sdk/cli/bin/arv-run-pipeline-instance

   1 #!/usr/bin/env ruby
   2
   3 # == Synopsis
   4 #
   5 #  arv-run-pipeline-instance --template pipeline-template-uuid [options] [--] [parameters]
   6 #  arv-run-pipeline-instance --instance pipeline-instance-uuid [options]
   7 #
   8 # Satisfy a pipeline template by finding or submitting a mapreduce job
   9 # for each pipeline component.
  10 #
  11 # == Options
  12 #
  13 # [--template uuid] Use the specified pipeline template.
  14 #
  15 # [--template path] Load the pipeline template from the specified
  16 #                   local file.
  17 #
  18 # [--instance uuid] Use the specified pipeline instance.
  19 #
  20 # [-n, --dry-run] Do not start any new jobs or wait for existing jobs
  21 #                 to finish. Just find out whether jobs are finished,
  22 #                 queued, or running for each component
  23 #
  24 # [--submit] Do not try to satisfy any components. Just
  25 #                          create an instance, print its UUID to
  26 #                          stdout, and exit.
  27 #
  28 # [--no-wait] Make only as much progress as possible without entering
  29 #             a sleep/poll loop.
  30 #
  31 # [--no-reuse] Do not reuse existing jobs to satisfy pipeline
  32 #              components. Submit a new job for every component.
  33 #
  34 # [--debug] Print extra debugging information on stderr.
  35 #
  36 # [--debug-level N] Increase amount of debugging information. Default
  37 #                   1, possible range 0..3.
  38 #
  39 # [--status-text path] Print plain text status report to a file or
  40 #                      fifo. Default: /dev/stdout
  41 #
  42 # [--status-json path] Print JSON status report to a file or
  43 #                      fifo. Default: /dev/null
  44 #
  45 # == Parameters
  46 #
  47 # [param_name=param_value]
  48 #
  49 # [param_name param_value] Set (or override) the default value for
  50 #                          every parameter with the given name.
  51 #
  52 # [component_name::param_name=param_value]
  53 # [component_name::param_name param_value]
  54 # [--component_name::param_name=param_value]
  55 # [--component_name::param_name param_value] Set the value of a
  56 #                                            parameter for a single
  57 #                                            component.
  58 #
  59 class WhRunPipelineInstance
  60 end
  61
  62 $application_version = 1.0
  63
  64 if RUBY_VERSION < '1.9.3' then
  65   abort <<-EOS
  66 #{$0.gsub(/^\.\//,'')} requires Ruby version 1.9.3 or higher.
  67   EOS
  68 end
  69
  70 $arvados_api_version = ENV['ARVADOS_API_VERSION'] || 'v1'
  71 $arvados_api_host = ENV['ARVADOS_API_HOST'] or
  72   abort "#{$0}: fatal: ARVADOS_API_HOST environment variable not set."
  73 $arvados_api_token = ENV['ARVADOS_API_TOKEN'] or
  74   abort "#{$0}: fatal: ARVADOS_API_TOKEN environment variable not set."
  75
  76 begin
  77   require 'arvados'
  78   require 'rubygems'
  79   require 'json'
  80   require 'pp'
  81   require 'trollop'
  82   require 'google/api_client'
  83 rescue LoadError => l
  84   puts $:
  85   abort <<-EOS
  86 #{$0}: fatal: #{l.message}
  87 Some runtime dependencies may be missing.
  88 Try: gem install arvados pp google-api-client json trollop
  89   EOS
  90 end
  91
  92 def debuglog(message, verbosity=1)
  93   $stderr.puts "#{File.split($0).last} #{$$}: #{message}" if $debuglevel >= verbosity
  94 end
  95
  96 module Kernel
  97   def suppress_warnings
  98     original_verbosity = $VERBOSE
  99     $VERBOSE = nil
 100     result = yield
 101     $VERBOSE = original_verbosity
 102     return result
 103   end
 104 end
 105
 106 if $arvados_api_host.match /local/
 107   # You probably don't care about SSL certificate checks if you're
 108   # testing with a dev server.
