {
 498     # We minimize excess object-fetching by re-using the same bare
 499     # repository in CRUNCH_TMP/.git for multiple crunch-jobs -- we
 500     # just keep adding remotes to it as needed.
 501     my $local_repo = $ENV{'CRUNCH_TMP'}."/.git";
 502     my $gitcmd = "git --git-dir=\Q$local_repo\E";
 503
 504     # Set up our local repo for caching remote objects, making
 505     # archives, etc.
 506     if (!-d $local_repo) {
 507       make_path($local_repo) or croak("Error: could not create $local_repo");
 508     }
 509     # This works (exits 0 and doesn't delete fetched objects) even
 510     # if $local_repo is already initialized:
 511     `$gitcmd init --bare`;
 512     if ($?) {
 513       croak("Error: $gitcmd init --bare exited ".exit_status_s($?));
 514     }
 515
 516     # If $treeish looks like a hash (or abbrev hash) we look it up in
 517     # our local cache first, since that's cheaper. (We don't want to
 518     # do that with tags/branches though -- those change over time, so
 519     # they should always be resolved by the remote repo.)
 520     if ($treeish =~ /^[0-9a-f]{7,40}$/s) {
 521       # Hide stderr because it's normal for this to fail:
 522       my $sha1 = `$gitcmd rev-list -n1 ''\Q$treeish\E 2>/dev/null`;
 523       if ($? == 0 &&
 524           # Careful not to resolve a branch named abcdeff to commit 1234567:
 525           $sha1 =~ /^$treeish/ &&
 526           $sha1 =~ /^([0-9a-f]{40})$/s) {
 527         $commit = $1;
 528         Log(undef, "Commit $commit already present in $local_repo");
 529       }
 530     }
 531
 532     if (!defined $commit) {
 533       # If $treeish isn't just a hash or abbrev hash, or isn't here
 534       # yet, we need to fetch the remote to resolve it correctly.
 535
 536       # First, remove all local heads. This prevents a name that does
 537       # not exist on the remote from resolving to (or colliding with)
 538       # a previously fetched branch or tag (possibly from a different
 539       # remote).
 540       remove_tree("$local_repo/refs/heads", {keep_root => 1});
 541
 542       Log(undef, "Fetching objects from $repo to $local_repo");
 543       `$gitcmd fetch --no-progress --tags ''\Q$repo\E \Q+refs/heads/*:refs/heads/*\E`;
 544       if ($?) {
 545         croak("Error: `$gitcmd fetch` exited ".exit_status_s($?));
 546       }
 547     }
 548
 549     # Now that the data is all here, we will use our local repo for
 550     # the rest of our git activities.
 551     $repo = $local_repo;
 552   }
 553
 554   my $gitcmd = "git --git-dir=\Q$repo\E";
 555   my $sha1 = `$gitcmd rev-list -n1 ''\Q$treeish\E`;
 556   unless ($? == 0 && $sha1 =~ /^([0-9a-f]{40})$/) {
 557     croak("`$gitcmd rev-list` exited "
 558           .exit_status_s($?)
 559           .", '$treeish' not found. Giving up.");
 560   }
 561   $commit = $1;
 562   Log(undef, "Version $treeish is commit $commit");
 563
 564   if ($commit ne $Job->{'script_version'}) {
 565     # Record the real commit id in the database, frozentokey, logs,
 566     # etc. -- instead of an abbreviation or a branch name which can
 567     # become ambiguous or point to a different commit in the future.
 568     if (!$Job->update_attributes('script_version' => $commit)) {
 569       croak("Error: failed to update job's script_version attribute");
 570     }
 571   }
 572
 573   $ENV{"CRUNCH_SRC_COMMIT"} = $commit;
 574   add_git_archive("$gitcmd archive ''\Q$commit\E");
 575 }
 576
 577 my $git_archive = combined_git_archive();
 578 if (!defined $git_archive) {
 579   Log(undef, "Skip install phase (no git archive)");
 580   if ($have_slurm) {
 581     Log(undef, "Warning: This probably means workers have no source tree!");
 582   }
 583 }
 584 else {
 585   Log(undef, "Run install script on all workers");
 586
 587   my @srunargs = ("srun",
 588                   "--nodelist=$nodelist",
 589                   "-D", $ENV{'TMPDIR'}, "--job-name=$job_id");
 590   my @execargs = ("sh", "-c",
 591                   "mkdir -p $ENV{CRUNCH_INSTALL} && cd $ENV{CRUNCH_TMP} && perl -");
 592
 593   my $installpid = fork();
 594   if ($installpid == 0)
 595   {
 596     srun (\@srunargs, \@execargs, {}, $build_script . $git_archive);
 597     exit (1);
 598   }
 599   while (1)
 600   {
 601     last if $installpid == waitpid (-1, WNOHANG);
 602     freeze_if_want_freeze ($installpid);
 603     select (undef, undef, undef, 0.1);
 604   }
 605   my $install_exited = $?;
 606   Log (undef, "Install script exited ".exit_status_s($install_exited));
 607   foreach my $tar_filename (map { tar_filename_n($_); } (1..$git_tar_count)) {
 608     unlink($tar_filename);
 609   }
 610   exit (1) if $install_exited != 0;
 611 }
 612
 613 foreach (qw (script script_version script_parameters runtime_constraints))
 614 {
 615   Log (undef,
 616        "$_ " .
