docker/bcbio-nextgen/Dockerfile

   1 FROM bcbio-nextgen
   2 MAINTAINER Peter Amstutz <peter.amstutz@curoverse.com>
   3
   4 USER root
   5
   6 # Install Ruby 2.1.0
   7 RUN apt-get remove --quiet --assume-yes ruby && \
   8     curl -L https://get.rvm.io | bash -s stable && \
   9     /usr/local/rvm/bin/rvm install 2.1.0 && \
  10     /bin/mkdir -p /usr/src/arvados
  11
  12 ADD generated/arvados.tar.gz /usr/src/arvados/
  13 ENV GEM_HOME /usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0
  14 ENV GEM_PATH /usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0:/usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0@global
  15 ENV PATH /usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0/bin:/usr/local/rvm/gems/ruby-2.1.0@global/bin:/usr/local/rvm/rubies/ruby-2.1.0/bin:/usr/local/rvm/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin
  16
  17 # Install dependencies and set up system.
  18 # The FUSE packages help ensure that we can install the Python SDK (arv-mount).
  19 RUN /usr/bin/apt-get update && \
  20     /usr/bin/apt-get install --quiet --assume-yes python-dev python-llfuse python-pip \
  21       libio-socket-ssl-perl libjson-perl liburi-perl libwww-perl \
  22       fuse libattr1-dev libfuse-dev && \
  23     /usr/sbin/adduser --disabled-password \
  24       --gecos 'Crunch execution user' crunch && \
  25     /usr/bin/install --directory --owner=crunch --group=crunch --mode=0700 /keep /tmp/crunch-src /tmp/crunch-job && \
  26     /bin/ln -s /usr/src/arvados /usr/local/src/arvados
  27
  28 # Install Arvados packages.
  29 RUN gem update --system && \
  30     find /usr/src/arvados/sdk -name '*.gem' -print0 | \
  31       xargs -0rn 1 gem install && \
  32     cd /usr/src/arvados/services/fuse && \
  33     python setup.py install && \
  34     cd /usr/src/arvados/sdk/python && \
  35     python setup.py install
  36
  37 USER crunch