 109   suppress_warnings { OpenSSL::SSL::VERIFY_PEER = OpenSSL::SSL::VERIFY_NONE }
 110 end
 111
 112 class Google::APIClient
 113   def discovery_document(api, version)
 114     api = api.to_s
 115     return @discovery_documents["#{api}:#{version}"] ||=
 116       begin
 117         response = self.execute!(
 118                                  :http_method => :get,
 119                                  :uri => self.discovery_uri(api, version),
 120                                  :authenticated => false
 121                                  )
 122         response.body.class == String ? JSON.parse(response.body) : response.body
 123       end
 124   end
 125 end
 126
 127
 128 # Parse command line options (the kind that control the behavior of
 129 # this program, that is, not the pipeline component parameters).
 130
 131 p = Trollop::Parser.new do
 132   version __FILE__
 133   opt(:dry_run,
 134       "Do not start any new jobs or wait for existing jobs to finish. Just find out whether jobs are finished, queued, or running for each component.",
 135       :type => :boolean,
 136       :short => :n)
 137   opt(:status_text,
 138       "Store plain text status in given file.",
 139       :short => :none,
 140       :type => :string,
 141       :default => '/dev/stdout')
 142   opt(:status_json,
 143       "Store json-formatted pipeline in given file.",
 144       :short => :none,
 145       :type => :string,
 146       :default => '/dev/null')
 147   opt(:no_wait,
 148       "Do not wait for jobs to finish. Just look up status, submit new jobs if needed, and exit.",
 149       :short => :none,
 150       :type => :boolean)
 151   opt(:no_reuse,
 152       "Do not reuse existing jobs to satisfy pipeline components. Submit a new job for every component.",
 153       :short => :none,
 154       :type => :boolean)
 155   opt(:debug,
 156       "Print extra debugging information on stderr.",
 157       :type => :boolean)
 158   opt(:debug_level,
 159       "Set debug verbosity level.",
 160       :short => :none,
 161       :type => :integer)
 162   opt(:template,
 163       "UUID of pipeline template, or path to local pipeline template file.",
 164       :short => :none,
 165       :type => :string)
 166   opt(:instance,
 167       "UUID of pipeline instance.",
 168       :short => :none,
 169       :type => :string)
 170   opt(:submit,
 171       "Do not try to satisfy any components. Just create a pipeline instance and output its UUID.",
 172       :short => :none,
 173       :type => :boolean)
 174   opt(:run_here,
 175       "Manage the pipeline in process.",
 176       :short => :none,
 177       :type => :boolean)
 178   stop_on [:'--']
 179 end
 180 $options = Trollop::with_standard_exception_handling p do
 181   p.parse ARGV
 182 end
 183 $debuglevel = $options[:debug_level] || ($options[:debug] && 1) || 0
 184
 185 if $options[:instance]
 186   if $options[:template] or $options[:submit]
 187     abort "#{$0}: syntax error: --instance cannot be combined with --template or --submit."
 188   end
 189 elsif not $options[:template]
 190   abort "#{$0}: syntax error: you must supply a --template or --instance."
 191 end
 192
 193 if $options[:run_here] == $options[:submit]
 194   abort "#{$0}: syntax error: you must supply either --run-here or --submit."
 195 end
 196
 197 # Suppress SSL certificate checks if ARVADOS_API_HOST_INSECURE
 198
 199 module Kernel
 200   def suppress_warnings
 201     original_verbosity = $VERBOSE
 202     $VERBOSE = nil
 203     result = yield
 204     $VERBOSE = original_verbosity
 205     return result
 206   end
 207 end
 208
 209 if ENV['ARVADOS_API_HOST_INSECURE']
 210   suppress_warnings { OpenSSL::SSL::VERIFY_PEER = OpenSSL::SSL::VERIFY_NONE }
 211 end
 212
 213 # Set up the API client.