 617        (ref($Job->{$_}) ? JSON::encode_json($Job->{$_}) : $Job->{$_}));
 618 }
 619 foreach (split (/\n/, $Job->{knobs}))
 620 {
 621   Log (undef, "knob " . $_);
 622 }
 623
 624
 625
 626 $main::success = undef;
 627
 628
 629
 630 ONELEVEL:
 631
 632 my $thisround_succeeded = 0;
 633 my $thisround_failed = 0;
 634 my $thisround_failed_multiple = 0;
 635
 636 @jobstep_todo = sort { $jobstep[$a]->{level} <=> $jobstep[$b]->{level}
 637                        or $a <=> $b } @jobstep_todo;
 638 my $level = $jobstep[$jobstep_todo[0]]->{level};
 639 Log (undef, "start level $level");
 640
 641
 642
 643 my %proc;
 644 my @freeslot = (0..$#slot);
 645 my @holdslot;
 646 my %reader;
 647 my $progress_is_dirty = 1;
 648 my $progress_stats_updated = 0;
 649
 650 update_progress_stats();
 651
 652
 653
 654 THISROUND:
 655 for (my $todo_ptr = 0; $todo_ptr <= $#jobstep_todo; $todo_ptr ++)
 656 {
 657   my $id = $jobstep_todo[$todo_ptr];
 658   my $Jobstep = $jobstep[$id];
 659   if ($Jobstep->{level} != $level)
 660   {
 661     next;
 662   }
 663
 664   pipe $reader{$id}, "writer" or croak ($!);
 665   my $flags = fcntl ($reader{$id}, F_GETFL, 0) or croak ($!);
 666   fcntl ($reader{$id}, F_SETFL, $flags | O_NONBLOCK) or croak ($!);
 667
 668   my $childslot = $freeslot[0];
 669   my $childnode = $slot[$childslot]->{node};
 670   my $childslotname = join (".",
 671                             $slot[$childslot]->{node}->{name},
 672                             $slot[$childslot]->{cpu});
 673   my $childpid = fork();
 674   if ($childpid == 0)
 675   {
 676     $SIG{'INT'} = 'DEFAULT';
 677     $SIG{'QUIT'} = 'DEFAULT';
 678     $SIG{'TERM'} = 'DEFAULT';
 679
 680     foreach (values (%reader))
 681     {
 682       close($_);
 683     }
 684     fcntl ("writer", F_SETFL, 0) or croak ($!); # no close-on-exec
 685     open(STDOUT,">&writer");
 686     open(STDERR,">&writer");
 687
 688     undef $dbh;
 689     undef $sth;
 690
 691     delete $ENV{"GNUPGHOME"};
 692     $ENV{"TASK_UUID"} = $Jobstep->{'arvados_task'}->{'uuid'};
 693     $ENV{"TASK_QSEQUENCE"} = $id;
 694     $ENV{"TASK_SEQUENCE"} = $level;
 695     $ENV{"JOB_SCRIPT"} = $Job->{script};
 696     while (my ($param, $value) = each %{$Job->{script_parameters}}) {
 697       $param =~ tr/a-z/A-Z/;
 698       $ENV{"JOB_PARAMETER_$param"} = $value;
 699     }
 700     $ENV{"TASK_SLOT_NODE"} = $slot[$childslot]->{node}->{name};
 701     $ENV{"TASK_SLOT_NUMBER"} = $slot[$childslot]->{cpu};
 702     $ENV{"TASK_WORK"} = $ENV{"CRUNCH_TMP"}."/task/$childslotname";
 703     $ENV{"HOME"} = $ENV{"TASK_WORK"};
 704     $ENV{"TASK_KEEPMOUNT"} = $ENV{"TASK_WORK"}.".keep";
 705     $ENV{"TASK_TMPDIR"} = $ENV{"TASK_WORK"}; # deprecated
 706     $ENV{"CRUNCH_NODE_SLOTS"} = $slot[$childslot]->{node}->{ncpus};
 707     $ENV{"PATH"} = $ENV{"CRUNCH_INSTALL"} . "/bin:" . $ENV{"PATH"};
 708
 709     $ENV{"GZIP"} = "-n";
 710
 711     my @srunargs = (
 712       "srun",
 713       "--nodelist=".$childnode->{name},
 714       qw(-n1 -c1 -N1 -D), $ENV{'TMPDIR'},
 715       "--job-name=$job_id.$id.$$",
 716         );
 717     my $command =
 718         "if [ -e $ENV{TASK_WORK} ]; then rm -rf $ENV{TASK_WORK}; fi; "
 719         ."mkdir -p $ENV{CRUNCH_TMP} $ENV{JOB_WORK} $ENV{TASK_WORK} $ENV{TASK_KEEPMOUNT} "
 720         ."&& cd $ENV{CRUNCH_TMP} ";
 721     $command .= "&& exec arv-mount --by-id --allow-other $ENV{TASK_KEEPMOUNT} --exec ";
 722     if ($docker_hash)
 723     {
 724       my $cidfile = "$ENV{CRUNCH_TMP}/$ENV{TASK_UUID}.cid";
 725       $command .= "crunchstat -cgroup-root=/sys/fs/cgroup -cgroup-parent=docker -cgroup-cid=$cidfile -poll=10000 ";
 726       $command .= "$docker_bin run --rm=true --attach=stdout --attach=stderr --attach=stdin -i --user=crunch --cidfile=$cidfile --sig-proxy ";
 727
 728       # Dynamically configure the container to use the host system as its
 729       # DNS server.  Get the host's global addresses from the ip command,
 730       # and turn them into docker --dns options using gawk.
 731       $command .=
 732           q{$(ip -o address show scope global |
 733               gawk 'match($4, /^([0-9\.:]+)\//, x){print "--dns", x[1]}') };
 734
 735       # The source tree and $destdir directory (which we have
 736       # installed on the worker host) are available in the container,
 737       # under the same path.
 738       $command .= "--volume=\Q$ENV{CRUNCH_SRC}:$ENV{CRUNCH_SRC}:ro\E ";
 739       $command .= "--volume=\Q$ENV{CRUNCH_INSTALL}:$ENV{CRUNCH_INSTALL}:ro\E ";
 740
 741       # Currently, we make arv-mount's mount point appear at /keep
 742       # inside the container (instead of using the same path as the
 743       # host like we do with CRUNCH_SRC and CRUNCH_INSTALL). However,
 744       # crunch scripts and utilities must not rely on this. They must
 745       # use $TASK_KEEPMOUNT.
 746       $command .= "--volume=\Q$ENV{TASK_KEEPMOUNT}:/keep:ro\E ";
 747       $ENV{TASK_KEEPMOUNT} = "/keep";
 748
 749       # TASK_WORK is almost exactly like a docker data volume: it
 750       # starts out empty, is writable, and persists until no
 751       # containers use it any more. We don't use --volumes-from to
 752       # share it with other containers: it is only accessible to this
 753       # task, and it goes away when this task stops.
 754       #
 755       # However, a docker data volume is writable only by root unless
 756       # the mount point already happens to exist in the container with
 757       # different permissions. Therefore, we [1] assume /tmp already
 758       # exists in the image and is writable by the crunch user; [2]
 759       # avoid putting TASK_WORK inside CRUNCH_TMP (which won't be
 760       # writable if they are created by docker while setting up the
 761       # other --volumes); and [3] create $TASK_WORK inside the
 762       # container using $build_script.
 763       $command .= "--volume=/tmp ";
 764       $ENV{"TASK_WORK"} = "/tmp/crunch-job-task-work/$childslotname";
 765       $ENV{"HOME"} = $ENV{"TASK_WORK"};
 766       $ENV{"TASK_TMPDIR"} = $ENV{"TASK_WORK"}; # deprecated
 767
 768       # TODO: Share a single JOB_WORK volume across all task
 769       # containers on a given worker node, and delete it when the job
 770       # ends (and, in case that doesn't work, when the next job
 771       # starts).
 772       #
 773       # For now, use the same approach as TASK_WORK above.
 774       $ENV{"JOB_WORK"} = "/tmp/crunch-job-work";
 775
 776       while (my ($env_key, $env_val) = each %ENV)
 777       {
 778         if ($env_key =~ /^(ARVADOS|CRUNCH|JOB|TASK)_/) {
 779           $command .= "--env=\Q$env_key=$env_val\E ";
 780         }
 781       }
 782       $command .= "--env=\QHOME=$ENV{HOME}\E ";
 783       $command .= "\Q$docker_hash\E ";
 784       $command .= "stdbuf --output=0 --error=0 ";
 785       $command .= "perl - $ENV{CRUNCH_SRC}/crunch_scripts/" . $Job->{"script"};
 786     } else {
 787       # Non-docker run
 788       $command .= "crunchstat -cgroup-root=/sys/fs/cgroup -poll=10000 ";
 789       $command .= "stdbuf --output=0 --error=0 ";
 790       $command .= "perl - $ENV{CRUNCH_SRC}/crunch_scripts/" . $Job->{"script"};
 791     }
 792
 793     my @execargs = ('bash', '-c', $command);
 794     srun (\@srunargs, \@execargs, undef, $build_script);
 795     # exec() failed, we assume nothing happened.
