WGS-processing/docker/clinvar-report/Dockerfile

   1 FROM arvados/jobs:latest
   2 USER root
   3
   4 # Install python tools
   5 RUN apt-get update && apt-get install -y --no-install-recommends apt-utils
   6 RUN apt-get install -y apt-utils && apt-get install -y unzip
   7 RUN apt-get install autoconf -y
   8 RUN apt-get install wget -y
   9 RUN apt-get install python-pip -y
  10 RUN apt-get install python-numpy -y && apt-get install python-scipy -y
  11 RUN apt-get install python-matplotlib -y && apt-get install python-pandas -y
  12 RUN apt-get upgrade -y
  13 RUN apt-get clean
  14
  15 # install lib files to build SAMtools
  16 RUN apt-get install libncurses5-dev -y && apt-get install libbz2-dev -y && apt-get install liblzma-dev -y && apt-get install git -y && apt-get install autoconf -y
  17
  18 # installing zlib1g
  19 RUN apt-get install zlib1g-dev -y
  20 RUN apt-get install zlib1g -y
  21
  22 # Installing xz-utils
  23
  24 RUN apt-get install xz-utils -y
  25
  26 # Installing liblzma-dev
  27 RUN apt-get install liblzma-dev -y
  28
  29 # Installing pthreads
  30 RUN apt-get install libpthread-stubs0-dev -y
  31
  32 # Installing libcurl
  33 RUN apt-get install libcurl3-openssl-dev -y
  34
  35 # Installing libcrypto
  36 RUN apt-get install libssl-dev -y
  37
  38 # Installing bc
  39 RUN apt-get install bc -y
  40
  41 # installing build essentials
  42 RUN apt-get install build-essential -y
  43
  44 # Installing parallel
  45 RUN apt-get install parallel -y
  46
  47 # Installing Cmake
  48 RUN apt-get install cmake -y
  49
  50 # Installing SDSL
  51 RUN cd /tmp && git clone 'https://github.com/simongog/sdsl-lite.git' && cd sdsl-lite && ./install.sh /usr/local
  52
  53 RUN apt-get remove libhts-dev
  54
  55 # Installing htslib
  56 RUN cd /tmp && wget http://github.com/samtools/htslib/archive/1.10.2.zip && unzip 1.10.2 && cd htslib-1.10.2 && make && make install && cd /tmp && rm -rf htslib-1.10.2 && ldconfig
  57
  58 # Installing bcftools
  59
  60 RUN wget http://github.com/samtools/bcftools/archive/1.10.2.zip && unzip 1.10.2 && cd bcftools-1.10.2 && autoheader && autoconf && ./configure && make && make install