 214
 215 $client ||= Google::APIClient.
 216   new(:host => $arvados_api_host,
 217       :application_name => File.split($0).last,
 218       :application_version => $application_version.to_s)
 219 $arvados = $client.discovered_api('arvados', $arvados_api_version)
 220 $arv = Arvados.new api_version: 'v1'
 221
 222
 223 class PipelineInstance
 224   def self.find(uuid)
 225     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.get,
 226                              :parameters => {
 227                                :uuid => uuid
 228                              },
 229                              :body => {
 230                                :api_token => ENV['ARVADOS_API_TOKEN']
 231                              },
 232                              :authenticated => false)
 233     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 234     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 235       debuglog "Failed to get pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil}", 0
 236       nil
 237     else
 238       debuglog "Retrieved pipeline_instance #{j[:uuid]}"
 239       self.new(j)
 240     end
 241   end
 242   def self.create(attributes)
 243     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.create,
 244                              :body => {
 245                                :api_token => ENV['ARVADOS_API_TOKEN'],
 246                                :pipeline_instance => attributes
 247                              },
 248                              :authenticated => false)
 249     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 250     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 251       abort "Failed to create pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil} #{j.inspect}"
 252     end
 253     debuglog "Created pipeline instance: #{j[:uuid]}"
 254     self.new(j)
 255   end
 256   def save
 257     result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_instances.update,
 258                              :parameters => {
 259                                :uuid => @pi[:uuid]
 260                              },
 261                              :body => {
 262                                :api_token => ENV['ARVADOS_API_TOKEN'],
 263                                :pipeline_instance => @attributes_to_update.to_json
 264                              },
 265                              :authenticated => false)
 266     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 267     unless j.is_a? Hash and j[:uuid]
 268       debuglog "Failed to save pipeline_instance: #{j[:errors] rescue nil}", 0
 269       nil
 270     else
 271       @attributes_to_update = {}
 272       @pi = j
 273     end
 274   end
 275   def []=(x,y)
 276     @attributes_to_update[x] = y
 277     @pi[x] = y
 278   end
 279   def [](x)
 280     @pi[x]
 281   end
 282   protected
 283   def initialize(j)
 284     @attributes_to_update = {}
 285     @pi = j
 286   end
 287 end
 288
 289 class JobCache
 290   def self.get(uuid)
 291     @cache ||= {}
 292     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.get,
 293                              :parameters => {
 294                                :api_token => ENV['ARVADOS_API_TOKEN'],
 295                                :uuid => uuid
 296                              },
 297                              :authenticated => false)
 298     @cache[uuid] = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 299   end
 300   def self.where(conditions)
 301     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.list,
 302                              :parameters => {
 303                                :api_token => ENV['ARVADOS_API_TOKEN'],
 304                                :limit => 10000,
 305                                :where => conditions.to_json
 306                              },
 307                              :authenticated => false)
 308     list = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 309     if list and list[:items].is_a? Array
 310       list[:items]
 311     else
 312       []
 313     end
 314   end
 315   def self.create(job, create_params)
 316     @cache ||= {}
 317     result = $client.execute(:api_method => $arvados.jobs.create,
 318                              :parameters => {
 319                                :api_token => ENV['ARVADOS_API_TOKEN'],
 320                                :job => job.to_json
 321                              }.merge(create_params),
 322                              :authenticated => false)
 323     j = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 324     if j.is_a? Hash and j[:uuid]
 325       @cache[j[:uuid]] = j
 326     else
 327       debuglog "create job: #{j[:errors] rescue nil} with attributes #{job}", 0
 328       nil
 329     end
 330   end
 331 end
 332
 333 class WhRunPipelineInstance
 334   attr_reader :instance
 335
 336   def initialize(_options)
 337     @options = _options
 338   end
 339
 340   def fetch_template(template)
 341     if template.match /[^-0-9a-z]/
 342       # Doesn't look like a uuid -- use it as a filename.