 796     die "srun() failed on build script\n";
 797   }
 798   close("writer");
 799   if (!defined $childpid)
 800   {
 801     close $reader{$id};
 802     delete $reader{$id};
 803     next;
 804   }
 805   shift @freeslot;
 806   $proc{$childpid} = { jobstep => $id,
 807                        time => time,
 808                        slot => $childslot,
 809                        jobstepname => "$job_id.$id.$childpid",
 810                      };
 811   croak ("assert failed: \$slot[$childslot]->{'pid'} exists") if exists $slot[$childslot]->{pid};
 812   $slot[$childslot]->{pid} = $childpid;
 813
 814   Log ($id, "job_task ".$Jobstep->{'arvados_task'}->{'uuid'});
 815   Log ($id, "child $childpid started on $childslotname");
 816   $Jobstep->{starttime} = time;
 817   $Jobstep->{node} = $childnode->{name};
 818   $Jobstep->{slotindex} = $childslot;
 819   delete $Jobstep->{stderr};
 820   delete $Jobstep->{finishtime};
 821
 822   $Jobstep->{'arvados_task'}->{started_at} = strftime "%Y-%m-%dT%H:%M:%SZ", gmtime($Jobstep->{starttime});
 823   $Jobstep->{'arvados_task'}->save;
 824
 825   splice @jobstep_todo, $todo_ptr, 1;
 826   --$todo_ptr;
 827
 828   $progress_is_dirty = 1;
 829
 830   while (!@freeslot
 831          ||
 832          (@slot > @freeslot && $todo_ptr+1 > $#jobstep_todo))
 833   {
 834     last THISROUND if $main::please_freeze;
 835     if ($main::please_info)
 836     {
 837       $main::please_info = 0;
 838       freeze();
 839       create_output_collection();
 840       save_meta(1);
 841       update_progress_stats();
 842     }
 843     my $gotsome
 844         = readfrompipes ()
 845         + reapchildren ();
 846     if (!$gotsome)
 847     {
 848       check_refresh_wanted();
 849       check_squeue();
 850       update_progress_stats();
 851       select (undef, undef, undef, 0.1);
 852     }
 853     elsif (time - $progress_stats_updated >= 30)
 854     {
 855       update_progress_stats();
 856     }
 857     if (($thisround_failed_multiple >= 8 && $thisround_succeeded == 0) ||
 858         ($thisround_failed_multiple >= 16 && $thisround_failed_multiple > $thisround_succeeded))
 859     {
 860       my $message = "Repeated failure rate too high ($thisround_failed_multiple/"
 861           .($thisround_failed+$thisround_succeeded)
 862           .") -- giving up on this round";
 863       Log (undef, $message);
 864       last THISROUND;
 865     }
 866
 867     # move slots from freeslot to holdslot (or back to freeslot) if necessary
 868     for (my $i=$#freeslot; $i>=0; $i--) {
 869       if ($slot[$freeslot[$i]]->{node}->{hold_until} > scalar time) {
 870         push @holdslot, (splice @freeslot, $i, 1);
 871       }
 872     }
 873     for (my $i=$#holdslot; $i>=0; $i--) {
 874       if ($slot[$holdslot[$i]]->{node}->{hold_until} <= scalar time) {
 875         push @freeslot, (splice @holdslot, $i, 1);
 876       }
 877     }
 878
 879     # give up if no nodes are succeeding
 880     if (!grep { $_->{node}->{losing_streak} == 0 &&
 881                     $_->{node}->{hold_count} < 4 } @slot) {
 882       my $message = "Every node has failed -- giving up on this round";
 883       Log (undef, $message);
 884       last THISROUND;
 885     }
 886   }
 887 }
 888
 889
 890 push @freeslot, splice @holdslot;
 891 map { $slot[$freeslot[$_]]->{node}->{losing_streak} = 0 } (0..$#freeslot);
 892
 893
 894 Log (undef, "wait for last ".(scalar keys %proc)." children to finish");
 895 while (%proc)
 896 {
 897   if ($main::please_continue) {
 898     $main::please_continue = 0;
 899     goto THISROUND;
 900   }
 901   $main::please_info = 0, freeze(), create_output_collection(), save_meta(1) if $main::please_info;
 902   readfrompipes ();
 903   if (!reapchildren())
 904   {
 905     check_refresh_wanted();
 906     check_squeue();
 907     update_progress_stats();
 908     select (undef, undef, undef, 0.1);
 909     killem (keys %proc) if $main::please_freeze;
 910   }
 911 }
 912
 913 update_progress_stats();
 914 freeze_if_want_freeze();
 915
 916
 917 if (!defined $main::success)
 918 {
 919   if (@jobstep_todo &&
 920       $thisround_succeeded == 0 &&
 921       ($thisround_failed == 0 || $thisround_failed > 4))
 922   {
 923     my $message = "stop because $thisround_failed tasks failed and none succeeded";
 924     Log (undef, $message);
 925     $main::success = 0;
 926   }
 927   if (!@jobstep_todo)
 928   {
 929     $main::success = 1;
 930   }
 931 }
 932
 933 goto ONELEVEL if !defined $main::success;
 934
 935
 936 release_allocation();
 937 freeze();
 938 my $collated_output = &create_output_collection();
 939
 940 if (!$collated_output) {
 941   Log (undef, "Failed to write output collection");
 942 }
 943 else {
 944   Log(undef, "output hash " . $collated_output);
 945   $Job->update_attributes('output' => $collated_output);
 946 }
 947
 948 Log (undef, "finish");
 949
 950 save_meta();
 951
 952 my $final_state;
 953 if ($collated_output && $main::success) {
 954   $final_state = 'Complete';
 955 } else {
 956   $final_state = 'Failed';
 957 }
 958 $Job->update_attributes('state' => $final_state);
 959
 960 exit (($final_state eq 'Complete') ? 0 : 1);
 961
 962
 963
 964 sub update_progress_stats
 965 {
 966   $progress_stats_updated = time;
 967   return if !$progress_is_dirty;
 968   my ($todo, $done, $running) = (scalar @jobstep_todo,
 969                                  scalar @jobstep_done,
 970                                  scalar @slot - scalar @freeslot - scalar @holdslot);
 971   $Job->{'tasks_summary'} ||= {};
 972   $Job->{'tasks_summary'}->{'todo'} = $todo;
 973   $Job->{'tasks_summary'}->{'done'} = $done;
 974   $Job->{'tasks_summary'}->{'running'} = $running;
 975   $Job->update_attributes('tasks_summary' => $Job->{'tasks_summary'});
 976   Log (undef, "status: $done done, $running running, $todo todo");
 977   $progress_is_dirty = 0;
 978 }
 979
 980
 981
 982 sub reapchildren
 983 {
 984   my $pid = waitpid (-1, WNOHANG);
 985   return 0 if $pid <= 0;
 986
 987   my $whatslot = ($slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{name}
 988                   . "."
