doc/start/index.html.textile.liquid

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   3 navsection: start
   4 title: Welcome to Arvados!
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   7 This guide provides an introduction to using Arvados to solve big data bioinformatics problems.
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   9 h2. What is Arvados?
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  11 Arvados is a free and open source bioinformatics platform for genomic and biomedical data.
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  13 We address the needs of IT directors, lab principals, and bioinformaticians.
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  15 h2. Why use Arvados?
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  17 Arvados enables you to quickly begin using cloud computing resources in your bioinformatics work. It allows you to track your methods and datasets, share them securely, and easily re-run analyses.
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  19 h3. Take a look (Screenshots gallery)
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  21 <div id="carousel-keyfeatures" class="carousel slide" data-interval="false">
  22   <!-- Indicators -->
  23   <ol class="carousel-indicators">
  24     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="0" class="active"></li>
  25     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="1"></li>
  26     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="2"></li>
  27     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="3"></li>
  28     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="4"></li>
  29     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="5"></li>
  30     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="6"></li>
  31     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="7"></li>
  32     <li data-target="#carousel-keyfeatures" data-slide-to="8"></li>
  33   </ol>
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  35   <!-- Wrapper for slides -->
  36   <div class="carousel-inner" role="listbox">
  37     <div class="item active">
  38       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/dashboard2.png" alt="[START] After logging in, you will see Workbench's dashboard.">
  39       <div class="carousel-caption">
  40         [START] After logging in, you will see Workbench's dashboard.
  41       </div>
  42     </div>
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  44     <div class="item">
  45       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/running2.png" alt="Pipelines describe a set of computational tasks (jobs).">
  46       <div class="carousel-caption">
  47         Pipelines describe a set of computational tasks (jobs).
  48       </div>
  49     </div>
  50
  51     <div class="item">
  52       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/log.png" alt="The output of all jobs is logged and stored automatically.">
  53       <div class="carousel-caption">
  54         The output of all jobs is logged and stored automatically.
  55       </div>
  56     </div>
  57
  58     <div class="item">
  59       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/graph.png" alt="Pipelines can also be viewed in auto-generated graph form.">
  60       <div class="carousel-caption">
  61         Pipelines can also be viewed in auto-generated graph form.
  62       </div>
  63     </div>
  64
  65     <div class="item">
  66       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/rerun.png" alt="Pipelines can easily be re-run exactly as before, or...">
  67       <div class="carousel-caption">
  68         Pipelines can easily be re-run exactly as before, or...
  69       </div>
  70     </div>
  71
  72     <div class="item">
  73       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/chooseinputs.png" alt="...you can change parameters or pick new datasets.">
  74       <div class="carousel-caption">
  75         ...you can change parameters or pick new datasets.
  76       </div>
  77     </div>
  78
  79     <div class="item">
  80       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/webupload.png" alt="With web upload, data can be uploaded right in Workbench.">
  81       <div class="carousel-caption">
  82         With web upload, data can be uploaded right in Workbench.
  83       </div>
  84     </div>
  85
  86     <div class="item">
  87       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/collectionpage.png" alt="Collections allow sharing datasets and job outputs easily. 'Create sharing link' with one click.">
  88       <div class="carousel-caption">
  89         Collections allow sharing datasets and job outputs easily. 'Create sharing link' with one click.
  90       </div>
  91     </div>
  92
  93     <div class="item">
  94       <img src="{{ site.baseurl }}/images/keyfeatures/provenance.png" alt="Data provenance is tracked automatically. [END]">
  95       <div class="carousel-caption">
  96         Data provenance is tracked automatically. [END]
  97       </div>
  98     </div>
  99
 100
 101   </div>
 102
 103   <!-- Controls -->
 104   <a class="left carousel-control" href="#carousel-keyfeatures" role="button" data-slide="prev">
 105     <span class="glyphicon glyphicon-chevron-left" aria-hidden="true"></span>
 106     <span class="sr-only">Previous</span>
 107   </a>
 108   <a class="right carousel-control" href="#carousel-keyfeatures" role="button" data-slide="next">
 109     <span class="glyphicon glyphicon-chevron-right" aria-hidden="true"></span>
 110     <span class="sr-only">Next</span>
 111   </a>
 112 </div>
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 114 Note: Workbench is the web interface to Arvados.
 115 Tip: You may need to make your browser window bigger to see full-size images in the gallery above.
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 117 h3. Key Features
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 119 <ul>
 120 <li><strong>Track your methods</strong><br/>
 121 We log every compute job: software versions, machine images, input and output data hashes. Rely on a computer, not your memory and your note-taking skills.<br/><br/></li>
 122 <li><strong>Share your methods</strong><br/>
 123 Show other people what you did. Let them use your workflow on their own data. Publish a permalink to your methods and data, so others can reproduce and build on them easily.<br/><br/></li>
 124 <li><strong>Track data origin</strong><br/>
 125 Did you really only use fully consented public data in this analysis?<br/><br/></li>
 126 <li><strong>Get results sooner</strong><br/>
 127 Run your compute jobs faster by using multi-nodes and multi-cores, even if your programs are single-threaded.<br/><br/></li>
 128 </ul>