 343       @template = JSON.parse File.read(template), :symbolize_names => true
 344       if !@template[:components]
 345         abort ("#{$0}: Template loaded from #{template} " +
 346                "does not have a \"components\" key")
 347       end
 348     else
 349       result = $client.execute(:api_method => $arvados.pipeline_templates.get,
 350                                :parameters => {
 351                                  :api_token => ENV['ARVADOS_API_TOKEN'],
 352                                  :uuid => template
 353                                },
 354                                :authenticated => false)
 355       @template = JSON.parse result.body, :symbolize_names => true
 356       if !@template[:uuid]
 357         abort "#{$0}: fatal: failed to retrieve pipeline template #{template} #{@template[:errors].inspect rescue nil}"
 358       end
 359     end
 360     self
 361   end
 362
 363   def fetch_instance(instance_uuid)
 364     @instance = PipelineInstance.find(instance_uuid)
 365     @template = @instance
 366     self
 367   end
 368
 369   def apply_parameters(params_args)
 370     params_args.shift if params_args[0] == '--'
 371     params = {}
 372     while !params_args.empty?
 373       if (re = params_args[0].match /^(--)?([^-].*?)=(.+)/)
 374         params[re[2]] = re[3]
 375         params_args.shift
 376       elsif params_args.size > 1
 377         param = params_args.shift.sub /^--/, ''
 378         params[param] = params_args.shift
 379       else
 380         abort "Syntax error: I do not know what to do with arg \"#{params_args[0]}\""
 381       end
 382     end
 383
 384     @components = @template[:components].dup
 385
 386     errors = []
 387     @components.each do |componentname, component|
 388       component[:script_parameters].each do |parametername, parameter|
 389         parameter = { :value => parameter } unless parameter.is_a? Hash
 390         value =
 391           (params["#{componentname}::#{parametername}"] ||
 392            parameter[:value] ||
 393            (parameter[:output_of].nil? &&
 394             (params[parametername.to_s] ||
 395              parameter[:default])) ||
 396            nil)
 397         if value.nil? and
 398             ![false,'false',0,'0'].index parameter[:required]
 399           if parameter[:output_of]
 400             next
 401           end
 402           errors << [componentname, parametername, "required parameter is missing"]
 403         end
 404         debuglog "parameter #{componentname}::#{parametername} == #{value}"
 405         component[:script_parameters][parametername] = value
 406       end
 407     end
 408     if !errors.empty?
 409       abort "Errors:\n#{errors.collect { |c,p,e| "#{c}::#{p} - #{e}\n" }.join ""}"
 410     end
 411     debuglog "options=" + @options.pretty_inspect
 412     self
 413   end
 414
 415   def setup_instance
 416     if $options[:submit]
 417       @instance ||= PipelineInstance.
 418         create(:components => @components,
 419               :pipeline_template_uuid => @template[:uuid],
 420               :state => 'New')
 421     else
 422       @instance ||= PipelineInstance.
 423         create(:components => @components,
 424              :pipeline_template_uuid => @template[:uuid],
 425              :state => 'RunningOnClient')
 426     end
 427     self
 428   end
 429
 430   def run
 431     moretodo = true
 432     interrupted = false
 433
 434     while moretodo
 435       moretodo = false
 436       @components.each do |cname, c|
 437         job = nil
 438         # Is the job satisfying this component already known to be
 439         # finished? (Already meaning "before we query API server about
 440         # the job's current state")
 441         c_already_finished = (c[:job] &&
 442                               c[:job][:uuid] &&
 443                               !c[:job][:success].nil?)
 444         if !c[:job] and
 445             c[:script_parameters].select { |pname, p| p.is_a? Hash and p[:output_of]}.empty?