 989                   . $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{cpu});
 990   my $jobstepid = $proc{$pid}->{jobstep};
 991   my $elapsed = time - $proc{$pid}->{time};
 992   my $Jobstep = $jobstep[$jobstepid];
 993
 994   my $childstatus = $?;
 995   my $exitvalue = $childstatus >> 8;
 996   my $exitinfo = "exit ".exit_status_s($childstatus);
 997   $Jobstep->{'arvados_task'}->reload;
 998   my $task_success = $Jobstep->{'arvados_task'}->{success};
 999
1000   Log ($jobstepid, "child $pid on $whatslot $exitinfo success=$task_success");
1001
1002   if (!defined $task_success) {
1003     # task did not indicate one way or the other --> fail
1004     $Jobstep->{'arvados_task'}->{success} = 0;
1005     $Jobstep->{'arvados_task'}->save;
1006     $task_success = 0;
1007   }
1008
1009   if (!$task_success)
1010   {
1011     my $temporary_fail;
1012     $temporary_fail ||= $Jobstep->{node_fail};
1013     $temporary_fail ||= ($exitvalue == 111);
1014
1015     ++$thisround_failed;
1016     ++$thisround_failed_multiple if $Jobstep->{'failures'} >= 1;
1017
1018     # Check for signs of a failed or misconfigured node
1019     if (++$slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{losing_streak} >=
1020         2+$slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{ncpus}) {
1021       # Don't count this against jobstep failure thresholds if this
1022       # node is already suspected faulty and srun exited quickly
1023       if ($slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{hold_until} &&
1024           $elapsed < 5) {
1025         Log ($jobstepid, "blaming failure on suspect node " .
1026              $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{name});
1027         $temporary_fail ||= 1;
1028       }
1029       ban_node_by_slot($proc{$pid}->{slot});
1030     }
1031
1032     Log ($jobstepid, sprintf('failure (#%d, %s) after %d seconds',
1033                              ++$Jobstep->{'failures'},
1034                              $temporary_fail ? 'temporary ' : 'permanent',
1035                              $elapsed));
1036
1037     if (!$temporary_fail || $Jobstep->{'failures'} >= 3) {
1038       # Give up on this task, and the whole job
1039       $main::success = 0;
1040     }
1041     # Put this task back on the todo queue
1042     push @jobstep_todo, $jobstepid;
1043     $Job->{'tasks_summary'}->{'failed'}++;
1044   }
1045   else
1046   {
1047     ++$thisround_succeeded;
1048     $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{losing_streak} = 0;
1049     $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{node}->{hold_until} = 0;
1050     push @jobstep_done, $jobstepid;
1051     Log ($jobstepid, "success in $elapsed seconds");
1052   }
1053   $Jobstep->{exitcode} = $childstatus;
1054   $Jobstep->{finishtime} = time;
1055   $Jobstep->{'arvados_task'}->{finished_at} = strftime "%Y-%m-%dT%H:%M:%SZ", gmtime($Jobstep->{finishtime});
1056   $Jobstep->{'arvados_task'}->save;
1057   process_stderr ($jobstepid, $task_success);
1058   Log ($jobstepid, "output " . $Jobstep->{'arvados_task'}->{output});
1059
1060   close $reader{$jobstepid};
1061   delete $reader{$jobstepid};
1062   delete $slot[$proc{$pid}->{slot}]->{pid};
1063   push @freeslot, $proc{$pid}->{slot};
1064   delete $proc{$pid};
1065
1066   if ($task_success) {
1067     # Load new tasks
1068     my $newtask_list = [];
1069     my $newtask_results;
1070     do {
1071       $newtask_results = api_call(
1072         "job_tasks/list",
1073         'where' => {
1074           'created_by_job_task_uuid' => $Jobstep->{'arvados_task'}->{uuid}
1075         },
1076         'order' => 'qsequence',
1077         'offset' => scalar(@$newtask_list),
1078       );
1079       push(@$newtask_list, @{$newtask_results->{items}});
1080     } while (@{$newtask_results->{items}});
1081     foreach my $arvados_task (@$newtask_list) {
1082       my $jobstep = {
1083         'level' => $arvados_task->{'sequence'},
1084         'failures' => 0,
1085         'arvados_task' => $arvados_task
1086       };
1087       push @jobstep, $jobstep;
1088       push @jobstep_todo, $#jobstep;
1089     }
1090   }
1091
1092   $progress_is_dirty = 1;
1093   1;
1094 }
1095
1096 sub check_refresh_wanted
1097 {
1098   my @stat = stat $ENV{"CRUNCH_REFRESH_TRIGGER"};
1099   if (@stat && $stat[9] > $latest_refresh) {
1100     $latest_refresh = scalar time;
1101     my $Job2 = api_call("jobs/get", uuid => $jobspec);
1102     for my $attr ('cancelled_at',
1103                   'cancelled_by_user_uuid',
1104                   'cancelled_by_client_uuid',
1105                   'state') {
1106       $Job->{$attr} = $Job2->{$attr};
1107     }
1108     if ($Job->{'state'} ne "Running") {
1109       if ($Job->{'state'} eq "Cancelled") {
1110         Log (undef, "Job cancelled at " . $Job->{'cancelled_at'} . " by user " . $Job->{'cancelled_by_user_uuid'});
1111       } else {
1112         Log (undef, "Job state unexpectedly changed to " . $Job->{'state'});
1113       }
1114       $main::success = 0;
1115       $main::please_freeze = 1;
1116     }
1117   }
1118 }
1119
1120 sub check_squeue
1121 {
1122   # return if the kill list was checked <4 seconds ago
1123   if (defined $squeue_kill_checked && $squeue_kill_checked > time - 4)
1124   {
1125     return;
1126   }
1127   $squeue_kill_checked = time;
1128
1129   # use killem() on procs whose killtime is reached
1130   for (keys %proc)
1131   {
1132     if (exists $proc{$_}->{killtime}
1133         && $proc{$_}->{killtime} <= time)
1134     {
1135       killem ($_);
1136     }
1137   }
1138
1139   # return if the squeue was checked <60 seconds ago
1140   if (defined $squeue_checked && $squeue_checked > time - 60)
1141   {
1142     return;
1143   }
1144   $squeue_checked = time;
1145
1146   if (!$have_slurm)
1147   {
1148     # here is an opportunity to check for mysterious problems with local procs
1149     return;
1150   }
1151
1152   # get a list of steps still running
1153   my @squeue = `squeue -s -h -o '%i %j' && echo ok`;
1154   chop @squeue;
1155   if ($squeue[-1] ne "ok")
1156   {
1157     return;
1158   }
1159   pop @squeue;
1160
1161   # which of my jobsteps are running, according to squeue?
1162   my %ok;
1163   foreach (@squeue)
1164   {
1165     if (/^(\d+)\.(\d+) (\S+)/)
1166     {
1167       if ($1 eq $ENV{SLURM_JOBID})
1168       {
1169         $ok{$3} = 1;
1170       }
1171     }
1172   }
1173
1174   # which of my active child procs (>60s old) were not mentioned by squeue?
1175   foreach (keys %proc)
1176   {
1177     if ($proc{$_}->{time} < time - 60
1178         && !exists $ok{$proc{$_}->{jobstepname}}
1179         && !exists $proc{$_}->{killtime})
1180     {
1181       # kill this proc if it hasn't exited in 30 seconds
1182       $proc{$_}->{killtime} = time + 30;
1183     }
1184   }
1185 }
1186
1187
1188 sub release_allocation
1189 {
1190   if ($have_slurm)
1191   {
1192     Log (undef, "release job allocation");
1193     system "scancel $ENV{SLURM_JOBID}";
1194   }
1195 }
1196
1197
1198 sub readfrompipes
1199 {
1200   my $gotsome = 0;
1201   foreach my $job (keys %reader)
1202   {
1203     my $buf;
1204     while (0 < sysread ($reader{$job}, $buf, 8192))
1205     {
1206       print STDERR $buf if $ENV{CRUNCH_DEBUG};
1207       $jobstep[$job]->{stderr} .= $buf;
1208       preprocess_stderr ($job);
1209       if (length ($jobstep[$job]->{stderr}) > 16384)
1210       {
1211         substr ($jobstep[$job]->{stderr}, 0, 8192) = "";
1212       }
1213       $gotsome = 1;
1214     }
1215   }
1216   return $gotsome;
1217 }
1218
1219
1220 sub preprocess_stderr
1221 {
1222   my $job = shift;
1223
1224   while ($jobstep[$job]->{stderr} =~ /^(.*?)\n/) {
1225     my $line = $1;
1226     substr $jobstep[$job]->{stderr}, 0, 1+length($line), "";
1227     Log ($job, "stderr $line");
1228     if ($line =~ /srun: error: (SLURM job $ENV{SLURM_JOB_ID} has expired|Unable to confirm allocation for job $ENV{SLURM_JOB_ID})/) {
1229       # whoa.
1230       $main::please_freeze = 1;
1231     }
1232     elsif ($line =~ /srun: error: (Node failure on|Unable to create job step) /) {
1233       $jobstep[$job]->{node_fail} = 1;
1234       ban_node_by_slot($jobstep[$job]->{slotindex});
1235     }
1236   }
1237 }
1238
1239
1240 sub process_stderr
1241 {
1242   my $job = shift;
1243   my $task_success = shift;
1244   preprocess_stderr ($job);
1245
1246   map {
1247     Log ($job, "stderr $_");
1248   } split ("\n", $jobstep[$job]->{stderr});
1249 }
1250
1251 sub fetch_block
1252 {
1253   my $hash = shift;
1254   my $keep;
1255   if (!open($keep, "-|", "arv-get", "--retries", retry_count(), $hash)) {
1256     Log(undef, "fetch_block run error from arv-get $hash: $!");
1257     return undef;
1258   }
1259   my $output_block = "";
1260   while (1) {
1261     my $buf;
1262     my $bytes = sysread($keep, $buf, 1024 * 1024);
1263     if (!defined $bytes) {
1264       Log(undef, "fetch_block read error from arv-get: $!");
1265       $output_block = undef;
1266       last;
1267     } elsif ($bytes == 0) {
1268       # sysread returns 0 at the end of the pipe.
1269       last;
1270     } else {
1271       # some bytes were read into buf.
1272       $output_block .= $buf;
1273     }
1274   }
1275   close $keep;
1276   if ($?) {
1277     Log(undef, "fetch_block arv-get exited " . exit_status_s($?));
1278     $output_block = undef;
1279   }
1280   return $output_block;
1281 }
1282
1283 # Create a collection by concatenating the output of all tasks (each
1284 # task's output is either a manifest fragment, a locator for a
1285 # manifest fragment stored in Keep, or nothing at all). Return the
1286 # portable_data_hash of the new collection.
1287 sub create_output_collection
1288 {
1289   Log (undef, "collate");
1290
1291   my ($child_out, $child_in);
1292   my $pid = open2($child_out, $child_in, 'python', '-c', q{
1293 import arvados
1294 import sys
1295 print (arvados.api("v1").collections().
1296        create(body={"manifest_text": sys.stdin.read()}).
1297        execute(num_retries=int(sys.argv[1]))["portable_data_hash"])
1298 }, retry_count());
1299
1300   my $task_idx = -1;
1301   for (@jobstep)
1302   {
1303     ++$task_idx;
1304     my $output = $_->{'arvados_task'}->{output};
1305     next if (!defined($output));
1306     my $next_write;
1307     if ($output =~ /^[0-9a-f]{32}(\+\S+)*$/) {
1308       $next_write = fetch_block($output);
1309     } else {
1310       $next_write = $output;
1311     }
1312     if (defined($next_write)) {
1313       if (!defined(syswrite($child_in, $next_write))) {
1314         # There's been an error writing.  Stop the loop.
1315         # We'll log details about the exit code later.
1316         last;
1317       }
1318     } else {
1319       my $uuid = $_->{'arvados_task'}->{'uuid'};
1320       Log (undef, "Error retrieving '$output' output by task $task_idx ($uuid)");
1321       $main::success = 0;
1322     }
1323   }
1324   close($child_in);
1325
1326   my $joboutput;
1327   my $s = IO::Select->new($child_out);
1328   if ($s->can_read(120)) {
1329     sysread($child_out, $joboutput, 64 * 1024 * 1024);
1330     waitpid($pid, 0);
1331     if ($?) {
1332       Log(undef, "output collection creation exited " . exit_status_s($?));
1333       $joboutput = undef;
1334     } else {
1335       chomp($joboutput);
1336     }
1337   } else {
1338     Log (undef, "timed out while creating output collection");
1339     foreach my $signal (2, 2, 2, 15, 15, 9) {
1340       kill($signal, $pid);
1341       last if waitpid($pid, WNOHANG) == -1;
1342       sleep(1);
1343     }
1344   }
1345   close($child_out);
1346
1347   return $joboutput;
1348 }
1349
1350
1351 sub killem
1352 {
1353   foreach (@_)
1354   {
1355     my $sig = 2;                # SIGINT first
1356     if (exists $proc{$_}->{"sent_$sig"} &&
1357         time - $proc{$_}->{"sent_$sig"} > 4)
1358     {
1359       $sig = 15;                # SIGTERM if SIGINT doesn't work
1360     }
1361     if (exists $proc{$_}->{"sent_$sig"} &&
1362         time - $proc{$_}->{"sent_$sig"} > 4)
1363     {
1364       $sig = 9;                 # SIGKILL if SIGTERM doesn't work
1365     }
1366     if (!exists $proc{$_}->{"sent_$sig"})
1367     {
1368       Log ($proc{$_}->{jobstep}, "sending 2x signal $sig to pid $_");
1369       kill $sig, $_;
1370       select (undef, undef, undef, 0.1);
1371       if ($sig == 2)
1372       {
1373         kill $sig, $_;     # srun wants two SIGINT to really interrupt
1374       }
1375       $proc{$_}->{"sent_$sig"} = time;
1376       $proc{$_}->{"killedafter"} = time - $proc{$_}->{"time"};
1377     }
1378   }
1379 }
1380
1381
1382 sub fhbits
1383 {
1384   my($bits);
1385   for (@_) {
1386     vec($bits,fileno($_),1) = 1;
1387   }
1388   $bits;
1389 }
1390
1391
1392 # Send log output to Keep via arv-put.
1393 #
1394 # $log_pipe_in and $log_pipe_out are the input and output filehandles to the arv-put pipe.
1395 # $log_pipe_pid is the pid of the arv-put subprocess.
1396 #
1397 # The only functions that should access these variables directly are:
1398 #
1399 # log_writer_start($logfilename)
1400 #     Starts an arv-put pipe, reading data on stdin and writing it to
1401 #     a $logfilename file in an output collection.
1402 #
1403 # log_writer_send($txt)
1404 #     Writes $txt to the output log collection.
1405 #
1406 # log_writer_finish()
1407 #     Closes the arv-put pipe and returns the output that it produces.
1408 #
1409 # log_writer_is_active()
1410 #     Returns a true value if there is currently a live arv-put
1411 #     process, false otherwise.