 446           # No job yet associated with this component and is component inputs
 447           # are fully specified (any output_of script_parameters are resolved
 448           # to real value)
 449           job = JobCache.create({
 450             :script => c[:script],
 451             :script_parameters => c[:script_parameters],
 452             :script_version => c[:script_version],
 453             :repository => c[:repository],
 454             :nondeterministic => c[:nondeterministic],
 455             :output_is_persistent => c[:output_is_persistent] || false,
 456             # TODO: Delete the following three attributes when
 457             # supporting pre-20140418 API servers is no longer
 458             # important. New API servers take these as flags that
 459             # control behavior of create, rather than job attributes.
 460             :minimum_script_version => c[:minimum_script_version],
 461             :exclude_script_versions => c[:exclude_minimum_script_versions],
 462             :no_reuse => @options[:no_reuse] || c[:nondeterministic],
 463           }, {
 464             # This is the right place to put these attributes when
 465             # dealing with new API servers.
 466             :minimum_script_version => c[:minimum_script_version],
 467             :exclude_script_versions => c[:exclude_minimum_script_versions],
 468             :find_or_create => !(@options[:no_reuse] || c[:nondeterministic]),
 469           })
 470           if job
 471             debuglog "component #{cname} new job #{job[:uuid]}"
 472             c[:job] = job
 473           else
 474             debuglog "component #{cname} new job failed"
 475           end
 476         end
 477
 478         if c[:job] and c[:job][:uuid]
 479           if (c[:job][:running] or
 480               not (c[:job][:finished_at] or c[:job][:cancelled_at]))
 481             # Job is running so update copy of job record
 482             c[:job] = JobCache.get(c[:job][:uuid])
 483           end
 484
 485           if c[:job][:success]
 486             # Populate script_parameters of other components waiting for
 487             # this job
 488             @components.each do |c2name, c2|
 489               c2[:script_parameters].each do |pname, p|
 490                 if p.is_a? Hash and p[:output_of] == cname.to_s
 491                   debuglog "parameter #{c2name}::#{pname} == #{c[:job][:output]}"
 492                   c2[:script_parameters][pname] = c[:job][:output]
 493                   moretodo = true
 494                 end
 495               end
 496             end
 497             unless c_already_finished
 498               # This is my first time discovering that the job
 499               # succeeded. (At the top of this loop, I was still
 500               # waiting for it to finish.)
 501               if c[:output_is_persistent]
 502                 # I need to make sure a resources/wants link is in
 503                 # place to protect the output from garbage
 504                 # collection. (Normally Crunch does this for me, but
 505                 # here I might be reusing the output of someone else's
 506                 # job and I need to make sure it's understood that the
 507                 # output is valuable to me, too.)
 508                 wanted = c[:job][:output]
 509                 debuglog "checking for existing persistence link for #{wanted}"
 510                 @my_user_uuid ||= $arv.user.current[:uuid]
 511                 links = $arv.link.list(limit: 1,
 512                                        filters:
 513                                        [%w(link_class = resources),
 514                                         %w(name = wants),
 515                                         %w(tail_uuid =) + [@my_user_uuid],
 516                                         %w(head_uuid =) + [wanted]
 517                                        ])[:items]
 518                 if links.any?
 519                   debuglog "link already exists, uuid #{links.first[:uuid]}"
 520                 else
 521                   newlink = $arv.link.create link: \
 522                   {
 523                     link_class: 'resources',
 524                     name: 'wants',
 525                     tail_kind: 'arvados#user',
 526                     tail_uuid: @my_user_uuid,
 527                     head_kind: 'arvados#collection',
 528                     head_uuid: wanted
 529                   }
 530                   debuglog "added link, uuid #{newlink[:uuid]}"
 531                 end
 532               end
 533             end
 534           elsif c[:job][:running] ||
 535               (!c[:job][:started_at] && !c[:job][:cancelled_at])
 536             # Job is still running
 537             moretodo = true
 538           elsif c[:job][:cancelled_at]
 539             debuglog "component #{cname} job #{c[:job][:uuid]} cancelled."