1412 #
1413 my ($log_pipe_in, $log_pipe_out, $log_pipe_pid);
1414
1415 sub log_writer_start($)
1416 {
1417   my $logfilename = shift;
1418   $log_pipe_pid = open2($log_pipe_out, $log_pipe_in,
1419                         'arv-put',
1420                         '--portable-data-hash',
1421                         '--project-uuid', $Job->{owner_uuid},
1422                         '--retries', '3',
1423                         '--name', $logfilename,
1424                         '--filename', $logfilename,
1425                         '-');
1426 }
1427
1428 sub log_writer_send($)
1429 {
1430   my $txt = shift;
1431   print $log_pipe_in $txt;
1432 }
1433
1434 sub log_writer_finish()
1435 {
1436   return unless $log_pipe_pid;
1437
1438   close($log_pipe_in);
1439   my $arv_put_output;
1440
1441   my $s = IO::Select->new($log_pipe_out);
1442   if ($s->can_read(120)) {
1443     sysread($log_pipe_out, $arv_put_output, 1024);
1444     chomp($arv_put_output);
1445   } else {
1446     Log (undef, "timed out reading from 'arv-put'");
1447   }
1448
1449   waitpid($log_pipe_pid, 0);
1450   $log_pipe_pid = $log_pipe_in = $log_pipe_out = undef;
1451   if ($?) {
1452     Log("log_writer_finish: arv-put exited ".exit_status_s($?))
1453   }
1454
1455   return $arv_put_output;
1456 }
1457
1458 sub log_writer_is_active() {
1459   return $log_pipe_pid;
1460 }
1461
1462 sub Log                         # ($jobstep_id, $logmessage)
1463 {
1464   if ($_[1] =~ /\n/) {
1465     for my $line (split (/\n/, $_[1])) {
1466       Log ($_[0], $line);
1467     }
1468     return;
1469   }
1470   my $fh = select STDERR; $|=1; select $fh;
1471   my $message = sprintf ("%s %d %s %s", $job_id, $$, @_);
1472   $message =~ s{([^ -\176])}{"\\" . sprintf ("%03o", ord($1))}ge;
1473   $message .= "\n";
1474   my $datetime;
1475   if (log_writer_is_active() || -t STDERR) {
1476     my @gmtime = gmtime;
1477     $datetime = sprintf ("%04d-%02d-%02d_%02d:%02d:%02d",
1478                          $gmtime[5]+1900, $gmtime[4]+1, @gmtime[3,2,1,0]);
1479   }
1480   print STDERR ((-t STDERR) ? ($datetime." ".$message) : $message);
1481
1482   if (log_writer_is_active()) {
1483     log_writer_send($datetime . " " . $message);
1484   }
1485 }
1486
1487
1488 sub croak
1489 {
1490   my ($package, $file, $line) = caller;
1491   my $message = "@_ at $file line $line\n";
1492   Log (undef, $message);
1493   freeze() if @jobstep_todo;
1494   create_output_collection() if @jobstep_todo;
1495   cleanup();
1496   save_meta();
1497   die;
1498 }
1499
1500
1501 sub cleanup
1502 {
1503   return unless $Job;
1504   if ($Job->{'state'} eq 'Cancelled') {
1505     $Job->update_attributes('finished_at' => scalar gmtime);
1506   } else {
1507     $Job->update_attributes('state' => 'Failed');
1508   }
1509 }
1510
1511
1512 sub save_meta
1513 {
1514   my $justcheckpoint = shift; # false if this will be the last meta saved
1515   return if $justcheckpoint;  # checkpointing is not relevant post-Warehouse.pm
1516   return unless log_writer_is_active();
1517
1518   my $loglocator = log_writer_finish();
1519   Log (undef, "log manifest is $loglocator");
1520   $Job->{'log'} = $loglocator;
1521   $Job->update_attributes('log', $loglocator);
1522 }
1523
1524
1525 sub freeze_if_want_freeze
1526 {
1527   if ($main::please_freeze)
1528   {
1529     release_allocation();
1530     if (@_)
1531     {
1532       # kill some srun procs before freeze+stop
1533       map { $proc{$_} = {} } @_;
1534       while (%proc)
1535       {
1536         killem (keys %proc);
1537         select (undef, undef, undef, 0.1);
1538         my $died;
1539         while (($died = waitpid (-1, WNOHANG)) > 0)
1540         {
1541           delete $proc{$died};
1542         }
1543       }
1544     }
1545     freeze();
1546     create_output_collection();
1547     cleanup();
1548     save_meta();
1549     exit 1;
1550   }
1551 }
1552
1553
1554 sub freeze
1555 {
1556   Log (undef, "Freeze not implemented");
1557   return;
1558 }
1559
1560
1561 sub thaw
1562 {
1563   croak ("Thaw not implemented");
1564 }
1565
1566
1567 sub freezequote
1568 {
1569   my $s = shift;
1570   $s =~ s/\\/\\\\/g;
1571   $s =~ s/\n/\\n/g;
1572   return $s;
1573 }
1574
1575
1576 sub freezeunquote
1577 {
1578   my $s = shift;
1579   $s =~ s{\\(.)}{$1 eq "n" ? "\n" : $1}ge;
1580   return $s;
1581 }
1582
1583
1584 sub srun
1585 {
1586   my $srunargs = shift;
1587   my $execargs = shift;
1588   my $opts = shift || {};
1589   my $stdin = shift;
1590   my $args = $have_slurm ? [@$srunargs, @$execargs] : $execargs;
1591
1592   $Data::Dumper::Terse = 1;
1593   $Data::Dumper::Indent = 0;
1594   my $show_cmd = Dumper($args);
1595   $show_cmd =~ s/(TOKEN\\*=)[^\s\']+/${1}[...]/g;
1596   $show_cmd =~ s/\n/ /g;
1597   warn "starting: $show_cmd\n";
1598
1599   if (defined $stdin) {
1600     my $child = open STDIN, "-|";
1601     defined $child or die "no fork: $!";
1602     if ($child == 0) {
1603       print $stdin or die $!;
1604       close STDOUT or die $!;
1605       exit 0;
1606     }
1607   }
1608
1609   return system (@$args) if $opts->{fork};
1610
1611   exec @$args;
1612   warn "ENV size is ".length(join(" ",%ENV));
1613   die "exec failed: $!: @$args";
1614 }
1615
1616
1617 sub ban_node_by_slot {
1618   # Don't start any new jobsteps on this node for 60 seconds
1619   my $slotid = shift;
1620   $slot[$slotid]->{node}->{hold_until} = 60 + scalar time;
1621   $slot[$slotid]->{node}->{hold_count}++;
1622   Log (undef, "backing off node " . $slot[$slotid]->{node}->{name} . " for 60 seconds");
1623 }
1624
1625 sub must_lock_now
1626 {
1627   my ($lockfile, $error_message) = @_;
1628   open L, ">", $lockfile or croak("$lockfile: $!");
1629   if (!flock L, LOCK_EX|LOCK_NB) {
1630     croak("Can't lock $lockfile: $error_message\n");
1631   }
1632 }
1633
1634 sub find_docker_image {
1635   # Given a Keep locator, check to see if it contains a Docker image.
1636   # If so, return its stream name and Docker hash.
1637   # If not, return undef for both values.
1638   my $locator = shift;
1639   my ($streamname, $filename);
1640   my $image = api_call("collections/get", uuid => $locator);
1641   if ($image) {
1642     foreach my $line (split(/\n/, $image->{manifest_text})) {
1643       my @tokens = split(/\s+/, $line);
1644       next if (!@tokens);
1645       $streamname = shift(@tokens);
1646       foreach my $filedata (grep(/^\d+:\d+:/, @tokens)) {
1647         if (defined($filename)) {
1648           return (undef, undef);  # More than one file in the Collection.
1649         } else {
1650           $filename = (split(/:/, $filedata, 3))[2];
1651         }
1652       }
1653     }
1654   }
1655   if (defined($filename) and ($filename =~ /^([0-9A-Fa-f]{64})\.tar$/)) {
1656     return ($streamname, $1);
1657   } else {
1658     return (undef, undef);
1659   }
1660 }
1661
1662 sub retry_count {
1663   # Calculate the number of times an operation should be retried,
1664   # assuming exponential backoff, and that we're willing to retry as
1665   # long as tasks have been running.  Enforce a minimum of 3 retries.
1666   my ($starttime, $endtime, $timediff, $retries);
1667   if (@jobstep) {
1668     $starttime = $jobstep[0]->{starttime};
1669     $endtime = $jobstep[-1]->{finishtime};
1670   }
1671   if (!defined($starttime)) {
1672     $timediff = 0;
1673   } elsif (!defined($endtime)) {
1674     $timediff = time - $starttime;
1675   } else {
1676     $timediff = ($endtime - $starttime) - (time - $endtime);
1677   }
1678   if ($timediff > 0) {
1679     $retries = int(log($timediff) / log(2));
1680   } else {
1681     $retries = 1;  # Use the minimum.
1682   }
1683   return ($retries > 3) ? $retries : 3;
1684 }
1685
1686 sub retry_op {
1687   # Pass in two function references.
1688   # This method will be called with the remaining arguments.
1689   # If it dies, retry it with exponential backoff until it succeeds,
1690   # or until the current retry_count is exhausted.  After each failure
1691   # that can be retried, the second function will be called with
1692   # the current try count (0-based), next try time, and error message.
1693   my $operation = shift;
1694   my $retry_callback = shift;
1695   my $retries = retry_count();
1696   foreach my $try_count (0..$retries) {
1697     my $next_try = time + (2 ** $try_count);
1698     my $result = eval { $operation->(@_); };
1699     if (!$@) {
1700       return $result;
1701     } elsif ($try_count < $retries) {
1702       $retry_callback->($try_count, $next_try, $@);
1703       my $sleep_time = $next_try - time;
1704       sleep($sleep_time) if ($sleep_time > 0);
1705     }
1706   }
1707   # Ensure the error message ends in a newline, so Perl doesn't add
1708   # retry_op's line number to it.
1709   chomp($@);
1710   die($@ . "\n");
1711 }
1712
1713 sub api_call {
1714   # Pass in a /-separated API method name, and arguments for it.
1715   # This function will call that method, retrying as needed until
1716   # the current retry_count is exhausted, with a log on the first failure.
1717   my $method_name = shift;
1718   my $log_api_retry = sub {
1719     my ($try_count, $next_try_at, $errmsg) = @_;
1720     $errmsg =~ s/\s*\bat \Q$0\E line \d+\.?\s*//;
1721     $errmsg =~ s/\s/ /g;
1722     $errmsg =~ s/\s+$//;
1723     my $retry_msg;
1724     if ($next_try_at < time) {
1725       $retry_msg = "Retrying.";
1726     } else {
1727       my $next_try_fmt = strftime "%Y-%m-%dT%H:%M:%SZ", gmtime($next_try_at);
1728       $retry_msg = "Retrying at $next_try_fmt.";
1729     }
1730     Log(undef, "API method $method_name failed: $errmsg. $retry_msg");
1731   };
1732   my $method = $arv;
1733   foreach my $key (split(/\//, $method_name)) {
1734     $method = $method->{$key};
1735   }
1736   return retry_op(sub { $method->execute(@_); }, $log_api_retry, @_);
1737 }
1738
1739 sub exit_status_s {
1740   # Given a $?, return a human-readable exit code string like "0" or
1741   # "1" or "0 with signal 1" or "1 with signal 11".
1742   my $exitcode = shift;
1743   my $s = $exitcode >> 8;
1744   if ($exitcode & 0x7f) {
1745     $s .= " with signal " . ($exitcode & 0x7f);
1746   }
1747   if ($exitcode & 0x80) {
1748     $s .= " with core dump";
1749   }
1750   return $s;
1751 }
1752
1753 sub handle_readall {
1754   # Pass in a glob reference to a file handle.
1755   # Read all its contents and return them as a string.
1756   my $fh_glob_ref = shift;
1757   local $/ = undef;
1758   return <$fh_glob_ref>;
1759 }
1760
1761 sub tar_filename_n {
1762   my $n = shift;
1763   return sprintf("%s/git.%s.%d.tar", $ENV{CRUNCH_TMP}, $job_id, $n);
1764 }
1765
1766 sub add_git_archive {
1767   # Pass in a git archive command as a string or list, a la system().
1768   # This method will save its output to be included in the archive sent to the
1769   # build script.
1770   my $git_input;
1771   $git_tar_count++;
1772   if (!open(GIT_ARCHIVE, ">", tar_filename_n($git_tar_count))) {
1773     croak("Failed to save git archive: $!");
1774   }
1775   my $git_pid = open2(">&GIT_ARCHIVE", $git_input, @_);
1776   close($git_input);
1777   waitpid($git_pid, 0);
1778   close(GIT_ARCHIVE);
1779   if ($?) {
1780     croak("Failed to save git archive: git exited " . exit_status_s($?));
1781   }
1782 }
1783
1784 sub combined_git_archive {
1785   # Combine all saved tar archives into a single archive, then return its
1786   # contents in a string.  Return undef if no archives have been saved.
1787   if ($git_tar_count < 1) {
1788     return undef;
1789   }
1790   my $base_tar_name = tar_filename_n(1);
1791   foreach my $tar_to_append (map { tar_filename_n($_); } (2..$git_tar_count)) {
1792     my $tar_exit = system("tar", "-Af", $base_tar_name, $tar_to_append);
1793     if ($tar_exit != 0) {
1794       croak("Error preparing build archive: tar -A exited " .
1795             exit_status_s($tar_exit));
1796     }
1797   }
1798   if (!open(GIT_TAR, "<", $base_tar_name)) {
1799     croak("Could not open build archive: $!");
1800   }
1801   my $tar_contents = handle_readall(\*GIT_TAR);
1802   close(GIT_TAR);
1803   return $tar_contents;
1804 }
1805
1806 __DATA__
1807 #!/usr/bin/perl
1808 #
1809 # This is crunch-job's internal dispatch script.  crunch-job running on the API
1810 # server invokes this script on individual compute nodes, or localhost if we're
1811 # running a job locally.  It gets called in two modes:
1812 #
1813 # * No arguments: Installation mode.  Read a tar archive from the DATA
1814 #   file handle; it includes the Crunch script's source code, and
1815 #   maybe SDKs as well.  Those should be installed in the proper
1816 #   locations.  This runs outside of any Docker container, so don't try to
1817 #   introspect Crunch's runtime environment.
1818 #
1819 # * With arguments: Crunch script run mode.  This script should set up the
1820 #   environment, then run the command specified in the arguments.  This runs
1821 #   inside any Docker container.
1822
1823 use Fcntl ':flock';
1824 use File::Path qw( make_path remove_tree );
1825 use POSIX qw(getcwd);
1826
1827 # Map SDK subdirectories to the path environments they belong to.