 540           end
 541         end
 542       end
 543       @instance[:components] = @components
 544       @instance[:active] = moretodo
 545       report_status
 546
 547       if @options[:no_wait]
 548         moretodo = false
 549       end
 550
 551       if moretodo
 552         begin
 553           sleep 10
 554         rescue Interrupt
 555           debuglog "interrupt", 0
 556           interrupted = true
 557           break
 558           #abort
 559         end
 560       end
 561     end
 562
 563     ended = 0
 564     succeeded = 0
 565     failed = 0
 566     @components.each do |cname, c|
 567       if c[:job]
 568         if c[:job][:finished_at]
 569           ended += 1
 570           if c[:job][:success] == true
 571             succeeded += 1
 572           elsif c[:job][:success] == false
 573             failed += 1
 574           end
 575         end
 576       end
 577     end
 578
 579     success = (succeeded == @components.length)
 580
 581     if interrupted
 582      if success
 583         @instance[:active] = false
 584         @instance[:success] = success
 585         @instance[:state] = "Complete"
 586      else
 587         @instance[:active] = nil
 588         @instance[:success] = nil
 589         @instance[:state] = 'Paused'
 590       end
 591     else
 592       if ended == @components.length or failed > 0
 593         @instance[:active] = false
 594         @instance[:success] = success
 595         @instance[:state] = success ? "Complete" : "Failed"
 596       end
 597     end
 598
 599     # set components_summary
 600     components_summary = {"todo" => @components.length - ended, "done" => succeeded, "failed" => failed}
 601     @instance[:components_summary] = components_summary
 602
 603     @instance.save
 604   end
 605
 606   def cleanup
 607     if @instance
 608       @instance[:active] = false
 609       @instance.save
 610     end
 611   end
 612
 613   def uuid
 614     @instance[:uuid]
 615   end
 616
 617   protected
 618
 619   def report_status
 620     @instance.save
 621
 622     if @options[:status_json] != '/dev/null'
 623       File.open(@options[:status_json], 'w') do |f|
 624         f.puts @components.pretty_inspect
 625       end
 626     end
 627
 628     if @options[:status_text] != '/dev/null'
 629       File.open(@options[:status_text], 'w') do |f|
 630         f.puts ""
 631         f.puts "#{Time.now} -- pipeline_instance #{@instance[:uuid]}"
 632         namewidth = @components.collect { |cname, c| cname.size }.max
 633         @components.each do |cname, c|
 634           jstatus = if !c[:job]
 635                       "-"
 636                     elsif c[:job][:running]
 637                       "#{c[:job][:tasks_summary].inspect}"
 638                     elsif c[:job][:success]
 639                       c[:job][:output]
 640                     elsif c[:job][:cancelled_at]
 641                       "cancelled #{c[:job][:cancelled_at]}"
 642                     elsif c[:job][:finished_at]
 643                       "failed #{c[:job][:finished_at]}"
 644                     elsif c[:job][:started_at]
 645                       "started #{c[:job][:started_at]}"
 646                     else
 647                       "queued #{c[:job][:created_at]}"
 648                     end
 649           f.puts "#{cname.to_s.ljust namewidth} #{c[:job] ? c[:job][:uuid] : '-'.ljust(27)} #{jstatus}"
 650         end
 651       end
 652     end
 653   end
 654 end
 655
 656 runner = WhRunPipelineInstance.new($options)
 657 begin
 658   if $options[:template]
 659     runner.fetch_template($options[:template])
 660   else
 661     runner.fetch_instance($options[:instance])
 662   end
 663   runner.apply_parameters(p.leftovers)
 664   runner.setup_instance
 665   if $options[:submit]
 666     runner.instance.save
 667     puts runner.instance[:uuid]
 668   else
 669     runner.run
 670   end
 671 rescue Exception => e
 672   runner.cleanup
 673   raise e
 674 end