1828 my %SDK_ENVVARS = ("perl/lib" => "PERLLIB", "ruby/lib" => "RUBYLIB");
1829
1830 my $destdir = $ENV{"CRUNCH_SRC"};
1831 my $commit = $ENV{"CRUNCH_SRC_COMMIT"};
1832 my $repo = $ENV{"CRUNCH_SRC_URL"};
1833 my $install_dir = $ENV{"CRUNCH_INSTALL"} || (getcwd() . "/opt");
1834 my $job_work = $ENV{"JOB_WORK"};
1835 my $task_work = $ENV{"TASK_WORK"};
1836
1837 for my $dir ($destdir, $job_work, $task_work) {
1838   if ($dir) {
1839     make_path $dir;
1840     -e $dir or die "Failed to create temporary directory ($dir): $!";
1841   }
1842 }
1843
1844 if ($task_work) {
1845   remove_tree($task_work, {keep_root => 1});
1846 }
1847
1848 open(STDOUT_ORIG, ">&", STDOUT);
1849 open(STDERR_ORIG, ">&", STDERR);
1850 open(STDOUT, ">>", "$destdir.log");
1851 open(STDERR, ">&", STDOUT);
1852
1853 ### Crunch script run mode
1854 if (@ARGV) {
1855   # We want to do routine logging during task 0 only.  This gives the user
1856   # the information they need, but avoids repeating the information for every
1857   # task.
1858   my $Log;
1859   if ($ENV{TASK_SEQUENCE} eq "0") {
1860     $Log = sub {
1861       my $msg = shift;
1862       printf STDERR_ORIG "[Crunch] $msg\n", @_;
1863     };
1864   } else {
1865     $Log = sub { };
1866   }
1867
1868   my $python_src = "$install_dir/python";
1869   my $venv_dir = "$job_work/.arvados.venv";
1870   my $venv_built = -e "$venv_dir/bin/activate";
1871   if ((!$venv_built) and (-d $python_src) and can_run("virtualenv")) {
1872     shell_or_die("virtualenv", "--quiet", "--system-site-packages",
1873                  "--python=python2.7", $venv_dir);
1874     shell_or_die("$venv_dir/bin/pip", "--quiet", "install", "-I", $python_src);
1875     $venv_built = 1;
1876     $Log->("Built Python SDK virtualenv");
1877   }
1878
1879   my $pip_bin = "pip";
1880   if ($venv_built) {
1881     $Log->("Running in Python SDK virtualenv");
1882     $pip_bin = "$venv_dir/bin/pip";
1883     my $orig_argv = join(" ", map { quotemeta($_); } @ARGV);
1884     @ARGV = ("/bin/sh", "-ec",
1885              ". \Q$venv_dir/bin/activate\E; exec $orig_argv");
1886   } elsif (-d $python_src) {
1887     $Log->("Warning: virtualenv not found inside Docker container default " .
1888            "\$PATH. Can't install Python SDK.");
1889   }
1890
1891   my $pkgs = `(\Q$pip_bin\E freeze 2>/dev/null | grep arvados) || dpkg-query --show '*arvados*'`;
1892   if ($pkgs) {
1893     $Log->("Using Arvados SDK:");
1894     foreach my $line (split /\n/, $pkgs) {
1895       $Log->($line);
1896     }
1897   } else {
1898     $Log->("Arvados SDK packages not found");
1899   }
1900
1901   while (my ($sdk_dir, $sdk_envkey) = each(%SDK_ENVVARS)) {
1902     my $sdk_path = "$install_dir/$sdk_dir";
1903     if (-d $sdk_path) {
1904       if ($ENV{$sdk_envkey}) {
1905         $ENV{$sdk_envkey} = "$sdk_path:" . $ENV{$sdk_envkey};
1906       } else {
1907         $ENV{$sdk_envkey} = $sdk_path;
1908       }
1909       $Log->("Arvados SDK added to %s", $sdk_envkey);
1910     }
1911   }
1912
1913   close(STDOUT);
1914   close(STDERR);
1915   open(STDOUT, ">&", STDOUT_ORIG);
1916   open(STDERR, ">&", STDERR_ORIG);
1917   exec(@ARGV);
1918   die "Cannot exec `@ARGV`: $!";
1919 }
1920
1921 ### Installation mode
1922 open L, ">", "$destdir.lock" or die "$destdir.lock: $!";
1923 flock L, LOCK_EX;
1924 if (readlink ("$destdir.commit") eq $commit && -d $destdir) {
1925   # This version already installed -> nothing to do.
1926   exit(0);
1927 }
1928
1929 unlink "$destdir.commit";
1930 mkdir $destdir;
1931
1932 if (!open(TARX, "|-", "tar", "-xC", $destdir)) {
1933   die "Error launching 'tar -xC $destdir': $!";
1934 }
1935 # If we send too much data to tar in one write (> 4-5 MiB), it stops, and we
1936 # get SIGPIPE.  We must feed it data incrementally.
1937 my $tar_input;
1938 while (read(DATA, $tar_input, 65536)) {
1939   print TARX $tar_input;
1940 }
1941 if(!close(TARX)) {
1942   die "'tar -xC $destdir' exited $?: $!";
1943 }
1944
1945 mkdir $install_dir;
1946
1947 my $sdk_root = "$destdir/.arvados.sdk/sdk";
1948 if (-d $sdk_root) {
1949   foreach my $sdk_lang (("python",
1950                          map { (split /\//, $_, 2)[0]; } keys(%SDK_ENVVARS))) {
1951     if (-d "$sdk_root/$sdk_lang") {
1952       if (!rename("$sdk_root/$sdk_lang", "$install_dir/$sdk_lang")) {
1953         die "Failed to install $sdk_lang SDK: $!";
1954       }
1955     }
1956   }
1957 }
1958
1959 my $python_dir = "$install_dir/python";
1960 if ((-d $python_dir) and can_run("python2.7") and
1961     (system("python2.7", "$python_dir/setup.py", "--quiet", "egg_info") != 0)) {
1962   # egg_info failed, probably when it asked git for a build tag.
1963   # Specify no build tag.
1964   open(my $pysdk_cfg, ">>", "$python_dir/setup.cfg");
1965   print $pysdk_cfg "\n[egg_info]\ntag_build =\n";
1966   close($pysdk_cfg);
1967 }
1968
1969 if (-e "$destdir/crunch_scripts/install") {
1970     shell_or_die ("$destdir/crunch_scripts/install", $install_dir);
1971 } elsif (!-e "./install.sh" && -e "./tests/autotests.sh") {
1972     # Old version
1973     shell_or_die ("./tests/autotests.sh", $install_dir);
1974 } elsif (-e "./install.sh") {
1975     shell_or_die ("./install.sh", $install_dir);
1976 }
1977
1978 if ($commit) {
1979     unlink "$destdir.commit.new";
1980     symlink ($commit, "$destdir.commit.new") or die "$destdir.commit.new: $!";
1981     rename ("$destdir.commit.new", "$destdir.commit") or die "$destdir.commit: $!";
1982 }
1983
1984 close L;
1985
1986 sub can_run {
1987   my $command_name = shift;
1988   open(my $which, "-|", "which", $command_name);
1989   while (<$which>) { }
1990   close($which);
1991   return ($? == 0);
1992 }
1993
1994 sub shell_or_die
1995 {
1996   if ($ENV{"DEBUG"}) {
1997     print STDERR "@_\n";
1998   }
1999   if (system (@_) != 0) {
2000     my $err = $!;
2001     my $exitstatus = sprintf("exit %d signal %d", $? >> 8, $? & 0x7f);
2002     open STDERR, ">&STDERR_ORIG";
2003     system ("cat $destdir.log >&2");
2004     die "@_ failed ($err): $exitstatus";
2005   }
2006 }
2007
2008 __DATA__